Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9837
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9837, 352 aa
1>>>pF1KB9837 352 - 352 aa - 352 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8172+/-0.00121; mu= 13.3716+/- 0.071
mean_var=118.6416+/-34.031, 0's: 0 Z-trim(103.2): 275 B-trim: 972 in 2/44
Lambda= 0.117749
statistics sampled from 6840 (7287) to 6840 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16
Scan time: 2.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 2345 410.2 1.3e-114
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 1745 308.3 6.5e-84
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 1569 278.4 6.7e-75
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 1367 244.1 1.4e-64
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 1230 220.8 1.4e-57
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 1230 220.8 1.4e-57
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 1206 216.7 2.4e-56
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 1000 181.7 8e-46
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 892 163.4 2.7e-40
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 892 163.4 2.8e-40
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 871 159.8 3.1e-39
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 871 159.8 3.2e-39
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 791 146.2 3.9e-35
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 791 146.2 4e-35
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 766 142.0 7.8e-34
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 762 141.3 1.2e-33
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 762 141.3 1.2e-33
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 736 136.9 2.6e-32
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 701 130.9 1.6e-30
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 683 127.9 1.3e-29
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 683 127.9 1.5e-29
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 679 127.2 2.1e-29
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 679 127.2 2.1e-29
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 668 125.3 7.6e-29
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 653 122.8 4.4e-28
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 624 117.9 1.4e-26
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 612 115.8 5.6e-26
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 612 115.9 5.9e-26
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 612 115.9 6e-26
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 586 111.4 1.2e-24
CCDS14569.1 AGTR2 gene_id:186|Hs108|chrX ( 363) 569 108.5 9e-24
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 564 107.6 1.5e-23
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 556 106.3 4.1e-23
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 553 105.8 6.2e-23
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13 ( 344) 524 100.8 1.7e-21
CCDS9943.1 BDKRB1 gene_id:623|Hs108|chr14 ( 353) 515 99.3 5.1e-21
CCDS9492.1 GPR183 gene_id:1880|Hs108|chr13 ( 361) 513 99.0 6.5e-21
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 513 99.0 6.9e-21
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 508 98.2 1.2e-20
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 508 98.2 1.2e-20
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 508 98.2 1.3e-20
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 508 98.2 1.3e-20
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 508 98.2 1.3e-20
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 508 98.2 1.3e-20
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 508 98.2 1.3e-20
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 508 98.2 1.3e-20
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 508 98.2 1.4e-20
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 508 98.3 1.5e-20
CCDS13556.1 OPRL1 gene_id:4987|Hs108|chr20 ( 370) 502 97.1 2.4e-20
CCDS6152.1 OPRK1 gene_id:4986|Hs108|chr8 ( 380) 502 97.2 2.5e-20
>>CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 (352 aa)
initn: 2345 init1: 2345 opt: 2345 Z-score: 2171.0 bits: 410.2 E(32554): 1.3e-114
Smith-Waterman score: 2345; 100.0% identity (100.0% similar) in 352 aa overlap (1-352:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILILINCKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILILINCKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSGIFFII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 LKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSGIFFII
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLHYTCSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 LLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLHYTCSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVRLIFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 HFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVRLIFTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 MIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPIIYAFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 MIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPIIYAFV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB9 GEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 GEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
310 320 330 340 350
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 890 init1: 890 opt: 1745 Z-score: 1620.0 bits: 308.3 E(32554): 6.5e-84
Smith-Waterman score: 1745; 74.9% identity (90.2% similar) in 346 aa overlap (7-352:21-360)
10 20 30 40
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFV
. ..: .: . ::.:..::::.:.:::::::::::::::
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDY--GAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFV
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 GNMLVILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTG
:::::.:::::::.:: .:::::::::::::.::.:.:.::: :: .: :::.::.:.::
CCDS46 GNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLFTG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 LYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIF
:: ::.:.:::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.:::::
CCDS46 LYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 TRSQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRN
:. ::: :.:. .:: . :.::.:. :::::::::.:::::::::::::::::
CCDS46 TKCQKEDSVYVCGPYFPRG----WNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 EKKRHRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLG
:::::::::.::::::::::::.:::::.:::::::::::.:: :...:::: :::::::
CCDS46 EKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 MTHCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQ
::::::::::::::::::: :: :::.:::.::::: : .: .:. . ..:. : :::::
CCDS46 MTHCCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFCKQCPVFYRETVDGVTSTNTPSTGEQ
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB9 EISVGL
:.:.::
CCDS46 EVSAGL
360
>>CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (374 aa)
initn: 890 init1: 890 opt: 1569 Z-score: 1458.2 bits: 278.4 E(32554): 6.7e-75
Smith-Waterman score: 1569; 75.2% identity (90.4% similar) in 311 aa overlap (7-317:21-325)
10 20 30 40
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFV
. ..: .: . ::.:..::::.:.:::::::::::::::
CCDS43 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDY--GAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFV
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 GNMLVILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTG
:::::.:::::::.:: .:::::::::::::.::.:.:.::: :: .: :::.::.:.::
CCDS43 GNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLFTG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 LYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIF
:: ::.:.:::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.:::::
CCDS43 LYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 TRSQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRN
:. ::: :.:. .:: . :.::.:. :::::::::.:::::::::::::::::
CCDS43 TKCQKEDSVYVCGPYFPRG----WNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 EKKRHRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLG
:::::::::.::::::::::::.:::::.:::::::::::.:: :...:::: :::::::
CCDS43 EKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 MTHCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQ
:::::::::::::::::::. . . . .::
CCDS43 MTHCCINPIIYAFVGEKFRSLFHIALGCRIAPLQKPVCGGPGVRPGKNVKVTTQGLLDGR
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB9 EISVGL
CCDS43 GKGKSIGRAPEASLQDKEGA
360 370
>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 635 init1: 635 opt: 1367 Z-score: 1273.1 bits: 244.1 E(32554): 1.4e-64
Smith-Waterman score: 1367; 56.0% identity (85.5% similar) in 352 aa overlap (2-352:9-355)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVIL
::.... ...: . ::::.: . ..:.::::::::::..:.:::.::.:
CCDS27 METPNTTEDYDTTT---EFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQ-WDFGNTMCQLLTGLYFIGF
.:.. ::::.::.:::::::::::.::.:.::: : . : ::..::..:.:.:. :.
CCDS27 VLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 FSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKE
.: ::::::::::::::.:::::::.::::::::.::.: :..:..::.::. :...: :
CCDS27 YSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHR
:.::: :::. . . :: ::.::. ..:::::::::.:::.::.: ::: :::: .
CCDS27 FTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKS-K
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 AVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCI
::::::.:::..::::.:::...:...::.:. ..: .: .:: :.::::....::::.
CCDS27 AVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 NPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
::.:::::::.::.:: .:....: .. : ... . ::.::. . ::::.:.:.:.
CCDS27 NPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSST-SPSTGEHELSAGF
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 570 init1: 570 opt: 1230 Z-score: 1147.3 bits: 220.8 E(32554): 1.4e-57
Smith-Waterman score: 1230; 53.3% identity (83.7% similar) in 332 aa overlap (20-350:24-353)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILILI
:.: ... . :...:::::::: :..::..:..:::
CCDS27 MTTSLDTVETFGTTSYYDDVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMILI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 NCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQ-WDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSG
. .::. ::.:::::::::::.::.:.::: ::. .. : ::. ::.::.:.: :..:
CCDS27 KYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 IFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLH
::::::::::::::.:::::::.::::::::.::..:: .::.:.:: .:: .... .
CCDS27 IFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFEE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 YTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVR
::. .: . :..:.::...:. ::::::::.:::.::.:::::: . ::...:.:
CCDS27 TLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPS-KKKYKAIR
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 LIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPI
:::.:: :.:.::.:::...::...: .. :.: :..:: .: :::.....:::.::.
CCDS27 LIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 IYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
:::::::.::.:: ::..:. .. . .. .: ::.::: . ::.: :.:.
CCDS27 IYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSV-SPSTAEPELSIVF
300 310 320 330 340 350
>>CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (376 aa)
initn: 570 init1: 570 opt: 1230 Z-score: 1147.0 bits: 220.8 E(32554): 1.4e-57
Smith-Waterman score: 1230; 53.3% identity (83.7% similar) in 332 aa overlap (20-350:45-374)
10 20 30 40
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNM
:.: ... . :...:::::::: :..::.
CCDS54 GSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYDDVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNV
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 LVILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQ-WDFGNTMCQLLTGLY
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CCDS54 VVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFY
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 FIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTR
:..: ::::::::::::::.:::::::.::::::::.::..:: .::.:.:: .:: .
CCDS54 HTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEK
... . ::. .: . :..:.::...:. ::::::::.:::.::.:::::: . :
CCDS54 TEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPS-K
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 KRHRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMT
:...:.::::.:: :.:.::.:::...::...: .. :.: :..:: .: :::.....
CCDS54 KKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYS
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 HCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEI
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CCDS54 HCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSV-SPSTAEPEL
320 330 340 350 360 370
350
pF1KB9 SVGL
:.
CCDS54 SIVF
>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 1149 init1: 701 opt: 1206 Z-score: 1125.2 bits: 216.7 E(32554): 2.4e-56
Smith-Waterman score: 1206; 49.9% identity (79.9% similar) in 353 aa overlap (2-348:8-356)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSE----PCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNML
: .. ::. ::: : :: : ..: .. .:::::::::.::..:: .
CCDS26 MNPTDIADTTLDESIYS-NYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNSV
10 20 30 40 50
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pF1KB9 VILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFI
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CCDS26 VVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMYLV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQ
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CCDS26 GFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTCY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 KEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKR
: : :.... .. :: ...:.: :::::.:: .:..::: :..:: .:.::::
CCDS26 TERNHTYCKTKYSLNS-TTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKK-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 HRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHC
..::..::....... ::.::::::.:.:. :. :..:. :: :.:.::::...::
CCDS26 NKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHC
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB9 CINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRF--CKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEI
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CCDS26 CLNPIIYFFLGEKFRKYILQLF-KTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDL
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB9 SVGL
CCDS26 HDAL
360
>>CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 1016 init1: 558 opt: 1000 Z-score: 936.1 bits: 181.7 E(32554): 8e-46
Smith-Waterman score: 1000; 42.0% identity (75.0% similar) in 348 aa overlap (1-343:1-346)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MDYQVSSPIYDI-NYYT----SEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILIL
::: .. . . .:: : ::. .. . :: .: :.:.:...:: ::::.:
CCDS26 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDAELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 INCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSG
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CCDS26 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 IFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLH
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CCDS26 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 YTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVR
: : : .: :: : ..:. ::::..:. ....:: ::. : ::.:..: .:.:
CCDS26 LQCYS-FYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKT-KAIR
190 200 210 220 230
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pF1KB9 LIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPI
:.. ..:. .:::.:.:.::.:.... . :..:: :..: : .::: ...::::.::.
CCDS26 LVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 IYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
:::::::::...: .::: .. : . .:. :..:: .:.
CCDS26 IYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 747 init1: 465 opt: 892 Z-score: 837.0 bits: 163.4 E(32554): 2.7e-40
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10 20 30 40 50
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILILINCK
.: : .. ... .: .::..: .:.:::.::.. : : :
CCDS43 MDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSGIFFI
. ::.:::::::::.:::.:. :.:::.:: . . :.::.. :...:::::..::::
CCDS43 KPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFI
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pF1KB9 ILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLHYTCS
...::::::.: :. ... ::: ::. :. .:..:.... : ..::. :::. :
CCDS43 TVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAAILVAAPQFMFTK-QKEN---ECL
130 140 150 160 170
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pF1KB9 SHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVRLIFT
. .: ..: ..... .::..::::.: :: :..::. :.:.:: .:..::.
CCDS43 GDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKA-KAIKLILL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 IMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPIIYAF
..::.::::.:::....:.:.. . . .:. . : :..::::....:::.::.::::
CCDS43 VVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRLALSVTETVAFSHCCLNPLIYAF
240 250 260 270 280 290
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pF1KB9 VGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
.::::: :: .. : .:
CCDS43 AGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 (387 aa)
initn: 747 init1: 465 opt: 892 Z-score: 836.5 bits: 163.4 E(32554): 2.8e-40
Smith-Waterman score: 892; 42.9% identity (77.1% similar) in 301 aa overlap (17-317:50-345)
10 20 30 40
pF1KB9 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFV
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CCDS54 LASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFYSVIFAIGLV
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 GNMLVILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTG
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CCDS54 GNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHYLINEKGLHNAMCKFTTA
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pF1KB9 LYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIF
..:::::..:::: ...::::::.: :. ... ::: ::. :. .:..:.... : ..:
CCDS54 FFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAAILVAAPQFMF
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pF1KB9 TRSQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRN
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CCDS54 TK-QKEN---ECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTLFSCKN
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 EKKRHRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLG
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CCDS54 HKKA-KAIKLILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRLALSVTETVA
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 MTHCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQ
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CCDS54 FSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSRHGSVLSSNF
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CCDS54 TYHTSDGDALLLL
380
352 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]