FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7766, 503 aa
1>>>pF1KB7766 503 - 503 aa - 503 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8999+/-0.000785; mu= 12.4583+/- 0.049
mean_var=309.5947+/-60.460, 0's: 0 Z-trim(108.9): 2123 B-trim: 115 in 2/52
Lambda= 0.072892
statistics sampled from 14657 (17011) to 14657 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.499), E-opt: 0.2 (0.199), width: 16
Scan time: 8.510
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 2739 303.4 1.1e-81
XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 569) 2603 289.1 2.3e-77
NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [ ( 569) 2603 289.1 2.3e-77
XP_011526007 (OMIM: 603980) PREDICTED: zinc finger ( 531) 2538 282.2 2.5e-75
NP_258429 (OMIM: 606957) zinc finger protein 257 i ( 563) 2510 279.3 2e-74
XP_016867181 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867180 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867182 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867184 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867183 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867187 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867186 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867179 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867185 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
XP_016867178 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2400 267.7 5.7e-71
NP_066385 (OMIM: 606954) zinc finger protein 253 i ( 499) 2367 264.2 6.3e-70
NP_001303925 (OMIM: 606957) zinc finger protein 25 ( 531) 2332 260.6 8.4e-69
XP_011514048 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 537) 2150 241.4 4.9e-63
NP_056936 (OMIM: 194624) zinc finger protein 117 [ ( 483) 2076 233.6 1e-60
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1981 223.8 1.2e-57
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1788 203.6 1.6e-51
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1788 203.6 1.6e-51
XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1788 203.6 1.7e-51
NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 1788 203.7 1.7e-51
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1790 204.1 1.7e-51
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1790 204.1 1.7e-51
NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 1788 203.7 1.7e-51
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1790 204.1 1.7e-51
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1790 204.1 1.8e-51
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1790 204.1 1.8e-51
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 1790 204.1 1.8e-51
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 1790 204.1 1.8e-51
NP_001265607 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 574) 1742 198.6 4.1e-50
NP_001265592 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 574) 1742 198.6 4.1e-50
XP_011526750 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 574) 1742 198.6 4.1e-50
XP_016883007 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 586) 1742 198.6 4.2e-50
>>NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 [Ho (572 aa)
initn: 2534 init1: 1556 opt: 2739 Z-score: 1587.3 bits: 303.4 E(85289): 1.1e-81
Smith-Waterman score: 2739; 77.4% identity (89.7% similar) in 504 aa overlap (1-503:10-513)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MGALTFRDVAIEFSLEEWQCLDTEQQNLYRNVMLDNYRNLVFLGIAVSKPD
::.:::::::.:::::::::::: ::::::::::.:::::::.:::.::::
NP_001 MPGPLGSLEMGVLTFRDVALEFSLEEWQCLDTAQQNLYRNVMLENYRNLVFVGIAASKPD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LITCLEQEKEPWNLKTHDMVAKPPVICSHIAQDLWPEQGIKDYFQEVILRQYKKCRHENL
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NP_001 LITCLEQGKEPWNVKRHEMVTEPPVVYSYFAQDLWPKQGKKNYFQKVILRTYKKCGRENL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LLRKGCKNVDEFKMHKKGYNRHNQCLTTSHSKIFQCDKYVKVFHKFSNSNRHKIRHTSKK
::: ::..:: :.::. :: ::::::...:::: :::::::::::::::::: ::.::
NP_001 QLRKYCKSMDECKVHKECYNGLNQCLTTTQNKIFQYDKYVKVFHKFSNSNRHKIGHTGKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PFKCKECGKLFCILSHLAQHKKIHTGEKSYKCEEYGKAFNESSNCTTHKRI-TEKKPYKC
:::::: : ::.::::::::.::.::: :::.: :::.::.:: .::::: : ::::::
NP_001 SFKCKECEKSFCMLSHLAQHKRIHSGEKPYKCKECGKAYNEASNLSTHKRIHTGKKPYKC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 KECGKAFNWFSHFTTHKRIHTGEKPYQCEKCGKFFNQSTNLTTHKRIHTGEKPYKCEECG
.::::::: .::.:::: ::::.:::.::.::: ::::.:::::::::::::::::::::
NP_001 EECGKAFNRLSHLTTHKIIHTGKKPYKCEECGKAFNQSANLTTHKRIHTGEKPYKCEECG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 KAFNQSSNLTEHKKIHTKEQPYKCEKCGKAFKWSSTLTKHKRIHNGEKPYKCEECGKAFN
.::.:::.:: :: ::. :.:::::.:::::. ::::: :: ::.::: ::::::::::.
NP_001 RAFSQSSTLTAHKIIHAGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTTHKIIHTGEKFYKCEECGKAFS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 RSSTLNRHKITHTGEKPYKYKECGKAFNQSSTLTIHKIIHTVEKFYKCEECGKAFSRISH
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NP_001 RLSHLTTHKRIHSGEKPYKCEECGKAFKQSSTLTTHKRIHAGEKFYKCEVCSKAFSRFSH
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 LTTHKRIHTGEKPYKCEECGRAFNQSSTLTTHKRIHTGEKPYECEECGKAFNRSSTLTTH
::::::::::::::::::::.::: :: ::::: ::::::::.:::::::::.::::. :
NP_001 LTTHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNLSSQLTTHKIIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSTLSKH
430 440 450 460 470 480
480 490 500
pF1KB7 KIIHSGEKIYKCKECGKAFRRFSHLTRHKTIHT
:.::.::: :::.:::::: . :::: :: :::
NP_001 KVIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSHLTTHKMIHTGEKPYKCEECGKAFNNSSILNRHKMIH
490 500 510 520 530 540
NP_001 TGEKLYKPESCNNACDNIAKISKYKRNCAGEK
550 560 570
>>XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger pro (569 aa)
initn: 3655 init1: 1448 opt: 2603 Z-score: 1510.0 bits: 289.1 E(85289): 2.3e-77
Smith-Waterman score: 2603; 75.2% identity (85.7% similar) in 504 aa overlap (1-503:34-537)
10 20 30
pF1KB7 MGALTFRDVAIEFSLEEWQCLDTEQQNLYR
:: :::::::::::::::::::: ::::::
XP_016 APRGPPSVAPLPAGIGRSTAKTPGLPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTSQQNLYR
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 NVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQEKEPWNLKTHDMVAKPPVICSHIAQDLWPEQG
:::::::::::::::::::::::::::: ::: :.: : :::::::.:::.::::::.::
XP_016 NVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEPCNMKRHAMVAKPPVVCSHFAQDLWPKQG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 IKDYFQEVILRQYKKCRHENLLLRKGCKNVDEFKMHKKGYNRHNQCLTTSHSKIFQCDKY
.:: ::.::::.: : :::: ::::::..:: :.::.::: ::::::..:::::::::
XP_016 LKDSFQKVILRRYGKYGHENLQLRKGCKSADEHKVHKRGYNGLNQCLTTTQSKIFQCDKY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 VKVFHKFSNSNRHKIRHTSKKPFKCKECGKLFCILSHLAQHKKIHTGEKSYKCEEYGKAF
:::.::::::: :: :.:.::::::::::: ::::.:.:::: : . :::. ::::
XP_016 VKVLHKFSNSNIHKKRQTGKKPFKCKECGKSCCILSQLTQHKKTATRVNFYKCKTCGKAF
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KB7 NESSNCTTHKRI-TEKKPYKCKECGKAFNWFSHFTTHKRIHTGEKPYQCEKCGKFFNQST
:. :: : :: : : .::::.::::::: .: ::.::: ::::.:: ::: :. .
XP_016 NQFSNLTKHKIIHPEVNPYKCEECGKAFNQSLTLTKHKKIHTEEKPYKCEDCGKVFSVFS
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 NLTTHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSNLTEHKKIHTKEQPYKCEKCGKAFKWSSTLTK
:: :: :::: :::.::::::.:. :.::.:: ::: :.::::..:::::.:::::::
XP_016 VLTKHKIIHTGTKPYNCEECGKGFSIFSTLTKHKIIHTGEKPYKCNECGKAFNWSSTLTK
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 HKRIHNGEKPYKCEECGKAFNRSSTLNRHKITHTGEKPYKYKECGKAFNQSSTLTIHKII
:::::.:::::::::::::::.::::.::::.:::::::: .::::::..:.::: :: :
XP_016 HKRIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSTLTRHKIVHTGEKPYKCEECGKAFKRSTTLTKHKRI
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 HTVEKFYKCEECGKAFSRISHLTTHKRIHTGEKPYKCEECGRAFNQSSTLTTHKRIHTGE
.: :: ::::::::::: .: :: :: :::: ::::::::: :: :::: :::.::::
XP_016 YTKEKPYKCEECGKAFSVFSTLTKHKIIHTGAKPYKCEECGSAFRAFSTLTEHKRVHTGE
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB7 KPYECEECGKAFNRSSTLTTHKIIHSGEKIYKCKECGKAFRRFSHLTRHKTIHT
:::.:.::::::: ::::: :: ::.::: :::.:::::: : :.::::: :::
XP_016 KPYKCNECGKAFNWSSTLTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNRSSNLTRHKKIHTGEKPYK
490 500 510 520 530 540
XP_016 PKRCDSAFDNTPNFSRHKRNHMGEKS
550 560
>>NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [Homo (569 aa)
initn: 3655 init1: 1448 opt: 2603 Z-score: 1510.0 bits: 289.1 E(85289): 2.3e-77
Smith-Waterman score: 2603; 75.2% identity (85.7% similar) in 504 aa overlap (1-503:34-537)
10 20 30
pF1KB7 MGALTFRDVAIEFSLEEWQCLDTEQQNLYR
:: :::::::::::::::::::: ::::::
NP_066 APRGPPSVAPLPAGIGRSTAKTPGLPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTSQQNLYR
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 NVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQEKEPWNLKTHDMVAKPPVICSHIAQDLWPEQG
:::::::::::::::::::::::::::: ::: :.: : :::::::.:::.::::::.::
NP_066 NVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEPCNMKRHAMVAKPPVVCSHFAQDLWPKQG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 IKDYFQEVILRQYKKCRHENLLLRKGCKNVDEFKMHKKGYNRHNQCLTTSHSKIFQCDKY
.:: ::.::::.: : :::: ::::::..:: :.::.::: ::::::..:::::::::
NP_066 LKDSFQKVILRRYGKYGHENLQLRKGCKSADEHKVHKRGYNGLNQCLTTTQSKIFQCDKY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 VKVFHKFSNSNRHKIRHTSKKPFKCKECGKLFCILSHLAQHKKIHTGEKSYKCEEYGKAF
:::.::::::: :: :.:.::::::::::: ::::.:.:::: : . :::. ::::
NP_066 VKVLHKFSNSNIHKKRQTGKKPFKCKECGKSCCILSQLTQHKKTATRVNFYKCKTCGKAF
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KB7 NESSNCTTHKRI-TEKKPYKCKECGKAFNWFSHFTTHKRIHTGEKPYQCEKCGKFFNQST
:. :: : :: : : .::::.::::::: .: ::.::: ::::.:: ::: :. .
NP_066 NQFSNLTKHKIIHPEVNPYKCEECGKAFNQSLTLTKHKKIHTEEKPYKCEDCGKVFSVFS
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 NLTTHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSNLTEHKKIHTKEQPYKCEKCGKAFKWSSTLTK
:: :: :::: :::.::::::.:. :.::.:: ::: :.::::..:::::.:::::::
NP_066 VLTKHKIIHTGTKPYNCEECGKGFSIFSTLTKHKIIHTGEKPYKCNECGKAFNWSSTLTK
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 HKRIHNGEKPYKCEECGKAFNRSSTLNRHKITHTGEKPYKYKECGKAFNQSSTLTIHKII
:::::.:::::::::::::::.::::.::::.:::::::: .::::::..:.::: :: :
NP_066 HKRIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSTLTRHKIVHTGEKPYKCEECGKAFKRSTTLTKHKRI
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 HTVEKFYKCEECGKAFSRISHLTTHKRIHTGEKPYKCEECGRAFNQSSTLTTHKRIHTGE
.: :: ::::::::::: .: :: :: :::: ::::::::: :: :::: :::.::::
NP_066 YTKEKPYKCEECGKAFSVFSTLTKHKIIHTGAKPYKCEECGSAFRAFSTLTEHKRVHTGE
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB7 KPYECEECGKAFNRSSTLTTHKIIHSGEKIYKCKECGKAFRRFSHLTRHKTIHT
:::.:.::::::: ::::: :: ::.::: :::.:::::: : :.::::: :::
NP_066 KPYKCNECGKAFNWSSTLTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNRSSNLTRHKKIHTGEKPYK
490 500 510 520 530 540
NP_066 PKRCDSAFDNTPNFSRHKRNHMGEKS
550 560
>>XP_011526007 (OMIM: 603980) PREDICTED: zinc finger pro (531 aa)
initn: 1556 init1: 1556 opt: 2538 Z-score: 1473.3 bits: 282.2 E(85289): 2.5e-75
Smith-Waterman score: 2538; 76.5% identity (89.2% similar) in 472 aa overlap (33-503:1-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 ALTFRDVAIEFSLEEWQCLDTEQQNLYRNVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQEKEP
::.:::::::.:::.::::::::::: :::
XP_011 MLENYRNLVFVGIAASKPDLITCLEQGKEP
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 WNLKTHDMVAKPPVICSHIAQDLWPEQGIKDYFQEVILRQYKKCRHENLLLRKGCKNVDE
::.: :.::..:::. :..::::::.:: :.:::.:::: :::: .::: ::: ::..::
XP_011 WNVKRHEMVTEPPVVYSYFAQDLWPKQGKKNYFQKVILRTYKKCGRENLQLRKYCKSMDE
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FKMHKKGYNRHNQCLTTSHSKIFQCDKYVKVFHKFSNSNRHKIRHTSKKPFKCKECGKLF
:.::. :: ::::::...:::: :::::::::::::::::: ::.:: :::::: : :
XP_011 CKVHKECYNGLNQCLTTTQNKIFQYDKYVKVFHKFSNSNRHKIGHTGKKSFKCKECEKSF
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pF1KB7 CILSHLAQHKKIHTGEKSYKCEEYGKAFNESSNCTTHKRI-TEKKPYKCKECGKAFNWFS
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XP_011 HKIIHAGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTTHKIIHTGEKFYKCEECGKAFSRLSHLTTHKRI
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:.:::::: . :::: :: :::
XP_011 CEECGKAFNQSSHLTTHKMIHTGEKPYKCEECGKAFNNSSILNRHKMIHTGEKLYKPESC
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pF1KB7 FKMHKKGYNRHNQCLTTSHSKIFQCDKYVKVFHKFSNSNRHKIRHTSKKPFKCKECGKLF
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pF1KB7 CKECGKAFRRFSHLTRHKTIHT
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