Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9729
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9729, 446 aa
1>>>pF1KB9729 446 - 446 aa - 446 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5704+/-0.000797; mu= 10.4302+/- 0.048
mean_var=198.2568+/-39.552, 0's: 0 Z-trim(114.9): 49 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.091088
statistics sampled from 15384 (15433) to 15384 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.474), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32449.1 IRX6 gene_id:79190|Hs108|chr16 ( 446) 3034 410.8 1.4e-114
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CCDS75225.1 IRX4 gene_id:50805|Hs108|chr5 ( 545) 518 80.2 5.6e-15
CCDS58462.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 ( 482) 503 78.2 2e-14
CCDS10751.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 ( 483) 503 78.2 2e-14
CCDS34132.1 IRX1 gene_id:79192|Hs108|chr5 ( 480) 494 77.0 4.5e-14
>>CCDS32449.1 IRX6 gene_id:79190|Hs108|chr16 (446 aa)
initn: 3034 init1: 3034 opt: 3034 Z-score: 2170.4 bits: 410.8 E(32554): 1.4e-114
Smith-Waterman score: 3034; 100.0% identity (100.0% similar) in 446 aa overlap (1-446:1-446)
10 20 30 40 50 60
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CCDS32 MSFPHFGHPYRGASQFLASASSSTTCCESTQRSVSDVASGSTPAPALCCAPYDSRLLGSA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RPELGAALGIYGAPYAAAAAAQSYPGYLPYSPEPPSLYGALNPQYEFKEAAGSFTSSLAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGAYYPYERTLGQYQYERYGAVELSGAGRRKNATRETTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKI
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKMTWAPKNKGGEERKAEGGEEDSLGCLTADTK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EVTASQEARGLRLSDLEDLEEEEEEEEEAEDEEVVATAGDRLTEFRKGAQSLPGPCAAAR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EGRLERRECGLAAPRFSFNDPSGSEEADFLSAETGSPRLTMHYPCLEKPRIWSLAHTATA
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SAVEGAPPARPRPRSPECRMIPGQPPASARRLSVPRDSACDESSCIPKAFGNPKFALQGL
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB9 PLNCAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PLNCAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
430 440
>>CCDS3867.1 IRX4 gene_id:50805|Hs108|chr5 (519 aa)
initn: 820 init1: 452 opt: 876 Z-score: 636.9 bits: 127.3 E(32554): 3.7e-29
Smith-Waterman score: 973; 44.1% identity (66.4% similar) in 440 aa overlap (1-407:1-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSFPHFGHPYRGASQFLASASSSTTCCESTQRSVSDVASGSTPAPALCCAPYDSRLLGSA
::.:.::.:: .: ::: ...: .::::: :...: . ... . : :.::::..:
CCDS38 MSYPQFGYPYSSAPQFLMATNSLSTCCESGGRTLADSGPAASAQAPVYCPVYESRLLATA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 RPELG--AALGIYGAPYAAAAAAQSYPGYLPYSPEPPSLYGALNPQYEFKEAAGSFTSSL
: ::. ::::.::.::... :.: .:. :. : ..: .:: ... :...:: ..:
CCDS38 RHELNSAAALGVYGGPYGGS---QGYGNYVTYGSEASAFY-SLN-SFDSKDGSGSAHGGL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 AQPGA-YYPYERTLGQYQYERYGAVELSGAGRRKNATRETTSTLKAWLNEHRKNPYPTKG
: .: ::::: .:::: :.:::... ::. :::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS38 APAAAAYYPYEPALGQYPYDRYGTMD-SGT-RRKNATRETTSTLKAWLQEHRKNPYPTKG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 EKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKMTWAPKNKGGEERKA-------EGGEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::: :.:: ..:.. :::::.
CCDS38 EKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKMTWPPRNKCADEKRPYAEGEEEEGGEEE
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240 250 260 270
pF1KB9 SLGCLTADTKEVT-ASQEARGLRLSDLEDLEEEEEEEEEAEDE----------EVVATAG
. ..:.. ...: . :.::::.:.. : : : . : : .:
CCDS38 AREEPLKSSKNAEPVGKEEKELELSDLDDFDPLEAEPPACELKPPFHSLDGGLERVPAAP
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 DRLTEFRKGA--QSLPGPCAAAREGRLER-RECGLAAPRFSFNDPSGSEEADFLSAETGS
: .. .:: .:: . .:: . ::: : : .: :.. . :. :
CCDS38 DGPVKEASGALRMSLAAGGGAALDEDLERARSCLRSAAAGPEPLPGAEGGPQVCEAKLGF
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB9 PRLTMHYPCLEKPRIWSLAHTATASAVEGAPPARPRPRSPEC---RMIPGQP------PA
:::::::::::::.:. : . . . : : :. :. : ::
CCDS38 VPAGASAGLEAKPRIWSLAHTATAAAA--AATSLSQTEFPSCMLKRQGPAAPAAVSSAPA
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pF1KB9 SARRLSVPRDSACDESSCIPKAFGNPKFALQGLPLNCAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
.. ...:...: :. . :
CCDS38 TSPSVALPHSGALDRHQDSPVTSLRNWVDGVFHDPILRHSTLNQAWATAKGALLDPGPLG
420 430 440 450 460 470
>>CCDS10750.1 IRX3 gene_id:79191|Hs108|chr16 (501 aa)
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Smith-Waterman score: 699; 40.9% identity (58.6% similar) in 418 aa overlap (57-429:36-421)
30 40 50 60 70
pF1KB9 CESTQRSVSDVASGSTPAPALCCAPYDSRLLGSARPELGAA-------LGIYGAPYAAAA
::.. ::.:. ..:::::::::
CCDS10 LGYQYIRPLYPSERPGAAGGSGGSAGARGGLGAGASELNASGSLSNVLSSVYGAPYAAAA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 AA---QSYPGYLPYSPEPPSLYGALNPQYEFKEAAG----SFTSSLAQPG-AYYPYERTL
:: :.: ..:::. : : .. :. :::.:.. : . .... .: :.:::
CCDS10 AAAAAQGYGAFLPYAAELP-IFPQLGAQYELKDSPGVQHPAAAAAFPHPHPAFYPY----
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 GQYQYERYGAVELSGAGRRKNATRETTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLT
::::. . .: ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GQYQF--------GDPSRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLT
130 140 150 160 170
200 210 220 230 240
pF1KB9 QVSTWFANARRRLKKENKMTWAPKNKGGEERKAEGGE----------EDSLGCLTADTKE
:::::::::::::::::::::::... :: .: :.: ::. : . .:
CCDS10 QVSTWFANARRRLKKENKMTWAPRSRTDEEGNAYGSEREEEDEEEDEEDGKRELELEEEE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB9 VTASQEARGLR--LSDLEDLEEEEEEEEEAEDEEVVATAGDRLTEFRKGAQSLPGPCAAA
. . .: : . .: :: : . :. . : : .. :: . : : .: :: . .
CCDS10 LGGEEEDTGGEGLADDDEDEEIDLENLDGAATEPELSLAG---AARRDGDLGL-GPISDS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KB9 REGRLERRECGLAA---PRFSFNDPSGSEEADFLSAETGSPRLTMHYPC---------LE
... : :: : .:. :. : : :: ... :: :.
CCDS10 KNSDSEDSSEGLEDRPLPVLSLA-PAPPPVA-VASPSLPSPPVSLD-PCAPAPAPASALQ
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 KPRIWSLAHTATASAVEGAPPARPRPRSPECRMIPGQPPA-----SARRLSVPRDSACDE
::.:::::.:::. : :: ::: :.::. :: .:: : .:
CCDS10 KPKIWSLAETATS-------PDNPR-RSPP--GAGGSPPGAAVAPSALQLS-PAAAAAAA
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pF1KB9 SSCIPKAFGN-PKFALQGLPLNCAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
. .:. : .. . .: . : ::
CCDS10 HRLVSAPLGKFPAWTNRPFP-GPPPGPRLHPLSLLGSAPPHLLGLPGAAGHPAAAAAFAR
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>>CCDS3868.1 IRX2 gene_id:153572|Hs108|chr5 (471 aa)
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Smith-Waterman score: 598; 36.6% identity (55.7% similar) in 404 aa overlap (49-422:20-407)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 SASSSTTCCESTQRSVSDVASGSTPAPALCCAPYDSRLLGSARPELGAALGIYGAPYAAA
: : . :.. : : : :..
CCDS38 MSYPQGYLYQAPGSLALYSCPAYGASALAAPRSE-------ELARSASG
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 AAAQSYPGYLPYSPEPPSLYGA-LNPQYEFKEAAGSFTSSLAQPGAYYPYERTLGQYQYE
.: . ::: .. . . .:. :. . . ::..: : .. : . : : .:.
CCDS38 SAFSPYPGSAAFTAQAATGFGSPLQYSADAAAAAAGFPSYMGAPYDAHTTGMT-GAISYH
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 RYGAV----ELSGAGRRKNATRETTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQV
::.. .:. . ::::::..:.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 PYGSAAYPYQLNDPAYRKNATRDATATLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQV
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 STWFANARRRLKKENKMTWAPKNKGGEERKAEGGEEDSLGCLTADTKEVT-ASQEARGLR
:::::::::::::::::::::.::. .: . :: : ..: : .: : .:.
CCDS38 STWFANARRRLKKENKMTWAPRNKSEDEDEDEGDATRSKDESPDKAQEGTETSAEDEGIS
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300
pF1KB9 LSDLEDLEEEEEEEEEAEDEEVVATAGDRL----TEFRKGAQSLPGPCAAAREGRLERRE
: : .. :.. :.. ::: : .: . ..: .:: ::
CCDS38 LH--VDSLTDHSCSAESDGEKLPCRAGDPLCESGSECKDKYDDLEDDEDDDEEG--ER--
230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KB9 CGLAAPRFSFNDPSGSEEADFLS-----AETG---SPRLTMHYPCLE----KPRIWSLAH
::: :. ..: . :: .:: : : .:. . : ::..::::.
CCDS38 -GLAPPKPVTSSPLTGLEAPLLSPPPEAAPRGGRKTPQGSRTSPGAPPPASKPKLWSLAE
280 290 300 310 320 330
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pF1KB9 TATASAVEGA------PPARPRPRSPECRMIP--GQPPASARRLSVPRDSACDESSCIPK
::.. . . ::. : .: : :.: .. :. : . . .
CCDS38 IATSDLKQPSLGPGCGPPGLPAAAAPASTGAPPGGSPYPASPLLGRPLYYTSPFYGNYTN
340 350 360 370 380 390
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pF1KB9 AFGNPKFALQGLPLNCAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
.:: . :::: :
CCDS38 -YGNLNAALQGQGLLRYNSAAAAPGEALHTAPKAASDAGKAGAHPLESHYRSPGGGYEPK
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>>CCDS75225.1 IRX4 gene_id:50805|Hs108|chr5 (545 aa)
initn: 837 init1: 452 opt: 518 Z-score: 382.4 bits: 80.2 E(32554): 5.6e-15
Smith-Waterman score: 921; 41.8% identity (62.7% similar) in 464 aa overlap (1-407:1-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSFPHFGHPYRGASQFLASASSSTTCCESTQRSVSDVASGSTPAPALCCAPYDSRLLGSA
::.:.::.:: .: ::: ...: .::::: :...: . ... . : :.::::..:
CCDS75 MSYPQFGYPYSSAPQFLMATNSLSTCCESGGRTLADSGPAASAQAPVYCPVYESRLLATA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 RPELG--AALGIYGAPYAAAAAAQSYPGYLPYSPEPPSLYGALNPQYEFKEAAGSFTSSL
: ::. ::::.::.::... :.: .:. :. : ..: .:: ... :...:: ..:
CCDS75 RHELNSAAALGVYGGPYGGS---QGYGNYVTYGSEASAFY-SLN-SFDSKDGSGSAHGGL
70 80 90 100 110
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pF1KB9 AQPGA-YYPYERTLGQYQYERYG----------AVELSGAGR--------------RKNA
: .: ::::: .:::: :.: ...::: :: ::::
CCDS75 APAAAAYYPYEPALGQYPYDRIKRLGGHPHKGIGLDLSGLGRSPGSLYGTMDSGTRRKNA
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pF1KB9 TRETTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKMTWA
::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TRETTSTLKAWLQEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKMTWP
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pF1KB9 PKNKGGEERKA-------EGGEEDSLGCLTADTKEVT-ASQEARGLRLSDLEDLEEEEEE
:.:: ..:.. :::::.. ..:.. ...: . :.::::.:.. : :
CCDS75 PRNKCADEKRPYAEGEEEEGGEEEAREEPLKSSKNAEPVGKEEKELELSDLDDFDPLEAE
240 250 260 270 280 290
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pF1KB9 EEEAEDE----------EVVATAGDRLTEFRKGA--QSLPGPCAAAREGRLER-RECGLA
: . : : .: : .. .:: .:: . .:: . ::: : : .
CCDS75 PPACELKPPFHSLDGGLERVPAAPDGPVKEASGALRMSLAAGGGAALDEDLERARSCLRS
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 APRFSFNDPSGSEEADFLSAETGSPRLTMHYPCLEKPRIWSLAHTATASAVEGAPPARPR
: :.. . :. : :::::::::::::.:. : . .
CCDS75 AAAGPEPLPGAEGGPQVCEAKLGFVPAGASAGLEAKPRIWSLAHTATAAAA--AATSLSQ
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420
pF1KB9 PRSPEC---RMIPGQP------PASARRLSVPRDSACDESSCIPKAFGNPKFALQGLPLN
. : : :. :. : ::.. ...:...: :. . :
CCDS75 TEFPSCMLKRQGPAAPAAVSSAPATSPSVALPHSGALDRHQDSPVTSLRNWVDGVFHDPI
420 430 440 450 460 470
430 440
pF1KB9 CAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
CCDS75 LRHSTLNQAWATAKGALLDPGPLGRSLGAGANVLTAPLARAFPPAVPQDAPAAGAARELL
480 490 500 510 520 530
>>CCDS58462.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 (482 aa)
initn: 561 init1: 433 opt: 503 Z-score: 372.4 bits: 78.2 E(32554): 2e-14
Smith-Waterman score: 587; 36.0% identity (51.6% similar) in 428 aa overlap (49-442:20-394)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 SASSSTTCCESTQRSVSDVASGSTPAPALCCAPYDSRLLGSARP-ELG-AALGIYGAPYA
: :.. .... : ::: .. : .:::
CCDS58 MSYPQGYLYQPSASLALYSCPAYSTSVISGPRTDELGRSSSGSAFSPYA
10 20 30 40
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pF1KB9 AAAA-AQSYPGY---LPYSPEPPSLYGALNPQYEFKEAAGS---FTSSLAQPGAYYPYER
...: . ::: : :. .: . .: :. .:: : ..: .:.::
CCDS58 GSTAFTAPSPGYNSHLQYGADPAAAAAA-----AFSSYVGSPYDHTPGMAGSLGYHPYAA
50 60 70 80 90 100
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pF1KB9 TLGQYQYERYGAVELSGAGRRKNATRETTSTLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMT
::.: : . . ::::::..:.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PLGSYPY--------GDPAYRKNATRDATATLKAWLNEHRKNPYPTKGEKIMLAIITKMT
110 120 130 140 150
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pF1KB9 LTQVSTWFANARRRLKKENKMTWAPKNKGGEERKAEGGEEDSLGCLTADTKEVTASQEAR
:::::::::::::::::::::::.:.:.. .:. ::... : : . : .
CCDS58 LTQVSTWFANARRRLKKENKMTWTPRNRSEDEE-----EEENIDLEKNDEDE-PQKPEDK
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pF1KB9 GLRLSDLEDLEEEEEEEEEAEDEEVVATAGDRLTEFRKGAQSLPGPCAAAREGRLERREC
: . : :: :. .:.. .:: :. : : . :: : .
CCDS58 G------------DPEGPEAGAEQKAASGCERL-------QGPPTPAGKETEGSLSDSD-
220 230 240 250
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pF1KB9 GLAAPRFSFNDPSGSEEADFLSAETGSPRLTMHYPCLEKPRIWSLAHTATASAVEGAPPA
:..: . . : :. : :: : : ::. . :::
CCDS58 --------FKEPPSEGRLDALQ---GPPRTGGPSP--AGPAAARLAEDPAPHYPAGAPAP
260 270 280 290
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pF1KB9 RPRPRSPECRMIPG--------QPPASARRLSVPR-----------DSACD-----ESS-
:.: . : :: :: :. :. :.. : :.:
CCDS58 GPHPAAGEVPPGPGGPSVIHSPPPPPPPAVLAKPKLWSLAEIATSSDKVKDGGGGNEGSP
300 310 320 330 340 350
410 420 430 440
pF1KB9 CIPKAFGNPKFALQGLPLNCAPCPRRSEPVVQCQYPSGAEAG
: : :: : . :: : :: : .:: .:.:
CCDS58 CPPCPGPIAGQALGGSRASPAPAPSRS-PSAQCPFPGGTVLSRPLYYTAPFYPGYTNYGS
360 370 380 390 400 410
CCDS58 FGHLHGHPGPGPGPTTGPGSHFNGLNQTVLNRADALAKDPKMLRSQSQLDLCKDSPYELK
420 430 440 450 460 470
>>CCDS10751.1 IRX5 gene_id:10265|Hs108|chr16 (483 aa)
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...: . ::: : :. .: . .: :. .:: : ..: .:.::
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:::::::::::::::::::::::.:.:.. .:. ::... : : . : .
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: : : : :.. : : . . .:. : ::::. .
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. :: . .:.: : . :: .: ::: : .. . :.: .
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: : . ..: : .... :.. : :.: : : :: :
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. :: : :: : .:: .:.:
CCDS10 SPAPAPSRS-PSAQCPFPGGTVLSRPLYYTAPFYPGYTNYGSFGHLHGHPGPGPGPTTGP
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>>CCDS34132.1 IRX1 gene_id:79192|Hs108|chr5 (480 aa)
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::::..:.: :.:..:. .. . .: .:.... : : : ..: :.:
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. ..::.:.: :::.: .: ..:::. . ::.. .. :::.:. : ..
CCDS34 GAAAVTSVLGMYAAAGPYAGAP---NYSAFLPYAADL-SLFSQMGSQYELKDNPGVHPAT
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.: ::::: ::.:: . :: ::::::.::::::::::::::::::
CCDS34 FAAHTAPAYYPY----GQFQY--------GDPGRPKNATRESTSTLKAWLNEHRKNPYPT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::.::. ..: :. :. :. :
CCDS34 KGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKVTWGARSKDQEDGALFGS--DTEG--
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: ... ..: :. :.. ..:.. .. . ::.: : : . :.. .:
CCDS34 --DPEKAEDDEEI-DLESIDIDKIDEHDGDQSN-EDDEDKAEAPHAPAAPSALARDQGSP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]