FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7647, 328 aa
  1>>>pF1KB7647 328 - 328 aa - 328 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2790+/-0.000903; mu= 0.4650+/- 0.054
 mean_var=260.5515+/-53.636, 0's: 0 Z-trim(115.3): 20  B-trim: 561 in 1/53
 Lambda= 0.079456
 statistics sampled from 15877 (15895) to 15877 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.788), E-opt: 0.2 (0.488), width:  16
 Scan time:  2.850

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS439.1 HEYL gene_id:26508|Hs108|chr1            ( 328) 2181 262.4 3.6e-70
CCDS5131.1 HEY2 gene_id:23493|Hs108|chr6           ( 337)  752 98.6 7.6e-21
CCDS6225.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8           ( 304)  740 97.2 1.8e-20
CCDS43749.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8          ( 308)  692 91.7 8.4e-19


>>CCDS439.1 HEYL gene_id:26508|Hs108|chr1                 (328 aa)
 initn: 2181 init1: 2181 opt: 2181  Z-score: 1373.2  bits: 262.4 E(32554): 3.6e-70
Smith-Waterman score: 2181; 99.7% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (1-328:1-328)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKRRRDRIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS43 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQEGQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKHRGIIEKRRRDRIN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 SSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVDFRSIG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 FRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPAWPWSFF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPAWPWSFF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 HSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRATGIILPARRNVLPSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRATGIILPARRNVLPSR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 GASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGPTGSAAYVAVPTPNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGPTGSAAYVAVPTPNS
              250       260       270       280       290       300

              310       320        
pF1KB7 SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
              310       320        

>>CCDS5131.1 HEY2 gene_id:23493|Hs108|chr6                (337 aa)
 initn: 725 init1: 552 opt: 752  Z-score: 487.7  bits: 98.6 E(32554): 7.6e-21
Smith-Waterman score: 752; 45.7% identity (66.0% similar) in 350 aa overlap (1-328:1-337)

               10        20            30         40        50     
pF1KB7 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQE----GQLSQMARPLSTPSS-SQMQARKKRRGIIEKRR
       :::: : . :... :  ::::.:    :: .. .  :..:.. ::..:::::::::::::
CCDS51 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB7 RDRINSSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVD
       :::::.::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:
CCDS51 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160               
pF1KB7 FRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTG------P
       : ::::::::::: :::. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : .   ..      :
CCDS51 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHP
              130       140        150       160       170         

     170       180        190       200       210         220      
pF1KB7 LAFPAWPWSFFHSCPGLPA-LSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPI--PALRTAPLRRAT
       :    :  .: :    ::: : .  .. .   .:   ...: . :    :: :: . .: 
CCDS51 LHPHHWAAAFHH----LPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHAD
     180       190           200       210       220       230     

         230       240       250       260       270        280    
pF1KB7 GII-LPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-P
       . . .:.  .: :     ::     :   ::   .: .. ::  .:  :: . .. :  :
CCDS51 SALRMPSTGSVAPCVPPLSTSL---LSLSATVHAAAAAATAA--AHSFPLSFAGAFPMLP
         240       250          260       270         280       290

            290       300           310       320        
pF1KB7 PGPTGS-AAYVAVPTPNS----SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
       :. ... :: .:.  : :    :::  ..  ..   :. :    ::.:::
CCDS51 PNAAAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWG---TEVGAF
              300       310       320       330          

>>CCDS6225.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8                (304 aa)
 initn: 723 init1: 565 opt: 740  Z-score: 480.9  bits: 97.2 E(32554): 1.8e-20
Smith-Waterman score: 740; 48.0% identity (69.1% similar) in 304 aa overlap (1-290:1-288)

                10        20             30        40        50    
pF1KB7 MKRPK-EPSGSDGESDGPIDVGQE-----GQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKR
       ::: . : :.::.: :  :.: .:     :.::.    .:  .:::. :::.::::::::
CCDS62 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB7 RRDRINSSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAV
       ::::::.::::::::::.:::::::.::::::.::::::::::::..:: :.:::.:::.
CCDS62 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAHALAM
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB7 DFRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAFPA
       :.::.::::::.:: :::...:: .. .::.:.::.::::.::.. : .    . :.   
CCDS62 DYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDA-SDPLRVRLVSHLNNYASQREAASGAHAGLGHIP
              130       140        150       160       170         

          180           190       200          210        220      
pF1KB7 WPWSFFHSCPGL--PAL--SNQLAILGRVPSPVLP---GVSSPAYP-IPALRTAPLRRAT
       :   : :  : .  : :  .:  .  : . ::. :   :  . :.:  ::::. :    .
CCDS62 WGTVFGHH-PHIAHPLLLPQNGHGNAGTTASPTEPHHQGRLGSAHPEAPALRAPP----S
     180        190       200       210       220       230        

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB7 GIILPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPTPPGP
       : . :    :::   .:... . ::   .. . . : : .  : :   ::. .. .: .:
CCDS62 GSLGP----VLPVV-TSASKLSPPLLSSVASLSAFPFSFG--SFH---LLSPNALSPSAP
              240        250       260         270          280    

        290       300       310       320        
pF1KB7 TGSAAYVAVPTPNSSSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
       : .:                                      
CCDS62 TQAANLGKPYRPWGTEIGAF                      
          290       300                          

>>CCDS43749.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8               (308 aa)
 initn: 482 init1: 327 opt: 692  Z-score: 451.1  bits: 91.7 E(32554): 8.4e-19
Smith-Waterman score: 722; 47.4% identity (68.2% similar) in 308 aa overlap (1-290:1-292)

                10        20             30        40        50    
pF1KB7 MKRPK-EPSGSDGESDGPIDVGQE-----GQLSQMARPLSTPSSSQMQARKKRRGIIEKR
       ::: . : :.::.: :  :.: .:     :.::.    .:  .:::. :::.::::::::
CCDS43 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
               10        20        30        40        50        60

           60        70            80        90       100       110
pF1KB7 RRDRINSSLSELRRLVPTAFEKQ----GSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDAR
       ::::::.::::::::::.:::::    ::.::::::.::::::::::::..:: :.:::.
CCDS43 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQVMEQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAH
               70        80        90       100       110       120

              120       130       140       150       160       170
pF1KB7 ALAVDFRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPL
       :::.:.::.::::::.:: :::...:: .. .::.:.::.::::.::.. : .    . :
CCDS43 ALAMDYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDA-SDPLRVRLVSHLNNYASQREAASGAHAGL
              130       140       150        160       170         

              180           190       200          210        220  
pF1KB7 AFPAWPWSFFHSCPGL--PAL--SNQLAILGRVPSPVLP---GVSSPAYP-IPALRTAPL
       .   :   : :  : .  : :  .:  .  : . ::. :   :  . :.:  ::::. : 
CCDS43 GHIPWGTVFGHH-PHIAHPLLLPQNGHGNAGTTASPTEPHHQGRLGSAHPEAPALRAPP-
     180       190        200       210       220       230        

            230       240       250       260       270       280  
pF1KB7 RRATGIILPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPLLQSSSPT
          .: . :    :::   .:... . ::   .. . . : : .  : :   ::. .. .
CCDS43 ---SGSLGP----VLPVV-TSASKLSPPLLSSVASLSAFPFSFG--SFH---LLSPNALS
          240            250       260       270            280    

            290       300       310       320        
pF1KB7 PPGPTGSAAYVAVPTPNSSSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
       : .:: .:                                      
CCDS43 PSAPTQAANLGKPYRPWGTEIGAF                      
          290       300                              




328 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]