Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7779
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7779, 434 aa
1>>>pF1KB7779 434 - 434 aa - 434 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2360+/-0.000807; mu= 20.6463+/- 0.050
mean_var=129.3116+/-28.204, 0's: 0 Z-trim(111.6): 90 B-trim: 556 in 1/50
Lambda= 0.112786
statistics sampled from 12431 (12533) to 12431 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.385), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 434) 2866 477.5 1.1e-134
CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 430) 2361 395.4 5.8e-110
CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 359) 2345 392.7 3.2e-109
CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 351) 2211 370.8 1.2e-102
CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 420) 2156 362.0 6.3e-100
CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 ( 430) 1836 309.9 3e-84
CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 347) 1815 306.4 2.9e-83
CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 ( 374) 1589 269.7 3.5e-72
>>CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (434 aa)
initn: 2866 init1: 2866 opt: 2866 Z-score: 2531.7 bits: 477.5 E(32554): 1.1e-134
Smith-Waterman score: 2866; 100.0% identity (100.0% similar) in 434 aa overlap (1-434:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SGPEKGGGSAAAAAAAAASGGSSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SGPEKGGGSAAAAAAAAASGGSSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 VMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 NFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLPNSGDMFMNMQSLNGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLPNSGDMFMNMQSLNGD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATTPSSVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATTPSSVTS
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 PTEGPGSVHSDTSN
::::::::::::::
CCDS68 PTEGPGSVHSDTSN
430
>>CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (430 aa)
initn: 1266 init1: 1200 opt: 2361 Z-score: 2087.6 bits: 395.4 E(32554): 5.8e-110
Smith-Waterman score: 2361; 83.2% identity (93.9% similar) in 440 aa overlap (1-434:1-430)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGD----GRKQDIGDILHQIMTI
::.: :.... :::..::: :.. : ..:: : ::::::::::.:::::
CCDS12 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHP---GLS----QHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLL
::::::::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::.: ::::::::::::
CCDS12 TDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACN
::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.::::::::::::::::::
CCDS12 AEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKK
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS12 RRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 NIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNS-GSSGSFNLPNSGDMFMNM
::::::::::.:::::::::... : ...:.:::.:::: :::.:::. ::::.::..
CCDS12 NIGKFQEEANIYAAKTAVTATNVSA---HGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 QSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATT
::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::::.....:::....::::::::::
CCDS12 QSLNGDSYQGAQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATT
360 370 380 390 400 410
420 430
pF1KB7 PSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
::::::::::::::::::::
CCDS12 PSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
420 430
>>CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 2345 init1: 2345 opt: 2345 Z-score: 2074.4 bits: 392.7 E(32554): 3.2e-109
Smith-Waterman score: 2345; 100.0% identity (100.0% similar) in 359 aa overlap (76-434:1-359)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 IGDILHQIMTITDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPD
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 PQLMRLDNMLLAEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGSSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 PQLMRLDNMLLAEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGSSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHT
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 ELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 ELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAV
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 MILRSRFLDARRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MILRSRFLDARRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNW
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 FGNKRIRYKKNIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 FGNKRIRYKKNIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLP
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 NSGDMFMNMQSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NSGDMFMNMQSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNA
280 290 300 310 320 330
410 420 430
pF1KB7 NGGWQDATTPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NGGWQDATTPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
340 350
>>CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (351 aa)
initn: 2211 init1: 2211 opt: 2211 Z-score: 1956.6 bits: 370.8 E(32554): 1.2e-102
Smith-Waterman score: 2211; 100.0% identity (100.0% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SGPEKGGGSAAAAAAAAASGGSSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SGPEKGGGSAAAAAAAAASGGSSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 NFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLPNSGDMFMNMQSLNGD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGGYPPSCYQSDGRLQ
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATTPSSVTS
>>CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (420 aa)
initn: 1609 init1: 1200 opt: 2156 Z-score: 1907.4 bits: 362.0 E(32554): 6.3e-100
Smith-Waterman score: 2156; 82.0% identity (93.4% similar) in 410 aa overlap (1-404:1-400)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGD----GRKQDIGDILHQIMTI
::.: :.... :::..::: :.. : ..:: : ::::::::::.:::::
CCDS55 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHP---GLS----QHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLL
::::::::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::.: ::::::::::::
CCDS55 TDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACN
::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.::::::::::::::::::
CCDS55 AEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKK
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS55 RRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 NIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNS-GSSGSFNLPNSGDMFMNM
::::::::::.:::::::::... : ...:.:::.:::: :::.:::. ::::.::..
CCDS55 NIGKFQEEANIYAAKTAVTATNVSA---HGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 QSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATT
::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::::.....:::....
CCDS55 QSLNGDSYQGAQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISHLPRHPRQAH
360 370 380 390 400 410
420 430
pF1KB7 PSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
CCDS55 YHFRLPTWHP
420
>>CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 (430 aa)
initn: 1537 init1: 1106 opt: 1836 Z-score: 1625.9 bits: 309.9 E(32554): 3e-84
Smith-Waterman score: 2090; 78.3% identity (90.7% similar) in 419 aa overlap (23-434:26-430)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPP---PPHGHEGADGDGR-KQDIGDILHQI
:: . :: : : :. :: ::::::::.::
CCDS47 MDERLLGPPPPGGGRGGLGLVSGEPGGPGEPPGGGDPGGGSGGVPGGRGKQDIGDILQQI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 MTITDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..:::.: :::::::::
CCDS47 MTITDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRSSQEEEPVDPQLMRLDN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 MLLAEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGG--SSDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYE
:::::::.:::::::::::::::::::: : ::::::::::.::.:::.:::.::::::
CCDS47 MLLAEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGGVSPDNSIEHSDYRSKLAQIRHIYHSELEKYE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 QACNEFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSR
::::::::::::::::::::::..:::.::::.:::::::.:::::::::::::::::::
CCDS47 QACNEFTTHVMNLLREQSRTRPVAPKEMERMVSIIHRKFSAIQMQLKQSTCEAVMILRSR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 FLDARRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRI
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS47 FLDARRKRRNFSKQATEVLNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 RYKKNIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNS-GSSGSFNLPNSGDM
::::::::::::::.::.::::..... ...:.::: :.: ::.::::: .::::
CCDS47 RYKKNIGKFQEEANIYAVKTAVSVTQG-----GHSRTSSPTPPSSAGSGGSFNLSGSGDM
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 FMNMQSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQ
:..: .::::::..::: ..::: .. :::.:.:::...:::... :::.::
CCDS47 FLGMPGLNGDSYSASQV--------ESLRHSMGP-GGYGDNLGGGQMYSPREMRANGSWQ
360 370 380 390 400
420 430
pF1KB7 DATTPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
.:.:::::::::::::::::::::
CCDS47 EAVTPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
410 420 430
>>CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (347 aa)
initn: 1991 init1: 1186 opt: 1815 Z-score: 1608.4 bits: 306.4 E(32554): 2.9e-83
Smith-Waterman score: 1815; 82.0% identity (91.7% similar) in 350 aa overlap (1-345:1-338)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGD----GRKQDIGDILHQIMTI
::.: :.... :::..::: :.. : ..:: : ::::::::::.:::::
CCDS55 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHP---GLS----QHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 TDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLL
::::::::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::.: ::::::::::::
CCDS55 TDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACN
::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.::::::::::::::::::
CCDS55 AEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
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CCDS55 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
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