Result of FASTA (omim) for
pF1KB7978
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7978, 429 aa
1>>>pF1KB7978 429 - 429 aa - 429 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64369986 residues in 92320 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9941+/-0.000308; mu= 1.6567+/- 0.019
mean_var=213.3966+/-43.631, 0's: 0 Z-trim(122.4): 26 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.087797
statistics sampled from 42058 (42085) to 42058 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.774), E-opt: 0.2 (0.456), width: 16
Scan time: 4.940
The best scores are: opt bits E(92320)
NP_001026850 (OMIM: 600210) runt-related transcrip ( 429) 2912 381.2 3e-105
XP_005246081 (OMIM: 600210) runt-related transcrip ( 429) 2912 381.2 3e-105
NP_001307601 (OMIM: 600210) runt-related transcrip ( 429) 2912 381.2 3e-105
NP_004341 (OMIM: 600210) runt-related transcriptio ( 415) 2794 366.2 9.3e-101
XP_011540653 (OMIM: 600210) runt-related transcrip ( 376) 1355 183.9 6.4e-46
XP_011528069 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 467) 1157 158.9 2.7e-38
XP_011528070 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 403) 1134 156.0 1.8e-37
XP_005261125 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 468) 1085 149.8 1.5e-35
NP_001001890 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 453) 1075 148.5 3.5e-35
XP_011528068 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 480) 1075 148.5 3.7e-35
NP_001745 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-relate ( 480) 1075 148.5 3.7e-35
XP_005261126 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 416) 1052 145.6 2.5e-34
NP_001116079 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 250) 1040 143.9 4.7e-34
XP_011528072 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 277) 1040 143.9 5.1e-34
XP_016883976 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-rel ( 429) 1007 139.9 1.3e-32
NP_001265407 (OMIM: 119600,156510,600211) runt-rel ( 485) 1004 139.5 1.9e-32
NP_001015051 (OMIM: 119600,156510,600211) runt-rel ( 499) 1004 139.6 1.9e-32
NP_001356334 (OMIM: 119600,156510,600211) runt-rel ( 507) 1000 139.1 2.8e-32
NP_001019801 (OMIM: 119600,156510,600211) runt-rel ( 521) 1000 139.1 2.8e-32
>>NP_001026850 (OMIM: 600210) runt-related transcription (429 aa)
initn: 2912 init1: 2912 opt: 2912 Z-score: 2011.1 bits: 381.2 E(92320): 3e-105
Smith-Waterman score: 2912; 99.8% identity (99.8% similar) in 429 aa overlap (1-429:1-429)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MASNSIFDSFPTYSPTFIRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
NP_001 MDEAVWRPY
>>XP_005246081 (OMIM: 600210) runt-related transcription (429 aa)
initn: 2912 init1: 2912 opt: 2912 Z-score: 2011.1 bits: 381.2 E(92320): 3e-105
Smith-Waterman score: 2912; 99.8% identity (99.8% similar) in 429 aa overlap (1-429:1-429)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MASNSIFDSFPTYSPTFIRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
XP_005 MDEAVWRPY
>>NP_001307601 (OMIM: 600210) runt-related transcription (429 aa)
initn: 2912 init1: 2912 opt: 2912 Z-score: 2011.1 bits: 381.2 E(92320): 3e-105
Smith-Waterman score: 2912; 99.8% identity (99.8% similar) in 429 aa overlap (1-429:1-429)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MASNSIFDSFPTYSPTFIRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
NP_001 MDEAVWRPY
>>NP_004341 (OMIM: 600210) runt-related transcription fa (415 aa)
initn: 2794 init1: 2794 opt: 2794 Z-score: 1930.5 bits: 366.2 E(92320): 9.3e-101
Smith-Waterman score: 2794; 100.0% identity (100.0% similar) in 410 aa overlap (20-429:6-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MRIPVDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
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70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
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130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
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pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
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250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
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370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
NP_004 MDEAVWRPY
410
>>XP_011540653 (OMIM: 600210) runt-related transcription (376 aa)
initn: 2533 init1: 1309 opt: 1355 Z-score: 946.1 bits: 183.9 E(92320): 6.4e-46
Smith-Waterman score: 2431; 87.4% identity (87.4% similar) in 429 aa overlap (1-429:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MASNSIFDSFPTYSPTFIRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::
XP_011 HRAIKVTVDGPREPRR--------------------------------------------
190
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ---------TSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
XP_011 MDEAVWRPY
370
>>XP_011528069 (OMIM: 151385,601399,601626) runt-related (467 aa)
initn: 1545 init1: 919 opt: 1157 Z-score: 809.2 bits: 158.9 E(92320): 2.7e-38
Smith-Waterman score: 1621; 58.1% identity (73.3% similar) in 475 aa overlap (1-416:1-454)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENS--GALSAQAAVGP
:::.:::.:::.: : :: :::::::::: :. . :::.: :: .: ::.
XP_011 MASDSIFESFPSYPQCFMRDASTSRRFTPPSTAL----SPGKMSEALPLGAPDAGAAL--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 GGRARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDG
.:. : ::::.::::: :::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::::::
XP_011 AGKLRSGDRSMVEVLADHPGELVRTDSPNFLCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 TVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVA
:.::::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
XP_011 TLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 TYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKP----FPDRFGDLERLR---MRVTPS----TP
:::::::.:::::::::::::::.::::: : .:...::.:: :::.: ::
XP_011 TYHRAIKITVDGPREPRRHRQKLDDQTKPGSLSFSERLSELEQLRRTAMRVSPHHPAPTP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB7 SPRGSLSTTSHFSSQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSF---------------------
.::.::. .. :. :::. .: : ...: : : ..:.:.
XP_011 NPRASLNHSTAFNPQPQSQMQDTRQIQP-SPPWSYDQSYQYLGSIASPSVHPATPISPGR
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KB7 ------------------PTLPTLTESR-FP------DPRMHYPGAMSAAFPYSATPSGT
: : .... : :: ::::::::: : :: :: .
XP_011 ASGMTTLSAELSSRLSTAPDLTAFSDPRQFPALPSISDPRMHYPGA----FTYSPTPVTS
300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMVA
.:. .....: ...:.: :::::::::. : :.:::::. ::::::.:.::::::::
XP_011 GIG-IGMSAMGSATRYH-TYLPPPYPGSSQAQGGPFQASSPSYHLYYGASAGSYQFSMV-
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
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