Result of FASTA (omim) for
pF1KB8154
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8154, 569 aa
1>>>pF1KB8154 569 - 569 aa - 569 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9000+/-0.000758; mu= 19.6900+/- 0.047
mean_var=360.7985+/-74.485, 0's: 0 Z-trim(112.0): 2075 B-trim: 116 in 2/52
Lambda= 0.067521
statistics sampled from 18350 (20738) to 18350 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.566), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 6.570
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001139137 (OMIM: 606741) zinc finger protein 18 ( 570) 1881 198.8 3.8e-50
XP_005258907 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 570) 1881 198.8 3.8e-50
XP_016882228 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 570) 1881 198.8 3.8e-50
XP_006723246 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 571) 1869 197.7 8.6e-50
XP_005258906 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 571) 1869 197.7 8.6e-50
NP_001025168 (OMIM: 606741) zinc finger protein 18 ( 571) 1869 197.7 8.6e-50
XP_006723247 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 566) 1850 195.8 3.1e-49
XP_016882229 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 585) 1850 195.9 3.1e-49
XP_005258908 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 567) 1838 194.7 7e-49
NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [ ( 628) 1796 190.7 1.2e-47
XP_016882851 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1789 190.0 2e-47
XP_016882852 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1789 190.0 2e-47
XP_016882853 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1789 190.0 2e-47
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1756 186.8 1.9e-46
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1756 186.8 1.9e-46
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1756 186.8 1.9e-46
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1756 186.8 1.9e-46
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1756 186.9 1.9e-46
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1756 186.9 1.9e-46
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1756 186.9 1.9e-46
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1756 186.9 1.9e-46
NP_003417 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 is ( 644) 1714 182.7 3.2e-45
NP_001243453 (OMIM: 194548) zinc finger protein 74 ( 644) 1714 182.7 3.2e-45
XP_011525495 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 1706 181.8 5.1e-45
XP_016882568 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 1706 181.8 5.1e-45
XP_016882567 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 1706 181.8 5.1e-45
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1659 177.3 1.3e-43
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1659 177.3 1.3e-43
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1659 177.3 1.3e-43
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1659 177.3 1.3e-43
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1659 177.3 1.3e-43
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1659 177.4 1.3e-43
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1659 177.4 1.3e-43
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1659 177.4 1.3e-43
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1659 177.4 1.3e-43
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1659 177.4 1.3e-43
XP_011524764 (OMIM: 616798) PREDICTED: zinc finger ( 771) 1633 175.0 8.1e-43
XP_011524765 (OMIM: 616798) PREDICTED: zinc finger ( 859) 1633 175.0 8.4e-43
NP_065879 (OMIM: 616798) zinc finger protein 28 ho ( 868) 1633 175.1 8.5e-43
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1629 174.2 9e-43
>>NP_001139137 (OMIM: 606741) zinc finger protein 181 is (570 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSKDLVTFGDVAVNFSQEEWEWLNPAQRNLYRKVMLENYRSLVSLGVSVSKPDVISLLEQ
:::.:::..:..::: ::. :::.::. ::..::..:::.:.::.:: ::.:::.
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NP_001 GKEPWMMEKKLSKGMIPDWESRWENKELSTKKDNYDEDSPQTVIIEKVVKQSYEFSNSKK
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pF1KB8 QHQRIHTGEKPYECNVCGKAFSYSGSLTLHQRIHTGERPYECKDCRKSFRQRAHLAHHER
::.::::::::::: :::.:: :..::.::::::::.::.:..: :.: . ..:. :.:
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pF1KB8 IHTMESFLTLSSPSPSTSNQLPRPVGFIS
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>>XP_005258907 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger pro (570 aa)
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pF1KB8 MSKDLVTFGDVAVNFSQEEWEWLNPAQRNLYRKVMLENYRSLVSLGVSVSKPDVISLLEQ
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XP_005 VHNGEK--------PNSVVSVEKPLDYMNHYTCEKSYRRETV
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>>XP_016882228 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger pro (570 aa)
initn: 1339 init1: 1339 opt: 1881 Z-score: 1021.2 bits: 198.8 E(85289): 3.8e-50
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pF1KB8 MSKDLVTFGDVAVNFSQEEWEWLNPAQRNLYRKVMLENYRSLVSLGVSVSKPDVISLLEQ
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pF1KB8 QHQRIHTGEKPYECNVCGKAFSYSGSLTLHQRIHTGERPYECKDCRKSFRQRAHLAHHER
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pF1KB8 IHTMESFLTLSSPSPSTSNQLPRPVGFIS
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XP_016 VHNGEK--------PNSVVSVEKPLDYMNHYTCEKSYRRETV
540 550 560 570
>>XP_006723246 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger pro (571 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]