Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8468
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8468, 297 aa
1>>>pF1KB8468 297 - 297 aa - 297 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4759+/-0.00137; mu= 3.8750+/- 0.077
mean_var=246.8694+/-57.583, 0's: 0 Z-trim(105.2): 720 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.081628
statistics sampled from 7458 (8292) to 7458 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 2.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 297) 1956 244.1 9.4e-65
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 ( 298) 1327 170.0 1.9e-42
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 ( 305) 1322 169.5 2.9e-42
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7 ( 292) 1099 143.2 2.2e-34
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 1101 143.7 2.7e-34
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 1101 143.7 2.7e-34
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 496) 1058 138.6 8.8e-33
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 502) 1058 138.7 8.8e-33
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 570) 1058 138.7 9.6e-33
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 474) 1050 137.7 1.6e-32
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 504) 1050 137.7 1.7e-32
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 423) 920 122.3 6.2e-28
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 451) 920 122.3 6.5e-28
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 469) 920 122.4 6.6e-28
CCDS7260.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 240) 902 119.9 1.9e-27
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 ( 326) 885 118.0 9.2e-27
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 346) 852 114.2 1.4e-25
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 384) 839 112.7 4.4e-25
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 400) 839 112.7 4.5e-25
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 429) 839 112.8 4.7e-25
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 748) 840 113.2 6e-25
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 782) 840 113.2 6.2e-25
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 795) 840 113.2 6.3e-25
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 770) 835 112.6 9.2e-25
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 779) 835 112.6 9.3e-25
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 780) 835 112.6 9.3e-25
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 783) 835 112.6 9.3e-25
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 340) 825 111.0 1.3e-24
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9 ( 346) 811 109.4 4e-24
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 360) 803 108.4 7.9e-24
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 ( 303) 793 107.2 1.6e-23
CCDS8899.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 ( 264) 767 104.0 1.2e-22
CCDS9699.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 ( 358) 768 104.3 1.4e-22
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 583) 756 103.2 4.9e-22
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 623) 756 103.2 5.1e-22
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 648) 756 103.2 5.3e-22
CCDS3570.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4 ( 493) 746 101.9 1e-21
CCDS82933.1 CDKL2 gene_id:8999|Hs108|chr4 ( 570) 746 102.0 1.1e-21
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6 ( 632) 742 101.6 1.6e-21
CCDS33184.1 CDKL4 gene_id:344387|Hs108|chr2 ( 315) 725 99.2 4.2e-21
CCDS73637.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 ( 276) 700 96.2 3e-20
CCDS83458.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX ( 960) 704 97.3 4.7e-20
CCDS14186.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX (1030) 704 97.4 4.9e-20
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 272) 667 92.3 4.4e-19
CCDS47265.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5 ( 455) 664 92.2 7.7e-19
CCDS47264.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5 ( 592) 664 92.3 9.1e-19
CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs108|chr17 ( 816) 641 89.8 7.2e-18
CCDS14089.1 MAPK12 gene_id:6300|Hs108|chr22 ( 367) 630 88.1 1.1e-17
CCDS42149.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16 ( 357) 628 87.8 1.3e-17
CCDS10672.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16 ( 379) 628 87.9 1.3e-17
>>CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 (297 aa)
initn: 1956 init1: 1956 opt: 1956 Z-score: 1276.0 bits: 244.1 E(32554): 9.4e-65
Smith-Waterman score: 1956; 99.7% identity (99.7% similar) in 297 aa overlap (1-297:1-297)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 YSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB8 FPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
:::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
250 260 270 280 290
>>CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 (298 aa)
initn: 1327 init1: 899 opt: 1327 Z-score: 875.7 bits: 170.0 E(32554): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 1327; 65.8% identity (85.2% similar) in 298 aa overlap (1-297:1-296)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
::.. :.:::::::::::::.:.: ::.:::.:::::..: ::::::::::::::::: :
CCDS88 MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLD-SIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFC
::::.: ::. ...:::.:::: .::::..: : : . :.::::.:.:::..::
CCDS88 PNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTG--IPLPLIKSYLFQLLQGLAFC
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 HSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSA
::.::::::::::::::. .:.:::::::::::::.:.:.:::::::::::.::.:::
CCDS88 HSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 RYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKN
::: :::::.: ::::..:.. :: :::::::::::::.::::.. ::: : :. :::
CCDS88 YYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
.:::: .... : :::.: .:::.:: ::: ::::.: :: ::.:.:. . . ..
CCDS88 SFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
240 250 260 270 280 290
>>CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 (305 aa)
initn: 1312 init1: 900 opt: 1322 Z-score: 872.4 bits: 169.5 E(32554): 2.9e-42
Smith-Waterman score: 1322; 67.0% identity (86.1% similar) in 288 aa overlap (1-288:1-287)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
:. . :.:::::::::::::.... :::.::.:::::. : :::::::::::::::::.:
CCDS11 MDMFQKVEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEMEGVPSTAIREISLLKELKH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
:::: : ::. .. .:::.:::::.:::::.:: : :. . :.::::.:.:::. :::
CCDS11 PNIVRLLDVVHNERKLYLVFEFLSQDLKKYMDSTP-GSELPLHLIKSYLFQLLQGVSFCH
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
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CCDS11 SHRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLWYRAPEILLGSKF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 YSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKNT
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CCDS11 YTTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTWPGVTQLPDYKGS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 FPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
:::: .: : ::. .: ::: ..: :::..::..: :: ::::.
CCDS11 FPKWTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFSSPEPSPAARQYV
240 250 260 270 280 290
CCDS11 LQRFRH
300
>>CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7 (292 aa)
initn: 1095 init1: 483 opt: 1099 Z-score: 730.6 bits: 143.2 E(32554): 2.2e-34
Smith-Waterman score: 1099; 57.3% identity (82.3% similar) in 293 aa overlap (1-290:1-289)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRH
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CCDS47 MQKYEKLEKIGEGTYGTVFKAKNRETHEIVALKRVRLDDDDEGVPSSALREICLLKELKH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCH
::: :.::: .:..: :.::: ..:::::.:: :. .: .:::.:.:.:.:. :::
CCDS47 KNIVRLHDVLHSDKKLTLVFEFCDQDLKKYFDSCN-GD-LDPEIVKSFLFQLLKGLGFCH
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSAR
:: :::::::::::::. .: .::::::::::::::.: :. :::::::: :.::.:.
CCDS47 SRNVLHRDLKPQNLLINRNGELKLADFGLARAFGIPVRCYSAEVVTLWYRPPDVLFGAKL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 YSTPVDIWSIGTIFAELATK-KPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKN
::: .:.:: : ::::::. .::: :.. ::: :::: ::::..: :: . .: :::
CCDS47 YSTSIDMWSAGCIFAELANAGRPLFPGNDVDDQLKRIFRLLGTPTEEQWPSMTKLPDYK-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TFPKWKPG--SLASHVKNLDENGLDLLSKMLTYDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
.: . :. ::.. : .:. .: :::...: .:..:::.. ::.::::.:.
CCDS47 PYPMY-PATTSLVNVVPKLNATGRDLLQNLLKCNPVQRISAEEALQHPYFSDFCPP
240 250 260 270 280 290
>>CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 (523 aa)
initn: 1103 init1: 593 opt: 1101 Z-score: 729.1 bits: 143.7 E(32554): 2.7e-34
Smith-Waterman score: 1101; 54.4% identity (81.5% similar) in 298 aa overlap (1-297:189-483)
10 20 30
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVV
:: : :.::.:::::..::::: : : ..:
CCDS90 EKLQINSPPFDQPMSRRSRRASLSEIGFGKMETYIKLEKLGEGTYATVYKGRSKLTENLV
160 170 180 190 200 210
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 AMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRHPNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKY
:.:.:::: .:::.: :::::.::::.:.: :::.:.:.. :. : :.::.:. :::.:
CCDS90 ALKEIRLE-HEEGAPCTAIREVSLLKDLKHANIVTLHDIVHTDKSLTLVFEYLDKDLKQY
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLA
.:. :. :. :: .:::::.:...:: :.:::::::::::::..:: .::::::::
CCDS90 MDDC--GNIMSMHNVKLFLYQILRGLAYCHRRKVLHRDLKPQNLLINEKGELKLADFGLA
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 RAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEI
:: ..: ..:..:::::::: :.:::::..::: .:.:..: :: :.:. .::: :..
CCDS90 RAKSVPTKTYSNEVVTLWYRPPDVLLGSSEYSTQIDMWGVGCIFFEMASGRPLFPGSTVE
340 350 360 370 380 390
220 230 240 250 260
pF1KB8 DQLFRIFRALGTPNNEVWPEVESLQDYKN-TFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLT
:.: ::: ::::..:.:: . : ...:: .:::.:: : .:. :: .:..:..:.:
CCDS90 DELHLIFRLLGTPSQETWPGISSNEEFKNYNFPKYKPQPLINHAPRLDSEGIELITKFLQ
400 410 420 430 440 450
270 280 290
pF1KB8 YDPAKRISGKMALNHPYFNDLDNQIKKM
:. ::.:.. :..: :: .: .:. .
CCDS90 YESKKRVSAEEAMKHVYFRSLGPRIHALPESVSIFSLKEIQLQKDPGFRNSSYPETGHGK
460 470 480 490 500 510
>>CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 (523 aa)
initn: 1103 init1: 593 opt: 1101 Z-score: 729.1 bits: 143.7 E(32554): 2.7e-34
Smith-Waterman score: 1101; 54.4% identity (81.5% similar) in 298 aa overlap (1-297:189-483)
10 20 30
pF1KB8 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVV
:: : :.::.:::::..::::: : : ..:
CCDS53 EKLQINSPPFDQPMSRRSRRASLSEIGFGKMETYIKLEKLGEGTYATVYKGRSKLTENLV
160 170 180 190 200 210
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 AMKKIRLESEEEGVPSTAIREISLLKELRHPNIVSLQDVLMQDSRLYLIFEFLSMDLKKY
:.:.:::: .:::.: :::::.::::.:.: :::.:.:.. :. : :.::.:. :::.:
CCDS53 ALKEIRLE-HEEGAPCTAIREVSLLKDLKHANIVTLHDIVHTDKSLTLVFEYLDKDLKQY
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LDSIPPGQYMDSSLVKSYLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLA
.:. :. :. :: .:::::.:...:: :.:::::::::::::..:: .::::::::
CCDS53 MDDC--GNIMSMHNVKLFLYQILRGLAYCHRRKVLHRDLKPQNLLINEKGELKLADFGLA
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 RAFGIPIRVYTHEVVTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEI
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CCDS53 RAKSVPTKTYSNEVVTLWYRPPDVLLGSSEYSTQIDMWGVGCIFFEMASGRPLFPGSTVE
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CCDS48 FEGRNRISAEDAMKHPFFLSLGERIHKLPDTTSIFALKEIQLQKEASLRSSSMPDSGRPA
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CCDS55 RAKSIPTKTYSNEVVTLWYRPPDILLGSTDYSTQIDMWGVGCIFYEMATGRPLFPGSTVE
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