Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9766
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9766, 933 aa
1>>>pF1KB9766 933 - 933 aa - 933 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8553+/-0.00102; mu= -1.9156+/- 0.061
mean_var=342.8224+/-70.815, 0's: 0 Z-trim(115.6): 133 B-trim: 196 in 1/51
Lambda= 0.069269
statistics sampled from 16037 (16176) to 16037 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.497), width: 16
Scan time: 4.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 933) 6327 646.6 6.3e-185
CCDS59229.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 339) 2259 239.7 7e-63
CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 920) 1525 166.7 1.8e-40
CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 388) 1497 163.6 6.5e-40
CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 778) 1195 133.7 1.3e-30
CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 777) 975 111.7 5.5e-24
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 984) 967 111.0 1.1e-23
CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 742) 807 94.9 6.1e-19
CCDS54811.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 867) 766 90.9 1.2e-17
CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 470) 636 77.7 6e-14
CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 474) 605 74.6 5.2e-13
CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 481) 605 74.6 5.2e-13
CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 495) 605 74.6 5.3e-13
CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 530) 605 74.6 5.6e-13
CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 423) 601 74.1 6.2e-13
CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 422) 593 73.3 1.1e-12
>>CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 (933 aa)
initn: 6327 init1: 6327 opt: 6327 Z-score: 3433.5 bits: 646.6 E(32554): 6.3e-185
Smith-Waterman score: 6327; 100.0% identity (100.0% similar) in 933 aa overlap (1-933:1-933)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTELKAKGPRAPHVAGGPPSPEVGSPLLCRPAAGPFPGSQTSDTLPEVSAIPISLDGLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MTELKAKGPRAPHVAGGPPSPEVGSPLLCRPAAGPFPGSQTSDTLPEVSAIPISLDGLLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PRPCQGQDPSDEKTQDQQSLSDVEGAYSRAEATRGAGGSSSSPPEKDSGLLDSVLDTLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PRPCQGQDPSDEKTQDQQSLSDVEGAYSRAEATRGAGGSSSSPPEKDSGLLDSVLDTLLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PSGPGQSQPSPPACEVTSSWCLFGPELPEDPPAAPATQRVLSPLMSRSGCKVGDSSGTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PSGPGQSQPSPPACEVTSSWCLFGPELPEDPPAAPATQRVLSPLMSRSGCKVGDSSGTAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 AHKVLPRGLSPARQLLLPASESPHWSGAPVKPSPQAAAVEVEEEDGSESEESAGPLLKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 AHKVLPRGLSPARQLLLPASESPHWSGAPVKPSPQAAAVEVEEEDGSESEESAGPLLKGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PRALGGAAAGGGAAAVPPGAAAGGVALVPKEDSRFSAPRVALVEQDAPMAPGRSPLATTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PRALGGAAAGGGAAAVPPGAAAGGVALVPKEDSRFSAPRVALVEQDAPMAPGRSPLATTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 MDFIHVPILPLNHALLAARTRQLLEDESYDGGAGAASAFAPPRSSPCASSTPVAVGDFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MDFIHVPILPLNHALLAARTRQLLEDESYDGGAGAASAFAPPRSSPCASSTPVAVGDFPD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 CAYPPDAEPKDDAYPLYSDFQPPALKIKEEEEGAEASARSPRSYLVAGANPAAFPDFPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 CAYPPDAEPKDDAYPLYSDFQPPALKIKEEEEGAEASARSPRSYLVAGANPAAFPDFPLG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 PPPPLPPRATPSRPGEAAVTAAPASASVSSASSSGSTLECILYKAEGAPPQQGPFAPPPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PPPPLPPRATPSRPGEAAVTAAPASASVSSASSSGSTLECILYKAEGAPPQQGPFAPPPC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 KAPGASGCLLPRDGLPSTSASAAAAGAAPALYPALGLNGLPQLGYQAAVLKEGLPQVYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KAPGASGCLLPRDGLPSTSASAAAAGAAPALYPALGLNGLPQLGYQAAVLKEGLPQVYPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 YLNYLRPDSEASQSPQYSFESLPQKICLICGDEASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAMEGQHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YLNYLRPDSEASQSPQYSFESLPQKICLICGDEASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAMEGQHN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 YLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRLRKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRLRKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 GVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLIPPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLIPPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 LGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHIDDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHIDDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 DLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQIPQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 DLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQIPQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 FEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVVSSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVVSSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRA
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB9 LSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGMVKPLLFHKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGMVKPLLFHKK
910 920 930
>>CCDS59229.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 (339 aa)
initn: 2259 init1: 2259 opt: 2259 Z-score: 1242.4 bits: 239.7 E(32554): 7e-63
Smith-Waterman score: 2259; 100.0% identity (100.0% similar) in 339 aa overlap (595-933:1-339)
570 580 590 600 610 620
pF1KB9 KICLICGDEASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAMEGQHNYLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MEGQHNYLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRL
10 20 30
630 640 650 660 670 680
pF1KB9 RKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPVGVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 RKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPVGVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLI
40 50 60 70 80 90
690 700 710 720 730 740
pF1KB9 PPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQLGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQLGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHI
100 110 120 130 140 150
750 760 770 780 790 800
pF1KB9 DDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAPDLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAPDLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQI
160 170 180 190 200 210
810 820 830 840 850 860
pF1KB9 PQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQFEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQFEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVV
220 230 240 250 260 270
870 880 890 900 910 920
pF1KB9 SSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRALSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRALSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGM
280 290 300 310 320 330
930
pF1KB9 VKPLLFHKK
:::::::::
CCDS59 VKPLLFHKK
>>CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX (920 aa)
initn: 1551 init1: 980 opt: 1525 Z-score: 840.1 bits: 166.7 E(32554): 1.8e-40
Smith-Waterman score: 1614; 35.8% identity (60.4% similar) in 950 aa overlap (46-933:42-920)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 GGPPSPEVGSPLLCRPAAGPFPGSQTSDTLPEV-SAIPISLDGLLFPRPCQGQDPSDEKT
::. :: : . . ::. . : :. ....
CCDS14 PRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQ
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 QDQQSLSDVEGAYSRAEATRGAGGSSSSPPEKDSGLLDSVLDTLLAPSGPGQS---QPS-
:.::. .. : . . . .: :: .. . .: : ::: :: : .. .:
CCDS14 QQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYL--VLDEEQQPSQPQSALECHPER
80 90 100 110 120
140 150 160 170 180
pF1KB9 ---P-PACEVTSSWCLFGPELP----EDPPAAPATQRVLSPLMSRSGCKVGDSSGTAAAH
: :. :..: : .:: :: :::.: .:.: . : :: .: .
CCDS14 GCVPEPGAAVAASKGL-PQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFP------GLSSCSADLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KVLPRGLSPARQLLLPASESPHWSGAPVKPSPQAAAVEVEEEDGSESEESAGPLLKGKPR
.: . . . ::: . : :: .: : :..: ..:
CCDS14 DILSE--ASTMQLL---------------QQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPT-SSKDN
190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 ALGGAAAGGGAAAVPPGAAAGGVALVPKEDSRFSAPRVAL-VEQDAPMAPGRSPLATTVM
:::... . : :: . . ..: :: ..::.. .
CCDS14 YLGGTSTISDNA---------------KELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRG----
230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KB9 DFIHVPILPLNHALLAARTRQLLEDES--YDGGAGAASAFAPPRSSPCASSTPVAVGDFP
: ...:.: . :. . : : .. : .:: .. . : .. : :.
CCDS14 DCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESL
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 DCAYPPDAEPKDDAYPLYSDFQPPALKIKEEEEGAEASARSPRSYLVAGANPAAFPDFPL
:. : .. . : : .:.. . ::.: . :.: : :. :
CCDS14 GCS-GSAAAGSSGTLEL-----PSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYY---NFPLALAGPPP
330 340 350 360 370
420 430 440 450
pF1KB9 GPPPPLP--------P---------RATPSRPGEAAV-----TAAPASASVSSASSSGST
:::: : : :. : :. : .:.:.:.: :.:.::.
CCDS14 PPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWH
380 390 400 410 420 430
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 LECILYKAEGAPPQQGPFAPPPCKAPGASGCLLPRDGLPSTSASAAAAGA-APALY--PA
:. :: .: . : : . :..: : . ..... ::: :: : :
CCDS14 T---LFTAE-----EGQLYGP-CGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPP
440 450 460 470 480
520 530 540 550
pF1KB9 LGLNGL------PQLGYQAAVLKEGLPQVYP--------PYLNY-------LRPDSEASQ
:: : :.. : ...... .: : :... .: .. ..
CCDS14 QGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSR-VPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDH
490 500 510 520 530 540
560 570 580 590 600 610
pF1KB9 SPQYSFESLPQKICLICGDEASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAMEGQHNYLCAGRNDCIVDK
.. ::: ::::::::::::::.::::::::::::: ::...::::.:::: .::
CCDS14 VLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDK
550 560 570 580 590 600
620 630 640 650 660 670
pF1KB9 IRRKNCPACRLRKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPVGVPNESQALSQRF
.::::::.:::::: .:::.::.::.::...... . .: . .: .. .:..
CCDS14 FRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSP------TEETTQKL
610 620 630 640 650 660
680 690 700 710 720 730
pF1KB9 TFSPGQDIQLIPPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQLGERQLLSVVKWS
: : . . : ..:.: .::: :. :::::..::. ..::.:::.::::::. ::::.
CCDS14 TVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWA
670 680 690 700 710 720
740 750 760 770 780 790
pF1KB9 KSLPGFRNLHIDDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAPDLILNEQRMKESS
:.::::::::.:::...::::::.::::..::::. .:...::::::::..:: ::..:
CCDS14 KALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSR
730 740 750 760 770 780
800 810 820 830 840 850
pF1KB9 FYSLCLTMWQIPQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQFEEMRSSYIRELI
.:: :. : .. ::: ::.. .::::::.:::.. ::..::..: :.:.: .::.::
CCDS14 MYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELD
790 800 810 820 830 840
860 870 880 890 900 910
pF1KB9 KAIGLRQKGVVSSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRALSVEFPEMMSEVI
. :. ..:. .: :.::::::::::... ....:: . .. .:.:. .::.:::::.:.:
CCDS14 RIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEII
850 860 870 880 890 900
920 930
pF1KB9 AAQLPKILAGMVKPLLFHKK
..:.::::.: :::. :: .
CCDS14 SVQVPKILSGKVKPIYFHTQ
910 920
>>CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX (388 aa)
initn: 1462 init1: 980 opt: 1497 Z-score: 830.1 bits: 163.6 E(32554): 6.5e-40
Smith-Waterman score: 1497; 55.3% identity (84.4% similar) in 371 aa overlap (563-933:24-388)
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 GLPQVYPPYLNYLRPDSEASQSPQYSFESLPQKICLICGDEASGCHYGVLTCGSCKVFFK
::: ::::::::::::::.:::::::::::
CCDS43 MILWLHSLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFK
10 20 30 40 50
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 RAMEGQHNYLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRLRKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALD
:: ::...::::.:::: .::.::::::.:::::: .:::.::.::.::...... . .
CCDS43 RAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGE
60 70 80 90 100 110
660 670 680 690 700 710
pF1KB9 AVALPQPVGVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLIPPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSS
: . .: .. .:..: : . . : ..:.: .::: :. :::::..::. .
CCDS43 ASSTTSP------TEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFA
120 130 140 150 160
720 730 740 750 760 770
pF1KB9 SLLTSLNQLGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHIDDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVS
.::.:::.::::::. ::::.:.::::::::.:::...::::::.::::..::::. .:.
CCDS43 ALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVN
170 180 190 200 210 220
780 790 800 810 820 830
pF1KB9 GQMLYFAPDLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQIPQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPL
..::::::::..:: ::..: .:: :. : .. ::: ::.. .::::::.:::.. ::.
CCDS43 SRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPV
230 240 250 260 270 280
840 850 860 870 880 890
pF1KB9 EGLRSQTQFEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVVSSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCL
.::..: :.:.: .::.:: . :. ..:. .: :.::::::::::... ....:: . .
CCDS43 DGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTF
290 300 310 320 330 340
900 910 920 930
pF1KB9 NTFIQSRALSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGMVKPLLFHKK
. .:.:. .::.:::::.:.:..:.::::.: :::. :: .
CCDS43 DLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ
350 360 370 380
>>CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 (778 aa)
initn: 1243 init1: 840 opt: 1195 Z-score: 662.9 bits: 133.7 E(32554): 1.3e-30
Smith-Waterman score: 1459; 41.5% identity (66.5% similar) in 632 aa overlap (320-933:190-778)
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 APGRSPLATTVMDFIHVPILPLNHALLAARTRQLLEDESYDGGA-GAASAFAPPRSS---
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CCDS42 K
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CCDS47 LTKLLDSMHENVMWLKPESTSHTLI
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