Result of FASTA (omim) for
pF1KB8102
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8102, 417 aa
1>>>pF1KB8102 417 - 417 aa - 417 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1126+/-0.000342; mu= 6.8988+/- 0.022
mean_var=167.1634+/-33.576, 0's: 0 Z-trim(120.9): 11 B-trim: 170 in 1/60
Lambda= 0.099198
statistics sampled from 36670 (36681) to 36670 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.43), width: 16
Scan time: 8.950
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005552 (OMIM: 153330) lysosome-associated membr ( 417) 2702 398.2 2.1e-110
XP_011535796 (OMIM: 153330) PREDICTED: lysosome-as ( 398) 2586 381.5 2e-105
NP_054701 (OMIM: 300257,309060) lysosome-associate ( 410) 911 141.8 2.9e-33
NP_002285 (OMIM: 300257,309060) lysosome-associate ( 410) 884 138.0 4.3e-32
NP_001116078 (OMIM: 300257,309060) lysosome-associ ( 411) 877 137.0 8.6e-32
XP_006713649 (OMIM: 605883) PREDICTED: lysosome-as ( 394) 405 69.4 1.8e-11
XP_005247417 (OMIM: 605883) PREDICTED: lysosome-as ( 418) 405 69.4 1.9e-11
NP_001035148 (OMIM: 153634) macrosialin isoform B ( 327) 356 62.3 2e-09
NP_001242 (OMIM: 153634) macrosialin isoform A pre ( 354) 356 62.4 2.1e-09
NP_055213 (OMIM: 605883) lysosome-associated membr ( 416) 351 61.7 4e-09
>>NP_005552 (OMIM: 153330) lysosome-associated membrane (417 aa)
initn: 2702 init1: 2702 opt: 2702 Z-score: 2103.2 bits: 398.2 E(85289): 2.1e-110
Smith-Waterman score: 2702; 100.0% identity (100.0% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGP
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NP_005 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 NLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB8 AFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
370 380 390 400 410
>>XP_011535796 (OMIM: 153330) PREDICTED: lysosome-associ (398 aa)
initn: 2586 init1: 2586 opt: 2586 Z-score: 2013.8 bits: 381.5 E(85289): 2e-105
Smith-Waterman score: 2586; 99.7% identity (100.0% similar) in 398 aa overlap (20-417:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGP
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XP_011 MGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVY
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLS
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 NLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFF
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQ
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KB8 AFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
350 360 370 380 390
>>NP_054701 (OMIM: 300257,309060) lysosome-associated me (410 aa)
initn: 801 init1: 333 opt: 911 Z-score: 718.1 bits: 141.8 E(85289): 2.9e-33
Smith-Waterman score: 914; 36.6% identity (68.9% similar) in 418 aa overlap (4-417:10-410)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNY
:::. :.:. :.:: .. . . .. . :.: :..:... :.: :
NP_054 MVCFRLFPVPGSG-----LVLVCLVLGAVRSYALELNLTDSENAT-CLYAKWQMNFTVRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DTKSGPKNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQ
.: .. : . . .::. : : :: .. . :.... :: : . :::. :. ::..
NP_054 ET-TNKTYKTVTISDHGTVTYNGSICG-DDQNGPKIAVQFGPGFSWIANFTKAASTYSID
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDAT
.:: :: .:. ::.: .: : ::. . :: .. .:: : . .. :.:. :.
NP_054 SVSFSYNTGDNTTFPDAEDKGILTVDELLAIRIPLNDLFRCNSLSTLEKNDVVQHYWDVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAP---PSPSPSPVPK-SPSVDKYNVSGTNGT
.::...:.. : .: :..:. : :.:: :::. .:.:: .: . :.:.. : :
NP_054 VQAFVQNGTVSTNEFLCDKDKTS-TVAPTIHTTVPSPTTTPTPKEKPEAGTYSVNNGNDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQF
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NP_054 CLLATMGLQLNITQDK-----VASVININPNTTHSTGSCRSHTALLRLNSSTIKYLDFVF
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAF
... . .::.:. .... : .. .:. ::..: .: .:.:: :: :. : :. ::
NP_054 AVK-NENRFYLKEVNISMYLVNGS--VFSIANNNLSYWDAPLGSSYMCNKEQTVSVSGAF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRS
..: : . :: :.: :......:: ::....:::: ::..:.::.....:::..::..:
NP_054 QINTFDLRVQPFNVTQGKYSTAQECSLDDDTILIPIIVGAGLSGLIIVIVIAYVIGRRKS
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 HAGYQTI
.:::::.
NP_054 YAGYQTL
410
>>NP_002285 (OMIM: 300257,309060) lysosome-associated me (410 aa)
initn: 774 init1: 306 opt: 884 Z-score: 697.2 bits: 138.0 E(85289): 4.3e-32
Smith-Waterman score: 887; 36.3% identity (68.3% similar) in 416 aa overlap (4-415:10-408)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNY
:::. :.:. :.:: .. . . .. . :.: :..:... :.: :
NP_002 MVCFRLFPVPGSG-----LVLVCLVLGAVRSYALELNLTDSENAT-CLYAKWQMNFTVRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DTKSGPKNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQ
.: .. : . . .::. : : :: .. . :.... :: : . :::. :. ::..
NP_002 ET-TNKTYKTVTISDHGTVTYNGSICG-DDQNGPKIAVQFGPGFSWIANFTKAASTYSID
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDAT
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NP_002 SVSFSYNTGDNTTFPDAEDKGILTVDELLAIRIPLNDLFRCNSLSTLEKNDVVQHYWDVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAP---PSPSPSPVPK-SPSVDKYNVSGTNGT
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NP_002 VQAFVQNGTVSTNEFLCDKDKTS-TVAPTIHTTVPSPTTTPTPKEKPEAGTYSVNNGNDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQF
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NP_002 CLLATMGLQLNITQDK-----VASVININPNTTHSTGSCRSHTALLRLNSSTIKYLDFVF
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAF
... . .::.:. .... : .. .:. ::..: .: .:.:: :: :. : :. ::
NP_002 AVK-NENRFYLKEVNISMYLVNG--SVFSIANNNLSYWDAPLGSSYMCNKEQTVSVSGAF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRS
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NP_002 QINTFDLRVQPFNVTQGKYSTAQDCSADDDNFLVPIAVGAALAGVLILVLLAYFIGLKHH
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 HAGYQTI
::::.
NP_002 HAGYEQF
410
>>NP_001116078 (OMIM: 300257,309060) lysosome-associated (411 aa)
initn: 776 init1: 289 opt: 877 Z-score: 691.8 bits: 137.0 E(85289): 8.6e-32
Smith-Waterman score: 877; 36.0% identity (68.0% similar) in 419 aa overlap (4-417:10-411)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNY
:::. :.:. :.:: .. . . .. . :.: :..:... :.: :
NP_001 MVCFRLFPVPGSG-----LVLVCLVLGAVRSYALELNLTDSENAT-CLYAKWQMNFTVRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DTKSGPKNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQ
.: .. : . . .::. : : :: .. . :.... :: : . :::. :. ::..
NP_001 ET-TNKTYKTVTISDHGTVTYNGSICG-DDQNGPKIAVQFGPGFSWIANFTKAASTYSID
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDAT
.:: :: .:. ::.: .: : ::. . :: .. .:: : . .. :.:. :.
NP_001 SVSFSYNTGDNTTFPDAEDKGILTVDELLAIRIPLNDLFRCNSLSTLEKNDVVQHYWDVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAP---PSPSPSPVPK-SPSVDKYNVSGTNGT
.::...:.. : .: :..:. : :.:: :::. .:.:: .: . :.:.. : :
NP_001 VQAFVQNGTVSTNEFLCDKDKTS-TVAPTIHTTVPSPTTTPTPKEKPEAGTYSVNNGNDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQF
::::.::::::.: .. :. ..::::: : ..::: .: . :.:.: : : :
NP_001 CLLATMGLQLNITQDK-----VASVININPNTTHSTGSCRSHTALLRLNSSTIKYLDFVF
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAF
... . .::.:. .... : .. .:. ::..: .: .:.:: :: :. : :. ::
NP_001 AVK-NENRFYLKEVNISMYLVNGS--VFSIANNNLSYWDAPLGSSYMCNKEQTVSVSGAF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB8 SVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDEN-SMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKR
..: : . :: :.: :.....::: : . ..:::.::: ::. :...:.:.:..::..
NP_001 QINTFDLRVQPFNVTQGKYSTAEECSADSDLNFLIPVAVGVALGFLIIVVFISYMIGRRK
350 360 370 380 390 400
410
pF1KB8 SHAGYQTI
:..:::..
NP_001 SRTGYQSV
410
>>XP_006713649 (OMIM: 605883) PREDICTED: lysosome-associ (394 aa)
initn: 372 init1: 228 opt: 405 Z-score: 327.0 bits: 69.4 E(85289): 1.8e-11
Smith-Waterman score: 405; 30.7% identity (62.6% similar) in 254 aa overlap (166-417:148-394)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 IKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDR
....:: .: . . . : : ..
XP_006 AHTTGTSSSTVSHTTGNTTQPSNQTTLPATLSIALHKSTTGQKPVQPTHAPGTTAAAHN-
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 PSPTTAPPAPPSPSPS--PVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNLTYERKDNTTVT
. :: :: :.:. : :.: .. :.: . . :. : ::.:: .. .... .
XP_006 -TTRTAAPASTVPGPTLAPQPSSVKTGIYQVLNGSRLCIKAEMGIQL-IVQDKESVFSPR
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 RLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFLQGIQLNTILPDA
: .::.:: :.:::.::.. .: :. .: : : : . : . : :.. :..
XP_006 RYFNIDPNATQASGNCGTRKSNLLLNFQGGFVNL-TFTKDEESYYISEVGAYLTVSDPET
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 RDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVE
... . .. .:..::.:.:: .:. .... ..:. : .::: : .::...
XP_006 ---IYQGIKHAVVMFQTAVGHSFKCVSEQSLQLSAHLQVKTTDVQLQAFDFEDDHFGNAD
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410
pF1KB8 ECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
::. :.: ::.:.: ...::..:.: : ::.::: ::. .
XP_006 ECFSDRNRREIPVAMGLSITGLLVILLTACLVARKRPSRGYERM
360 370 380 390
>>XP_005247417 (OMIM: 605883) PREDICTED: lysosome-associ (418 aa)
initn: 372 init1: 228 opt: 405 Z-score: 326.6 bits: 69.4 E(85289): 1.9e-11
Smith-Waterman score: 405; 30.7% identity (62.6% similar) in 254 aa overlap (166-417:172-418)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 IKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDR
....:: .: . . . : : ..
XP_005 AHTTGTSSSTVSHTTGNTTQPSNQTTLPATLSIALHKSTTGQKPVQPTHAPGTTAAAHN-
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 PSPTTAPPAPPSPSPS--PVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNLTYERKDNTTVT
. :: :: :.:. : :.: .. :.: . . :. : ::.:: .. .... .
XP_005 -TTRTAAPASTVPGPTLAPQPSSVKTGIYQVLNGSRLCIKAEMGIQL-IVQDKESVFSPR
210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 RLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFLQGIQLNTILPDA
: .::.:: :.:::.::.. .: :. .: : : : . : . : :.. :..
XP_005 RYFNIDPNATQASGNCGTRKSNLLLNFQGGFVNL-TFTKDEESYYISEVGAYLTVSDPET
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 RDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVE
... . .. .:..::.:.:: .:. .... ..:. : .::: : .::...
XP_005 ---IYQGIKHAVVMFQTAVGHSFKCVSEQSLQLSAHLQVKTTDVQLQAFDFEDDHFGNAD
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380 390 400 410
pF1KB8 ECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
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XP_005 ECFSDRNRREIPVAMGLSITGLLVILLTACLVARKRPSRGYERM
380 390 400 410
>>NP_001035148 (OMIM: 153634) macrosialin isoform B prec (327 aa)
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:: .. ... .. : : .. :.:..
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NP_001 AQLPHTGVFGQSFSCPSDR-SILLPLIIGLILLGLLALVLIAFCIIRRRPSA-YQAL
280 290 300 310 320
>>NP_001242 (OMIM: 153634) macrosialin isoform A precurs (354 aa)
initn: 212 init1: 134 opt: 356 Z-score: 289.8 bits: 62.4 E(85289): 2.1e-09
Smith-Waterman score: 359; 28.5% identity (59.2% similar) in 267 aa overlap (161-417:91-354)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 ASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETR
:: .. ... .. : : .. :.:..
NP_001 THRTTTTGTTSHGPTTATHNPTTTSHGNVTVHPTSNSTATSQGPSTATHSPATTSHGNAT
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pF1KB8 CEQDRPSPTTAP-------PAPPSPSPSPVPKSP-SVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQLNL
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NP_001 VHPTSNSTATSPGFTSSAHPEPPPPSPSPSPTSKETIGDYTWTNGSQPCVHLQAQIQIRV
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pF1KB8 TYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSC-GAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFFL
: . . . . .:::::...::: ::: : : . :. .. . .
NP_001 MYTTQGGGEAWGISVLNPNKTKVQGSCEGAHPHLLLSFPYGHLSFGFMQDLQQKVVYLSY
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pF1KB8 QGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQA
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NP_001 MAVEYNVSFPHAAQWTFSAQNASLRDLQAPLGQSFSCS-NSSIILSPAVHLDLLSLRLQA
250 260 270 280 290
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pF1KB8 FKV-EGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
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NP_001 AQLPHTGVFGQSFSCPSDR-SILLPLIIGLILLGLLALVLIAFCIIRRRPSA-YQAL
300 310 320 330 340 350
>>NP_055213 (OMIM: 605883) lysosome-associated membrane (416 aa)
initn: 274 init1: 130 opt: 351 Z-score: 284.9 bits: 61.7 E(85289): 4e-09
Smith-Waterman score: 351; 28.3% identity (61.0% similar) in 254 aa overlap (166-417:172-416)
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pF1KB8 IKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLSNSSFSRGETRCEQDR
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NP_055 AHTTGTSSSTVSHTTGNTTQPSNQTTLPATLSIALHKSTTGQKPVQPTHAPGTTAAAHN-
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NP_055 -TTRTAAPASTVPGPTLAPQPSSVKTGIYQVLNGSRLCIKAEMGIQL-IVQDKESVFSPR
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NP_055 RYFNIDPNATQASGNCGTRKSNLLLNFQGGFVNL-TFTKDEESYYISEVGAYLTVSDPET
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pF1KB8 RDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVE
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NP_055 ---IYQGIKHAVVMFQTAVGHSFKCVSEQSLQLSAHLQVKTTDVQLQAFDFEDDHFGNVD
320 330 340 350 360 370
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pF1KB8 ECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
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NP_055 ECSSDY-TIVLPV-IGAIVVGLCLMGMGVYKIRLRCQSSGYQRI
380 390 400 410
417 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:28:57 2016 done: Fri Nov 4 09:28:58 2016
Total Scan time: 8.950 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]