FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8417, 785 aa
1>>>pF1KB8417 785 - 785 aa - 785 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6343+/-0.000932; mu= 13.2652+/- 0.056
mean_var=82.3551+/-17.020, 0's: 0 Z-trim(106.3): 15 B-trim: 3 in 1/48
Lambda= 0.141328
statistics sampled from 8906 (8913) to 8906 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 3.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47621.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 ( 751) 4879 1005.0 0
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CCDS47623.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 ( 356) 2176 453.8 2.2e-127
CCDS47624.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 ( 352) 2134 445.3 8.3e-125
CCDS861.1 PHTF1 gene_id:10745|Hs108|chr1 ( 762) 1779 372.9 1.1e-102
CCDS81359.1 PHTF1 gene_id:10745|Hs108|chr1 ( 637) 1101 234.7 3.7e-61
>>CCDS47621.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 (751 aa)
initn: 4952 init1: 4874 opt: 4879 Z-score: 5373.4 bits: 1005.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4888; 95.4% identity (95.4% similar) in 785 aa overlap (1-785:1-751)
10 20 30 40 50 60
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:: :::::::::::: :::::::::::
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70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SVEQREIKFIKLGLRNKPKKTAHVKPDLIDVDLVRGSAFAKAKPESPWTSLTRKGIVRVV
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130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVHCQIVSTRTPKPPLSTGGKRRRKLRKAAHLEVHREGDGSSTTDNTQEGAVQNHGTSTS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FGSNEDVIVLSMVIISFVVRVSLVWIFFFLLCVAERTYKQRLLFAKLFGHLTSARRARKS
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 EVPHFRLKKVQNIKMWLSLRSYLKRRGPQRSVDVIVSSAFLLTISVVFICCAQLLHVHEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EVPHFRLKKVQNIKMWLSLRSYLKRRGPQRSVDVIVSSAFLLTISVVFICCAQLLHVHEI
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FLDCHYNWELVIWCISLTLFLLRFVTLGSETSKKYSNTSILLTEQINLYLKMEKKPNKKE
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 ELTLVNNVLKLATKLLKELDSPFRLYGLTMNPLLYNITQVVILSAVSGVISDLLGFNLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ELTLVNNVLKLATKLLKELDSPFRLYGLTMNPLLYNITQVVILSAVSGVISDLLGFNLKL
690 700 710 720 730 740
pF1KB8 WKIKS
:::::
CCDS47 WKIKS
750
>>CCDS47622.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 (747 aa)
initn: 4801 init1: 4723 opt: 4837 Z-score: 5327.2 bits: 996.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4846; 94.9% identity (94.9% similar) in 785 aa overlap (1-785:1-747)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAPKVTDAIVWYQKKEFLSVATTAPGPQQVLPGYCQCSLKDQGLFIQCLIGAYDQQIWEK
:: :::::::::::: :::::::::::
CCDS47 MASKVTDAIVWYQKK----------------------------------IGAYDQQIWEK
10 20
70 80 90 100 110 120
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:::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HSVGTVFRDLWHAAFFLSGSKKAKNSIDKSTETDNGYVSLDGKKTVKSGEDGIQNHEPQC
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ETIRPEETAWNTGTLRNGPSKDTQRTITNVSDEVSSEEGPETGYSLRRHVDRTSEGVLRN
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RKSHHYKKHYPNEDAPKSGTSCSSRCSSSRQDSESARPESETEDVLWEDLLHCAECHSSC
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EVPHFRLKKVQNIKMWLSLRSYLKRRGPQRSVDVIVSSAFLLTISVVFICCAQLLHVHEI
570 580 590 600 610 620
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pF1KB8 FLDCHYNWELVIWCISLTLFLLRFVTLGSETSKKYSNTSILLTEQINLYLKMEKKPNKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FLDCHYNWELVIWCISLTLFLLRFVTLGSETSKKYSNTSILLTEQINLYLKMEKKPNKKE
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 ELTLVNNVLKLATKLLKELDSPFRLYGLTMNPLLYNITQVVILSAVSGVISDLLGFNLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ELTLVNNVLKLATKLLKELDSPFRLYGLTMNPLLYNITQVVILSAVSGVISDLLGFNLKL
690 700 710 720 730 740
pF1KB8 WKIKS
:::::
CCDS47 WKIKS
>>CCDS47623.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 (356 aa)
initn: 2249 init1: 2171 opt: 2176 Z-score: 2400.3 bits: 453.8 E(32554): 2.2e-127
Smith-Waterman score: 2185; 90.6% identity (90.6% similar) in 373 aa overlap (1-373:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAPKVTDAIVWYQKKEFLSVATTAPGPQQVLPGYCQCSLKDQGLFIQCLIGAYDQQIWEK
:: :::::::::::: :::::::::::
CCDS47 MASKVTDAIVWYQKK----------------------------------IGAYDQQIWEK
10 20
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SVEQREIKFIKLGLRNKPKKTAHVKPDLIDVDLVRGSAFAKAKPESPWTSLTRKGIVRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SVEQREIKFIKLGLRNKPKKTAHVKPDLIDVDLVRGSAFAKAKPESPWTSLTRKGIVRVV
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FFPFFFRWWLQVTSKVIFFWLLVLYLLQVAAIVLFCSTSSPHSIPLTEVIGPIWLMLLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FFPFFFRWWLQVTSKVIFFWLLVLYLLQVAAIVLFCSTSSPHSIPLTEVIGPIWLMLLLG
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190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TVHCQIVSTRTPKPPLSTGGKRRRKLRKAAHLEVHREGDGSSTTDNTQEGAVQNHGTSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVHCQIVSTRTPKPPLSTGGKRRRKLRKAAHLEVHREGDGSSTTDNTQEGAVQNHGTSTS
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250 260 270 280 290 300
pF1KB8 HSVGTVFRDLWHAAFFLSGSKKAKNSIDKSTETDNGYVSLDGKKTVKSGEDGIQNHEPQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HSVGTVFRDLWHAAFFLSGSKKAKNSIDKSTETDNGYVSLDGKKTVKSGEDGIQNHEPQC
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ETIRPEETAWNTGTLRNGPSKDTQRTITNVSDEVSSEEGPETGYSLRRHVDRTSEGVLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ETIRPEETAWNTGTLRNGPSKDTQRTITNVSDEVSSEEGPETGYSLRRHVDRTSEGVLRN
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 RKSHHYKKHYPNEDAPKSGTSCSSRCSSSRQDSESARPESETEDVLWEDLLHCAECHSSC
:::::::::::::
CCDS47 RKSHHYKKHYPNEVYTLSLSVYIRIYFICY
330 340 350
>>CCDS47624.1 PHTF2 gene_id:57157|Hs108|chr7 (352 aa)
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Smith-Waterman score: 2143; 89.5% identity (89.5% similar) in 373 aa overlap (1-373:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAPKVTDAIVWYQKKEFLSVATTAPGPQQVLPGYCQCSLKDQGLFIQCLIGAYDQQIWEK
:: :::::::::::: :::::::::::
CCDS47 MASKVTDAIVWYQKK----------------------------------IGAYDQQIWEK
10 20
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SVEQREIKFIKLGLRNKPKKTAHVKPDLIDVDLVRGSAFAKAKPESPWTSLTRKGIVRVV
:::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SVEQREIK----GLRNKPKKTAHVKPDLIDVDLVRGSAFAKAKPESPWTSLTRKGIVRVV
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FFPFFFRWWLQVTSKVIFFWLLVLYLLQVAAIVLFCSTSSPHSIPLTEVIGPIWLMLLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FFPFFFRWWLQVTSKVIFFWLLVLYLLQVAAIVLFCSTSSPHSIPLTEVIGPIWLMLLLG
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pF1KB8 TVHCQIVSTRTPKPPLSTGGKRRRKLRKAAHLEVHREGDGSSTTDNTQEGAVQNHGTSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVHCQIVSTRTPKPPLSTGGKRRRKLRKAAHLEVHREGDGSSTTDNTQEGAVQNHGTSTS
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 HSVGTVFRDLWHAAFFLSGSKKAKNSIDKSTETDNGYVSLDGKKTVKSGEDGIQNHEPQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HSVGTVFRDLWHAAFFLSGSKKAKNSIDKSTETDNGYVSLDGKKTVKSGEDGIQNHEPQC
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ETIRPEETAWNTGTLRNGPSKDTQRTITNVSDEVSSEEGPETGYSLRRHVDRTSEGVLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ETIRPEETAWNTGTLRNGPSKDTQRTITNVSDEVSSEEGPETGYSLRRHVDRTSEGVLRN
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pF1KB8 RKSHHYKKHYPNEDAPKSGTSCSSRCSSSRQDSESARPESETEDVLWEDLLHCAECHSSC
:::::::::::::
CCDS47 RKSHHYKKHYPNEVYTLSLSVYIRIYFICY
330 340 350
>>CCDS861.1 PHTF1 gene_id:10745|Hs108|chr1 (762 aa)
initn: 2471 init1: 1610 opt: 1779 Z-score: 1957.3 bits: 372.9 E(32554): 1.1e-102
Smith-Waterman score: 2517; 54.2% identity (75.6% similar) in 788 aa overlap (40-785:6-762)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 VWYQKKEFLSVATTAPGPQQVLPGYCQCSLKDQGLFIQCLIGAYDQQIWEKSVEQREIKF
.: . : ::::::::::::.:: .::
CCDS86 MASNERDAISWYQKKIGAYDQQIWEKSIEQTQIK-
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IKLGLRNKPKKTAHVKPDLIDVDLVRGSAFAKAKPESPWTSLTRKGIVRVVFFPFFFRWW
::.::::: .:.:::::::::.:::.::::::: :::::::::.:::::::.: ::
CCDS86 ---GLKNKPKKMGHIKPDLIDVDLIRGSTFAKAKPEIPWTSLTRKGLVRVVFFPLFSNWW
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LQVTSKVIFFWLLVLYLLQVAAIVLFCSTSSPHSIPLTEVIGPIWLMLLLGTVHCQIVST
.:::: :: :::.::..:: ::::. : . ..::.::. ::::.::::::::::
CCDS86 IQVTSLRIFVWLLLLYFMQVIAIVLY--LMMP-IVNISEVLGPLCLMLLMGTVHCQIVST
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 RTPKPPLSTGGKRRRKLRKAAHLEVHREGDGSSTTDNTQEGAVQNHGTSTSHSVGTVFRD
. .: ..:..:::::::... :::: . :.. :. : : .:: ..
CCDS86 QITRPSGNNGNRRRRKLRKTVN------GDGSRENGNNSSDKVR--GIETLESV-PIIGG
150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LWHAAFFLSGSKKAKNSIDKSTETDNGYVSLDGKKTVKSGEDGIQNHEPQCETIRPEETA
.:.. .: . :..: .:.::::: . . .: . :: :::
CCDS86 FWET-IFGNRIKRVKLISNKGTETDNDPSCV--HPIIK---------RRQC---RPEIRM
200 210 220 230 240
310 320 330 340 350
pF1KB8 WNT---GTLRNGPS--KDTQRTITN-VSDEVSSEEGPETGYS---LRRHVDRTS--EGV-
:.: . . .: . ... : . : :::..:::: :. . ::: :. .: .:
CCDS86 WQTREKAKFSDGEKCRREAFRRLGNGVSDDLSSEEDGEARTQMILLRRSVEGASSDNGCE
250 260 270 280 290 300
360 370 380
pF1KB8 LRNRKS---HHYKKHYPN--------------------EDAP-----KSGTSCSSRC-SS
..:::: .: ... . :.: .::.: .:: .
CCDS86 VKNRKSILSRHLNSQVKKTTTRWCHIVRDSDSLAESEFESAAFSQGSRSGVSGGSRSLNM
310 320 330 340 350 360
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 SRQDSESARPESETEDVLWEDLLHCAECHSSCTSETD-VENHQINPCVKKEYRDDPFHQS
::.::::.: .:::::.::.:::: ::.:: ::... .. . .. .:.. ..: :.:.
CCDS86 SRRDSESTRHDSETEDMLWDDLLHGPECRSSVTSDSEGAHVNTLHSGTKRDPKEDVFQQN
370 380 390 400 410 420
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 HLPWLHSSHPGLEKISAIVWEGNDCKKADMSVLEISGMIMNRVNSHIPGIGYQIFGNAVS
:: ::..: :. ...:::.::::.::: :::::::::.::.:::.. :.:::..::.:.
CCDS86 HLFWLQNSSPSSDRVSAIIWEGNECKKMDMSVLEISGIIMSRVNAYQQGVGYQMLGNVVT
430 440 450 460 470 480
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 LILGLTPFVFRLSQATDLEQLTAHSASELYVTAFGSNEDVIVLSMVIISFVVRVSLVWIF
. :.. ::. :: . .:.:: . :: :. . :. . .. . ::.: :. :.:.:
CCDS86 IGLAFFPFLHRLFREKSLDQLKSISAEEILTLFCGAPPVTPIIVLSIINFFERLCLTWMF
490 500 510 520 530 540
570 580 590 600 610 620
pF1KB8 FFLLCVAERTYKQRLLFAKLFGHLTSARRARKSEVPHFRLKKVQNIKMWLSLRSYLKRRG
::..::::::::::.::::::.:.::::.::: :.::::::::.:::.::::::::::::
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