FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8433, 283 aa
1>>>pF1KB8433 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2148+/-0.00127; mu= -10.7994+/- 0.071
mean_var=332.6817+/-79.050, 0's: 0 Z-trim(108.3): 491 B-trim: 340 in 2/49
Lambda= 0.070317
statistics sampled from 9478 (10145) to 9478 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.312), width: 16
Scan time: 2.480
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 633 78.5 1.1e-14
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 297) 617 76.7 2.3e-14
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CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 504) 619 77.1 2.9e-14
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CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 ( 372) 604 75.4 6.7e-14
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CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 423) 595 74.6 1.4e-13
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CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 469) 595 74.6 1.5e-13
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 ( 303) 584 73.3 2.4e-13
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CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 429) 583 73.4 3.3e-13
CCDS83002.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 253) 559 70.7 1.2e-12
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 ( 326) 551 70.0 2.5e-12
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481) 562 71.7 3.5e-12
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490) 562 71.7 3.5e-12
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1452) 551 70.6 7.4e-12
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512) 551 70.6 7.6e-12
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6 ( 632) 532 68.3 1.6e-11
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 583) 515 66.6 4.8e-11
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 623) 515 66.6 5.1e-11
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 648) 515 66.6 5.2e-11
>>CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 (360 aa)
initn: 1901 init1: 1561 opt: 1893 Z-score: 1069.9 bits: 206.2 E(32554): 2.8e-53
Smith-Waterman score: 1893; 97.9% identity (97.9% similar) in 289 aa overlap (1-283:72-360)
10 20 30
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LNRIGEGTYGIVYRARDTQTDEIVALKKVRMDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260
pF1KB8 YNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFM------ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHH
:::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFMYDPKKRATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHH
290 300 310 320 330 340
270 280
pF1KB8 RNKRAAPATSEGQSKRCKP
:::::::::::::::::::
CCDS10 RNKRAAPATSEGQSKRCKP
350 360
>>CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 (272 aa)
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Smith-Waterman score: 1653; 97.7% identity (97.7% similar) in 257 aa overlap (1-251:1-257)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVELKEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVELKEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIHRDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KB8 VQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQPYNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFM------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQPYNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFMYDPKKR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KB8 ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHHRNKRAAPATSEGQSKRCKP
:::::::::::::::::
CCDS32 ATAGDCLESSYFKEKPLRLPISGVCEGCREPG
250 260 270
>>CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 (748 aa)
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Smith-Waterman score: 992; 51.0% identity (79.9% similar) in 288 aa overlap (1-276:424-711)
10 20 30
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
:.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
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40 50 60 70 80 90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
.:.:::.....:..::.: :.:: ::.:.: :: ..:: ...:.:::...:: :.:.:
CCDS72 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
460 470 480 490 500 510
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
::::.::::.. : .:..:::::: :: :.: .:: ::::::::::::::. .:..:
CCDS72 RDLKTSNLLLSHAGILKVGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTLWYRAPELLLGAKEYSTAVD
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160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
::.::::..:::...::.:: ::: ::. . . ::::::.::::.:.:: : .... ..:
CCDS72 MWSVGCIFGELLTQKPLFPGKSEIDQINKVFKDLGTPSEKIWPGYSELPAVKKMTFSEHP
580 590 600 610 620 630
220 230 240 250 260
pF1KB8 YNNLKHKF-PWLSEAGLRLLH-FLFM-----ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFP-
::::...: ::. :. :.. :: . .: : :. ::.: ::: .: ..::.:
CCDS72 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
640 650 660 670 680 690
270 280
pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP
..: ::. .: ::
CCDS72 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
700 710 720 730 740
>>CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 (782 aa)
initn: 956 init1: 883 opt: 984 Z-score: 567.2 bits: 114.3 E(32554): 2.8e-25
Smith-Waterman score: 992; 51.0% identity (79.9% similar) in 288 aa overlap (1-276:458-745)
10 20 30
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
:.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
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430 440 450 460 470 480
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
.:.:::.....:..::.: :.:: ::.:.: :: ..:: ...:.:::...:: :.:.:
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490 500 510 520 530 540
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
::::.::::.. : .:..:::::: :: :.: .:: ::::::::::::::. .:..:
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550 560 570 580 590 600
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
::.::::..:::...::.:: ::: ::. . . ::::::.::::.:.:: : .... ..:
CCDS72 MWSVGCIFGELLTQKPLFPGKSEIDQINKVFKDLGTPSEKIWPGYSELPAVKKMTFSEHP
610 620 630 640 650 660
220 230 240 250 260
pF1KB8 YNNLKHKF-PWLSEAGLRLLH-FLFM-----ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFP-
::::...: ::. :. :.. :: . .: : :. ::.: ::: .: ..::.:
CCDS72 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
670 680 690 700 710 720
270 280
pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP
..: ::. .: ::
CCDS72 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
730 740 750 760 770 780
>>CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 (795 aa)
initn: 956 init1: 883 opt: 984 Z-score: 567.1 bits: 114.3 E(32554): 2.9e-25
Smith-Waterman score: 992; 51.0% identity (79.9% similar) in 288 aa overlap (1-276:471-758)
10 20 30
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
:.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
CCDS72 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
450 460 470 480 490 500
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
.:.:::.....:..::.: :.:: ::.:.: :: ..:: ...:.:::...:: :.:.:
CCDS72 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
510 520 530 540 550 560
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
::::.::::.. : .:..:::::: :: :.: .:: ::::::::::::::. .:..:
CCDS72 RDLKTSNLLLSHAGILKVGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTLWYRAPELLLGAKEYSTAVD
570 580 590 600 610 620
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
::.::::..:::...::.:: ::: ::. . . ::::::.::::.:.:: : .... ..:
CCDS72 MWSVGCIFGELLTQKPLFPGKSEIDQINKVFKDLGTPSEKIWPGYSELPAVKKMTFSEHP
630 640 650 660 670 680
220 230 240 250 260
pF1KB8 YNNLKHKF-PWLSEAGLRLLH-FLFM-----ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFP-
::::...: ::. :. :.. :: . .: : :. ::.: ::: .: ..::.:
CCDS72 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
690 700 710 720 730 740
270 280
pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP
..: ::. .: ::
CCDS72 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
750 760 770 780 790
>>CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 (770 aa)
initn: 981 init1: 881 opt: 982 Z-score: 566.2 bits: 114.1 E(32554): 3.2e-25
Smith-Waterman score: 990; 50.7% identity (80.2% similar) in 288 aa overlap (1-276:446-733)
10 20 30
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
:.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
CCDS44 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
.:.:::.....:..::.: :.:: ::.:.: :: ..:: ...:.:::...:: :.:.:
CCDS44 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
480 490 500 510 520 530
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
::::.::::.. : .:..:::::: :: :.: .:: ::: ::::::::::. .:..:
CCDS44 RDLKTSNLLLSHAGILKVGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTQWYRAPELLLGAKEYSTAVD
540 550 560 570 580 590
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
::.::::..:::...::.::.::: ::. . . ::::::.::::.:.::.: .... ..:
CCDS44 MWSVGCIFGELLTQKPLFPGNSEIDQINKVFKELGTPSEKIWPGYSELPVVKKMTFSEHP
600 610 620 630 640 650
220 230 240 250 260
pF1KB8 YNNLKHKF-PWLSEAGLRLLH-FLFM-----ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFP-
::::...: ::. :. :.. :: . .: : :. ::.: ::: .: ..::.:
CCDS44 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
660 670 680 690 700 710
270 280
pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP
..: ::. .: ::
CCDS44 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
720 730 740 750 760 770
>>CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 (779 aa)
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>>CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 (780 aa)
initn: 954 init1: 881 opt: 982 Z-score: 566.1 bits: 114.1 E(32554): 3.3e-25
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10 20 30
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
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CCDS44 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
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>>CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 (783 aa)
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CCDS81 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
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40 50 60 70 80 90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
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CCDS81 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
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pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
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CCDS81 RDLKTSNLLLSHAGILKVGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTQWYRAPELLLGAKEYSTAVD
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160 170 180 190 200 210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
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CCDS81 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
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pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP
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CCDS81 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
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>>CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 (305 aa)
initn: 656 init1: 519 opt: 677 Z-score: 404.1 bits: 82.8 E(32554): 3.4e-16
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pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
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CCDS11 VEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEMEGVPSTAIREISLLKELKHPNIVRL
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pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMP-TPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFII
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CCDS11 LDVV--HNERKLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLHLIKSYLFQLLQGVSFCHSHRVI
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CCDS11 HRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLWYRAPEILLGSKFYTTAV
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CCDS11 DIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTWPGVTQLPDY-KGSFPKW
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CCDS11 TRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFSSPEPSPAARQYVLQRF
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pF1KB8 APATSEGQSKRCKP
CCDS11 RH
283 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Fri Nov 4 12:52:45 2016 done: Fri Nov 4 12:52:46 2016
Total Scan time: 2.480 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]