Result of FASTA (ccds) for pF1KB8155
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8155, 460 aa
  1>>>pF1KB8155 460 - 460 aa - 460 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8293+/-0.000748; mu= 9.8588+/- 0.046
 mean_var=189.7141+/-37.442, 0's: 0 Z-trim(116.3): 124  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.093116
 statistics sampled from 16806 (16930) to 16806 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.809), E-opt: 0.2 (0.52), width:  16
 Scan time:  3.240

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460) 3143 433.9 1.6e-121
CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 363) 1967 275.8   5e-74
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402) 1234 177.4 2.4e-44
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447) 1234 177.5 2.5e-44
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453) 1234 177.5 2.6e-44
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 387)  760 113.7 3.4e-25
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 402)  516 81.0 2.6e-15
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 441)  516 81.0 2.7e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12          ( 472)  468 74.6 2.5e-13
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 482)  468 74.6 2.6e-13
CCDS45671.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 365)  453 72.5 8.4e-13
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  453 72.5 9.9e-13
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  453 72.6   1e-12
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3           ( 336)  444 71.2 1.8e-12
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 476)  445 71.5 2.2e-12
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 486)  445 71.5 2.2e-12
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  443 71.1 2.2e-12
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  444 71.3 2.3e-12
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 432)  443 71.2 2.4e-12
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  443 71.2 2.5e-12
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  443 71.2 2.5e-12
CCDS55874.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 425)  439 70.6 3.5e-12
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3          ( 579)  409 66.7 7.1e-11


>>CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19              (460 aa)
 initn: 3143 init1: 3143 opt: 3143  Z-score: 2295.0  bits: 433.9 E(32554): 1.6e-121
Smith-Waterman score: 3143; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 VIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 RRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460
pF1KB8 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
              430       440       450       460

>>CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19              (363 aa)
 initn: 1967 init1: 1967 opt: 1967  Z-score: 1442.5  bits: 275.8 E(32554): 5e-74
Smith-Waterman score: 2206; 78.9% identity (78.9% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-363)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDW
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 VIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGA
                      :                                            
CCDS58 ---------------G--------------------------------------------
                                                                   

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 RRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
                                             ::::::::::::::::::::::
CCDS58 --------------------------------------VLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQ
                                                    70        80   

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKR
            90       100       110       120       130       140   

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQI
           150       160       170       180       190       200   

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMR
           210       220       230       240       250       260   

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRM
           270       280       290       300       310       320   

              430       440       450       460
pF1KB8 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
           330       340       350       360   

>>CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (402 aa)
 initn: 1837 init1: 1228 opt: 1234  Z-score: 909.8  bits: 177.4 E(32554): 2.4e-44
Smith-Waterman score: 1811; 69.3% identity (84.6% similar) in 397 aa overlap (64-460:30-402)

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB8 GPEPWPGGPDPDVPGTDEASSACSTDWVIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDK
                                     .: :   .::::::::::::.::: :::::
CCDS44  MPHSAGGTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDK
                10        20        30        40        50         

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB8 ASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAG
       ::::::::::::::::::::::..:.  .: :..:: : ::..::::::.::::::..::
CCDS44 ASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAG
      60        70        80          90       100       110       

           160       170       180       190       200       210   
pF1KB8 MREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGE
       :::.::::::::: ::...:..:.   .. :  :..::     :   :            
CCDS44 MREECVLSEEQIRLKKLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP------------
       120       130       140         150                         

           220       230       240       250       260       270   
pF1KB8 GEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTEL
           ::.  :  ::..::::: :::.:::::. .:::::.. ::.::.::::::::::::
CCDS44 ----QLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRSFSDRLRVTPWPMAPDPHSREARQQRFAHFTEL
         160       170       180       190       200       210     

           280       290       300       310       320       330   
pF1KB8 AIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFT
       ::.:::::::::::.::::::.:::::::::.:.::.:::::.::::  .: :::::::.
CCDS44 AIVSVQEIVDFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFS
         220       230       240       250       260       270     

           340       350       360       370       380       390   
pF1KB8 YSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEA
       :...:: .:::::::::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::.  .:: 
CCDS44 YNREDFAKAGLQVEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVER
         280       290       300       310       320       330     

           400       410       420       430       440       450   
pF1KB8 LQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLS
       ::. ::::: .:. :..:.:.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LQHTYVEALHAYVSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLS
         340       350       360       370       380       390     

           460
pF1KB8 EIWDVHE
       :::::::
CCDS44 EIWDVHE
         400  

>>CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11              (447 aa)
 initn: 1837 init1: 1228 opt: 1234  Z-score: 909.2  bits: 177.5 E(32554): 2.5e-44
Smith-Waterman score: 1835; 62.8% identity (78.9% similar) in 460 aa overlap (4-460:13-447)

                        10        20        30         40        50
pF1KB8          MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTV-KEEGPEPWPGGPDPDVPGTD
                   :  :...   ::    .  : ..:  . .::.  :  .:    : : .
CCDS79 MSLWLGAPVPDIPPDSAVELWKPGAQDASSQAQGGSSCILREEARMPHSAGGTAGV-GLE
               10        20        30        40        50          

               60          70        80        90       100        
pF1KB8 EASSACSTDWVIP--DPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
        :  .     . :  .: :   .::::::::::::.::: ::::::::::::::::::::
CCDS79 AAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
      60        70        80        90       100       110         

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB8 GFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKK
       :::::::..:.  .: :..:: : ::..::::::.::::::..:::::.::::::::: :
CCDS79 GFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSEEQIRLK
     120       130         140       150       160       170       

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB8 KIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQ
       :...:..:.   .. :  :..::     :   :                ::.  :  ::.
CCDS79 KLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP----------------QLSPEQLGMIE
       180       190             200                       210     

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pF1KB8 QLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQV
       .::::: :::.:::::. .:::::.. ::.::.::::::::::::::.:::::::::::.
CCDS79 KLVAAQQQCNRRSFSDRLRVTPWPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQL
         220       230       240       250       260       270     

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pF1KB8 PGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF
       ::::::.:::::::::.:.::.:::::.::::  .: :::::::.:...:: .:::::::
CCDS79 PGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEF
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pF1KB8 INPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRI
       ::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::.  .:: ::. ::::: .:. :
CCDS79 INPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSI
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pF1KB8 KRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
       ..:.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 HHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
         400       410       420       430       440       

>>CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (453 aa)
 initn: 1837 init1: 1228 opt: 1234  Z-score: 909.1  bits: 177.5 E(32554): 2.6e-44
Smith-Waterman score: 1830; 63.0% identity (79.1% similar) in 459 aa overlap (5-460:20-453)

                              10        20        30         40    
pF1KB8                MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTV-KEEGPEPWPGGPDP
                          : :...   ::    .  : ..:  . .::.  :  .:   
CCDS73 MQQTSWNPLGGTCKQPPGRTHSAVELWKPGAQDASSQAQGGSSCILREEARMPHSAGGTA
               10        20        30        40        50        60

           50        60          70        80        90       100  
pF1KB8 DVPGTDEASSACSTDWVIP--DPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVL
        : : . :  .     . :  .: :   .::::::::::::.::: ::::::::::::::
CCDS73 GV-GLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDKASGFHYNVL
                70        80        90       100       110         

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pF1KB8 SCEGCKGFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSE
       :::::::::::::..:.  .: :..:: : ::..::::::.::::::..:::::.:::::
CCDS73 SCEGCKGFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSE
     120       130         140       150       160       170       

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pF1KB8 EQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAA
       :::: ::...:..:.   .. :  :..::     :   :                ::.  
CCDS73 EQIRLKKLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP----------------QLSPE
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pF1KB8 QELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIV
       :  ::..::::: :::.:::::. .:::::.. ::.::.::::::::::::::.::::::
CCDS73 QLGMIEKLVAAQQQCNRRSFSDRLRVTPWPMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIV
         220       230       240       250       260       270     

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pF1KB8 DFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRA
       :::::.::::::.:::::::::.:.::.:::::.::::  .: :::::::.:...:: .:
CCDS73 DFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKA
         280       290       300       310       320       330     

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pF1KB8 GLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEAL
       ::::::::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::.  .:: ::. :::::
CCDS73 GLQVEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEAL
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pF1KB8 LSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
        .:. :..:.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HAYVSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
         400       410       420       430       440       450   

>>CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (387 aa)
 initn: 1349 init1: 760 opt: 760  Z-score: 565.8  bits: 113.7 E(32554): 3.4e-25
Smith-Waterman score: 1360; 52.0% identity (66.1% similar) in 460 aa overlap (4-460:13-387)

                        10        20        30         40        50
pF1KB8          MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTV-KEEGPEPWPGGPDPDVPGTD
                   :  :...   ::    .  : ..:  . .::.  :  .:    : : .
CCDS44 MSLWLGAPVPDIPPDSAVELWKPGAQDASSQAQGGSSCILREEARMPHSAGGTAGV-GLE
               10        20        30        40        50          

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pF1KB8 EASSACSTDWVIP--DPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
        :  .     . :  .: :   .::::::::::::.::: ::::::::::::::::::::
CCDS44 AAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLGNELCSVCGDKASGFHYNVLSCEGCK
      60        70        80        90       100       110         

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pF1KB8 GFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKK
       :::::::..:.  .: :..:: : ::..::::::.::::::..:::::.::::::::: :
CCDS44 GFFRRSVIKGA--HYICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECVLSEEQIRLK
     120       130         140       150       160       170       

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB8 KIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQ
       :...:..:.   .. :  :..::     :   :                ::.  :  ::.
CCDS44 KLKRQEEEQAHATSLP--PRASSP----PQILP----------------QLSPEQLGMIE
       180       190             200                       210     

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pF1KB8 QLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQV
       .::::: :::.:::::. .::                                       
CCDS44 KLVAAQQQCNRRSFSDRLRVT---------------------------------------
         220       230                                             

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB8 PGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF
                            .:::::.::::  .: :::::::.:...:: .:::::::
CCDS44 ---------------------VMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEF
                             240       250       260       270     

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pF1KB8 INPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRI
       ::::::::::: .: :.:::.::::::.::::::::::.  .:: ::. ::::: .:. :
CCDS44 INPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSI
         280       290       300       310       320       330     

      410       420       430       440       450       460
pF1KB8 KRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
       ..:.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
         340       350       360       370       380       

>>CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6               (402 aa)
 initn: 496 init1: 250 opt: 516  Z-score: 388.5  bits: 81.0 E(32554): 2.6e-15
Smith-Waterman score: 516; 29.4% identity (60.5% similar) in 377 aa overlap (87-456:35-398)

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB8 STDWVIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVV
                                     :::::::::::::.: .::::::::::.. 
CCDS54 DLSRSSSPPSLLDQLQMGCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTI-
           10        20        30        40        50        60    

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB8 RGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQQE
       :   .   :.   .:...   : ::: ::..::   :: .. .   .. . .: ::    
CCDS54 RMKLEYEKCER--SCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEK-RKLVAG
            70          80        90       100       110        120

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB8 SQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQLQ
         ..  :  .:: .. .: .     .  .  .. . .....    :..      .:  . 
CCDS54 LTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASH------TAPFVI
              130       140       150       160             170    

        240       250         260       270       280       290    
pF1KB8 CNKRSFSDQPKVTPWP--LGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQL
        . ... .  :   :   ... :  ..   . : .    .. .:.:...:::..:.: .:
CCDS54 HDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSL
          180       190       200       210       220       230    

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pF1KB8 GREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF---INP
         .::..::: .. : ..   :   :..   ..  . :.    .: :. :.  :   :.:
CCDS54 FLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTR--EFLRS-LRKPFSDIIEP
          240       250       260       270         280        290 

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pF1KB8 IFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRP
        :::.  .  : :::.. ::.::  :. .:::....  ::::.:.  ..::  . . ..:
CCDS54 KFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHP
             300       310       320       330       340       350 

             420       430       440         450       460
pF1KB8 QDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKK--LPPLLSEIWDVHE
       . :  ::..:.:...:: : . :....  ..  . .  : :::.::.    
CCDS54 DAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
             360       370       380       390       400  

>>CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6                (441 aa)
 initn: 535 init1: 250 opt: 516  Z-score: 388.0  bits: 81.0 E(32554): 2.7e-15
Smith-Waterman score: 534; 27.9% identity (57.9% similar) in 451 aa overlap (19-456:4-437)

               10        20              30        40        50    
pF1KB8 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPS------SSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASS
                         ::  ::       .  ... ::     :::.  .:... .. 
CCDS48                MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDL
                              10        20        30        40     

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB8 ACSTDWVIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRS
       . :..   :    .  .    : .   :. : :::::::::::::.: .::::::::::.
CCDS48 SRSSS---PPSLLDQLQMGCDGASCGSLNME-CRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRT
          50           60        70         80        90       100 

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB8 VVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQ
       . :   .   :.   .:...   : ::: ::..::   :: .. .   .. . .: ::  
CCDS48 I-RMKLEYEKCER--SCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEK-RKLV
              110         120       130       140       150        

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB8 QESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQ
           ..  :  .:: .. .: .     .  .  .. . .....    :..      .:  
CCDS48 AGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASH------TAPF
       160       170       180       190       200             210 

          240       250         260       270       280       290  
pF1KB8 LQCNKRSFSDQPKVTPWP--LGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFL
       .  . ... .  :   :   ... :  ..   . : .    .. .:.:...:::..:.: 
CCDS48 VIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFS
             220       230       240       250       260       270 

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pF1KB8 QLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF---I
       .:  .::..::: .. : ..   :   :..   ..  . :.    .: :. :.  :   :
CCDS48 SLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTR--EFLRS-LRKPFSDII
             280       290       300       310          320        

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pF1KB8 NPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIK
       .: :::.  .  : :::.. ::.::  :. .:::....  ::::.:.  ..::  . . .
CCDS48 EPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQAN
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pF1KB8 RPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKK--LPPLLSEIWDVHE
       .:. :  ::..:.:...:: : . :....  ..  . .  : :::.::.    
CCDS48 HPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
      390       400       410       420       430       440 

>>CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12               (472 aa)
 initn: 663 init1: 254 opt: 468  Z-score: 352.7  bits: 74.6 E(32554): 2.5e-13
Smith-Waterman score: 851; 34.8% identity (63.8% similar) in 448 aa overlap (20-459:58-472)

                          10        20        30            40     
pF1KB8            MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVK----EEGPEPWPGGPDPD
                                     ::   :::   .     . :: : .     
CCDS90 VLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYS-----
        30        40        50        60        70        80       

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pF1KB8 VPGTDEASSACSTDWVIPDPE--EEPERKRKK--GPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNV
        ::  :     .      . :  : :  :. .  . : .. : ::: ::::.:::.:::.
CCDS90 -PGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNA
              90       100       110       120       130       140 

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pF1KB8 LSCEGCKGFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLS
       :.:::::::::::......  : :..::.: :: .::::::.:::::::: ::  .:.:.
CCDS90 LTCEGCKGFFRRSITKNAV--YKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLT
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pF1KB8 EEQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTA
       : : ..:..::. ..  .:. .    .: .             .. :  ..  : ..:: 
CCDS90 EIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNE-DSEGRDLR-----------QVTSTTKSCREKTELTP
     200       210       220        230                  240       

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pF1KB8 AQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEI
        :. ... .. .    ::. . ..  .:   :  . ..    .. :  .::.:   :: .
CCDS90 DQQTLLHFIMDSY---NKQRMPQE--ITNKILKEEFSA----EENFLILTEMATNHVQVL
       250       260            270       280           290        

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pF1KB8 VDFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHR
       :.:.:..:::  : .::::::::.:..: :.:..:. .:..    .  .:.   .. .. 
CCDS90 VEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP--SGHSDLL--EERIRN
      300       310       320       330       340           350    

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pF1KB8 AGLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEA
       .:.. :.:.:.: : ... .: . . ::::: :: :.: ::  ...   :: ::.: ...
CCDS90 SGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDV
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pF1KB8 LLSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
       : .  .:..:..  .:  .: .:. :::..  :.:.... :..:.:. ::: :::::. 
CCDS90 LQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ 
          420       430       440       450       460       470   

>>CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (482 aa)
 initn: 663 init1: 254 opt: 468  Z-score: 352.6  bits: 74.6 E(32554): 2.6e-13
Smith-Waterman score: 851; 34.8% identity (63.8% similar) in 448 aa overlap (20-459:68-482)

                          10        20        30            40     
pF1KB8            MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPSSSPTVK----EEGPEPWPGGPDPD
                                     ::   :::   .     . :: : .     
CCDS55 VLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYS-----
        40        50        60        70        80        90       

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pF1KB8 VPGTDEASSACSTDWVIPDPE--EEPERKRKK--GPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNV
        ::  :     .      . :  : :  :. .  . : .. : ::: ::::.:::.:::.
CCDS55 -PGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNA
             100       110       120       130       140       150 

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pF1KB8 LSCEGCKGFFRRSVVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLS
       :.:::::::::::......  : :..::.: :: .::::::.:::::::: ::  .:.:.
CCDS55 LTCEGCKGFFRRSITKNAV--YKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLT
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             170       180       190       200       210       220 
pF1KB8 EEQIRKKKIRKQQQESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTA
       : : ..:..::. ..  .:. .    .: .             .. :  ..  : ..:: 
CCDS55 EIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNE-DSEGRDLR-----------QVTSTTKSCREKTELTP
     210       220       230        240                  250       

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pF1KB8 AQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEI
        :. ... .. .    ::. . ..  .:   :  . ..    .. :  .::.:   :: .
CCDS55 DQQTLLHFIMDSY---NKQRMPQE--ITNKILKEEFSA----EENFLILTEMATNHVQVL
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pF1KB8 VDFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHR
       :.:.:..:::  : .::::::::.:..: :.:..:. .:..    .  .:.   .. .. 
CCDS55 VEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP--SGHSDLL--EERIRN
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pF1KB8 AGLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEA
       .:.. :.:.:.: : ... .: . . ::::: :: :.: ::  ...   :: ::.: ...
CCDS55 SGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDV
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pF1KB8 LLSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVHE
       : .  .:..:..  .:  .: .:. :::..  :.:.... :..:.:. ::: :::::. 
CCDS55 LQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ 
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460 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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 start: Fri Nov  4 10:03:43 2016 done: Fri Nov  4 10:03:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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