FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8450, 638 aa
1>>>pF1KB8450 638 - 638 aa - 638 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4643+/-0.00139; mu= -10.7780+/- 0.080
mean_var=468.8443+/-108.091, 0's: 0 Z-trim(109.7): 419 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.059232
statistics sampled from 10609 (11080) to 10609 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16
Scan time: 3.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13891.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 638) 4372 389.2 9e-108
CCDS13892.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 617) 4080 364.3 2.9e-100
CCDS33637.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 686) 3772 338.0 2.6e-92
CCDS56491.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 ( 613) 1503 144.0 5.6e-34
CCDS5563.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 ( 647) 1503 144.1 5.8e-34
>>CCDS13891.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 (638 aa)
initn: 4372 init1: 4372 opt: 4372 Z-score: 2048.3 bits: 389.2 E(32554): 9e-108
Smith-Waterman score: 4372; 100.0% identity (100.0% similar) in 638 aa overlap (1-638:1-638)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSALAGEDVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MSALAGEDVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PKDYWGKFGEFCHGCSLLMTGPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CGKCHNEVVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVESACSNYATTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QVKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SQRLDQLRLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPK
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EPLLFSRDISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ELIRCDEETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 DPFPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPFPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEER
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 KRAPMEKATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KRAPMEKATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEII
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 GQVYADPDCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQVYADPDCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDS
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KB8 FEALSLYLGELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FEALSLYLGELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP
610 620 630
>>CCDS13892.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 (617 aa)
initn: 4080 init1: 4080 opt: 4080 Z-score: 1913.6 bits: 364.3 E(32554): 2.9e-100
Smith-Waterman score: 4080; 100.0% identity (100.0% similar) in 601 aa overlap (38-638:17-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 DVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYCPKDYWGK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGSYLSVPAYFTSRDLFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYCPKDYWGK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FGEFCHGCSLLMTGPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLYCGKCHNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FGEFCHGCSLLMTGPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLYCGKCHNE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVESACSNYATTVQVKEVNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVESACSNYATTVQVKEVNR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPKEPLLFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPKEPLLFSR
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 DISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMKELIRCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMKELIRCDE
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSMDPFPWQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSMDPFPWQQ
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 KVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEERKRAPMEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEERKRAPMEK
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 ATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEIIGQVYADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEIIGQVYADP
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 DCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDSFEALSLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDSFEALSLY
530 540 550 560 570 580
610 620 630
pF1KB8 LGELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LGELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP
590 600 610
>>CCDS33637.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 (686 aa)
initn: 3772 init1: 3772 opt: 3772 Z-score: 1770.8 bits: 338.0 E(32554): 2.6e-92
Smith-Waterman score: 3772; 100.0% identity (100.0% similar) in 554 aa overlap (38-591:17-570)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 DVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYCPKDYWGK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MGSYLSVPAYFTSRDLFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYCPKDYWGK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FGEFCHGCSLLMTGPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLYCGKCHNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FGEFCHGCSLLMTGPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLYCGKCHNE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVESACSNYATTVQVKEVNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVESACSNYATTVQVKEVNR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPKEPLLFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPKEPLLFSR
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 DISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMKELIRCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMKELIRCDE
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSMDPFPWQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSMDPFPWQQ
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 KVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEERKRAPMEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEERKRAPMEK
410 420 430 440 450 460
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pF1KB8 ATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEIIGQVYADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEIIGQVYADP
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 DCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDSFEALSLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRAPPGAAGEGPGCADDE
530 540 550 560 570 580
610 620 630
pF1KB8 LGELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP
CCDS33 GPVRRQGKVTIKYDPKELRKHLNLEEWILEQLTRLYDCQEEEISELEIDVDELLDMESDD
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>>CCDS56491.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 (613 aa)
initn: 2128 init1: 578 opt: 1503 Z-score: 723.5 bits: 144.0 E(32554): 5.6e-34
Smith-Waterman score: 2217; 56.2% identity (79.0% similar) in 594 aa overlap (39-623:17-591)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 VWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSLTNWYYEKDGKLYCPKDYWGKF
.: .:. ::.. ::::::.:.: ::::...
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10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 GEFCHGCSLLMT-GPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLYCGKCHNE
:: ::::: .: : :::::.::::::: :..: ..: :::.:.::.:. ::::.:. .
CCDS56 GESCHGCSEQITKGLVMVAGELKYHPECFICLTCGTFIGDGDTYTLVEHSKLYCGHCYYQ
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVES-----AC-SNYATTVQ
.:..:..:.. .: .::..:::.:.::...:.::.:::.. .: .... ::.
CCDS56 TVVTPVIEQILPDSPGSHLPHTVTLVSIPASSHGKRGLSVSIDPPHGPPGCGTEHSHTVR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPVS
:. :. .::. .:.:: :::::::::::.:.. ..:.. :..::. ::: .::::
CCDS56 VQGVDPGCMSPDVKNSIHVGDRILEINGTPIRNVPLDEIDLLIQETSRLLQLTLEHDP--
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 QRLDQLRLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPKE
. : :.:. . . : . .. .. :.. . :: ::..::: .:
CCDS56 ----HDTLGHGLGPETSPLSSPAYTPSGEAG----SSARQKPVLRSCSIDRSPGAGSLGS
230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 PLLFSRDISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMKE
: .:..:::::: ..:::: ::::::::::: :::::::::. ::.::::::
CCDS56 PASQRKDLGRSESLRVVCR-PHRIFRPSDLIHGEVLGKGCFGQAIKVTHRETGEVMVMKE
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LIRCDEETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSMD
::: :::::.::: :::::: :.:::::::::::::::.::..::::.::::. ...:::
CCDS56 LIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKRLNFITEYIKGGTLRGIIKSMD
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 P-FPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEER
.::.:.: ::: ::::::::::: ::::::::::::.. .:.::::::::.::.:.:
CCDS56 SQYPWSQRVSFAKDIASGMAYLHSMNIIHRDLNSHNCLVRENKNVVVADFGLARLMVDE-
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KRAPMEKATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEII
: : :.:.: :::::::::::::::::::.::.:::: ::.:::::::::::
CCDS56 KTQP-----EGLRSLKKPDRKKRYTVVGNPYWMAPEMINGRSYDEKVDVFSFGIVLCEII
460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 GQVYADPDCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDS
:.: :::: ::::.::::::. : ... : .:::.:::... :: :.::.::.: :::
CCDS56 GRVNADPDYLPRTMDFGLNVRGFLDRYCPPNCPPSFFPITVRCCDLDPEKRPSFVKLEHW
510 520 530 540 550 560
610 620 630
pF1KB8 FEALSLYL-GELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP
.:.: ..: :.: :: .::.::
CCDS56 LETLRMHLAGHL--PLGPQLEQLDRGFWETYRRGESGLPAHPEVPD
570 580 590 600 610
>>CCDS5563.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 (647 aa)
initn: 2186 init1: 578 opt: 1503 Z-score: 723.2 bits: 144.1 E(32554): 5.8e-34
Smith-Waterman score: 2308; 55.2% identity (78.5% similar) in 627 aa overlap (6-623:19-625)
10 20 30 40
pF1KB8 MSALAGEDVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSL
: .. : .::..: .: . ...: ::..:::: .:. ::
CCDS55 MRLTLLCCTWREERMGEEGSELPVCASCGQRIYDGQ-YLQALNADWHADCFRCCDCSASL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 TNWYYEKDGKLYCPKDYWGKFGEFCHGCSLLMT-GPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIE
.. ::::::.:.: ::::...:: ::::: .: : :::::.::::::: :..: ..:
CCDS55 SHQYYEKDGQLFCKKDYWARYGESCHGCSEQITKGLVMVAGELKYHPECFICLTCGTFIG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 DGDAYALVQHATLYCGKCHNEVVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFS
:::.:.::.:. ::::.:. ..:..:..:.. .: .::..:::.:.::...:.::.:
CCDS55 DGDTYTLVEHSKLYCGHCYYQTVVTPVIEQILPDSPGSHLPHTVTLVSIPASSHGKRGLS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 VSVES-----AC-SNYATTVQVKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEV
::.. .: .... ::.:. :. .::. .:.:: :::::::::::.:.. ..:.
CCDS55 VSIDPPHGPPGCGTEHSHTVRVQGVDPGCMSPDVKNSIHVGDRILEINGTPIRNVPLDEI
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 EDAISQTSQTLQLLIEHDPVSQRLDQLRLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLR
. :..::. ::: .:::: . : :.:. . . : . .. .. :
CCDS55 DLLIQETSRLLQLTLEHDP------HDTLGHGLGPETSPLSSPAYTPSGEAG----SSAR
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 RRSLRRSNSISKSPGPSSPKEPLLFSRDISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKG
.. . :: ::..::: .: : .:..:::::: ..:::: :::::::::::
CCDS55 QKPVLRSCSIDRSPGAGSLGSPASQRKDLGRSESLRVVCR-PHRIFRPSDLIHGEVLGKG
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 FFGQAIKVTHKATGKVMVMKELIRCDEETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKK
:::::::::. ::.::::::::: :::::.::: :::::: :.:::::::::::::::.
CCDS55 CFGQAIKVTHRETGEVMVMKELIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKR
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KB8 LNLLTEYIEGGTLKDFLRSMDP-FPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLI
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