Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9698
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9698, 291 aa
1>>>pF1KB9698 291 - 291 aa - 291 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6987+/-0.000946; mu= 15.1180+/- 0.058
mean_var=117.2364+/-26.177, 0's: 0 Z-trim(107.2): 119 B-trim: 433 in 1/49
Lambda= 0.118452
statistics sampled from 9322 (9461) to 9322 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16
Scan time: 2.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2919.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 ( 291) 1927 340.2 1.1e-93
CCDS46873.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 ( 317) 1652 293.2 1.6e-79
CCDS5040.1 POU3F2 gene_id:5454|Hs108|chr6 ( 443) 623 117.5 1.7e-26
CCDS33265.1 POU3F3 gene_id:5455|Hs108|chr2 ( 500) 612 115.7 6.9e-26
CCDS14450.1 POU3F4 gene_id:5456|Hs108|chrX ( 361) 609 115.1 8e-26
CCDS30679.1 POU3F1 gene_id:5453|Hs108|chr1 ( 451) 604 114.3 1.7e-25
CCDS8431.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 ( 436) 515 99.1 6.2e-21
CCDS58190.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 ( 438) 515 99.1 6.2e-21
CCDS34391.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 360) 480 93.0 3.4e-19
CCDS4281.1 POU4F3 gene_id:5459|Hs108|chr5 ( 338) 479 92.8 3.7e-19
CCDS31803.1 POU6F1 gene_id:5463|Hs108|chr12 ( 301) 476 92.2 4.9e-19
CCDS81691.1 POU6F1 gene_id:5463|Hs108|chr12 ( 611) 476 92.6 7.9e-19
CCDS55103.1 POU6F2 gene_id:11281|Hs108|chr7 ( 655) 472 91.9 1.3e-18
CCDS55274.1 POU5F1B gene_id:5462|Hs108|chr8 ( 359) 457 89.1 5.2e-18
CCDS31996.1 POU4F1 gene_id:5457|Hs108|chr13 ( 419) 457 89.1 5.8e-18
CCDS34074.1 POU4F2 gene_id:5458|Hs108|chr4 ( 409) 454 88.6 8.1e-18
CCDS47398.2 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 190) 374 74.6 6.3e-14
CCDS59489.1 POU5F2 gene_id:134187|Hs108|chr5 ( 328) 354 71.4 9.8e-13
CCDS56094.1 POU2F2 gene_id:5452|Hs108|chr19 ( 467) 334 68.2 1.3e-11
CCDS56095.1 POU2F2 gene_id:5452|Hs108|chr19 ( 479) 334 68.2 1.3e-11
>>CCDS2919.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 (291 aa)
initn: 1927 init1: 1927 opt: 1927 Z-score: 1795.5 bits: 340.2 E(32554): 1.1e-93
Smith-Waterman score: 1927; 100.0% identity (100.0% similar) in 291 aa overlap (1-291:1-291)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSNHATNVMSTATGLHYSVPSCHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSNHATNVMSTATGLHYSVPSCHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GNQPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAEDPTAADFKQELRRKSKLVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 GNQPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAEDPTAADFKQELRRKSKLVEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PIDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEFSQTTICRFENLQLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PIDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEFSQTTICRFENLQLSF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANERKRKRRTTISIAAKDALERHFGEQNKPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 KNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANERKRKRRTTISIAAKDALERHFGEQNKPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB9 SQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLNQSLFSISKEHLECR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 SQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLNQSLFSISKEHLECR
250 260 270 280 290
>>CCDS46873.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 (317 aa)
initn: 1637 init1: 1637 opt: 1652 Z-score: 1541.1 bits: 293.2 E(32554): 1.6e-79
Smith-Waterman score: 1865; 91.8% identity (91.8% similar) in 317 aa overlap (1-291:1-317)
10 20 30 40
pF1KB9 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSNHATNVMST-------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSNHATNVMSTVPSILSLIQTPKC
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB9 -------------ATGLHYSVPSCHYGNQPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LCTHFSVTTLGNTATGLHYSVPSCHYGNQPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIH
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 QPLLAEDPTAADFKQELRRKSKLVEEPIDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QPLLAEDPTAADFKQELRRKSKLVEEPIDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVG
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 EALAAVHGSEFSQTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EALAAVHGSEFSQTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANERK
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RKRRTTISIAAKDALERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RKRRTTISIAAKDALERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKT
250 260 270 280 290 300
280 290
pF1KB9 SLNQSLFSISKEHLECR
:::::::::::::::::
CCDS46 SLNQSLFSISKEHLECR
310
>>CCDS5040.1 POU3F2 gene_id:5454|Hs108|chr6 (443 aa)
initn: 602 init1: 326 opt: 623 Z-score: 589.0 bits: 117.5 E(32554): 1.7e-26
Smith-Waterman score: 623; 47.0% identity (67.1% similar) in 249 aa overlap (30-272:172-412)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSNHATNVMSTATGLHYSVPSCH
.:: :: : :.: :: :: ::
CCDS50 QQQQQQQQRPPHLVHHAANHHPGPGAWRSAAAAAHLPPSMGASN-----GGLLYSQPSFT
150 160 170 180 190
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 YGNQPSTYGVMAGSLTPCL---YKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAEDPTAADFKQELRRKSK
... .. : :: : . : :. : : : : ..: : .
CCDS50 VNGMLGAGGQPAGLHHHGLRDAHDEPHHADHHPHPHSH-P--HQQPPPPPPPQGPPGHPG
200 210 220 230 240 250
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 LVEEP-IDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEFSQTTICRFEN
..: : :.: .::.::..:: ::::::.::..:: ::....:. ::::::::::
CCDS50 AHHDPHSDEDTPTSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEA
260 270 280 290 300 310
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYN--EKVGANERKRKRRTTISIAAKDALERHF
::::::: :::: .:.::::::.. .. . .:..:. ::::.::.: ...: ::: ::
CCDS50 LQLSFKNMCKLKPLLNKWLEEADSSSGSPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEVSVKGALESHF
320 330 340 350 360 370
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 GEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLNQSLFSISKEHLECR
. :::.::: .:. :.:::::::::::::::.:::.
CCDS50 LKCPKPSAQEITSLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPPGGTLPGAEDVYGGSRDTP
380 390 400 410 420 430
CCDS50 PHHGVQTPVQ
440
>>CCDS33265.1 POU3F3 gene_id:5455|Hs108|chr2 (500 aa)
initn: 597 init1: 324 opt: 612 Z-score: 578.2 bits: 115.7 E(32554): 6.9e-26
Smith-Waterman score: 612; 50.0% identity (72.1% similar) in 208 aa overlap (68-272:258-464)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 SNHATNVMSTATGLHYSVPSCHYGNQPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPL
:.. :. :: : . : :. : .:
CCDS33 FTVNGMLSAPPGPGGGGGGAGGGAQSLVHPGLVRGD-TPELAEHHHHHHHHAHPHPPHPH
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 LAEDPTAADFKQELRRKSKLVEEP-IDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEA
:. : . ..: : :.: .::.::..:: ::::::.::..:: :
CCDS33 HAQGPPHHGGGGGGAGPGLNSHDPHSDEDTPTSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLA
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 LAAVHGSEFSQTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQ-VGALYN-EKVGANERK
:....:. :::::::::: ::::::: :::: .:.::::::.. .:. . .:..:. ::
CCDS33 LGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEEADSSTGSPTSIDKIAAQGRK
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RKRRTTISIAAKDALERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKT
::.::.: ...: ::: :: . :::.::: .:. :.:::::::::::::::.:::.
CCDS33 RKKRTSIEVSVKGALESHFLKCPKPSAQEITNLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTP
410 420 430 440 450 460
280 290
pF1KB9 SLNQSLFSISKEHLECR
CCDS33 PGIQQQTPDDVYSQVGTVSADTPPPHHGLQTSVQ
470 480 490 500
>>CCDS14450.1 POU3F4 gene_id:5456|Hs108|chrX (361 aa)
initn: 586 init1: 344 opt: 609 Z-score: 577.1 bits: 115.1 E(32554): 8e-26
Smith-Waterman score: 614; 43.9% identity (68.2% similar) in 264 aa overlap (24-278:99-342)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSNHATNVMSTATGLHY
: . ::: : .:: :. ... . .
CCDS14 STLATSPLDQQDVKPGREDLQLGAIIHHRSPHVAHHS-----PHTNHP-NAWGASPAPNP
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90 100
pF1KB9 SVPSC----HYGNQP--STYGVMA-GSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAEDPTAAD
:. : . .:: .. :.. :.::: : . : .: :.: : : ..
CCDS14 SITSSGQPLNVYSQPGFTVSGMLEHGGLTP-----PPAAASA--QSLH-PVLREPPDHGE
130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 FKQELRRKSKLVEEPIDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEFS
. :. .. : ..: :::.::..:: ::::::.::..:: ::....:. ::
CCDS14 LG------SHHCQDHSDEETPTSDELEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFS
180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 QTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQ-VGALYN-EKVGANERKRKRRTTISIA
:::::::: ::::::: :::: .:.::::::.. .:. . .:..:. ::::.::.: ..
CCDS14 QTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEEADSSTGSPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEVS
230 240 250 260 270 280
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 AKDALERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLNQSLFSIS
.: .:: :: . ::..::: .:. :.:::::::::::::::.:::. .:
CCDS14 VKGVLETHFLKCPKPAAQEISSLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPPGDQQPHEVY
290 300 310 320 330 340
290
pF1KB9 KEHLECR
CCDS14 SHTVKTDTSCHDL
350 360
>>CCDS30679.1 POU3F1 gene_id:5453|Hs108|chr1 (451 aa)
initn: 587 init1: 344 opt: 604 Z-score: 571.3 bits: 114.3 E(32554): 1.7e-25
Smith-Waterman score: 604; 51.8% identity (74.1% similar) in 193 aa overlap (82-272:205-397)
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 HYSVPSCHYGNQPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAEDPTAADFKQEL
: : .:: : . .:: ..
CCDS30 MLAAGGGGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGA
180 190 200 210 220 230
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 RRKSKLVEEPIDMDSPEIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEFSQTTIC
.. : : : :.: .::.::..:: ::::::.::..:: ::....:. :::::::
CCDS30 GGGGSSVGEHSDEDAPSSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTIC
240 250 260 270 280 290
180 190 200 210 220
pF1KB9 RFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQV-GALYN-EKVGANERKRKRRTTISIAAKDAL
::: ::::::: :::: .:.:::::... :. : .:..:. ::::.::.: ...: ::
CCDS30 RFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEETDSSSGSPTNLDKIAAQGRKRKKRTSIEVGVKGAL
300 310 320 330 340 350
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 ERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLNQSLFSISKEHLE
: :: . :::..:: .:. :.:::::::::::::::.:::.
CCDS30 ESHFLKCPKPSAHEITGLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPMDDVYAP
360 370 380 390 400 410
290
pF1KB9 CR
CCDS30 GELGPGGGGASPPSAPPPPPPAALHHHHHHTLPGSVQ
420 430 440 450
>>CCDS8431.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 (436 aa)
initn: 536 init1: 298 opt: 515 Z-score: 489.3 bits: 99.1 E(32554): 6.2e-21
Smith-Waterman score: 516; 40.0% identity (64.9% similar) in 265 aa overlap (30-272:81-339)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSN-HATNVMSTATGLHYSVPSC
.:. : ... : . . . : :: .
CCDS84 SDSLQQTLSHRPCHLSQGPAMMSGNQMSGLNASPCQDMASLHPLQQLVLVPGHLQSVSQF
60 70 80 90 100 110
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 HYGN-QPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAED----P--TAADFKQEL
.. ::. : : : : ::.. : . : : :: . : ..... .:
CCDS84 LLSQTQPGQQG-----LQPNLLPFPQQQ-SGLLLPQTGPGLASQAFGHPGLPGSSLEPHL
120 130 140 150 160
120 130 140 150 160
pF1KB9 RRKSKL-VEEPID----MDSP-EIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEF
. ...: : . . : : ...::::::. :: ::::::.:: .:: :.. ..:..:
CCDS84 EASQHLPVPKHLPSSGGADEPSDLEELEKFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDF
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210
pF1KB9 SQTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANE--------RKRKR
::::: ::: :.::::: :::: .: :::..::. . . .. .. ::::.
CCDS84 SQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAESSPSDPSVSTPSSYPSLSEVFGRKRKK
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RTTISIAAKDALERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLN
::.: . .::..: .. ::::.:: .::.:..::::::::::::::.:::.
CCDS84 RTSIETNIRLTLEKRFQDNPKPSSEEISMIAEQLSMEKEVVRVWFCNRRQKEKRINCPVA
290 300 310 320 330 340
280 290
pF1KB9 QSLFSISKEHLECR
CCDS84 TPIKPPVYNSRLVSPSGSLGPLSVPPVHSTMPGTVTSSCSPGNNSRPSSPGSGLHASSPT
350 360 370 380 390 400
>>CCDS58190.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 (438 aa)
initn: 536 init1: 298 opt: 515 Z-score: 489.3 bits: 99.1 E(32554): 6.2e-21
Smith-Waterman score: 516; 40.0% identity (64.9% similar) in 265 aa overlap (30-272:83-341)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSCQAFTSADTFIPLNSDASATLPLIMHHSAAECLPVSN-HATNVMSTATGLHYSVPSC
.:. : ... : . . . : :: .
CCDS58 SDSLQQTLSHRPCHLSQGPAMMSGNQMSGLNASPCQDMASLHPLQQLVLVPGHLQSVSQF
60 70 80 90 100 110
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 HYGN-QPSTYGVMAGSLTPCLYKFPDHTLSHGFPPIHQPLLAED----P--TAADFKQEL
.. ::. : : : : ::.. : . : : :: . : ..... .:
CCDS58 LLSQTQPGQQG-----LQPNLLPFPQQQ-SGLLLPQTGPGLASQAFGHPGLPGSSLEPHL
120 130 140 150 160
120 130 140 150 160
pF1KB9 RRKSKL-VEEPID----MDSP-EIRELEKFANEFKVRRIKLGYTQTNVGEALAAVHGSEF
. ...: : . . : : ...::::::. :: ::::::.:: .:: :.. ..:..:
CCDS58 EASQHLPVPKHLPSSGGADEPSDLEELEKFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDF
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210
pF1KB9 SQTTICRFENLQLSFKNACKLKAILSKWLEEAEQVGALYNEKVGANE--------RKRKR
::::: ::: :.::::: :::: .: :::..::. . . .. .. ::::.
CCDS58 SQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAESSPSDPSVSTPSSYPSLSEVFGRKRKK
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RTTISIAAKDALERHFGEQNKPSSQEIMRMAEELNLEKEVVRVWFCNRRQREKRVKTSLN
::.: . .::..: .. ::::.:: .::.:..::::::::::::::.:::.
CCDS58 RTSIETNIRLTLEKRFQDNPKPSSEEISMIAEQLSMEKEVVRVWFCNRRQKEKRINCPVA
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20 30 40 50 60 70
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:. : :. : :. : . :
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.. : : : .: . : :. ...: ... :: :. . . .:::.::. .
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: .:: :::::..:: .:... :. :::::::::: ::::::: :::. .:.::.:::
CCDS34 KQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADN
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:.. . . .. .. ::::: :.: .. :: : . ::. :.: ..:..:.:::.
CCDS34 NENLQEICKAETLVQARKRKR-TSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKD
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260 270 280 290
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:::::::::::. :: ... :
CCDS34 VVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTA
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.: .: .:.:.: : : .: : .::.
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. . :.. :. : :. :. : . : : . : .:: . :
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. . .: . :..: . :::: ::..:: :::::: ::..:: ::: ..
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]