Result of FASTA (omim) for
pF1KB7795
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7795, 461 aa
1>>>pF1KB7795 461 - 461 aa - 461 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5455+/-0.00032; mu= -0.0501+/- 0.020
mean_var=261.2431+/-55.680, 0's: 0 Z-trim(124.3): 359 B-trim: 2478 in 2/57
Lambda= 0.079351
statistics sampled from 45437 (45813) to 45437 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.824), E-opt: 0.2 (0.537), width: 16
Scan time: 8.000
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001035919 (OMIM: 602353) transforming growth fa ( 461) 3330 393.9 4.7e-109
NP_057011 (OMIM: 602353) transforming growth facto ( 444) 3227 382.1 1.6e-105
NP_001158191 (OMIM: 602353) transforming growth fa ( 444) 3227 382.1 1.6e-105
XP_005253974 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 403) 1380 170.7 6.7e-42
XP_016875225 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 748) 1383 171.2 8.4e-42
NP_001230685 (OMIM: 602505) paxillin isoform 3 [Ho ( 605) 1380 170.8 9.1e-42
XP_016875228 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 611) 1380 170.8 9.2e-42
XP_016875227 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 645) 1380 170.8 9.5e-42
XP_016875223 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 888) 1383 171.3 9.6e-42
XP_006719597 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 996) 1383 171.3 1e-41
XP_006719599 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 996) 1383 171.3 1e-41
XP_006719598 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 996) 1383 171.3 1e-41
XP_011536925 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 996) 1383 171.3 1e-41
XP_016875220 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 996) 1383 171.3 1e-41
XP_011536924 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 996) 1383 171.3 1e-41
XP_016875232 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 424) 1374 170.0 1.1e-41
NP_079433 (OMIM: 602505) paxillin isoform 4 [Homo ( 424) 1374 170.0 1.1e-41
XP_016875217 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is (1127) 1383 171.4 1.1e-41
XP_006719595 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is (1129) 1383 171.4 1.1e-41
XP_016875216 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is (1130) 1383 171.4 1.1e-41
XP_016875215 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is (1135) 1383 171.4 1.2e-41
XP_016875222 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 940) 1380 171.0 1.3e-41
NP_002850 (OMIM: 602505) paxillin isoform 1 [Homo ( 557) 1374 170.1 1.4e-41
XP_016875231 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 563) 1374 170.1 1.4e-41
XP_016875224 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 858) 1370 169.8 2.6e-41
XP_016875230 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 589) 1363 168.9 3.4e-41
NP_001074324 (OMIM: 602505) paxillin isoform 2 [Ho ( 591) 1363 168.9 3.4e-41
XP_016875229 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 597) 1363 168.9 3.5e-41
XP_016875226 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is ( 700) 1363 168.9 3.9e-41
XP_016875218 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is (1087) 1363 169.1 5.5e-41
XP_006718813 (OMIM: 605390) PREDICTED: leupaxin is ( 290) 1266 157.5 4.4e-38
NP_001294880 (OMIM: 605390) leupaxin isoform 3 [Ho ( 366) 1266 157.6 5.3e-38
XP_011543692 (OMIM: 605390) PREDICTED: leupaxin is ( 366) 1266 157.6 5.3e-38
XP_011543690 (OMIM: 605390) PREDICTED: leupaxin is ( 366) 1266 157.6 5.3e-38
XP_011543693 (OMIM: 605390) PREDICTED: leupaxin is ( 366) 1266 157.6 5.3e-38
NP_004802 (OMIM: 605390) leupaxin isoform 2 [Homo ( 386) 1266 157.6 5.5e-38
NP_001137467 (OMIM: 605390) leupaxin isoform 1 [Ho ( 391) 1266 157.6 5.5e-38
XP_016875219 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin is (1057) 905 116.6 3.2e-25
XP_016871096 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 463) 633 85.2 4.1e-16
XP_011537495 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 463) 633 85.2 4.1e-16
XP_011537493 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 633) 633 85.3 5.2e-16
XP_011537491 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 696) 633 85.3 5.6e-16
XP_016871095 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 743) 633 85.4 5.9e-16
XP_011537490 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 743) 633 85.4 5.9e-16
XP_011537496 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 400) 627 84.5 5.9e-16
XP_011537487 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 811) 633 85.4 6.3e-16
XP_011537486 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 811) 633 85.4 6.3e-16
XP_011537489 (OMIM: 605906,609452) PREDICTED: LIM ( 748) 627 84.7 9.5e-16
XP_005262755 (OMIM: 605904) PREDICTED: PDZ and LIM ( 493) 621 83.8 1.1e-15
XP_016863147 (OMIM: 605904) PREDICTED: PDZ and LIM ( 498) 621 83.8 1.1e-15
>>NP_001035919 (OMIM: 602353) transforming growth factor (461 aa)
initn: 3330 init1: 3330 opt: 3330 Z-score: 2078.9 bits: 393.9 E(85289): 4.7e-109
Smith-Waterman score: 3330; 100.0% identity (100.0% similar) in 461 aa overlap (1-461:1-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEDLDALLSDLETTTSHMPRSGAPKERPAEPLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEDLDALLSDLETTTSHMPRSGAPKERPAEPLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 STVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ASGEQKEDQSEDKKRPSLPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQNHLPASGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASGEQKEDQSEDKKRPSLPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQNHLPASGPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QPPVVSSTNEGSPSPPEPTGKGSLDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPPVVSSTNEGSPSPPEPTGKGSLDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKMVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYISA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVSAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB7 GRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
430 440 450 460
>>NP_057011 (OMIM: 602353) transforming growth factor be (444 aa)
initn: 3227 init1: 3227 opt: 3227 Z-score: 2015.4 bits: 382.1 E(85289): 1.6e-105
Smith-Waterman score: 3227; 100.0% identity (100.0% similar) in 444 aa overlap (18-461:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEDLDALLSDLETTTSHMPRSGAPKERPAEPLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MPRSGAPKERPAEPLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLY
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 STVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 STVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ASGEQKEDQSEDKKRPSLPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQNHLPASGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ASGEQKEDQSEDKKRPSLPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQNHLPASGPT
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QPPVVSSTNEGSPSPPEPTGKGSLDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QPPVVSSTNEGSPSPPEPTGKGSLDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVV
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKMVT
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYISA
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVSAL
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460
pF1KB7 GRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
410 420 430 440
>>NP_001158191 (OMIM: 602353) transforming growth factor (444 aa)
initn: 3227 init1: 3227 opt: 3227 Z-score: 2015.4 bits: 382.1 E(85289): 1.6e-105
Smith-Waterman score: 3227; 100.0% identity (100.0% similar) in 444 aa overlap (18-461:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEDLDALLSDLETTTSHMPRSGAPKERPAEPLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPRSGAPKERPAEPLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLY
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 STVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ASGEQKEDQSEDKKRPSLPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQNHLPASGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASGEQKEDQSEDKKRPSLPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQNHLPASGPT
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QPPVVSSTNEGSPSPPEPTGKGSLDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPPVVSSTNEGSPSPPEPTGKGSLDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVV
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKMVT
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYISA
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVSAL
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460
pF1KB7 GRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
410 420 430 440
>>XP_005253974 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin isofor (403 aa)
initn: 1350 init1: 1350 opt: 1380 Z-score: 873.2 bits: 170.7 E(85289): 6.7e-42
Smith-Waterman score: 1384; 52.4% identity (71.8% similar) in 372 aa overlap (115-460:32-402)
90 100 110 120 130
pF1KB7 VLGTGLCELDRLLQELNATQFNITDEIMSQFPSSKVASGE-QKEDQSEDKKR------PS
.::: :. : .: : .: :
XP_005 SAPSSTGPQYCPGLPSRKEATPEGRPETCLLPSSPQAQRPIQGLEQRADGERCWAAGWPR
10 20 30 40 50 60
140 150 160 170 180
pF1KB7 LPSSPSPGLPKASATSATLELDRLMASLSDFRVQN-----------HLPAS--GPTQPP-
. ::: .. : :: :..:.:. ::. : : .: :::
XP_005 DGGRSSPGGQDEGGGSWPLEEVVLLVSISS-SVQEGEKYPHPCAARHRTPSLRSPDQPPP
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KB7 ---VVSSTNEGSPSPPE-PTGKGS-LDTMLGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQ
... . :: ::: : :: ::.::: :::::.. :: : :::.::.:.::::::
XP_005 CPQFMAQGKTGSSSPPGGPPKPGSQLDSMLGSLQSDLNKLGVATVAKGVCGACKKPIAGQ
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 VVTALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFFEKDGAPFCPECYFERFSPRCGFCNQPIRHKM
::::.:..:::::::: :. .:. .:::.:: :.: . : . ::::: .:: :: :.
XP_005 VVTAMGKTWHPEHFVCTHCQEEIGSRNFFERDGQPYCEKDYHNLFSPRCYYCNGPILDKV
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 VTALGTHWHPEHFCCVSCGEPFGDEGFHEREGRPYCRRDFLQLFAPRCQGCQGPILDNYI
:::: :::::: :..:: :: :::::..:. :::.:....:::.: :: ::.:::
XP_005 VTALDRTWHPEHFFCAQCGAFFGPEGFHEKDGKAYCRKDYFDMFAPKCGGCARAILENYI
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 SALSALWHPDCFVCRECFAPFSGGSFFEHEGRPLCENHFHARRGSLCATCGLPVTGRCVS
:::..::::.::::::::.:: .::::::.:.: :: :.: ::::::. : :.::::..
XP_005 SALNTLWHPECFVCRECFTPFVNGSFFEHDGQPYCEVHYHERRGSLCSGCQKPITGRCIT
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460
pF1KB7 ALGRRFHPDHFTCTFCLRPLTKGSFQERAGKPYCQPCFLKLFG
:....:::.::.:.:::. :.::.:.:. ::::: ::::::
XP_005 AMAKKFHPEHFVCAFCLKQLNKGTFKEQNDKPYCQNCFLKLFC
370 380 390 400
>>XP_016875225 (OMIM: 602505) PREDICTED: paxillin isofor (748 aa)
initn: 1571 init1: 1350 opt: 1383 Z-score: 871.5 bits: 171.2 E(85289): 8.4e-42
Smith-Waterman score: 1412; 45.7% identity (66.3% similar) in 490 aa overlap (1-460:272-747)
10 20 30
pF1KB7 MEDLDALLSDLETTTSHMPRSGAPKERPAE
...: : :::.... : : : .:
XP_016 TVNQGEMSSPQRVTSTQQQTRISASSATRELDELMASLSDFKVVFP--PGSPIPLRRTIS
250 260 270 280 290
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 PLTPPPSYGHQPQTGSGESSGASGDKDHLYSTVCKPRSPKPAAPAAPPFSSSSGVLGTGL
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pF1KB7 LGLLQSDLSRRGVPTQAKGLCGSCNKPIAGQVVTALGRAWHPEHFVCGGCSTALGGSSFF
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XP_006 DKPYCQNCFLKLFC
990
461 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:26:57 2016 done: Fri Nov 4 09:26:59 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]