Result of FASTA (omim) for
pF1KB8148
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8148, 543 aa
1>>>pF1KB8148 543 - 543 aa - 543 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.0862+/-0.000584; mu= -10.8085+/- 0.037
mean_var=529.2070+/-105.443, 0's: 0 Z-trim(118.9): 158 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.055752
statistics sampled from 32271 (32429) to 32271 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16
Scan time: 10.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 3338 283.6 1e-75
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 1313 121.0 1.6e-26
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1288 118.7 4.3e-26
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 1161 108.5 4.8e-23
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 1161 108.5 4.8e-23
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 1150 107.6 9e-23
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 1124 105.5 3.8e-22
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 1124 105.5 3.8e-22
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 1047 99.3 2.7e-20
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 1045 99.1 3e-20
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 1045 99.1 3e-20
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 1045 99.1 3.1e-20
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 1015 97.1 2.8e-19
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 1011 96.7 3.3e-19
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 812 80.4 1.4e-14
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 812 80.4 1.4e-14
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 812 80.4 1.5e-14
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 791 78.7 4.4e-14
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 774 77.4 1.3e-13
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 763 76.5 2.4e-13
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 760 76.2 2.4e-13
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 757 76.1 3.3e-13
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 755 75.9 3.7e-13
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 747 75.3 6.1e-13
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 747 75.3 6.1e-13
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 735 74.3 1.1e-12
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 724 73.4 2e-12
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 723 73.4 2.4e-12
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 715 72.7 3.7e-12
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 713 72.5 3.8e-12
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 705 71.8 5.5e-12
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 705 71.8 5.5e-12
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 705 71.9 6.1e-12
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 702 71.6 6.7e-12
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 693 71.0 1.3e-11
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 689 70.5 1.4e-11
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 680 69.8 2.2e-11
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 680 69.8 2.3e-11
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 673 69.2 3.1e-11
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 674 69.3 3.2e-11
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 674 69.4 3.3e-11
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 676 69.6 3.3e-11
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 672 69.2 3.7e-11
XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 667 68.7 4.1e-11
XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 667 68.7 4.3e-11
NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 667 68.8 4.7e-11
NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 667 68.8 4.7e-11
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 647 67.1 1.4e-10
NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 645 67.1 1.7e-10
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 641 66.6 1.9e-10
>>NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilament l (543 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 1480.2 bits: 283.6 E(85289): 1e-75
Smith-Waterman score: 3338; 100.0% identity (100.0% similar) in 543 aa overlap (1-543:1-543)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSSS
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 SGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQNKVLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQNKVLEA
70 80 90 100 110 120
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pF1KB8 ELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGLEETLRNLQARYEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGLEETLRNLQARYEE
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pF1KB8 EVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAELQAQIQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAELQAQIQY
190 200 210 220 230 240
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pF1KB8 AQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTESAAKNTDAVRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTESAAKNTDAVRA
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pF1KB8 AKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDTINKLENELRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDTINKLENELRT
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pF1KB8 TKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITSGYSQSSQVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITSGYSQSSQVFG
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pF1KB8 RSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEPPSEGEAEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEPPSEGEAEEEE
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pF1KB8 KDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKEAEEEEKKVEGAGEEQAAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKEAEEEEKKVEGAGEEQAAK
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pF1KB8 KKD
:::
NP_006 KKD
>>NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium polypept (916 aa)
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Smith-Waterman score: 1338; 43.9% identity (72.6% similar) in 563 aa overlap (3-543:2-562)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTA-RSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSS
:.. . . : :: .:: : .: : .. :.. :: : ..: . : : .::. .
NP_005 MSYTLDSLGNPSAYRRVTET-RSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLA
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pF1KB8 S----SGSLMPSLEN-LDLSQVAAISN-------DLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIER
:.... : :. ::.:: ... : : : :..:: ::: ::::::..::.
NP_005 PRLAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIEK
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pF1KB8 VHELEQQNKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGL
:: :::::: .:::. .::::.. ... :.::::.:: . : ...:: .: . . :
NP_005 VHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDHL
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pF1KB8 EETLRNLQARYEEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVH
:: .. :. :.:::. :.:.:. . :: .::.:...::.:...::.::..::.. :
NP_005 EEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNH
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pF1KB8 EEEIAELQAQIQYAQISVEM-DVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTV
:::.:.: :::: ..:.:: : : :.:.:::.::.: :. . .::..:::::: :..
NP_005 EEEVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAK
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pF1KB8 LTESAAKNTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISA
:::.: .: .:.:.::.:..: :: :..:..:.:. :: .:.::.::...:...: :.:.
NP_005 LTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSS
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pF1KB8 MQDTINKLENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVG
.::::..:::::: :: ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.: : .:
NP_005 YQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFS-TFAG
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pF1KB8 SITSG-YSQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTR-SFPSYYT--SHVQEEQIEVEETIEAAK
:::. :.. . : .. . .... .: ..:..:. :.::.. :
NP_005 SITGPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTAIT
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pF1KB8 AEEAKDEPPSEGEAEEEEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKE
: : . . :: ::.... ::::::.: .. .: . :.:::: : :::.: .:
NP_005 EELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEE
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pF1KB8 AEEEEKKV----EGAGEEQAAKKKD
:.: : ::..:......:.
NP_005 EEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVAT
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>>NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sapien (499 aa)
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Smith-Waterman score: 1311; 49.2% identity (74.4% similar) in 488 aa overlap (3-479:2-472)
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pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSSS
::. : : .: . : : ..:. :: . : ... : : :. : :.:
NP_116 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFGDGSRLSARLSGAGGA-GGFRSQSLSRSNVASSAACSSAS
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pF1KB8 SGSLM------PSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQ
: .: :. ..:::::.:: .:. : :::.:: ::: :::::: :::.::.:: :
NP_116 SLGLGLAYRRPPASDGLDLSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAVFIEKVHQLETQ
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pF1KB8 NKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEK-QALQGEREGLEETLRN
:..::::: .:::.:.:::: :...:.:::: :.:.. . ::: ::.:: : ..
NP_116 NRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALL-ERDGLAEEVQR
120 130 140 150 160 170
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pF1KB8 LQARYEEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAE
:.:: ::: .:: :: : .. .: :.::: .:::...::.::..:...::.::.::
NP_116 LRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFVRQVHDEEVAE
180 190 200 210 220 230
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pF1KB8 LQAQIQYA-QISVEMDVT--KPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTES
: : .: . : ..:.::: ::::..::..::::::.:::::.:.::::.::.:. :.:.
NP_116 LLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWYKSKFANLNEQ
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 AAKNTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDT
::..:.:.::...:. : :: :.:.:.:::. :: ::.::.:. :::....:.....::.
NP_116 AARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERHSAEVAGYQDS
300 310 320 330 340 350
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pF1KB8 INKLENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITS
:..:::.::.:::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.: ::
NP_116 IGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFS-------TS
360 370 380 390 400 410
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pF1KB8 GYSQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEP
: : :. . : . :::. : . : ::.:. . ... : .: .. ..
NP_116 GLSISG-------LNPLPNPSYLLPPRIL-SATTSKVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKK
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pF1KB8 PSE-GEAEEEEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKEAEEEEKK
:. ::. ::
NP_116 TSQIGESFEEILEETVISTKKTEKSNIEETTISSQKI
470 480 490
>>NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sapiens (466 aa)
initn: 1218 init1: 956 opt: 1161 Z-score: 534.6 bits: 108.5 E(85289): 4.8e-23
Smith-Waterman score: 1161; 48.6% identity (79.9% similar) in 393 aa overlap (13-402:25-413)
10 20 30 40
pF1KB8 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETP-RVHI--SSVRSGYSTARSAYSSYSA
: .: :: : :.. :..: ::.:: :.: .
NP_003 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRP--STSRSLYASSPG
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 PVSSSLSVRRSYSSSSGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFI
: .. : :: .. ...:.: . ::....:. ::.::..::.::::::..:
NP_003 GVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 ERVHELEQQNKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGERE
..:. ::::::.: ::: :. . . ::. :::.:.:.:: ... ::.: .. ::.
NP_003 DKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGK--SRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERD
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NP_001 ARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELL
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..:
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NP_001 SLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKAL
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