Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7978
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7978, 429 aa
1>>>pF1KB7978 429 - 429 aa - 429 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7348+/-0.000813; mu= 2.8650+/- 0.049
mean_var=190.2935+/-38.201, 0's: 0 Z-trim(114.3): 17 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.092974
statistics sampled from 15034 (15046) to 15034 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.775), E-opt: 0.2 (0.45), width: 16
Scan time: 1.600
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS30633.1 RUNX3 gene_id:864|Hs109|chr1 ( 429) 2912 402.6 4e-112
CCDS257.1 RUNX3 gene_id:864|Hs109|chr1 ( 415) 2794 386.7 2.2e-107
CCDS42922.1 RUNX1 gene_id:861|Hs109|chr21 ( 453) 1075 156.2 6.2e-38
CCDS13639.1 RUNX1 gene_id:861|Hs109|chr21 ( 480) 1075 156.2 6.5e-38
CCDS46646.1 RUNX1 gene_id:861|Hs109|chr21 ( 250) 1040 151.3 9.9e-37
CCDS64443.1 RUNX2 gene_id:860|Hs109|chr6 ( 485) 1004 146.7 4.8e-35
CCDS43468.2 RUNX2 gene_id:860|Hs109|chr6 ( 499) 1004 146.7 4.9e-35
CCDS43467.2 RUNX2 gene_id:860|Hs109|chr6 ( 521) 1000 146.2 7.4e-35
>>CCDS30633.1 RUNX3 gene_id:864|Hs109|chr1 (429 aa)
initn: 2912 init1: 2912 opt: 2912 Z-score: 2126.7 bits: 402.6 E(33420): 4e-112
Smith-Waterman score: 2912; 99.8% identity (99.8% similar) in 429 aa overlap (1-429:1-429)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MASNSIFDSFPTYSPTFIRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
CCDS30 MDEAVWRPY
>>CCDS257.1 RUNX3 gene_id:864|Hs109|chr1 (415 aa)
initn: 2794 init1: 2794 opt: 2794 Z-score: 2041.4 bits: 386.7 E(33420): 2.2e-107
Smith-Waterman score: 2794; 100.0% identity (100.0% similar) in 410 aa overlap (20-429:6-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 MRIPVDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQAAVGPGG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 RARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 VTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 HRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKPFPDRFGDLERLRMRVTPSTPSPRGSLSTTSHFS
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 SQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSG
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 TSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMV
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 AGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGR
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 MDEAVWRPY
:::::::::
CCDS25 MDEAVWRPY
410
>>CCDS42922.1 RUNX1 gene_id:861|Hs109|chr21 (453 aa)
initn: 1603 init1: 919 opt: 1075 Z-score: 794.7 bits: 156.2 E(33420): 6.2e-38
Smith-Waterman score: 1539; 57.9% identity (73.0% similar) in 456 aa overlap (20-416:6-440)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENS--GALSAQAAVGP
: :::::::::: :. . :::.: :: .: ::.
CCDS42 MRIPVDASTSRRFTPPSTAL----SPGKMSEALPLGAPDAGAAL--
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 GGRARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDG
.:. : ::::.::::: :::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::::::
CCDS42 AGKLRSGDRSMVEVLADHPGELVRTDSPNFLCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 TVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVA
:.::::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
CCDS42 TLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB7 TYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKP----FPDRFGDLERLR---MRVTPS----TP
:::::::.:::::::::::::::.::::: : .:...::.:: :::.: ::
CCDS42 TYHRAIKITVDGPREPRRHRQKLDDQTKPGSLSFSERLSELEQLRRTAMRVSPHHPAPTP
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260
pF1KB7 SPRGSLSTTSHFSSQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSF---------------------
.::.::. .. :. :::. .: : ...: : : ..:.:.
CCDS42 NPRASLNHSTAFNPQPQSQMQDTRQIQP-SPPWSYDQSYQYLGSIASPSVHPATPISPGR
230 240 250 260 270
270 280 290 300
pF1KB7 ------------------PTLPTLTESR-FP------DPRMHYPGAMSAAFPYSATPSGT
: : .... : :: ::::::::: : :: :: .
CCDS42 ASGMTTLSAELSSRLSTAPDLTAFSDPRQFPALPSISDPRMHYPGA----FTYSPTPVTS
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMVA
.:. .....: ...:.: :::::::::. : :.:::::. ::::::.:.::::::::
CCDS42 GIG-IGMSAMGSATRYH-TYLPPPYPGSSQAQGGPFQASSPSYHLYYGASAGSYQFSMV-
340 350 360 370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGRM
::.::: :.: ::..... : :.:::: .::: :::.:::::::: ..
CCDS42 ----GGERSPPRILPPCTNASTGSA---LLNPSLPNQSDVVEAEGSHSNSPTNMAPSARL
400 410 420 430 440
pF1KB7 DEAVWRPY
CCDS42 EEAVWRPY
450
>>CCDS13639.1 RUNX1 gene_id:861|Hs109|chr21 (480 aa)
initn: 1673 init1: 919 opt: 1075 Z-score: 794.3 bits: 156.2 E(33420): 6.5e-38
Smith-Waterman score: 1585; 56.6% identity (71.3% similar) in 488 aa overlap (1-416:1-467)
10 20 30 40
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNR-------------DPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENS
:::.:::.:::.: : : : :::::::::: :. . :::.:
CCDS13 MASDSIFESFPSYPQCFMRECILGMNPSRDVHDASTSRRFTPPSTAL----SPGKMSEAL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 --GALSAQAAVGPGGRARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPV
:: .: ::. .:. : ::::.::::: :::::::::::::::::.:::::::::.
CCDS13 PLGAPDAGAAL--AGKLRSGDRSMVEVLADHPGELVRTDSPNFLCSVLPTHWRCNKTLPI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 AFKVVALGDVPDGTVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFT
::::::::::::::.::::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AFKVVALGDVPDGTLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB7 LTITVFTNPTQVATYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKP----FPDRFGDLERLR--
::::::::: ::::::::::.:::::::::::::::.::::: : .:...::.::
CCDS13 LTITVFTNPPQVATYHRAIKITVDGPREPRRHRQKLDDQTKPGSLSFSERLSELEQLRRT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB7 -MRVTPS----TPSPRGSLSTTSHFSSQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSF--------
:::.: ::.::.::. .. :. :::. .: : ...: : : ..:.:.
CCDS13 AMRVSPHHPAPTPNPRASLNHSTAFNPQPQSQMQDTRQIQP-SPPWSYDQSYQYLGSIAS
240 250 260 270 280 290
270 280
pF1KB7 -------------------------------PTLPTLTESR-FP------DPRMHYPGAM
: : .... : :: :::::::::
CCDS13 PSVHPATPISPGRASGMTTLSAELSSRLSTAPDLTAFSDPRQFPALPSISDPRMHYPGA-
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 SAAFPYSATPSGTSISSLSVAGMPATSRFHHTYLPPPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYY
: :: :: ..:. .....: ...:.: :::::::::. : :.:::::. :::::
CCDS13 ---FTYSPTPVTSGIG-IGMSAMGSATRYH-TYLPPPYPGSSQAQGGPFQASSPSYHLYY
360 370 380 390 400
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 GTSSGSYQFSMVAGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAASVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSH
:.:.:::::::: ::.::: :.: ::..... : :.:::: .::: :::.:::
CCDS13 GASAGSYQFSMV-----GGERSPPRILPPCTNASTGSA---LLNPSLPNQSDVVEAEGSH
410 420 430 440 450
410 420
pF1KB7 SNSPTALSTPGRMDEAVWRPY
::::: ..
CCDS13 SNSPTNMAPSARLEEAVWRPY
460 470 480
>>CCDS46646.1 RUNX1 gene_id:861|Hs109|chr21 (250 aa)
initn: 1049 init1: 919 opt: 1040 Z-score: 773.1 bits: 151.3 E(33420): 9.9e-37
Smith-Waterman score: 1087; 72.3% identity (84.3% similar) in 242 aa overlap (20-248:6-241)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENS--GALSAQAAVGP
: :::::::::: :. . :::.: :: .: ::..
CCDS46 MRIPVDASTSRRFTPPSTAL----SPGKMSEALPLGAPDAGAALA-
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 GGRARPEVRSMVDVLADHAGELVRTDSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDG
:. : ::::.::::: :::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::::::
CCDS46 -GKLRSGDRSMVEVLADHPGELVRTDSPNFLCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 TVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVA
:.::::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
CCDS46 TLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB7 TYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLEDQTKP----FPDRFGDLERLR---MRVTPS----TP
:::::::.:::::::::::::::.::::: : .:...::.:: :::.: ::
CCDS46 TYHRAIKITVDGPREPRRHRQKLDDQTKPGSLSFSERLSELEQLRRTAMRVSPHHPAPTP
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 SPRGSLSTTSHFSSQPQTPIQGTSELNPFSDPRQFDRSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGA
.::.::. .. :. :::. .:
CCDS46 NPRASLNHSTAFNPQPQSQMQEEDTAPWRC
230 240 250
>>CCDS64443.1 RUNX2 gene_id:860|Hs109|chr6 (485 aa)
initn: 1688 init1: 881 opt: 1004 Z-score: 742.8 bits: 146.7 E(33420): 4.8e-35
Smith-Waterman score: 1494; 55.4% identity (66.9% similar) in 502 aa overlap (20-424:6-480)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQ-------
::::::::.::: .. :::.. : ...::
CCDS64 MRIPVDPSTSRRFSPPSSSLQ----PGKMSDVSPVVAAQQQQQQQQ
10 20 30 40
60 70 80
pF1KB7 ----------------------------AAVGPGGRARP--EVRSMVDVLADHAGELVRT
::.. : :: . :.::...::: .:::::
CCDS64 QQQQQQQQQQQQQQQEAAAAAAAAAAAAAAAAAVPRLRPPHDNRTMVEIIADHPAELVRT
50 60 70 80 90 100
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 DSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMK
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 DSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGEVPDGTVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMK
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLED
::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS64 NQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLDD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240
pF1KB7 QTKP--FPDRFGDLERL---RMRVTPSTPSPRGSL-STTSHFSSQPQ-------------
.:: : ::..:: :. ::: .:: :: :. : :. : :
CCDS64 -SKPSLFSDRLSDLGRIPHPSMRVGVPPQNPRPSLNSAPSPFNPQGQSQITDPRQAQSSP
230 240 250 260 270 280
250 260
pF1KB7 -----------------------TP------------------IQGTSELNPFSDPRQFD
:: :.:.:::.::::::::
CCDS64 PWSYDQSYPSYLSQMTSPSIHSTTPLSSTRGTGLPAITDVPRRISGASELGPFSDPRQF-
290 300 310 320 330 340
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 RSFPTLPTLTESRFPDPRMHYPGAMSAAFPYSATPSGTSISSLSVAGMPATSRFHHTYLP
:.. .:::::: .:::::: :.: : :: :: :: :: ::...: ::::
CCDS64 ---PSISSLTESRFSNPRMHYP----ATFTY--TPPVTSGMSL---GMSATTHYH-TYLP
350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 PPYPGAPQNQSGPFQANPSPYHLYYGTSSGSYQFSMVAGSSSGGDRSPTRMLASCTSSAA
:::::. :.::::::.. .:: :::::::::::: :: : :::::.::: ::...
CCDS64 PPYPGSSQSQSGPFQTSSTPY-LYYGTSSGSYQFPMVPG----GDRSPSRMLPPCTTTS-
390 400 410 420 430 440
390 400 410 420
pF1KB7 SVAAGNLMNPSLGGQSDGVEADGSHSNSPTALSTPGRMDEAVWRPY
...:.::.: .:.:::.::::::.:::.:.. :::::.
CCDS64 --NGSTLLNPNLPNQNDGVDADGSHSSSPTVLNSSGRMDESVWRPY
450 460 470 480
>>CCDS43468.2 RUNX2 gene_id:860|Hs109|chr6 (499 aa)
initn: 1723 init1: 881 opt: 1004 Z-score: 742.6 bits: 146.7 E(33420): 4.9e-35
Smith-Waterman score: 1522; 54.6% identity (66.7% similar) in 520 aa overlap (2-424:2-494)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MASNSIFDSFPTYSPTFNRDPSTSRRFTPPSPAFPCGGGGGKMGENSGALSAQ-------
::::.:.. . .: ::::::::.::: .. :::.. : ...::
CCDS43 MASNSLFSTVTPCQQNFFWDPSTSRRFSPPSSSLQ----PGKMSDVSPVVAAQQQQQQQQ
10 20 30 40 50
60 70 80
pF1KB7 ----------------------------AAVGPGGRARP--EVRSMVDVLADHAGELVRT
::.. : :: . :.::...::: .:::::
CCDS43 QQQQQQQQQQQQQQQEAAAAAAAAAAAAAAAAAVPRLRPPHDNRTMVEIIADHPAELVRT
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 DSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGDVPDGTVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMK
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DSPNFLCSVLPSHWRCNKTLPVAFKVVALGEVPDGTVVTVMAGNDENYSAELRNASAVMK
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPTQVATYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLED
::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS43 NQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKVTVDGPREPRRHRQKLDD
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