Result of FASTA (omim) for
pF1KB7837
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7837, 540 aa
1>>>pF1KB7837 540 - 540 aa - 540 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6391+/-0.00102; mu= 9.0445+/- 0.063
mean_var=417.8728+/-82.629, 0's: 0 Z-trim(110.9): 1949 B-trim: 83 in 1/49
Lambda= 0.062741
statistics sampled from 17096 (19408) to 17096 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.534), E-opt: 0.2 (0.228), width: 16
Scan time: 8.360
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003428 (OMIM: 604078) zinc finger protein 136 [ ( 540) 3911 370.0 1.1e-101
XP_011526571 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger ( 508) 3696 350.5 7.4e-96
XP_016882732 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger ( 474) 3450 328.1 3.6e-89
NP_057348 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 is ( 615) 2196 214.8 6.1e-55
XP_011526366 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 616) 2189 214.2 9.4e-55
XP_011526364 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 653) 2189 214.2 9.7e-55
NP_001157748 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 ( 663) 2189 214.2 9.8e-55
XP_006722936 (OMIM: 194543) PREDICTED: zinc finger ( 569) 2167 212.1 3.6e-54
NP_005806 (OMIM: 606697) zinc finger protein 443 [ ( 671) 2158 211.5 6.9e-54
XP_016881629 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 673) 2144 210.2 1.7e-53
XP_016881628 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 685) 2143 210.1 1.8e-53
XP_011525925 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 718) 2143 210.1 1.8e-53
NP_660338 (OMIM: 612248) zinc finger protein 627 i ( 461) 2123 208.0 5.2e-53
NP_001190179 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 ( 529) 2109 206.8 1.3e-52
NP_066966 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 is ( 532) 2102 206.2 2.1e-52
XP_016882359 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 583) 2006 197.6 8.9e-50
XP_011525924 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 639) 1985 195.8 3.5e-49
XP_011526368 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 571) 1961 193.5 1.5e-48
NP_001277012 (OMIM: 612248) zinc finger protein 62 ( 429) 1927 190.2 1.1e-47
XP_011526082 (OMIM: 612248) PREDICTED: zinc finger ( 429) 1927 190.2 1.1e-47
XP_005259991 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 503) 1792 178.1 5.6e-44
XP_016882360 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 503) 1792 178.1 5.6e-44
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 1777 176.9 1.6e-43
NP_001277013 (OMIM: 612248) zinc finger protein 62 ( 351) 1664 166.2 1.5e-40
NP_001277014 (OMIM: 612248) zinc finger protein 62 ( 351) 1664 166.2 1.5e-40
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 1664 166.7 1.9e-40
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1604 161.1 7.6e-39
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1604 161.1 7.6e-39
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1604 161.1 7.6e-39
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1604 161.1 7.6e-39
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1604 161.3 8.4e-39
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1604 161.3 8.7e-39
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1604 161.3 8.7e-39
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1604 161.3 8.7e-39
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1604 161.3 8.7e-39
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1604 161.3 8.8e-39
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1604 161.3 8.8e-39
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1604 161.3 8.8e-39
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1604 161.3 8.8e-39
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 1587 159.6 2.3e-38
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 1567 158.1 9.8e-38
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1557 156.9 1.5e-37
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1557 156.9 1.5e-37
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1557 157.0 1.6e-37
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1557 157.0 1.6e-37
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1557 157.0 1.6e-37
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1557 157.0 1.6e-37
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1557 157.0 1.6e-37
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1557 157.0 1.6e-37
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1557 157.0 1.6e-37
>>NP_003428 (OMIM: 604078) zinc finger protein 136 [Homo (540 aa)
initn: 3911 init1: 3911 opt: 3911 Z-score: 1946.8 bits: 370.0 E(85289): 1.1e-101
Smith-Waterman score: 3911; 100.0% identity (100.0% similar) in 540 aa overlap (1-540:1-540)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDSVAFEDVDVNFTQEEWALLDPSQKNLYRDVMWETMRNLASIGKKWKDQNIKDHYKHRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MDSVAFEDVDVNFTQEEWALLDPSQKNLYRDVMWETMRNLASIGKKWKDQNIKDHYKHRG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RNLRSHMLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKIPGVKLCESIVYGEVSMGQSSLNRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RNLRSHMLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKIPGVKLCESIVYGEVSMGQSSLNRH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKDHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFRTHEIIHTGEKLYDCKECGKTFFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IKDHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFRTHEIIHTGEKLYDCKECGKTFFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 KRIRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHERSHTGEKPYECQECGKAFTCITSVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KRIRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHERSHTGEKPYECQECGKAFTCITSVR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RHMIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTGEKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RHMIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTGEKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHER
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 THTGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPFVCKQCGKAFRSASTFQIHERTHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 THTGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPFVCKQCGKAFRSASTFQIHERTHTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EKPYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGEGPYKCKVCGKPFHSLSPFRIHERTHTGEKPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKPYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGEGPYKCKVCGKPFHSLSPFRIHERTHTGEKPY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 VCKHCGKAFVSSTSIRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VCKHCGKAFVSSTSIRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 CGKAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKECGKAYSCRASFQRHMLTHAEDGPPYKCMWESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CGKAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKECGKAYSCRASFQRHMLTHAEDGPPYKCMWESL
490 500 510 520 530 540
>>XP_011526571 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger pro (508 aa)
initn: 3696 init1: 3696 opt: 3696 Z-score: 1841.9 bits: 350.5 E(85289): 7.4e-96
Smith-Waterman score: 3696; 100.0% identity (100.0% similar) in 508 aa overlap (33-540:1-508)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SVAFEDVDVNFTQEEWALLDPSQKNLYRDVMWETMRNLASIGKKWKDQNIKDHYKHRGRN
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MWETMRNLASIGKKWKDQNIKDHYKHRGRN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LRSHMLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKIPGVKLCESIVYGEVSMGQSSLNRHIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LRSHMLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKIPGVKLCESIVYGEVSMGQSSLNRHIK
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFRTHEIIHTGEKLYDCKECGKTFFSLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFRTHEIIHTGEKLYDCKECGKTFFSLKR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHERSHTGEKPYECQECGKAFTCITSVRRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHERSHTGEKPYECQECGKAFTCITSVRRH
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 MIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTGEKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHERTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTGEKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHERTH
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPFVCKQCGKAFRSASTFQIHERTHTGEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPFVCKQCGKAFRSASTFQIHERTHTGEK
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGEGPYKCKVCGKPFHSLSPFRIHERTHTGEKPYVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGEGPYKCKVCGKPFHSLSPFRIHERTHTGEKPYVC
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 KHCGKAFVSSTSIRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKRCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KHCGKAFVSSTSIRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKRCG
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 KAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKECGKAYSCRASFQRHMLTHAEDGPPYKCMWESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKECGKAYSCRASFQRHMLTHAEDGPPYKCMWESL
460 470 480 490 500
>>XP_016882732 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger pro (474 aa)
initn: 3450 init1: 3450 opt: 3450 Z-score: 1721.8 bits: 328.1 E(85289): 3.6e-89
Smith-Waterman score: 3450; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (67-540:1-474)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 MRNLASIGKKWKDQNIKDHYKHRGRNLRSHMLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKI
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKI
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 PGVKLCESIVYGEVSMGQSSLNRHIKDHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PGVKLCESIVYGEVSMGQSSLNRHIKDHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFR
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 THEIIHTGEKLYDCKECGKTFFSLKRIRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 THEIIHTGEKLYDCKECGKTFFSLKRIRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHER
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 SHTGEKPYECQECGKAFTCITSVRRHMIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SHTGEKPYECQECGKAFTCITSVRRHMIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTG
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 EKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPF
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 VCKQCGKAFRSASTFQIHERTHTGEKPYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGEGPYKCKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VCKQCGKAFRSASTFQIHERTHTGEKPYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGEGPYKCKV
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 CGKPFHSLSPFRIHERTHTGEKPYVCKHCGKAFVSSTSIRIHERTHTGEKPYECKQCGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CGKPFHSLSPFRIHERTHTGEKPYVCKHCGKAFVSSTSIRIHERTHTGEKPYECKQCGKA
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 FSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKRCGKAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKECGKAYSCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKRCGKAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKECGKAYSCR
400 410 420 430 440 450
520 530 540
pF1KB7 ASFQRHMLTHAEDGPPYKCMWESL
::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASFQRHMLTHAEDGPPYKCMWESL
460 470
>>NP_057348 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 isofor (615 aa)
initn: 1531 init1: 1531 opt: 2196 Z-score: 1107.4 bits: 214.8 E(85289): 6.1e-55
Smith-Waterman score: 2196; 58.8% identity (77.2% similar) in 536 aa overlap (1-535:1-534)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDSVAFEDVDVNFTQEEWALLDPSQKNLYRDVMWETMRNLASIGKKWKDQNIKDHYKHRG
::::::::: ::::.:::::: ::::::::::: ::.::: :: ::..::: :....
NP_057 MDSVAFEDVAVNFTHEEWALLGPSQKNLYRDVMRETIRNLNCIGMKWENQNIDDQHQNLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 RNLRSHMLERLYQTKDGSQRGGIFSQFANQNLSKKIPG-VKLCESIVYGEVSMGQSSLNR
:: : ..::. ..::::: : .::. :. ..:. :. : : : : ::: ::.::::
NP_057 RNPRCDVVERFGKSKDGSQCGETLSQIRNSIVNKNTPARVDACGSSVNGEVIMGHSSLNC
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 HIKDHSGHEPKEYQEYGEKPDTRNQCWKPFSSHHSFRTHEIIHTGEKLYDCKECGKTFFS
.:. .::. .: .::.:: :..:: : .: .:::.: : :::.: :::::::::: :
NP_057 YIRVDTGHKHRECHEYAEKSYTHKQCGKGLSYRHSFQTCERPHTGKKPYDCKECGKTFSS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LKRIRRHIITHSGYTPYKCKVCGKAFDYPSRFRTHERSHTGEKPYECQECGKAFTCITSV
.:::.....: ::::..::::: .:: .: :::.:::::::::..:.::: .:
NP_057 PGNLRRHMVVKGGDGPYKCELCGKAFFWPSLLRMHERTHTGEKPYECKQCSKAFPVYSSY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RRHMIKHTGDGPYKCKVCGKPFHSLSSFQVHERIHTGEKPFKCKQCGKAFSCSPTLRIHE
:: :::. ::.:: :.: : . ::. ::: ::::::.:::::::::: : .::.::
NP_057 LRHEKIHTGEKPYECKQCSKAFPDYSSYLRHERTHTGEKPYKCKQCGKAFSVSGSLRVHE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 RTHTGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPFVCKQCGKAFRSASTFQIHERTHT
: ::::::: :::::::: .: :.. : .:.:. : :: :::.: .. .::: :::
NP_057 RIHTGEKPYTCKQCGKAFCHLGSFQRHMIMHSGDGPHKCKICGKGFDFPGSARIHEGTHT
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:: ::: :.: : ...: ::::::::: :..::::: : ... :::: :.::.:
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:.:: :::.: .:.. :: ::::: .:::.::.:: :::::: :::::::.:::.::
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510 520 530 540
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.::::. . .. : :: :: ::.:
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550 560
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::::::::::::::.::.:.: :.: ::: :::.::
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:::: . ::..:. ::::::.:::.::::: . :.:::::.:::.:: : :
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:.. ... : :. . ::.:
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>--
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pF1KB7 KCKQCGKAFSCSPTLRIHERTHTGEKPYECKQCGKAFSYLPSLRLHERIHTGEKPFVCKQ
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>>XP_016881629 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger pro (673 aa)
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XP_016 NCYIRVGAGHKPHEYHECGEKPDTHKQRGKAFSYHNSFQTHERLHTGKKPYDCKECGKSF
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XP_016 SSLGNLQRHMAVQRGDGPYKCKLCGKAFFWPSLLHMHERTHTGEKPYECKQCSKAFSFYS
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pF1KB7 -----------------------IHERTHTGEKPYECKECGEAFSCIPSMRRHMIKHTGE
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XP_016 GPHKCKVCGKAFVYPSVFQRHERTHTAEKPYKCKQCGKAYRISSSLRRHETTHTGEKPYK
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450 460 470 480 490 500
pF1KB7 CKQCGKAFSYLNSFRTHEMIHTGEKPFECKRCGKAFRSSSSFRLHERTHTGQKPYHCKEC
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540 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 22:34:28 2016 done: Fri Nov 4 22:34:30 2016
Total Scan time: 8.360 Total Display time: 0.130
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]