Result of FASTA (omim) for
pF1KB7880
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7880, 640 aa
1>>>pF1KB7880 640 - 640 aa - 640 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2866+/-0.000852; mu= 25.1130+/- 0.053
mean_var=437.9225+/-86.484, 0's: 0 Z-trim(110.9): 1945 B-trim: 63 in 1/53
Lambda= 0.061288
statistics sampled from 17085 (19349) to 17085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.542), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 10.220
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 2112 203.2 2.6e-51
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1638 161.3 1.1e-38
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1638 161.3 1.1e-38
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1638 161.3 1.1e-38
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1638 161.3 1.1e-38
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1638 161.3 1.1e-38
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1638 161.3 1.1e-38
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1638 161.4 1.1e-38
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1638 161.4 1.1e-38
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1638 161.4 1.1e-38
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1638 161.4 1.1e-38
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1638 161.4 1.1e-38
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1628 160.2 1.8e-38
XP_016882750 (OMIM: 194555) PREDICTED: zinc finger ( 707) 1629 160.5 1.9e-38
NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 22 ( 707) 1629 160.5 1.9e-38
NP_037530 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [ ( 707) 1629 160.5 1.9e-38
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1628 160.4 1.9e-38
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1628 160.4 1.9e-38
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1628 160.4 1.9e-38
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1628 160.4 1.9e-38
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1600 157.7 1e-37
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1600 157.8 1.1e-37
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1601 158.1 1.1e-37
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1601 158.1 1.1e-37
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1600 157.9 1.1e-37
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1600 157.9 1.1e-37
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1601 158.2 1.1e-37
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 1601 158.2 1.1e-37
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1600 157.9 1.1e-37
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 1585 156.5 2.7e-37
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1579 155.9 3.7e-37
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1579 155.9 3.7e-37
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1579 156.0 3.9e-37
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1579 156.0 3.9e-37
NP_001138296 (OMIM: 604750) zinc finger protein 23 ( 700) 1578 156.0 4.2e-37
>>NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [Homo (706 aa)
initn: 6134 init1: 1271 opt: 2112 Z-score: 1042.2 bits: 203.2 E(85289): 2.6e-51
Smith-Waterman score: 2112; 47.8% identity (75.0% similar) in 627 aa overlap (24-640:35-654)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAEAALVNTPQIPMVTEEFVKPSQGHVTFEDIAVYFSQEEWGLLDEAQRCLYH
.. :::::.::::::::: ::: ::: :::
NP_003 SPQVLMGLPALLMGPAQHTSWPCGSAVPTLKSMVTFEDVAVYFSQEEWELLDAAQRHLYH
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DVMLENFSLMASVGCLHGIEAEEAPSEQTLSAQGVSQARTPKLGPSIPNAHSCEMCILVM
.:::::. :..:.: ::.:.: : .:..:.. : :.: :. :: .:.::.:: .
NP_003 SVMLENLELVTSLGSWHGVEGEGAHPKQNVSVE-VLQVRIPNADPSTKKANSCDMCGPFL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 KDILYLSEHQGTLPWQKPYTSVASGKWFSFGSNLQQHQNQDSGEKHIRKEESSALLLNSC
::::.:.::::: .:::: : :. : ...::.:::.. :: : .: .. :..:
NP_003 KDILHLAEHQGTQSEEKPYTCGACGRDFWLNANLHQHQKEHSGGKPFRWYKDRDALMKSS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB7 KIPLSDNLFPCKDVEKDFPTILG---LLQHQTTHSRQE-YAHRSRET---FQQRRYKCE-
:. ::.: : :.. : .::: ::: :.. : :. :.. .. :. ..:
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190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 --QVFNEKVHVTEHQRVHTGEKAYKRREYGKSLNSKYLFVEHQRTHNAEKPYVCNICGKS
..: .. . .: :.:. : . :. :. : .. ... :..: :.::. :::.
NP_003 CGKAFLKSSTLPNHLRTHSEEIPFTCPTGGNFLEEKSIL-GNKKFHTGEIPHVCKECGKA
250 260 270 280 290
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pF1KB7 FLHKQTLVGHQQRIHTRERSYVCIECGKSLSSKYSLVEHQRTHNGEKPYVCNVCGKSFRH
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.. .. :. ..::::::. :..::..: .: . .:::.::: :.::.::::: ...
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360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 LLDHHRIHTGERPYECKECGKAFIHKKRLLEHQRIHTGEKPYVCIICGKSFIRSSDYMRH
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NP_003 LIQHWRVHTGERPYECSECGRAFNNNSNLAQHQKVHTGERPFECSECGRDFSQSSHLLRH
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pF1KB7 QRIHTGERAYECSDCGKAFISKQTLLKHHKIHTRERPYECSECGKGFYLEVKLLQHQRIH
:..::::: .:: :::::: ...::..:.:.:: .:::::::: :.: .:.:: :::
NP_003 QKVHTGERPFECCDCGKAFSNSSTLIQHQKVHTGQRPYECSECRKSFSRSSSLIQHWRIH
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pF1KB7 TREQLCECNECGKVFSHQKRLLEHQKVHTGEKPCECSECGKCFRHRTSLIQHQKVHSGER
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NP_003 TGEKPYECSECGKAFAHSSTLIEHWRVHTKERPYECNECGKFFSQNSILIKHQKVHTGEK
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pF1KB7 PYNCTACEKAFIYKNKLVEHQRIHTGEKPYECGKCGKAFNKRYSLVRHQKVHITEEP
::.:. : : : :..:. : :.::::.::::..::.::.. :::::.:: :.:
NP_003 PYKCSECGKFFSRKSSLICHWRVHTGERPYECSECGRAFSSNSHLVRHQRVHTQERPYEC
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NP_003 IQCGKAFSERSTLVRHQKVHTRERTYECSQCGKLFSHLCNLAQHKKIHT
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>>NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 iso (693 aa)
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Smith-Waterman score: 1656; 43.1% identity (65.6% similar) in 576 aa overlap (93-640:93-660)
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MASVGCLHGIEAEEAPSEQTLSAQGVSQARTPKLGPSIPNAHSCEMCILVMKDILYLSEH
: :: ::: :.:. ..: : .:
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. . .. ..:. : . . ...: .: :::. .... . .
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:: ..:. : . : :..:: :. ... .: ..: :.
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pF1KB7 ----YKCEQ---VFNEKVHVTEHQRVHTGEKAYKRREYGKSLNSKYLFVEHQRTHNAEKP
: : : ::. : .. ::..:::.: :: : ::.. .. . .: : :..:::
NP_001 GEKPYLCTQCGKVFTLKSNLITHQKIHTGQKPYKCSECGKAFFQRSDLFRHLRIHTGEKP
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pF1KB7 YVCNICGKSFLHKQTLVGHQQRIHTRERSYVCIECGKSLSSKYSLVEHQRTHNGEKPYVC
: :. :::.: ... : :: . :: :. : : ::::... : .: ::: :.:::::::
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pF1KB7 NVCGKSFRHKQTFVGHQQRIHTGERPYVCMECGKSFIHSYDRIRHQRVHTGEGAYQCSEC
:::.: .:. : :: ::::::.:: : .::::: .. . :::.:::: : :.::
NP_001 ADCGKAFIQKSHFNTHQ-RIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQLHVHQRIHTGEKPYICTEC
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pF1KB7 GKSFIYKQSLLDHHRIHTGERPYECKECGKAFIHKKRLLEHQRIHTGEKPYVCIICGKSF
:: : .. .: :.. ::::.:: : :::::: .. :..::. ::::::: : :::.:
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pF1KB7 IRSSDYMRHQRIHTGERAYECSDCGKAFISKQTLLKHHKIHTRERPYECSECGKGFYLEV
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NP_001 IWKSRLKIHQKSHIGERHYECKDCGKAFIQKSTLSVHQRIHTGEKPYVCPECGKAFIQKS
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pF1KB7 KLLQHQRIHTREQLCECNECGKVFSHQKRLLEHQKVHTGEKPCECSECGKCFRHRTSLIQ
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NP_001 HFIAHHRIHTGEKPYECSDCGKCFTKKSQLRVHQKIHTGEKPNICAECGKAFTDRSNLIT
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pF1KB7 HQKVHSGERPYNCTACEKAFIYKNKLVEHQRIHTGEKPYECGKCGKAFNKRYSLVRHQKV
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NP_001 HQKIHTREKPYECGDCGKTFTWKSRLNIHQKSHTGERHYECSKCGKAFIQKATLSMHQII
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640
pF1KB7 HITEEP
: ..:
NP_001 HTGKKPYACTECQKAFTDRSNLIKHQKMHSGEKRYKASD
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>>NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 iso (693 aa)
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pF1KB7 MASVGCLHGIEAEEAPSEQTLSAQGVSQARTPKLGPSIPNAHSCEMCILVMKDILYLSEH
: :: ::: :.:. ..: : .:
NP_001 ENQNNLLSHVKVLIKERGYEHKNIEKIIHVTTKLVPSIKRLHNCDT---ILKHTLNSHNH
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB7 QGTLPWQKPYTSVASGKWFSFGSNLQQHQNQDSG---------EKHIRKEESSALLLNSC
. . .. ..:. : . . ...: .: :::. .... . .
NP_001 NRNSATKNLGKIFGNGNNFPHSPSSTKNENAKTGANSCEHDHYEKHLSHKQAPT---HHQ
120 130 140 150 160 170
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pF1KB7 KIPLSDNLFPCKDVEKDFPTILGLLQHQTTHS--RQEYAHRSRETFQQRR----------
:: ..:. : . : :..:: :. ... .: ..: :.
NP_001 KIHPEEKLYVCTECVMGFTQKSHLFEHQRIHAGEKSRECDKSNKVFPQKPQVDVHPSVYT
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230 240 250 260 270
pF1KB7 ----YKCEQ---VFNEKVHVTEHQRVHTGEKAYKRREYGKSLNSKYLFVEHQRTHNAEKP
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NP_001 GEKPYLCTQCGKVFTLKSNLITHQKIHTGQKPYKCSECGKAFFQRSDLFRHLRIHTGEKP
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pF1KB7 YVCNICGKSFLHKQTLVGHQQRIHTRERSYVCIECGKSLSSKYSLVEHQRTHNGEKPYVC
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NP_001 YECSECGKGFSQNSDLSIHQ-KTHTGEKHYECNECGKAFTRKSALRMHQRIHTGEKPYVC
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pF1KB7 GKSFIYKQSLLDHHRIHTGERPYECKECGKAFIHKKRLLEHQRIHTGEKPYVCIICGKSF
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NP_001 GKVFTHRTNLTTHQKTHTGEKPYMCAECGKAFTDQSNLIKHQKTHTGEKPYKCNGCGKAF
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pF1KB7 IRSSDYMRHQRIHTGERAYECSDCGKAFISKQTLLKHHKIHTRERPYECSECGKGFYLEV
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NP_001 IWKSRLKIHQKSHIGERHYECKDCGKAFIQKSTLSVHQRIHTGEKPYVCPECGKAFIQKS
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.. ..:. : . . ...: .: :::. .... . . :: .
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NP_700 KIHPEEKLYVCTECVMGFTQKSHLFEHQRIHAGEKSRECDKSNKVFPQKPQVDVHPSVYT
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]