Result of FASTA (omim) for
pF1KB7863
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7863, 554 aa
1>>>pF1KB7863 554 - 554 aa - 554 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9028+/-0.000768; mu= 24.6452+/- 0.048
mean_var=358.9372+/-71.472, 0's: 0 Z-trim(110.8): 1972 B-trim: 690 in 2/51
Lambda= 0.067696
statistics sampled from 16881 (19201) to 16881 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.543), E-opt: 0.2 (0.225), width: 16
Scan time: 8.860
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006722685 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_011525946 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_006722684 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_016881644 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_006722683 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_006722686 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_016881643 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2391 249.4 2.4e-65
XP_011525952 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
NP_001258243 (OMIM: 604751) zinc finger protein 26 ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_006722690 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881650 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881649 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881651 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
NP_006622 (OMIM: 604751) zinc finger protein 266 [ ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881647 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881646 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881645 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_011525950 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_011525949 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881648 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_005259773 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881656 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881652 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_006722693 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881654 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881653 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
XP_016881655 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2060 217.0 1.3e-55
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 1564 168.7 5.1e-41
NP_001008727 (OMIM: 194628) zinc finger protein 12 ( 390) 1520 163.9 8.5e-40
NP_001295198 (OMIM: 194628) zinc finger protein 12 ( 390) 1520 163.9 8.5e-40
XP_016882728 (OMIM: 194628) PREDICTED: zinc finger ( 390) 1520 163.9 8.5e-40
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 1508 163.2 2.3e-39
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1472 159.5 2.4e-38
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1472 159.5 2.4e-38
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1472 159.5 2.4e-38
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1472 159.5 2.4e-38
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1472 159.7 2.6e-38
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1472 159.7 2.6e-38
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1472 159.7 2.6e-38
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1472 159.7 2.6e-38
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1472 159.7 2.6e-38
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1472 159.8 2.7e-38
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1472 159.8 2.7e-38
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1472 159.8 2.7e-38
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1472 159.8 2.7e-38
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1448 157.8 1.5e-37
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1448 157.8 1.5e-37
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1448 157.8 1.5e-37
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1448 157.8 1.5e-37
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1448 157.8 1.5e-37
>>XP_006722685 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro (616 aa)
initn: 1851 init1: 1851 opt: 2391 Z-score: 1294.0 bits: 249.4 E(85289): 2.4e-65
Smith-Waterman score: 2391; 62.8% identity (80.2% similar) in 556 aa overlap (1-554:1-553)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAAADLSHGHYLSGDPVCLHEEKTPAGRIVADCLTDCYQDSVTFDDVAVDFTQEEWTLLD
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XP_006 MAATDLSYGLYR--DPVCL-QEKTEVERVVADCLTNCYQDSVTFDDLAVDFTPEEWTLLD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 STQRSLYSDVMLENYKNLATVGGQIIKPSLISWLEQEESRTVQGGVLQG--WEMRLETQW
:::.:: :::::::::::::: :..::::::::::::::::: : .:. :...:.:.
XP_006 PTQRNLYRDVMLENYKNLATVGYQLFKPSLISWLEQEESRTVQRGDFQASEWKVQLKTKE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 SILQQDFLRGQTSIGIQLEGKHNGRELCDCEQCGEVFSEHSCLKTHVRTQSTGNTHDCNQ
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XP_006 LALQQDVLGEPTSSGIQMIGSHNGGEVSDVKQCGDVSSEHSCLKTHVRTQNSENTFECYL
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pF1KB7 YGKDFLTLCEKTSTGEKLSEFNQSEKIFSLTPNIVYQRTSTQEKSFECSHCGKSFINESY
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XP_006 YGVDFLTLHKKTSTGEQRSVFSQCGKAFSLNPDVVCQRTCTGEKAFDCSDSGKSFINHSH
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pF1KB7 LQAHMRTHNGEKLYEWRNYGPGFIDSTSLSVLIETLNAKKPYKCKECGKGYRYPAYLSIH
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XP_006 LQGHLRTHNGESLHEWKECGRGFIHSTDLAVRIQTHRSEKPYKCKECGKGFRYSAYLNIH
240 250 260 270 280 290
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pF1KB7 MRTHTGEKPYECKECGKAFNYSNSFQIHGRTHTGEKPYVCKECGKAFTQYSGLSMHVRSH
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XP_006 MGTHTGDNPYECKECGKAFTRSCQLTQHRKTHTGEKPYKCKDCGRAFTVSSCLSQHMKIH
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pF1KB7 SGDKPYECKECGKSFLTSSRLIQHIRTHTGEKPFVCVECGKAFAVSSNLSGHLRTHTEEK
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360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 ACECKICGKVFGYPSCLNNHMRTHSAQKPYTCKECGKAFNYSTHLKIHMRIHTGEKPYEC
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XP_006 PYKCKDCGKAFTQNSDLTKHARTHSGERPYECKECGKAFARSSRLSEHTRTHTGEKPFEC
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pF1KB7 KQCGKAFSHSSSFQIHERTHTGEKPYECKECGKAFTCSSSFRIHEKTHTEEKPYKCQQCG
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XP_006 VKCGKAFAISSNLSGHLRIHTGEKPFECLECGKAFTHSSSLNNHMRTHSAKKPFTCMECG
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KB7 KAYSHPRSLRRHEQIH
::.. : . : .::
XP_006 KAFKFPTCVNLHMRIHTGEKPYKCKQCGKSFSYSNSFQLHERTHTGEKPYECKECGKAFS
540 550 560 570 580 590
>--
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450 460 470 480 490 500
pF1KB7 THSAQKPYTCKECGKAFNYSTHLKIHMRIHTGEKPYECKQCGKAFSHSSSFQIHERTHTG
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pF1KB7 EKPYECKECGKAFTCSSSFRIHEKTHTEEKPYKCQQCGKAYSHPRSLRRHEQIH
:::::::::::::. ::::: ::. :..:.
XP_006 EKPYECKECGKAFSSSSSFRNHERRHADERLSA
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>>XP_011525946 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro (616 aa)
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Smith-Waterman score: 2391; 62.8% identity (80.2% similar) in 556 aa overlap (1-554:1-553)
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pF1KB7 MAAADLSHGHYLSGDPVCLHEEKTPAGRIVADCLTDCYQDSVTFDDVAVDFTQEEWTLLD
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pF1KB7 STQRSLYSDVMLENYKNLATVGGQIIKPSLISWLEQEESRTVQGGVLQG--WEMRLETQW
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pF1KB7 SILQQDFLRGQTSIGIQLEGKHNGRELCDCEQCGEVFSEHSCLKTHVRTQSTGNTHDCNQ
:::: : :: :::. :.::: :. : .:::.: :::::::::::::.. :: .:
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pF1KB7 YGKDFLTLCEKTSTGEKLSEFNQSEKIFSLTPNIVYQRTSTQEKSFECSHCGKSFINESY
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XP_011 YGVDFLTLHKKTSTGEQRSVFSQCGKAFSLNPDVVCQRTCTGEKAFDCSDSGKSFINHSH
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pF1KB7 LQAHMRTHNGEKLYEWRNYGPGFIDSTSLSVLIETLNAKKPYKCKECGKGYRYPAYLSIH
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XP_011 VGEKPYECKECGIAFTRSSQLTEHLKTHTAKDPFECKICGKSFRNSSCLSDHFRIHTGIK
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pF1KB7 THSAQKPYTCKECGKAFNYSTHLKIHMRIHTGEKPYECKQCGKAFSHSSSFQIHERTHTG
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XP_011 EKPYECKECGKAFSSSSSFRNHERRHADERLSA
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>>XP_006722684 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro (616 aa)
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XP_006 YGVDFLTLHKKTSTGEQRSVFSQCGKAFSLNPDVVCQRTCTGEKAFDCSDSGKSFINHSH
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XP_011 EKPYECKECGKAFSSSSSFRNHERRHADERLSA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]