Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7715
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7715, 426 aa
1>>>pF1KB7715 426 - 426 aa - 426 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5148+/-0.000692; mu= 16.7074+/- 0.042
mean_var=71.2645+/-14.202, 0's: 0 Z-trim(110.6): 22 B-trim: 525 in 1/49
Lambda= 0.151928
statistics sampled from 11717 (11736) to 11717 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 3.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16 ( 426) 2959 657.4 7.7e-189
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CCDS59409.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 452) 374 90.8 2.9e-18
CCDS56099.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 300) 294 73.2 4e-13
>>CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16 (426 aa)
initn: 2959 init1: 2959 opt: 2959 Z-score: 3503.8 bits: 657.4 E(32554): 7.7e-189
Smith-Waterman score: 2959; 100.0% identity (100.0% similar) in 426 aa overlap (1-426:1-426)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFKAW
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CCDS10 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFKAW
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CCDS10 AVFKGKFKEGDKAEPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRIVPEEEQKC
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CCDS10 KLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDELIKEPSVDDYMGMIKRSPSPPEACRSQLLPDWWAQ
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CCDS10 QPSTGVPLVTGYTTYDAHHSAFSQMVISFYYGGKLVGQATTTCPEGCRLSLSQPGLPGTK
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CCDS10 LYGPEGLELVRFPPADAIPSERQRQVTRKLFGHLERGVLLHSSRQGVFVKRLCQGRVFCS
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pF1KB7 GNAVVCKGRPNKLERDEVVQVFDTSQFFRELQQFYNSQGRLPDGRVVLCFGEEFPDMAPL
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CCDS10 GNAVVCKGRPNKLERDEVVQVFDTSQFFRELQQFYNSQGRLPDGRVVLCFGEEFPDMAPL
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 RSKLILVQIEQLYVRQLAEEAGKSCGAGSVMQAPEEPPPDQVFRMFPDICASHQRSFFRE
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CCDS10 RSKLILVQIEQLYVRQLAEEAGKSCGAGSVMQAPEEPPPDQVFRMFPDICASHQRSFFRE
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 NQQITV
::::::
CCDS10 NQQITV
>>CCDS9615.1 IRF9 gene_id:10379|Hs108|chr14 (393 aa)
initn: 728 init1: 525 opt: 678 Z-score: 802.3 bits: 157.4 E(32554): 2.3e-38
Smith-Waterman score: 739; 34.3% identity (64.9% similar) in 396 aa overlap (8-387:10-388)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFK
:.::.:..::..:...::. :.. :.:::::::::::::. .. ::..::
CCDS96 MASGRARCTRKLRNWVVEQVESGQFPGVCWDDTAKTMFRIPWKHAGKQDFREDQDAAFFK
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pF1KB7 AWAVFKGKFKEGDKAEPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRIVPEEEQ
:::.::::.:::: . ::.:::::::::::: .:.:: .:...:..::::::...:
CCDS96 AWAIFKGKYKEGDTGGPAVWKTRLRCALNKSSEFKEVPERGRMDVAEPYKVYQLLPPGIV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB7 KCKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDELIKE----PSV-DDYMGMIKRSPSPPE------
. . :. . . . . :.: .. ... ::: .: .. ... :
CCDS96 SGQPGTQKVPSKRQHSSVSSERKEEEDAMQNCTLSPSVLQDSLNNEEEGASGGAVHSDIG
130 140 150 160 170 180
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pF1KB7 ACRSQLLPDWWAQQPSTGVPLVTGYTTYD---AHHSAFSQMVISFYYGGKLVGQATTTCP
. :. :. .: .:. . . . .: ....: :.:..::.: .
CCDS96 SSSSSSSPEPQEVTDTTEAPFQGDQRSLEFLLPPEPDYS-LLLTFIYNGRVVGEAQVQSL
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 EGCRLSLSQPGLPGTKLYGPEGLELVRFP-PADAIPSERQRQVTRKLFGHLERGVLLHSS
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CCDS96 D-CRL-VAEPS--GSE----SSMEQVLFPKPGPLEPTQR-------LLSQLERGILVASN
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 RQGVFVKRLCQGRV-FCSGNAVVCKGRPNKLERDEVVQVFDTSQFFRELQQFYNSQGRLP
.:.::.::: . . . .: : :. : .: :..: :. : :.: ..... : :
CCDS96 PRGLFVQRLCPIPISWNAPQAPPGPG-PHLLPSNECVELFRTAYFCRDLVRYFQGLGPPP
290 300 310 320 330 340
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pF1KB7 DGRVVLCFGEEFPDMAPLRSKLILVQIEQLYVRQLAEEAGKSCGAGSVMQAPEEPPPDQV
.:.: : :: . ..:: :..:: ..: : :.. .. .:
CCDS96 KFQVTLNFWEESHGSSHTPQNLITVKMEQAFARYLLEQTPEQQAAILSLV
350 360 370 380 390
410 420
pF1KB7 FRMFPDICASHQRSFFRENQQITV
>>CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6 (451 aa)
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Smith-Waterman score: 1040; 45.6% identity (63.7% similar) in 421 aa overlap (6-386:20-422)
10 20 30 40
pF1KB7 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQ
:. .::::::.::::. ::::.:::::::.:::::::::::
CCDS44 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 DYNQEVDASIFKAWAVFKGKFKEG-DKAEPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISE
:::.: ::..:::::.:::::.:: :: .: ::::::::::::: ::::...:::::::.
CCDS44 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
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110 120 130 140 150
pF1KB7 PYKVYRIVPEEEQKCKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDELIKEPS--VDDYM-------
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CCDS44 PYKVYRIVPEGAKK---GAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRS
130 140 150 160 170
160 170 180 190
pF1KB7 --GMIKRSPSP--PEACRSQLLP---DW---------------WAQQP----STGVPLVT
.. .: : : : . : : .: : . ::: :
CCDS44 WRDYVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPACENGCQVTGTFYACAPPESQAPGVP--T
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240
pF1KB7 GYTTYDAHHSAFS--QMVISFYYGGKLVGQATTTCPEGCRLSLSQPGLPGTKLYGPEGLE
. .:. ::: .. : .:: :: . ::. :::::.: .. : .:.
CCDS44 EPSIRSAEALAFSDCRLHICLYYREILVKELTTSSPEGCRISHGHT-------YDASNLD
240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LVRFP-PADAIPSERQRQVTRKLFGHLERGVLLHSSRQGVFVKRLCQGRVFCSGNAVVCK
: :: : : . ::. .::..::::::.: . .:...:::::.:.. .: ..:.
CCDS44 QVLFPYPED----NGQRKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDGPLALCN
290 300 310 320 330 340
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pF1KB7 GRPNKLERDEVVQVFDTSQFFRELQQFYNSQGRLPDGRVVLCFGEEFPDMAPLRS-KLIL
::::::::.. ..:::.::. ::: : . :: .:.::::::::: : :. :::
CCDS44 DRPNKLERDQTCKLFDTQQFLSELQAFAHHGRSLPRFQVTLCFGEEFPD--PQRQRKLIT
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 VQIEQLYVRQLAEEAGKSCGAGSVMQAPEEPPPDQVFRMFPDICASHQRSFFRENQQITV
...: : .::: : .. :
CCDS44 AHVEPLLARQLYYFAQQNSGHFLRGYDLPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
410 420 430 440 450
>>CCDS12775.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 (427 aa)
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Smith-Waterman score: 480; 28.1% identity (54.3% similar) in 409 aa overlap (9-390:7-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFKAW
:. ::. :.: .. :. : :. .. :::::::. .:: .:: : .::.::
CCDS12 MGTPKPRILPWLVSQLDLGQLEGVAWVNKSRTRFRIPWKHGLRQDAQQE-DFGIFQAW
10 20 30 40 50
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pF1KB7 AVFKGKFKEG-DKAEPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRIVPEEEQK
: : . : :: . ::: .: :::.. .. . :::. : .:.:.:..:
CCDS12 AEATGAYVPGRDKPDLPTWKRNFRSALNRKEGLRLAEDRSK-DPHDPHKIYEFVNS----
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pF1KB7 CKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDELIKEPSVDDYMGMIKRSPSP----------PEAC
::. . . . . : : : .: .:. .: . .: : :: :
CCDS12 ---GVGDFSQPDTSPDTNGGGSTSDT--QEDILDELLGNMVLAPLPDPGPPSLAVAPEPC
120 130 140 150 160
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pF1KB7 RSQLLPDWWAQQPSTGVPLVTGYTTYDAHHSAFSQMVI---------SFYYGGKLVGQAT
. : ..:: : : . . .. ...... . .: :. : : :
CCDS12 PQPL------RSPSLDNP--TPFPNLGPSENPLKRLLVPGEEWEFEVTAFYRGRQVFQQT
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230 240 250 260 270
pF1KB7 TTCPEGCRLSLSQPG---LPGTKLYGPEGLELVRFPPADAIPSERQRQVTRKLFGHLERG
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CCDS12 ISCPEGLRLVGSEVGDRTLPGWPVTLPD--------PGMSLTDRGVMSYVRHVLSCLGGG
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280 290 300 310 320 330
pF1KB7 VLLHSSRQGVFVKRL--CQGRVFCSGNAVVCKGR-PN-KLERDEVVQVFDTSQFFRELQQ
. : . : ....:: :. : . . .:. :. .. .:. ::: . :. .:
CCDS12 LALWRAGQWLWAQRLGHCHTYWAVSEELLPNSGHGPDGEVPKDKEGGVFDLGPFIVDLIT
280 290 300 310 320 330
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pF1KB7 FYNSQGRLPDGRVVLCFGEEFPDMAPLRSKLILVQIEQLYVRQLAEEAGKSCGAGSVMQA
: ...:: : . .: :: .:. : ..:..:.. .: :.: : . ::.:.
CCDS12 FTEGSGRSPRYALWFCVGESWPQDQPWTKRLVMVKVVPTCLRALVEMA-RVGGASSLENT
340 350 360 370 380 390
400 410 420
pF1KB7 PEEPPPDQVFRMFPDICASHQRSFFRENQQITV
CCDS12 VDLHISNSHPLSLTSDQYKAYLQDLVEGMDFQGPGES
400 410 420
>>CCDS3835.1 IRF2 gene_id:3660|Hs108|chr4 (349 aa)
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Smith-Waterman score: 398; 46.6% identity (72.4% similar) in 116 aa overlap (9-123:7-122)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFKAW
:.: :: :::.:. ::: : :.::..:.::: ::... .. : :: .:. :
CCDS38 MPVERMRMRPWLEEQINSNTIPGLKWLNKEKKIFQIPWMHAARHGWDVEKDAPLFRNW
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pF1KB7 AVFKGKFKEG-DKAEPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRIVPEEEQK
:. :: . : :: .: :::. .:::.:. ::.::: :.: .. ..:::..: :.
CCDS38 AIHTGKHQPGVDKPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDKSIKKGNNAFRVYRMLPLSERP
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 CKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDELIKEPSVDDYMGMIKRSPSPPEACRSQLLPDWWA
: :
CCDS38 SKKGKKPKTEKEDKVKHIKQEPVESSLGLSNGVSDLSPEYAVLTSTIKNEVDSTVNIIVV
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>>CCDS55681.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 (372 aa)
initn: 323 init1: 189 opt: 396 Z-score: 468.6 bits: 95.6 E(32554): 8.8e-20
Smith-Waterman score: 408; 30.2% identity (58.5% similar) in 328 aa overlap (106-402:12-337)
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pF1KB7 ATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRI--VPEEEQKCKLGVATAGCV---
: :.:.. .:. : .. ...: .
CCDS55 MYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQP-QGSIINPGSTGSAPWD
10 20 30 40
140 150 160 170
pF1KB7 ---NEVTEMECGRSEIDELIKEPSVDDYMGM--IKRSPSPPEA---CR-SQLLPD--WWA
:.: : : ..:.:. .. ..: . . :. :: : . : .. :. :
CCDS55 EKDNDVDE-EDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPK
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pF1KB7 QQP----STGVPLVTGYTTYDAHHSAF--SQMVISFYYGGKLVGQA-TTTCPEGCRLSLS
.: .:. :.. . :.. ... :.: : :: ::. :.. :.:::: .
CCDS55 TEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSNPQGCRLFYG
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 QPG-LPGTK-LYGPEGLELVRFPPADAIPSERQRQVTRKLFGHLERGVLLHSSRQGVFVK
. : .: . :.:: .:: :.:: . : .:.:. : ::. ..::..:. : .....
CCDS55 DLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILEVSGHAIYAI
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pF1KB7 RLCQGRVFCSGNAVVCKGRPNKLERDEVVQVFDTSQFFRELQQFYNSQ-GRLPDGRVVLC
:::: .:. :: . :: .::.. :..: :. .: ..: . : .. ::
CCDS55 RLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEKQPPFEIYLC
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 FGEEFPDMAPLRSKLILVQIEQLYVRQLAEE-AG---KSCGAGSV-MQAPEEPPPDQVFR
::::.:: ::. ::::::. . .:.. : .: .: .::: .: :..
CCDS55 FGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQISTPDIKDNIVA
280 290 300 310 320 330
410 420
pF1KB7 MFPDICASHQRSFFRENQQITV
CCDS55 QLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
340 350 360 370
>>CCDS4155.1 IRF1 gene_id:3659|Hs108|chr5 (325 aa)
initn: 455 init1: 235 opt: 395 Z-score: 468.3 bits: 95.3 E(32554): 9.2e-20
Smith-Waterman score: 408; 31.6% identity (58.3% similar) in 266 aa overlap (9-243:7-270)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQDYNQEVDASIFKAW
:.: :: ::.:.. ::::: :.:. .:.::::::.:. .. . :: .:..:
CCDS41 MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKHGWDINKDACLFRSW
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pF1KB7 AVFKGKFKEGDKA-EPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISEPYKVYRIVP---EE
:. :..: :.: .: :::. .:::.:. ::.::: :.:. : .:::..: ..
CCDS41 AIHTGRYKAGEKEPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDQSRNKGSSAVRVYRMLPPLTKN
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 EQKCKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDEL---IKEPSVDD---------YMG--MIKRS
..: . . .. ... . :: : : . .. .. : :: ....
CCDS41 QRKERKSKSSRDAKSKAKRKSCGDSSPDTFSDGLSSSTLPDDHSSYTVPGYMQDLEVEQA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB7 PSPPEA-CR-SQLLPDWWAQQPSTGVPLVTG--YTTYDAHHSAFSQMVISFYYGGKL---
.: . : :. :::: . : :: :. :. . . :. . . :::
CCDS41 LTPALSPCAVSSTLPDW--HIPVEVVPDSTSDLYNFQVSPMPSTSEATTDEDEEGKLPED
180 190 200 210 220 230
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pF1KB7 ----VGQAT--TTCPEGCRLSLSQPGLPGTKLYGPEGLELVRFPPADAIPSERQRQVTRK
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CCDS41 IMKLLEQSEWQPTNVDGKGYLLNEPGVQPTSVYGDFSCKEEPEIDSPGGDIGLSLQRVFT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]