Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7711
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7711, 421 aa
1>>>pF1KB7711 421 - 421 aa - 421 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7069+/-0.000795; mu= 9.0790+/- 0.048
mean_var=205.1063+/-40.651, 0's: 0 Z-trim(115.7): 67 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.089554
statistics sampled from 16168 (16235) to 16168 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.807), E-opt: 0.2 (0.499), width: 16
Scan time: 3.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32739.1 FOXJ1 gene_id:2302|Hs108|chr17 ( 421) 2954 393.7 1.7e-109
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CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 ( 439) 435 68.3 1.7e-11
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 ( 350) 431 67.7 2e-11
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 ( 330) 430 67.5 2.1e-11
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 ( 319) 422 66.5 4.2e-11
CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5 ( 378) 421 66.4 5.2e-11
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 ( 408) 416 65.8 8.6e-11
>>CCDS32739.1 FOXJ1 gene_id:2302|Hs108|chr17 (421 aa)
initn: 2954 init1: 2954 opt: 2954 Z-score: 2079.2 bits: 393.7 E(32554): 1.7e-109
Smith-Waterman score: 2954; 100.0% identity (100.0% similar) in 421 aa overlap (1-421:1-421)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAESWLRLSGAGPAEEAGPEGGLEEPDALDDSLTSLQWLQEFSILNAKAPALPPGGTDPH
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10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GYHQVPGSAAPGSPLAADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATNPHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GYHQVPGSAAPGSPLAADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATNPHV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNLSLNKCFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNLSLNKCFI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 KVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRRLPPVHIHPAFARQAAQEPSAVPRAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRRLPPVHIHPAFARQAAQEPSAVPRAGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LTVNTEAQQLLREFEEATGEAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRPPSTLLPTPEEQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LTVNTEAQQLLREFEEATGEAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRPPSTLLPTPEEQG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ELEPLKGNFDWEAIFDAGTLGGELGALEALELSPPLSPASHVDVDLTIHGRHIDCPATWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ELEPLKGNFDWEAIFDAGTLGGELGALEALELSPPLSPASHVDVDLTIHGRHIDCPATWG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PSVEQAADSLDFDETFLATSFLQHPWDESGSGCLPPEPLFEAGDATLASDLQDWASVGAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PSVEQAADSLDFDETFLATSFLQHPWDESGSGCLPPEPLFEAGDATLASDLQDWASVGAF
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 L
:
CCDS32 L
>>CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 (495 aa)
initn: 390 init1: 390 opt: 452 Z-score: 331.3 bits: 70.6 E(32554): 3.9e-12
Smith-Waterman score: 462; 30.8% identity (49.8% similar) in 442 aa overlap (16-396:14-428)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAESWLRLSGAGPAEEAGPEGGLEEPDALDDSLTSLQWLQEFSILNAKAPALPPGGTDPH
:..: ..: : :: : . . . : : :.. : . ::
CCDS30 MTLGSCCCEIMSSESSP-AALSEADADIDVVGGGSGGGE---LPARSGPRAPRDVLPH
10 20 30 40 50
70 80 90 100
pF1KB7 GYHQVPGSAAPGSPLAADP----ACL-GQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQA--------P
: :. :. : . :: : .: :.:.. .. .. .. : :: : :
CCDS30 G-HEPPAEEAE-ADLAEDEEESGGCSDGEPRALASRGAAAAAGSPGPGAAAARGAAGPGP
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 PPDDVDYAT-NPHVKPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQ
: . :: .: ::::::: .:: ::. : ..::: : ..:. : :.:. :.::
CCDS30 GPPSGGAATRSPLVKPPYSYIALITMAILQSPKKRLTLSEICEFISGRFPYYREKFPAWQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB7 NSIRHNLSLNKCFIKVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRR-------LPPVH
:::::::::: ::.:.::: .::::..: .::. :. . .:.: .:: ::: :
CCDS30 NSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPESADMFDNGSFLRRRKRFKRQPLPPPH
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB7 IHPAFARQAAQEPSAVPRAGPLTVNTEAQQLLREFEEATGEAGWGAG----------EGR
:: .: . :.: ... . .: : : : :.: : :
CCDS30 PHP------HPHPELLLRGGAAAAG-DPGAFLPGFA-AYGAYGYGYGLALPAYGAPPPGP
240 250 260 270 280
270 280 290 300
pF1KB7 LGHKRKQPL------------------PKRVAKVPR-PPSTLL-------PTPEEQGELE
: . .: : :.: : ::.. . :.: .
CCDS30 APHPHPHPHAFAFAAAAAAAPCQLSVPPGRAAAPPPGPPTASVFAGAGSAPAPAPASGSG
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KB7 PLKGNFDWEAIFDAGTLGGELG---ALEALELSPPLS-PASHVDVDLTIHGRHIDCPATW
: : :. ::.::: :. : :::: . :. . . : .: . : .
CCDS30 PGPGPAGLPAF-----LGAELGCAKAFYAASLSPPAAGTAAGLPTALLRQGLKTDAGGGA
350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GPSVEQAADSLDFDETFLATSFLQHPWDESGSGCLPPEPLFEAGDATLASDLQDWASVGA
: . :.. .:. ..: ..:.: ::
CCDS30 GGGGAGAGQRPSFS--------IDHIMGHGGGGAAPPGAGEGSPGPPFAAAAGPGGQAQV
400 410 420 430 440 450
420
pF1KB7 FL
CCDS30 LAMLTAPALAPVAGHIRLSHPGDALLSSGSRFASKVAGLSGCHF
460 470 480 490
>>CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 (439 aa)
initn: 381 init1: 355 opt: 435 Z-score: 320.1 bits: 68.3 E(32554): 1.7e-11
Smith-Waterman score: 436; 30.7% identity (50.9% similar) in 342 aa overlap (88-417:76-401)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DPHGYHQVPGSAAPGSPLAADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATN
:. :. : ::: : : : .
CCDS34 FLEQSLQPGLQVARWGGVALPREHIEGGGGPSDPSEFGTEFRAPPRSAAASED----ARQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PHVKPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNLSLNK
: .::: :: .:: ::. : ..:::.: .:.: : :.:. :.::::::::::::
CCDS34 P-AKPPSSYIALITMAILQSPHKRLTLSGICAFISDRFPYYRRKFPAWQNSIRHNLSLND
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB7 CFIKVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRR--------LPPVHI-HPAFARQA
::.:.::: .::::..: .:: . . .:.: .:: : .:. :: : :
CCDS34 CFVKIPREPGRPGKGNYWSLDPASQDMFDNGSFLRRRKRFQRHQPTPGAHLPHP-FPLPA
170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 AQEPSAVPRAGPLTVNTEAQQLLREFEEATGEAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRP
:. :: ::: : . : : ..: :: . .: : : . :
CCDS34 AHAALHNPRPGPLLGAPAPPQ------PVPG-AYPNTGPGRRPYALLHPHPPRYLLLSAP
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 PSTLLPTPEEQGELEPLKGNFDWEAIFDAGTLGGELGALEALELSPPLSPASHVDVDLT-
. : : ..: . : . . .:: . . . . . : .:. .
CCDS34 AYAGAPKKAEGADLAT-PAPFPCCSPHLVLSLGRRARVWRRHREADASLSALRVSCKGSG
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 --IHGRHIDCPATWGPSVEQAADSLDFDETFLATSFLQHPWDESGSGCLPPEPLFEAGDA
..: . :: : .. ..: .:.: . .: .. ..:: : . .:
CCDS34 ERVQGLRRVCPRPRGATAPCSSDRQAC-RTILQQQ-QRHQEEDCANGCAPTKGAVLGGHL
340 350 360 370 380
410 420
pF1KB7 TLASDLQDWASVGAFL
. :: : . .:
CCDS34 SAASALLRYQAVAEGSGLTSLAAPLGGEGTSPVFLVSPTPSSLAESAGPS
390 400 410 420 430
>>CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 (350 aa)
initn: 395 init1: 341 opt: 431 Z-score: 318.5 bits: 67.7 E(32554): 2e-11
Smith-Waterman score: 431; 38.8% identity (58.3% similar) in 206 aa overlap (19-214:19-210)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAESWLRLSGAGPAEEAGPEGGLEEPDALDDSLTSLQWLQEFSILNAKAPALPPGGTDPH
::.: : . . .. :. . :: . ::::
CCDS12 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAG--EVYSPVTPVPTMAPLNSYMTLNPLSSPYPPGG----
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 GYHQVPGSAAPGSPLA--ADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATNP
.:.: :..::: : : :: : :: .:. .: : : :: : : :
CCDS12 ----LPASPLPSGPLAPPAPAAPLG-PTFPGLGVSGGSSSS---GYGAPGPGLVHGKEMP
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 --------HVKPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIR
:.:::::: .:: ::.: . . .::: ::.:: : : :.:. . ::::::
CCDS12 KGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 HNLSLNKCFIKVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRRLPPVHIHPAFARQAAQ
:.::.: ::.:: : :.::::..: . :. .. . .: . .:.
CCDS12 HSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 EPSAVPRAGPLTVNTEAQQLLREFEEATGEAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRPPS
CCDS12 ATTTRNGTGSAASTTTPAATVTSPPQPPPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGL
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>>CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 (330 aa)
initn: 411 init1: 388 opt: 430 Z-score: 318.1 bits: 67.5 E(32554): 2.1e-11
Smith-Waterman score: 430; 35.9% identity (55.5% similar) in 256 aa overlap (105-342:3-244)
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pF1KB7 LAADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATNPHVKPPYSYATLICMAM
: : : .:.: .:::::: .:: ::.
CCDS13 MQQQPLPGPGAPTTEP-TKPPYSYIALIAMAI
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 QASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNLSLNKCFIKVPREKDEPGKGGF
:.: . . :::.::..: : ..:: : ::::::::::::.::.::::. .::::..
CCDS13 QSSPGQRATLSGIYRYIMGRFAFYRHNRPGWQNSIRHNLSLNECFVKVPRDDRKPGKGSY
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200 210 220 230 240 250
pF1KB7 WRIDPQYAERLLSGAFKKRRLPPVHIHPAFARQAAQEPSAVP---RAGPLTVNTEAQQLL
: .::. . . :.: .:: :.::.. : . : : ::: .... .
CCDS13 WTLDPDCHDMFEHGSFLRRRR-------RFTRQTGAEGTRGPAKARRGPLRATSQDPGVP
100 110 120 130 140
260 270 280 290
pF1KB7 -----REFE---EATGEAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRPP----STLLPTPEEQ
:. : : . : : .: . : . :::: : :
CCDS13 NATTGRQCSFPPELPDPKGLSFG-GLVGAMPASMCPATTDGRPRPPMEPKEISTPKPACP
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GELEPLKGNFDWEAI-FDAGTLGGELGALEALELSP-P-LSPASHVDVDLTIHGRHIDCP
::: .. . :. : :: .. :... .: : ::: : .
CCDS13 GELPVATSSSSCPAFGFPAG-----FSEAESFNKAPTPVLSPESGIGSSYQCRLQALNFC
210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ATWGPSVEQAADSLDFDETFLATSFLQHPWDESGSGCLPPEPLFEAGDATLASDLQDWAS
CCDS13 MGADPGLEHLLASAAPSPAPPTPPGSLRAPLPLPTDHKEPWVAGGFPVQGGSGYPLGLTP
260 270 280 290 300 310
>>CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 (319 aa)
initn: 373 init1: 373 opt: 422 Z-score: 312.7 bits: 66.5 E(32554): 4.2e-11
Smith-Waterman score: 422; 37.6% identity (61.4% similar) in 189 aa overlap (53-238:9-189)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 LEEPDALDDSLTSLQWLQEFSILNAKAPALPPGGTDPHGYHQVPGSAAPGSPLAADPACL
::.. . :. .:. : : : :. :
CCDS55 MAGRSDMDPPAAFS--GFPALPAVAPSGPP----PSPL
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 GQPHTPGK-PTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATNPHVKPPYSYATLICMAMQASKATK
. . ::. : . ..:. :: : . :::::: .:: ::. . . .
CCDS55 AGAE-PGREPEEAAAGRGEAAPTPAPGPGRRRRRPLQRGKPPYSYIALIAMALAHAPGRR
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 ITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNLSLNKCFIKVPREKDEPGKGGFWRIDPQY
.::.:::..::. : ..: . :::::::::.:: ::.::::: .::::..: .::
CCDS55 LTLAAIYRFITERFAFYRDSPRKWQNSIRHNLTLNDCFVKVPREPGNPGKGNYWTLDPAA
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250
pF1KB7 AERLLSGAF--KKRRLPPVHIHPAFARQAAQEPSAVPRAGPLTVNTEAQQLLREFEEATG
:. . .:.: ...:. ... :: : : : : :
CCDS55 ADMFDNGSFLRRRKRFKRAEL-PAHAAAAPGPPLPFPYAPYAPAPGPALLVPPPSAGPGP
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 EAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRPPSTLLPTPEEQGELEPLKGNFDWEAIFDAGT
CCDS55 SPPARLFSVDSLVNLQPELAGLGAPEPPCCAAPDAAAAAFPPCAAAASPPLYSQVPDRLV
220 230 240 250 260 270
>>CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5 (378 aa)
initn: 369 init1: 347 opt: 421 Z-score: 311.1 bits: 66.4 E(32554): 5.2e-11
Smith-Waterman score: 421; 31.5% identity (58.5% similar) in 241 aa overlap (19-251:19-252)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAESWLRLSGAGPAEEAGPEGGLEEPDALDDSLTSLQWLQEFSILNAKAPALPPGGTDPH
: : : :. .: .... .. . . :.. :: .
CCDS43 MSSFDLPAPSPPRCSPQFPSIGQEPPEM---NLYYENFFHPQGVPSPQRPSFEGGGE--Y
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 GYHQVPGSAAPGSPLAADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATNPH-
: : : .. : : .: : . ..: :.... .:. . :
CCDS43 GATPNPYLWFNGPTMTPPPYLPGPNASPFLPQAYGVQRPLLPSVSGLGGSDLGWLPIPSQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ------VKPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNL
:.:::::..:: ::.... ..::: ::....::: .. .. :::::::::
CCDS43 EELMKLVRPPYSYSALIAMAIHGAPDKRLTLSQIYQYVADNFPFYNKSKAGWQNSIRHNL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 SLNKCFIKVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRRLPPVHIHPAFARQAAQEP-
::: :: ::::..:.::::..: .::. . . .: :...: . . : : ..
CCDS43 SLNDCFKKVPRDEDDPGKGNYWTLDPNCEKMFDNGNFRRKRKRKSDVSSSTASLALEKTE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SAVPRAGPLTVNTEAQQLLREFEEATGEAGWGAGEGRLGHKRKQPLPKRVAKVPRPPSTL
:..: .: : :: :..:
CCDS43 SSLPVDSPKT--TEPQDILDGASPGGTTSSPEKRPSPPPSGAPCLNSFLSSMTAYVSGGS
240 250 260 270 280 290
>>CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 (408 aa)
initn: 433 init1: 354 opt: 416 Z-score: 307.2 bits: 65.8 E(32554): 8.6e-11
Smith-Waterman score: 418; 36.2% identity (51.0% similar) in 243 aa overlap (88-312:79-308)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DPHGYHQVPGSAAPGSPLAADPACLGQPHTPGKPTSSCTSRSAPPGLQAPPPDDVDYATN
:. :. : ::: : : : .
CCDS21 KFLEQSLQPGLQVARWGGVALPREHIEGGGPSDPSEFGTEFRAPPRSAAASED----ARQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PHVKPPYSYATLICMAMQASKATKITLSAIYKWITDNFCYFRHADPTWQNSIRHNLSLNK
: .:::::: .:: ::. : ..:::.: .:. : :.:. :.::::::::::::
CCDS21 P-AKPPYSYIALITMAILQSPHKRLTLSGICAFISGRFPYYRRKFPAWQNSIRHNLSLND
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB7 CFIKVPREKDEPGKGGFWRIDPQYAERLLSGAFKKRR--------LPPVHI-HPAFARQA
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