Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7747
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7747, 442 aa
1>>>pF1KB7747 442 - 442 aa - 442 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8094+/-0.000914; mu= 9.9328+/- 0.055
mean_var=86.2030+/-17.284, 0's: 0 Z-trim(106.8): 23 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.138138
statistics sampled from 9183 (9191) to 9183 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 2.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8519.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 ( 442) 2943 596.5 1.7e-170
CCDS53737.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 ( 501) 2903 588.5 4.9e-168
CCDS7787.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 ( 506) 1400 289.0 7.3e-78
CCDS7786.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 ( 561) 1400 289.0 8e-78
CCDS75436.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 ( 489) 1227 254.5 1.7e-67
CCDS4807.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 ( 542) 1227 254.5 1.9e-67
CCDS12739.1 TULP2 gene_id:7288|Hs108|chr19 ( 520) 907 190.8 2.8e-48
>>CCDS8519.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 (442 aa)
initn: 2943 init1: 2943 opt: 2943 Z-score: 3174.3 bits: 596.5 E(32554): 1.7e-170
Smith-Waterman score: 2943; 100.0% identity (100.0% similar) in 442 aa overlap (1-442:1-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 PLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
430 440
>>CCDS53737.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 (501 aa)
initn: 2903 init1: 2903 opt: 2903 Z-score: 3130.3 bits: 588.5 E(32554): 4.9e-168
Smith-Waterman score: 2903; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 PLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
::::::::::::::::
CCDS53 PLCAVQAFGIGLSSFDKCIQTLRMQELCELHRQHHSAASLVHRTVCQRWVGHPWRLLPQT
430 440 450 460 470 480
>>CCDS7787.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 (506 aa)
initn: 1557 init1: 789 opt: 1400 Z-score: 1511.4 bits: 289.0 E(32554): 7.3e-78
Smith-Waterman score: 1458; 51.2% identity (73.8% similar) in 477 aa overlap (34-442:33-506)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRAKPR
:::..:.::: ::.::: : ..: : . :
CCDS77 SKPHSDWIPYSVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRAR
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB7 ASDEQTPLVNCHTPHS--------------NVIL--------------------------
:.::.:::. . : .: :
CCDS77 QSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGA
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120
pF1KB7 --------H-GIDGPAAVLKP-DEVHAPSVSSSVVEED-AENTVDTASKPG-------LQ
: : .::::. . .:...: .: . : :... .::. : :.
CCDS77 ARKEKKGKHKGTSGPAALAEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLR
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170
pF1KB7 ERLQKHDISESVNFDE----ETDGISQSACLE---RPNSASSQNSTDTGTSGSATAA--Q
.:.. :: :..::: : .. :.:. :. ::.::.:..:. ..:. . .: :
CCDS77 ATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQ
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLL
:.: ...:::.:. :::::.:..::: :::.:::::..:::...:..:...:.:::
CCDS77 PVDV---EVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLL
250 260 270 280 290
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGA
:.::::::::.:::::.::.:::: :.::.:::::::::::::::: :. :.:. . .
CCDS77 AGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLE
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AHT-RQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTM
. : ::::::. :::::::::::::::::.:::.. :... .:.:.:..::.::::..
CCDS77 SGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNT
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFT
:...::.::.::::.:::::::::.:::::::::::::.: ::::::::::::::.::::
CCDS77 ESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFT
420 430 440 450 460 470
420 430 440
pF1KB7 LDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
.::::::::.:::.:.:::::::::::
CCDS77 MDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
480 490 500
>>CCDS7786.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 (561 aa)
initn: 1541 init1: 789 opt: 1400 Z-score: 1510.6 bits: 289.0 E(32554): 8e-78
Smith-Waterman score: 1458; 51.2% identity (73.8% similar) in 477 aa overlap (34-442:88-561)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRAKPR
:::..:.::: ::.::: : ..: : . :
CCDS77 KYWKEGREIARVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRAR
60 70 80 90 100 110
70 80
pF1KB7 ASDEQTPLVNCHTPHS--------------NVIL--------------------------
:.::.:::. . : .: :
CCDS77 QSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGA
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120
pF1KB7 --------H-GIDGPAAVLKP-DEVHAPSVSSSVVEED-AENTVDTASKPG-------LQ
: : .::::. . .:...: .: . : :... .::. : :.
CCDS77 ARKEKKGKHKGTSGPAALAEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLR
180 190 200 210 220 230
130 140 150 160 170
pF1KB7 ERLQKHDISESVNFDE----ETDGISQSACLE---RPNSASSQNSTDTGTSGSATAA--Q
.:.. :: :..::: : .. :.:. :. ::.::.:..:. ..:. . .: :
CCDS77 ATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQ
240 250 260 270 280 290
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLL
:.: ...:::.:. :::::.:..::: :::.:::::..:::...:..:...:.:::
CCDS77 PVDV---EVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLL
300 310 320 330 340 350
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGA
:.::::::::.:::::.::.:::: :.::.:::::::::::::::: :. :.:. . .
CCDS77 AGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLE
360 370 380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AHT-RQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTM
. : ::::::. :::::::::::::::::.:::.. :... .:.:.:..::.::::..
CCDS77 SGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNT
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFT
:...::.::.::::.:::::::::.:::::::::::::.: ::::::::::::::.::::
CCDS77 ESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFT
480 490 500 510 520 530
420 430 440
pF1KB7 LDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
.::::::::.:::.:.:::::::::::
CCDS77 MDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
540 550 560
>>CCDS75436.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 (489 aa)
initn: 1237 init1: 754 opt: 1227 Z-score: 1325.3 bits: 254.5 E(32554): 1.7e-67
Smith-Waterman score: 1227; 61.6% identity (86.3% similar) in 284 aa overlap (159-442:209-489)
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDL
:.:.. : . . . . : . ..:.
CCDS75 DKKALKKKGTPKGARKEEEEEEEAATVIKKSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEP
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTAN
..:: ::::: :::::. :::.:::::..:.:...:. : .:.::::.::::.:::::
CCDS75 REFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTAN
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISY
:::::::..::: ::...:::::::.:..:::.: : :..: . ...: ::::::. :
CCDS75 YLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIY
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVW
:::::::.:::.:.::::::. .....: .:.: :.:: ::::.:.:.:.::::: :::
CCDS75 ETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVW
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 NSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAF
:.:. ::.:::.::::::::::::::: .::::::.::::::.:.::::: :::::.:::
CCDS75 NDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAF
420 430 440 450 460 470
430 440
pF1KB7 GIGLSSFDSKLACE
.:.:::::.:::::
CCDS75 AIALSSFDGKLACE
480
>>CCDS4807.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 (542 aa)
initn: 1238 init1: 754 opt: 1227 Z-score: 1324.5 bits: 254.5 E(32554): 1.9e-67
Smith-Waterman score: 1227; 61.6% identity (86.3% similar) in 284 aa overlap (159-442:262-542)
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDL
:.:.. : . . . . : . ..:.
CCDS48 DKKALKKKGTPKGARKEEEEEEEAATVIKKSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEP
240 250 260 270 280 290
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTAN
..:: ::::: :::::. :::.:::::..:.:...:. : .:.::::.::::.:::::
CCDS48 REFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTAN
300 310 320 330 340
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISY
:::::::..::: ::...:::::::.:..:::.: : :..: . ...: ::::::. :
CCDS48 YLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIY
350 360 370 380 390 400
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVW
:::::::.:::.:.::::::. .....: .:.: :.:: ::::.:.:.:.::::: :::
CCDS48 ETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVW
410 420 430 440 450 460
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 NSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAF
:.:. ::.:::.::::::::::::::: .::::::.::::::.:.::::: :::::.:::
CCDS48 NDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAF
470 480 490 500 510 520
430 440
pF1KB7 GIGLSSFDSKLACE
.:.:::::.:::::
CCDS48 AIALSSFDGKLACE
530 540
>>CCDS12739.1 TULP2 gene_id:7288|Hs108|chr19 (520 aa)
initn: 1015 init1: 878 opt: 907 Z-score: 980.2 bits: 190.8 E(32554): 2.8e-48
Smith-Waterman score: 916; 42.5% identity (71.8% similar) in 358 aa overlap (88-436:164-520)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RRAKPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVD
: : .: ..: . :.: ::... .
CCDS12 NSDAELEEVSVENGSVSPPPFKQSPRIRRKGWQAHQRPG-TRAEGESDSQDMGDAHKSPN
140 150 160 170 180 190
120 130 140 150 160
pF1KB7 TASKPGLQ-----ERL--QKHDISESVNFDEETDGISQSACL--ERPNSASSQNSTDTGT
. .::.. : : ::.. :. :. : ..:: : .. .....::.
CCDS12 MGPNPGMDGDCVYENLAFQKEEDLEKKREASESTGTNSSAAHNEELSKALKGEGGTDSDH
200 210 220 230 240 250
170 180 190 200 210 220
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