Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8127
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8127, 451 aa
1>>>pF1KB8127 451 - 451 aa - 451 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7665+/-0.00104; mu= 15.1832+/- 0.062
mean_var=67.5627+/-13.681, 0's: 0 Z-trim(103.9): 37 B-trim: 159 in 1/48
Lambda= 0.156035
statistics sampled from 7618 (7653) to 7618 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16
Scan time: 1.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32658.1 TUBG2 gene_id:27175|Hs108|chr17 ( 451) 2995 683.4 1.2e-196
CCDS11433.1 TUBG1 gene_id:7283|Hs108|chr17 ( 451) 2941 671.3 5.7e-193
CCDS7039.1 TUBB4B gene_id:10383|Hs108|chr9 ( 445) 997 233.6 3e-61
CCDS4687.1 TUBB gene_id:203068|Hs108|chr6 ( 444) 992 232.5 6.6e-61
CCDS4485.1 TUBB2B gene_id:347733|Hs108|chr6 ( 445) 992 232.5 6.6e-61
CCDS7051.1 TUBB8 gene_id:347688|Hs108|chr10 ( 444) 991 232.3 7.7e-61
CCDS4484.1 TUBB2A gene_id:7280|Hs108|chr6 ( 445) 990 232.1 9.1e-61
CCDS11858.1 TUBB6 gene_id:84617|Hs108|chr18 ( 446) 988 231.6 1.2e-60
CCDS12168.1 TUBB4A gene_id:10382|Hs108|chr19 ( 444) 987 231.4 1.4e-60
CCDS10988.1 TUBB3 gene_id:10381|Hs108|chr16 ( 450) 981 230.0 3.7e-60
CCDS13475.1 TUBB1 gene_id:81027|Hs108|chr20 ( 451) 967 226.9 3.3e-59
CCDS2438.1 TUBA4A gene_id:7277|Hs108|chr2 ( 448) 817 193.1 4.8e-49
CCDS8782.1 TUBA1C gene_id:84790|Hs108|chr12 ( 449) 811 191.8 1.2e-48
CCDS76556.1 TUBA1C gene_id:84790|Hs108|chr12 ( 519) 811 191.8 1.4e-48
CCDS31792.1 TUBA1B gene_id:10376|Hs108|chr12 ( 451) 807 190.9 2.3e-48
CCDS8781.1 TUBA1A gene_id:7846|Hs108|chr12 ( 451) 804 190.2 3.7e-48
CCDS58227.1 TUBA1A gene_id:7846|Hs108|chr12 ( 451) 804 190.2 3.7e-48
CCDS9284.1 TUBA3C gene_id:7278|Hs108|chr13 ( 450) 802 189.7 5e-48
CCDS33290.1 TUBA3D gene_id:113457|Hs108|chr2 ( 450) 802 189.7 5e-48
CCDS2158.1 TUBA3E gene_id:112714|Hs108|chr2 ( 450) 794 187.9 1.8e-47
CCDS13751.1 TUBA8 gene_id:51807|Hs108|chr22 ( 449) 786 186.1 6.1e-47
CCDS7066.2 TUBAL3 gene_id:79861|Hs108|chr10 ( 446) 778 184.3 2.1e-46
CCDS63131.1 TUBA4A gene_id:7277|Hs108|chr2 ( 433) 770 182.5 7.2e-46
CCDS78124.1 TUBB gene_id:203068|Hs108|chr6 ( 372) 759 180.0 3.5e-45
CCDS56012.1 TUBB3 gene_id:10381|Hs108|chr16 ( 378) 754 178.9 7.7e-45
CCDS58226.1 TUBA1A gene_id:7846|Hs108|chr12 ( 416) 698 166.3 5.2e-41
CCDS53491.1 TUBAL3 gene_id:79861|Hs108|chr10 ( 406) 675 161.1 1.9e-39
CCDS54495.1 TUBA8 gene_id:51807|Hs108|chr22 ( 383) 632 151.5 1.4e-36
CCDS54154.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 396) 553 133.7 3.4e-31
CCDS11620.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 453) 553 133.7 3.8e-31
CCDS54152.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 351) 516 125.3 9.7e-29
CCDS54153.1 TUBD1 gene_id:51174|Hs108|chr17 ( 398) 503 122.4 8.2e-28
CCDS5100.1 TUBE1 gene_id:51175|Hs108|chr6 ( 475) 443 108.9 1.1e-23
CCDS77153.1 TUBB6 gene_id:84617|Hs108|chr18 ( 104) 283 72.7 2e-13
>>CCDS32658.1 TUBG2 gene_id:27175|Hs108|chr17 (451 aa)
initn: 2995 init1: 2995 opt: 2995 Z-score: 3643.6 bits: 683.4 E(32554): 1.2e-196
Smith-Waterman score: 2995; 99.8% identity (100.0% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMSD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFESSCQQFDKLRKRDAFLEQFRKEDVFKDNFDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS32 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFESSCQQFDKLRKRDAFLEQFRKEDMFKDNFDE
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB8 MDRSREVVQELIDEYHAATQPDYISWGTQEQ
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MDRSREVVQELIDEYHAATQPDYISWGTQEQ
430 440 450
>>CCDS11433.1 TUBG1 gene_id:7283|Hs108|chr17 (451 aa)
initn: 2941 init1: 2941 opt: 2941 Z-score: 3578.0 bits: 671.3 E(32554): 5.7e-193
Smith-Waterman score: 2941; 97.6% identity (99.3% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASGFSQGEKIHEDIFD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS11 IIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPNQDEMSD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFESSCQQFDKLRKRDAFLEQFRKEDVFKDNFDE
::::::::::::::::::::::::::::: .:.:.::::::.::::::::::.:::::::
CCDS11 SRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFERTCRQYDKLRKREAFLEQFRKEDMFKDNFDE
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430 440 450
pF1KB8 MDRSREVVQELIDEYHAATQPDYISWGTQEQ
:: :::.::.:::::::::.:::::::::::
CCDS11 MDTSREIVQQLIDEYHAATRPDYISWGTQEQ
430 440 450
>>CCDS7039.1 TUBB4B gene_id:10383|Hs108|chr9 (445 aa)
initn: 887 init1: 315 opt: 997 Z-score: 1213.0 bits: 233.6 E(32554): 3e-61
Smith-Waterman score: 1001; 34.7% identity (72.0% similar) in 435 aa overlap (3-436:2-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
:::. :: :::::::: .::. . ::::.: : . . .: .:.. .: .:
CCDS70 MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGKY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASG-FSQGEKIHEDIF
.:::::.:::: .. :. ..:..... :.:. ... .:::::::.: ...: .. ....
CCDS70 VPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQ--SGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 DIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMS
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pF1KB8 DVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAS
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CCDS70 DTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGV
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pF1KB8 TTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQ
:: ::.:: .: :: : ....: :::::.: :..:::. : . : :: .. .....
CCDS70 TTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGS-QQYRALTVPELTQQMFD
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300 310 320 330 340 350
pF1KB8 PKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVA
::.:.. : . .. :... ...:... .: ... ..... . :. : : ....:
CCDS70 AKNMMAAC--DPRHGR-YLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 LSRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFESSCQQFDKLRKRDAFLEQFRKEDVFKDNFD
. : : . ..:. ...: :.:. ::. .:: . .: :::. . : . . .:
CCDS70 VC-DIP--PRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFT
360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB8 EMDRSREVVQELIDEYHAATQPDYISWGTQEQ
: . . ...:..::.
CCDS70 EAESN---MNDLVSEYQQYQDATAEEEGEFEEEAEEEVA
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>>CCDS4687.1 TUBB gene_id:203068|Hs108|chr6 (444 aa)
initn: 873 init1: 315 opt: 992 Z-score: 1206.9 bits: 232.5 E(32554): 6.6e-61
Smith-Waterman score: 992; 33.7% identity (71.0% similar) in 451 aa overlap (3-451:2-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
:::. .: :::::::: .::. . ::::.: : . . :: .:.. .: .:
CCDS46 MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLDRISVYYNEATGGKY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASG-FSQGEKIHEDIF
.:::.:.:::: .. :. ..:..... :.:. ... .:::::::.: ...: .. ....
CCDS46 VPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQ--SGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 DIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMS
:.. .::.. : :.:: : ::..::::::.:. :. .. ..:: ....:.:: : . ..:
CCDS46 DVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVP-SPKVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 DVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAS
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CCDS46 DTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQ
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CCDS46 TTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGS-QQYRALTVPELTQQVFD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 PKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVA
::.:.. : . .. :... ...:... .: ... ..... . :. : : ....:
CCDS46 AKNMMAAC--DPRHGR-YLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 LSRKSPYLPSAHRVSGLMMANHTSISSLFESSCQQFDKLRKRDAFLEQFRKEDVFKDNFD
. : : . ... ...: :.:. ::. .:: . .: :::. . : . . .:
CCDS46 VC-DIP--PRGLKMAVTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFT
360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB8 EMDRS-REVVQELIDEYHAATQPDYISWGTQEQ
: . . ..:.: ..:. :: . ..: . .
CCDS46 EAESNMNDLVSEY-QQYQDATAEEEEDFGEEAEEEA
410 420 430 440
>>CCDS4485.1 TUBB2B gene_id:347733|Hs108|chr6 (445 aa)
initn: 881 init1: 315 opt: 992 Z-score: 1206.9 bits: 232.5 E(32554): 6.6e-61
Smith-Waterman score: 996; 34.3% identity (72.4% similar) in 435 aa overlap (3-436:2-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPREIITLQLGQCGNQIGFEFWKQLCAEHGISPEGIVEEFATEGTDRKDVFFYQADDEHY
:::. .: :::::::: .::. . ::::.: : . . .: .:.. .: ..:
CCDS44 MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 IPRAVLLDLEPRVIHSILNSPYAKLYNPENIYLSEHGGGAGNNWASG-FSQGEKIHEDIF
.:::.:.:::: .. :. ..:..... :.:. ... .:::::::.: ...: .. ....
CCDS44 VPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQ--SGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 DIIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGLGSYLLERLNDRYPKKLVQTYSVFPYQDEMS
:.. .:... : :.:: : ::..::::::.:. :. .. ..:: ....:.::.: . ..:
CCDS44 DVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMP-SPKVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 DVVVQPYNSLLTLKRLTQNADCVVVLDNTALNRIATDRLHIQNPSFSQINQLVSTIMSAS
:.::.:::. :....:..:.: . .:: :: : :.. .:.....:.:::. ::.
CCDS44 DTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGV
180 190 200 210 220 230
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pF1KB8 TTTLRYPGYMNNDLIGLIASLIPTPRLHFLMTGYTPLTTDQSVASVRKTTVLDVMRRLLQ
:: ::.:: .: :: : ....: :::::.: :..:::. : . : :: .. .....
CCDS44 TTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGS-QQYRALTVPELTQQMFD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 PKNVMVSTGRDRQTNHCYIAILNIIQGEVDPTQVHKSLQRIRERKLANFIPWGPASIQVA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]