Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8651
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8651, 486 aa
1>>>pF1KB8651 486 - 486 aa - 486 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1042+/-0.00126; mu= -4.2818+/- 0.075
mean_var=253.2808+/-53.002, 0's: 0 Z-trim(109.2): 87 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.080589
statistics sampled from 10647 (10707) to 10647 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 3.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43023.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 ( 486) 3270 393.7 2.3e-109
CCDS54536.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 ( 445) 2340 285.6 7.7e-77
CCDS4793.1 PACSIN1 gene_id:29993|Hs108|chr6 ( 444) 1690 210.0 4.3e-54
CCDS31481.1 PACSIN3 gene_id:29763|Hs108|chr11 ( 424) 1407 177.1 3.3e-44
>>CCDS43023.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 (486 aa)
initn: 3270 init1: 3270 opt: 3270 Z-score: 2076.8 bits: 393.7 E(32554): 2.3e-109
Smith-Waterman score: 3270; 100.0% identity (100.0% similar) in 486 aa overlap (1-486:1-486)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 FEEWSADLNRTLSRREKKKATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FEEWSADLNRTLSRREKKKATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQSS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 YNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNPFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNPFD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 DDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPAN
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 YVEAIQ
::::::
CCDS43 YVEAIQ
>>CCDS54536.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 (445 aa)
initn: 2382 init1: 2305 opt: 2340 Z-score: 1493.0 bits: 285.6 E(32554): 7.7e-77
Smith-Waterman score: 2914; 91.6% identity (91.6% similar) in 486 aa overlap (1-486:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 FEEWSADLNRTLSRREKKKATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FEEWSADLNRTLSRREKKKATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSS-----------------
310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 YNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNPFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ------------------------VSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNPFD
350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 DDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPAN
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 YVEAIQ
::::::
CCDS54 YVEAIQ
440
>>CCDS4793.1 PACSIN1 gene_id:29993|Hs108|chr6 (444 aa)
initn: 2166 init1: 1616 opt: 1690 Z-score: 1084.6 bits: 210.0 E(32554): 4.3e-54
Smith-Waterman score: 2097; 64.1% identity (83.6% similar) in 487 aa overlap (1-485:1-444)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSVTYDD-SVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQL
:: .::. :.. : ..:::::::::::::::::::::::.:::::..:::.:::::.:::
CCDS47 MSSSYDEASLAPEETTDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEKAYGQQL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TEWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEA
:.::.:::::.:::::::..:.:: :.:.::..::::: ::: .:.:.:.::.:::::.:
CCDS47 TDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVKNWQKDA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FHKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKAD
.:::.::::::::::::::::::::::::.::.::::::.: ::::::::..:: :::..
CCDS47 YHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTREMNSKTE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 PSLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
:..::: ::::::..:::::: ::.::::: :... . :::::::::::::::::::::
CCDS47 QSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RLRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWP
:: :..::::....::.:.. ..: .:..:::.::.::: :::::::.. :::: ::::
CCDS47 RLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPGMPMNWP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 QFEEWSADLNRTLSRREKK-KATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQ
:::::. :: .: ...::. : ..::.:: : :: : . ::
CCDS47 QFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALT--NATG------------------AVESTSQ
310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SSYNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNP
.. : :: ::::.. : : :.::::::.:::.....:: .::
CCDS47 AG--------DRGS------------VSSYDRGQPYATEWSDDESGNPFGGSETNGGANP
350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 FDDDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYP
:.:: ..: :::::::::.:::.:::::::::::::. .:::::::.::::.::.::::
CCDS47 FEDD-SKG--VRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTKLGEEDEQGWCRGRLDSGQLGLYP
390 400 410 420 430
480
pF1KB8 ANYVEAIQ
:::::::
CCDS47 ANYVEAI
440
>>CCDS31481.1 PACSIN3 gene_id:29763|Hs108|chr11 (424 aa)
initn: 1690 init1: 1367 opt: 1407 Z-score: 907.0 bits: 177.1 E(32554): 3.3e-44
Smith-Waterman score: 1629; 51.8% identity (75.5% similar) in 481 aa overlap (6-485:4-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSVTYDDSVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQLT
....: :. . ::::.:::.:::.:..::::::.::..:..:::::::::::::.
CCDS31 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEKAYAQQLA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEAF
.:::.:: :::::::::.:::: ::.. :::.: :::::. .:...: :... ::. ::
CCDS31 DWARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVRAWQRGAF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKADP
:. ..:::.:.. :::::::::::: :.::::::.::..::: :.:: : .::...:::
CCDS31 HRPVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRESHAKADS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEKR
... :::.:::...:.: ... ::: .::..: :: . ::.:::.:::.:: :: :..:
CCDS31 AVSQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETCQAAERQR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWPQ
: ::...:: ...:::::. .. ...::.:.:.::. :::::.:..:::::::::::
CCDS31 LLFFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPGMAMNWPQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB8 FEEWSADLNRTLSRREKK-KATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQS
::::: : .::.::.:: .. : ::::.: : : . : : :..:.. . .:
CCDS31 FEEWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGTAP--P------PQSPGSPGTGQ-
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SYNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNPF
::. :::.:: : .
CCDS31 ------DEE-----------------------------WSDEES--PRK-----------
350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 DDDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPA
:..: ::::::::: ::: :::::.::.:: :: .:::::::.:.:..:..:::::
CCDS31 ---AATG--VRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLKMSEEDEQGWCQGQLQSGRIGLYPA
370 380 390 400 410
480
pF1KB8 NYVEAIQ
:::: .
CCDS31 NYVECVGA
420
486 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 21:48:50 2016 done: Sat Nov 5 21:48:51 2016
Total Scan time: 3.380 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]