Result of FASTA (omim) for
pF1KB7647
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7647, 328 aa
1>>>pF1KB7647 328 - 328 aa - 328 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0081+/-0.000361; mu= -3.8450+/- 0.023
mean_var=291.4058+/-60.679, 0's: 0 Z-trim(123.0): 20 B-trim: 2411 in 1/61
Lambda= 0.075132
statistics sampled from 41948 (41971) to 41948 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.789), E-opt: 0.2 (0.492), width: 16
Scan time: 8.410
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055386 (OMIM: 609034) hairy/enhancer-of-split r ( 328) 2188 249.9 5.6e-66
XP_005270802 (OMIM: 609034) PREDICTED: hairy/enhan ( 300) 1987 228.0 1.9e-59
NP_036391 (OMIM: 604674) hairy/enhancer-of-split r ( 337) 752 94.2 4.1e-19
NP_036390 (OMIM: 602953) hairy/enhancer-of-split r ( 304) 740 92.9 9.3e-19
NP_001035798 (OMIM: 602953) hairy/enhancer-of-spli ( 308) 692 87.7 3.5e-17
XP_016866116 (OMIM: 604674) PREDICTED: hairy/enhan ( 291) 666 84.8 2.3e-16
XP_016866117 (OMIM: 604674) PREDICTED: hairy/enhan ( 291) 666 84.8 2.3e-16
XP_016866118 (OMIM: 604674) PREDICTED: hairy/enhan ( 291) 666 84.8 2.3e-16
NP_066993 (OMIM: 608060) transcription factor HES- ( 221) 335 48.9 1.2e-05
NP_001269780 (OMIM: 602953) hairy/enhancer-of-spli ( 214) 330 48.3 1.7e-05
NP_001135939 (OMIM: 608060) transcription factor H ( 247) 324 47.7 3e-05
NP_005515 (OMIM: 139605) transcription factor HES- ( 280) 302 45.4 0.00017
>>NP_055386 (OMIM: 609034) hairy/enhancer-of-split relat (328 aa)
initn: 2188 init1: 2188 opt: 2188 Z-score: 1305.6 bits: 249.9 E(85289): 5.6e-66
Smith-Waterman score: 2188; 100.0% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (1-328:1-328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRIN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPAWPWSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPAWPWSFF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRATGIILPARRNVLPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 HSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRATGIILPARRNVLPSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 GASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGPTGSAAYVAVPTPNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGPTGSAAYVAVPTPNS
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB7 SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
310 320
>>XP_005270802 (OMIM: 609034) PREDICTED: hairy/enhancer- (300 aa)
initn: 1987 init1: 1987 opt: 1987 Z-score: 1188.3 bits: 228.0 E(85289): 1.9e-59
Smith-Waterman score: 1987; 99.7% identity (100.0% similar) in 300 aa overlap (29-328:1-300)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRIN
::::::::::::::::::.:::::::::::::
XP_005 MARPLSTPSSSQMQARKKHRGIIEKRRRDRIN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPAWPWSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPAWPWSFF
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRATGIILPARRNVLPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRATGIILPARRNVLPSR
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 GASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGPTGSAAYVAVPTPNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGPTGSAAYVAVPTPNS
220 230 240 250 260 270
310 320
pF1KB7 SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
280 290 300
>>NP_036391 (OMIM: 604674) hairy/enhancer-of-split relat (337 aa)
initn: 725 init1: 552 opt: 752 Z-score: 464.2 bits: 94.2 E(85289): 4.1e-19
Smith-Waterman score: 752; 45.7% identity (66.0% similar) in 350 aa overlap (1-328:1-337)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQE----GQLSQMARPLSTPSS-SQMQARKKRRGIIEKRR
:::: : . :... : ::::.: :: .. . :..:.. ::..:::::::::::::
NP_036 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RDRINSSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVD
:::::.::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:
NP_036 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB7 FRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTG------P
: ::::::::::: :::. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : . .. :
NP_036 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 LAFPAWPWSFFHSCPGLPA-LSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPI--PALRTAPLRRAT
: : .: : ::: : . .. . .: ...: . : :: :: . .:
NP_036 LHPHHWAAAFHH----LPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHAD
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 GII-LPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-P
. . .:. .: : :: : :: .: .. :: .: :: . .. : :
NP_036 SALRMPSTGSVAPCVPPLSTSL---LSLSATVHAAAAAATAA--AHSFPLSFAGAFPMLP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KB7 PGPTGS-AAYVAVPTPNS----SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
:. ... :: .:. : : ::: .. .. :. : ::.:::
NP_036 PNAAAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWG---TEVGAF
300 310 320 330
>>NP_036390 (OMIM: 602953) hairy/enhancer-of-split relat (304 aa)
initn: 723 init1: 565 opt: 740 Z-score: 457.8 bits: 92.9 E(85289): 9.3e-19
Smith-Waterman score: 740; 48.0% identity (69.1% similar) in 304 aa overlap (1-290:1-288)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MKRPK-EPSGSDGESDGPIDVGQE-----GQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKR
::: . : :.::.: : :.: .: :.::. .: .:::. :::.::::::::
NP_036 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RRDRINSSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAV
::::::.::::::::::.:::::::.::::::.::::::::::::..:: :.:::.:::.
NP_036 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAHALAM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 DFRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPA
:.::.::::::.:: :::...:: .. .::.:.::.::::.::.. : . . :.
NP_036 DYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDA-SDPLRVRLVSHLNNYASQREAASGAHAGLGHIP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 WPWSFFHSCPGL--PAL--SNQLAILGRVPSPVLP---GVSSPAYP-IPALRTAPLRRAT
: : : : . : : .: . : . ::. : : . :.: ::::. : .
NP_036 WGTVFGHH-PHIAHPLLLPQNGHGNAGTTASPTEPHHQGRLGSAHPEAPALRAPP----S
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 GIILPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGP
: . : ::: .:... . :: .. . . : : . : : ::. .. .: .:
NP_036 GSLGP----VLPVV-TSASKLSPPLLSSVASLSAFPFSFG--SFH---LLSPNALSPSAP
240 250 260 270 280
290 300 310 320
pF1KB7 TGSAAYVAVPTPNSSSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
: .:
NP_036 TQAANLGKPYRPWGTEIGAF
290 300
>>NP_001035798 (OMIM: 602953) hairy/enhancer-of-split re (308 aa)
initn: 482 init1: 327 opt: 692 Z-score: 429.6 bits: 87.7 E(85289): 3.5e-17
Smith-Waterman score: 722; 47.4% identity (68.2% similar) in 308 aa overlap (1-290:1-292)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MKRPK-EPSGSDGESDGPIDVGQE-----GQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKR
::: . : :.::.: : :.: .: :.::. .: .:::. :::.::::::::
NP_001 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RRDRINSSLSELRRLVPTAFEKQ----GSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDAR
::::::.::::::::::.::::: ::.::::::.::::::::::::..:: :.:::.
NP_001 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQVMEQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ALAVDFRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPL
:::.:.::.::::::.:: :::...:: .. .::.:.::.::::.::.. : . . :
NP_001 ALAMDYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDA-SDPLRVRLVSHLNNYASQREAASGAHAGL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 AFPAWPWSFFHSCPGL--PAL--SNQLAILGRVPSPVLP---GVSSPAYP-IPALRTAPL
. : : : : . : : .: . : . ::. : : . :.: ::::. :
NP_001 GHIPWGTVFGHH-PHIAHPLLLPQNGHGNAGTTASPTEPHHQGRLGSAHPEAPALRAPP-
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 RRATGIILPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPT
.: . : ::: .:... . :: .. . . : : . : : ::. .. .
NP_001 ---SGSLGP----VLPVV-TSASKLSPPLLSSVASLSAFPFSFG--SFH---LLSPNALS
240 250 260 270 280
290 300 310 320
pF1KB7 PPGPTGSAAYVAVPTPNSSSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
: .:: .:
NP_001 PSAPTQAANLGKPYRPWGTEIGAF
290 300
>>XP_016866116 (OMIM: 604674) PREDICTED: hairy/enhancer- (291 aa)
initn: 639 init1: 531 opt: 666 Z-score: 414.7 bits: 84.8 E(85289): 2.3e-16
Smith-Waterman score: 666; 46.9% identity (65.7% similar) in 303 aa overlap (43-328:2-291)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 ESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRINSSLSELRRLVPT
::::::::::::::::::.:::::::::::
XP_016 MARKKRRGIIEKRRRDRINNSLSELRRLVPT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 AFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIGFRECLTEVIRYL
:::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:: ::::::::::: :::
XP_016 AFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMDFMSIGFRECLTEVARYL
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180
pF1KB7 GVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTG------PLAFPAWPWSFFHSCPGL
. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : . .. :: : .: : :
XP_016 SSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPLHPHHWAAAFHH----L
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PA-LSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPI--PALRTAPLRRATGII-LPARRNVLPSRGA
:: : . .. . .: ...: . : :: :: . .: . . .:. .: :
XP_016 PAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRMPSTGSVAPCVPP
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KB7 SSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-PPGPTGS-AAYVAVPTPN
:: : :: .: .. :: .: :: . .. : ::. ... :: .:. :
XP_016 LSTSL---LSLSATVHAAAAAATAA--AHSFPLSFAGAFPMLPPNAAAAVAAATAISPPL
210 220 230 240 250 260
300 310 320
pF1KB7 S----SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
: ::: .. .. :. : ::.:::
XP_016 SVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWG---TEVGAF
270 280 290
>>XP_016866117 (OMIM: 604674) PREDICTED: hairy/enhancer- (291 aa)
initn: 639 init1: 531 opt: 666 Z-score: 414.7 bits: 84.8 E(85289): 2.3e-16
Smith-Waterman score: 666; 46.9% identity (65.7% similar) in 303 aa overlap (43-328:2-291)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 ESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRINSSLSELRRLVPT
::::::::::::::::::.:::::::::::
XP_016 MARKKRRGIIEKRRRDRINNSLSELRRLVPT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 AFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIGFRECLTEVIRYL
:::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:: ::::::::::: :::
XP_016 AFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMDFMSIGFRECLTEVARYL
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180
pF1KB7 GVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTG------PLAFPAWPWSFFHSCPGL
. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : . .. :: : .: : :
XP_016 SSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPLHPHHWAAAFHH----L
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PA-LSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPI--PALRTAPLRRATGII-LPARRNVLPSRGA
:: : . .. . .: ...: . : :: :: . .: . . .:. .: :
XP_016 PAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRMPSTGSVAPCVPP
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KB7 SSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-PPGPTGS-AAYVAVPTPN
:: : :: .: .. :: .: :: . .. : ::. ... :: .:. :
XP_016 LSTSL---LSLSATVHAAAAAATAA--AHSFPLSFAGAFPMLPPNAAAAVAAATAISPPL
210 220 230 240 250 260
300 310 320
pF1KB7 S----SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
: ::: .. .. :. : ::.:::
XP_016 SVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWG---TEVGAF
270 280 290
>>XP_016866118 (OMIM: 604674) PREDICTED: hairy/enhancer- (291 aa)
initn: 639 init1: 531 opt: 666 Z-score: 414.7 bits: 84.8 E(85289): 2.3e-16
Smith-Waterman score: 666; 46.9% identity (65.7% similar) in 303 aa overlap (43-328:2-291)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 ESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRINSSLSELRRLVPT
::::::::::::::::::.:::::::::::
XP_016 MARKKRRGIIEKRRRDRINNSLSELRRLVPT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 AFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIGFRECLTEVIRYL
:::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:: ::::::::::: :::
XP_016 AFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMDFMSIGFRECLTEVARYL
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180
pF1KB7 GVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTG------PLAFPAWPWSFFHSCPGL
. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : . .. :: : .: : :
XP_016 SSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPLHPHHWAAAFHH----L
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PA-LSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPI--PALRTAPLRRATGII-LPARRNVLPSRGA
:: : . .. . .: ...: . : :: :: . .: . . .:. .: :
XP_016 PAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRMPSTGSVAPCVPP
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KB7 SSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-PPGPTGS-AAYVAVPTPN
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