Result of FASTA (omim) for
pF1KB8314
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8314, 368 aa
1>>>pF1KB8314 368 - 368 aa - 368 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1531+/-0.000464; mu= 12.3261+/- 0.028
mean_var=118.4157+/-25.448, 0's: 0 Z-trim(113.4): 388 B-trim: 911 in 1/48
Lambda= 0.117861
statistics sampled from 22216 (22743) to 22216 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 6.740
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001702 (OMIM: 300106,301870) biglycan prepropro ( 368) 2498 436.3 5.4e-122
XP_016885213 (OMIM: 300106,301870) PREDICTED: bigl ( 368) 2498 436.3 5.4e-122
NP_060150 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin iso ( 379) 1321 236.1 9.8e-62
NP_001911 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 1281 229.3 1e-59
XP_016874406 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 1281 229.3 1e-59
XP_006719333 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 1281 229.3 1e-59
XP_005268750 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 1281 229.3 1e-59
NP_598010 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 1281 229.3 1e-59
NP_598011 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform b ( 250) 718 133.4 5.3e-31
NP_001180264 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin ( 242) 697 129.9 6.2e-30
NP_598012 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform c ( 212) 581 110.1 4.8e-24
NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 478 92.8 1.4e-18
NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 478 92.8 1.4e-18
NP_001184225 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 643) 458 89.6 2.1e-17
NP_001184224 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 677) 458 89.6 2.2e-17
NP_001384 (OMIM: 603479) extracellular matrix prot ( 699) 458 89.6 2.3e-17
NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precurso ( 352) 425 83.8 6.8e-16
NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 420 82.9 1.3e-15
NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 385 77.4 1.5e-13
XP_011538979 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 402) 374 75.1 3e-13
XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 374 75.3 4.1e-13
NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 374 75.3 4.3e-13
NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 374 75.3 4.3e-13
XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 374 75.3 4.3e-13
NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 374 75.3 4.4e-13
NP_598013 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform d ( 172) 363 72.9 6e-13
NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat trans ( 516) 362 73.2 1.5e-12
XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518546 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873564 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873567 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518545 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
NP_065980 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-conta ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873562 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873568 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
XP_016873561 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 363 73.5 1.6e-12
NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967) 362 73.4 2.4e-12
XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 356 72.3 3.6e-12
XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 356 72.3 3.6e-12
XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 356 72.3 3.6e-12
>>NP_001702 (OMIM: 300106,301870) biglycan preproprotein (368 aa)
initn: 2498 init1: 2498 opt: 2498 Z-score: 2311.1 bits: 436.3 E(85289): 5.4e-122
Smith-Waterman score: 2498; 100.0% identity (100.0% similar) in 368 aa overlap (1-368:1-368)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPDSVTPTYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPDSVTPTYS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AMCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISELRKDDFKGLQHLYALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AMCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISELRKDDFKGLQHLYALV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVELRIHDNRIRKVPKGVFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVELRIHDNRIRKVPKGVFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLKLNYLRISEAKLTGIPKDLPETLNELHLDHNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLKLNYLRISEAKLTGIPKDLPETLNELHLDHNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 IQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHLDNNKLARVPSGLPDLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHLDNNKLARVPSGLPDLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LLQVVYLHSNNITKVGVNDFCPMGFGVKRAYYNGISLFNNPVPYWEVQPATFRCVTDRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLQVVYLHSNNITKVGVNDFCPMGFGVKRAYYNGISLFNNPVPYWEVQPATFRCVTDRLA
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 IQFGNYKK
::::::::
NP_001 IQFGNYKK
>>XP_016885213 (OMIM: 300106,301870) PREDICTED: biglycan (368 aa)
initn: 2498 init1: 2498 opt: 2498 Z-score: 2311.1 bits: 436.3 E(85289): 5.4e-122
Smith-Waterman score: 2498; 100.0% identity (100.0% similar) in 368 aa overlap (1-368:1-368)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPDSVTPTYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPDSVTPTYS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AMCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISELRKDDFKGLQHLYALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AMCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISELRKDDFKGLQHLYALV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVELRIHDNRIRKVPKGVFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVELRIHDNRIRKVPKGVFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLKLNYLRISEAKLTGIPKDLPETLNELHLDHNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLKLNYLRISEAKLTGIPKDLPETLNELHLDHNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 IQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHLDNNKLARVPSGLPDLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHLDNNKLARVPSGLPDLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LLQVVYLHSNNITKVGVNDFCPMGFGVKRAYYNGISLFNNPVPYWEVQPATFRCVTDRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LLQVVYLHSNNITKVGVNDFCPMGFGVKRAYYNGISLFNNPVPYWEVQPATFRCVTDRLA
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 IQFGNYKK
::::::::
XP_016 IQFGNYKK
>>NP_060150 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin isoform (379 aa)
initn: 1468 init1: 1321 opt: 1321 Z-score: 1229.3 bits: 236.1 E(85289): 9.8e-62
Smith-Waterman score: 1327; 53.2% identity (77.4% similar) in 376 aa overlap (7-366:6-377)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPD-----SV
:. .::: .: :: : . .:..: : . : . : : :.
NP_060 MKEYVLLLFLALCSAKPF----FSPSHIALKNMMLKDMEDTDDDDDDDDDDDDDEDNSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB8 TPTYSA-----------MCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISE
:: ::::::.:. :::.:::::: ::: .: :: .:::::: :.:
NP_060 FPTREPRSHFFPFDLFPMCPFGCQCYSRVVHCSDLGLTSVPTNIPFDTRMLDLQNNKIKE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 LRKDDFKGLQHLYALVLVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVEL
....::::: ::.:.: :::..::: ::: .::..::.:.:.: ::: :::.::.::
NP_060 IKENDFKGLTSLYGLILNNNKLTKIHPKAFLTTKKLRRLYLSHNQLSEIPLNLPKSLAEL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 RIHDNRIRKVPKGVFSGLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLKLNYLRISEAKLTGIP
:::.:...:. : .:.:. .. .::..:::.:.:.:::::.:. . ..::.:::::..:
NP_060 RIHENKVKKIQKDTFKGMNALHVLEMSANPLDNNGIEPGAFEGVTVFHIRIAEAKLTSVP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KDLPETLNELHLDHNKIQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHL
: :: :: :::::.:::...::::. ::..: :::::.:.: ::::::. .: .::.::
NP_060 KGLPPTLLELHLDYNKISTVELEDFKRYKELQRLGLGNNKITDIENGSLANIPRVREIHL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 DNNKLARVPSGLPDLKLLQVVYLHSNNITKVGVNDFCPMGFGVKRAYYNGISLFNNPVPY
.:::: ..:::::.:: ::...::::.:..:::::::: .:.. :..:::::::: :
NP_060 ENNKLKKIPSGLPELKYLQIIFLHSNSIARVGVNDFCPTVPKMKKSLYSAISLFNNPVKY
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB8 WEVQPATFRCVTDRLAIQFGNYKK
::.:::::::: .:...:.::.
NP_060 WEMQPATFRCVLSRMSVQLGNFGM
360 370
>>NP_001911 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a prep (359 aa)
initn: 707 init1: 642 opt: 1281 Z-score: 1192.9 bits: 229.3 E(85289): 1e-59
Smith-Waterman score: 1326; 55.8% identity (78.7% similar) in 362 aa overlap (7-367:7-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPDSVTPTYS
:. : .: : ::.:::..:: :.: :::: : : . :. .
NP_001 MKATIILLLLAQVSWAGPFQQRGLFDFMLED--------EASGIGPE-VPDDRDFEPSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AMCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISELRKDDFKGLQHLYALV
.::: :.::::::::::::: .:::.. ::::::::::: :.:.. :::.:..:.::.
NP_001 PVCPFRCQCHLRVVQCSDLGLDKVPKDLPPDTTLLDLQNNKITEIKDGDFKNLKNLHALI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVELRIHDNRIRKVPKGVFS
::::::::. ::.:: ::..::.:::.: :.: ..:..: ::: :.:.: :: : .:.
NP_001 LVNNKISKVSPGAFTPLVKLERLYLSKNQLKELPEKMPKTLQELRAHENEITKVRKVTFN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 GLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLK-LNYLRISEAKLTGIPKDLPETLNELHLDHN
:: .: ::.: :::..::.: :::.:.: :.:.::.....:.::. :: .:.::::: :
NP_001 GLNQMIVIELGTNPLKSSGIENGAFQGMKKLSYIRIADTNITSIPQGLPPSLTELHLDGN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KIQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHLDNNKLARVPSGLPDL
::. .. .: ..: .:::. :.: ..::::. : :::::::::::.:::.:: .
NP_001 KISRVDAASLKGLNNLAKLGLSFNSISAVDNGSLANTPHLRELHLDNNKLTRVPGGLAEH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 KLLQVVYLHSNNITKVGVNDFCPMGFGVKRAYYNGISLFNNPVPYWEVQPATFRCVTDRL
: .::::::.:::. :: .:::: : ..:.: :.:.:::.::: :::.::.::::: :
NP_001 KYIQVVYLHNNNISVVGSSDFCPPGHNTKKASYSGVSLFSNPVQYWEIQPSTFRCVYVRS
300 310 320 330 340 350
360
pF1KB8 AIQFGNYKK
:::.::::
NP_001 AIQLGNYK
>>XP_016874406 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: decorin (359 aa)
initn: 707 init1: 642 opt: 1281 Z-score: 1192.9 bits: 229.3 E(85289): 1e-59
Smith-Waterman score: 1326; 55.8% identity (78.7% similar) in 362 aa overlap (7-367:7-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MWPLWRLVSLLALSQALPFEQRGFWDFTLDDGPFMMNDEEASGADTSGVLDPDSVTPTYS
:. : .: : ::.:::..:: :.: :::: : : . :. .
XP_016 MKATIILLLLAQVSWAGPFQQRGLFDFMLED--------EASGIGPE-VPDDRDFEPSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AMCPFGCHCHLRVVQCSDLGLKSVPKEISPDTTLLDLQNNDISELRKDDFKGLQHLYALV
.::: :.::::::::::::: .:::.. ::::::::::: :.:.. :::.:..:.::.
XP_016 PVCPFRCQCHLRVVQCSDLGLDKVPKDLPPDTTLLDLQNNKITEIKDGDFKNLKNLHALI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVNNKISKIHEKAFSPLRKLQKLYISKNHLVEIPPNLPSSLVELRIHDNRIRKVPKGVFS
::::::::. ::.:: ::..::.:::.: :.: ..:..: ::: :.:.: :: : .:.
XP_016 LVNNKISKVSPGAFTPLVKLERLYLSKNQLKELPEKMPKTLQELRAHENEITKVRKVTFN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 GLRNMNCIEMGGNPLENSGFEPGAFDGLK-LNYLRISEAKLTGIPKDLPETLNELHLDHN
:: .: ::.: :::..::.: :::.:.: :.:.::.....:.::. :: .:.::::: :
XP_016 GLNQMIVIELGTNPLKSSGIENGAFQGMKKLSYIRIADTNITSIPQGLPPSLTELHLDGN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KIQAIELEDLLRYSKLYRLGLGHNQIRMIENGSLSFLPTLRELHLDNNKLARVPSGLPDL
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pF1KB8 AIQFGNYKK
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XP_005 AIQLGNYK
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NP_598 KISRVDAASLKGLNNLAKLGLSFNSISAVDNGSLANTPHLRELHLDNNKLTRVPGGLAEH
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pF1KB8 AIQFGNYKK
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NP_598 AIQLGNYK
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:: ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]