Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8102
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8102, 417 aa
1>>>pF1KB8102 417 - 417 aa - 417 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6785+/-0.000855; mu= 9.5991+/- 0.053
mean_var=160.5903+/-31.776, 0's: 0 Z-trim(113.1): 7 B-trim: 52 in 1/54
Lambda= 0.101208
statistics sampled from 13764 (13771) to 13764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.423), width: 16
Scan time: 3.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41909.1 LAMP1 gene_id:3916|Hs108|chr13 ( 417) 2702 405.8 3.8e-113
CCDS14600.1 LAMP2 gene_id:3920|Hs108|chrX ( 410) 911 144.3 2e-34
CCDS14599.1 LAMP2 gene_id:3920|Hs108|chrX ( 410) 884 140.4 3.1e-33
CCDS48159.1 LAMP2 gene_id:3920|Hs108|chrX ( 411) 877 139.4 6.2e-33
>>CCDS41909.1 LAMP1 gene_id:3916|Hs108|chr13 (417 aa)
initn: 2702 init1: 2702 opt: 2702 Z-score: 2144.8 bits: 405.8 E(32554): 3.8e-113
Smith-Waterman score: 2702; 100.0% identity (100.0% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGP
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CCDS41 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNYDTKSGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVY
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CCDS41 KNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQLMSFVY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDATIQAYLS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAPPSPSPSPVPKSPSVDKYNVSGTNGTCLLASMGLQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 NLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFF
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CCDS41 NLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQFGMNASSSRFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQ
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CCDS41 LQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAFSVNIFKVWVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB8 AFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRSHAGYQTI
370 380 390 400 410
>>CCDS14600.1 LAMP2 gene_id:3920|Hs108|chrX (410 aa)
initn: 801 init1: 333 opt: 911 Z-score: 731.6 bits: 144.3 E(32554): 2e-34
Smith-Waterman score: 914; 36.6% identity (68.9% similar) in 418 aa overlap (4-417:10-410)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNY
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CCDS14 MVCFRLFPVPGSG-----LVLVCLVLGAVRSYALELNLTDSENAT-CLYAKWQMNFTVRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DTKSGPKNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQ
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CCDS14 ET-TNKTYKTVTISDHGTVTYNGSICG-DDQNGPKIAVQFGPGFSWIANFTKAASTYSID
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDAT
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CCDS14 SVSFSYNTGDNTTFPDAEDKGILTVDELLAIRIPLNDLFRCNSLSTLEKNDVVQHYWDVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAP---PSPSPSPVPK-SPSVDKYNVSGTNGT
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CCDS14 VQAFVQNGTVSTNEFLCDKDKTS-TVAPTIHTTVPSPTTTPTPKEKPEAGTYSVNNGNDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQF
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CCDS14 CLLATMGLQLNITQDK-----VASVININPNTTHSTGSCRSHTALLRLNSSTIKYLDFVF
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAF
... . .::.:. .... : .. .:. ::..: .: .:.:: :: :. : :. ::
CCDS14 AVK-NENRFYLKEVNISMYLVNGS--VFSIANNNLSYWDAPLGSSYMCNKEQTVSVSGAF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRS
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CCDS14 QINTFDLRVQPFNVTQGKYSTAQECSLDDDTILIPIIVGAGLSGLIIVIVIAYVIGRRKS
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 HAGYQTI
.:::::.
CCDS14 YAGYQTL
410
>>CCDS14599.1 LAMP2 gene_id:3920|Hs108|chrX (410 aa)
initn: 774 init1: 306 opt: 884 Z-score: 710.3 bits: 140.4 E(32554): 3.1e-33
Smith-Waterman score: 887; 36.3% identity (68.3% similar) in 416 aa overlap (4-415:10-408)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNY
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CCDS14 MVCFRLFPVPGSG-----LVLVCLVLGAVRSYALELNLTDSENAT-CLYAKWQMNFTVRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DTKSGPKNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQ
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CCDS14 ET-TNKTYKTVTISDHGTVTYNGSICG-DDQNGPKIAVQFGPGFSWIANFTKAASTYSID
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDAT
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CCDS14 SVSFSYNTGDNTTFPDAEDKGILTVDELLAIRIPLNDLFRCNSLSTLEKNDVVQHYWDVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAP---PSPSPSPVPK-SPSVDKYNVSGTNGT
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CCDS14 VQAFVQNGTVSTNEFLCDKDKTS-TVAPTIHTTVPSPTTTPTPKEKPEAGTYSVNNGNDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQF
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CCDS14 CLLATMGLQLNITQDK-----VASVININPNTTHSTGSCRSHTALLRLNSSTIKYLDFVF
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAF
... . .::.:. .... : .. .:. ::..: .: .:.:: :: :. : :. ::
CCDS14 AVK-NENRFYLKEVNISMYLVNG--SVFSIANNNLSYWDAPLGSSYMCNKEQTVSVSGAF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDENSMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKRS
..: : . :: :.: :.......: :....:.:::::.::::....::.::..: :.
CCDS14 QINTFDLRVQPFNVTQGKYSTAQDCSADDDNFLVPIAVGAALAGVLILVLLAYFIGLKHH
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 HAGYQTI
::::.
CCDS14 HAGYEQF
410
>>CCDS48159.1 LAMP2 gene_id:3920|Hs108|chrX (411 aa)
initn: 776 init1: 289 opt: 877 Z-score: 704.7 bits: 139.4 E(32554): 6.2e-33
Smith-Waterman score: 877; 36.0% identity (68.0% similar) in 419 aa overlap (4-417:10-411)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAAPGSARRPLLLLLLLLLLGLMHCASAAMFMVKNGNGTACIMANFSAAFSVNY
:::. :.:. :.:: .. . . .. . :.: :..:... :.: :
CCDS48 MVCFRLFPVPGSG-----LVLVCLVLGAVRSYALELNLTDSENAT-CLYAKWQMNFTVRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DTKSGPKNMTFDLPSDATVVLNRSSCGKENTSDPSLVIAFGRGHTLTLNFTRNATRYSVQ
.: .. : . . .::. : : :: .. . :.... :: : . :::. :. ::..
CCDS48 ET-TNKTYKTVTISDHGTVTYNGSICG-DDQNGPKIAVQFGPGFSWIANFTKAASTYSID
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LMSFVYNLSDTHLFPNASSKEIKTVESITDIRADIDKKYRCVSGTQVHMNNVTVTLHDAT
.:: :: .:. ::.: .: : ::. . :: .. .:: : . .. :.:. :.
CCDS48 SVSFSYNTGDNTTFPDAEDKGILTVDELLAIRIPLNDLFRCNSLSTLEKNDVVQHYWDVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 IQAYLSNSSFSRGETRCEQDRPSPTTAPPAP---PSPSPSPVPK-SPSVDKYNVSGTNGT
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CCDS48 VQAFVQNGTVSTNEFLCDKDKTS-TVAPTIHTTVPSPTTTPTPKEKPEAGTYSVNNGNDT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CLLASMGLQLNLTYERKDNTTVTRLLNINPNKTSASGSCGAHLVTLELHSEGTTVLLFQF
::::.::::::.: .. :. ..::::: : ..::: .: . :.:.: : : :
CCDS48 CLLATMGLQLNITQDK-----VASVININPNTTHSTGSCRSHTALLRLNSSTIKYLDFVF
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GMNASSSRFFLQGIQLNTILPDARDPAFKAANGSLRALQATVGNSYKCNAEEHVRVTKAF
... . .::.:. .... : .. .:. ::..: .: .:.:: :: :. : :. ::
CCDS48 AVK-NENRFYLKEVNISMYLVNGS--VFSIANNNLSYWDAPLGSSYMCNKEQTVSVSGAF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB8 SVNIFKVWVQAFKVEGGQFGSVEECLLDEN-SMLIPIAVGGALAGLVLIVLIAYLVGRKR
..: : . :: :.: :.....::: : . ..:::.::: ::. :...:.:.:..::..
CCDS48 QINTFDLRVQPFNVTQGKYSTAEECSADSDLNFLIPVAVGVALGFLIIVVFISYMIGRRK
350 360 370 380 390 400
410
pF1KB8 SHAGYQTI
:..:::..
CCDS48 SRTGYQSV
410
417 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:28:56 2016 done: Fri Nov 4 09:28:56 2016
Total Scan time: 3.130 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]