Result of FASTA (omim) for
pF1KB7352
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7352, 843 aa
1>>>pF1KB7352 843 - 843 aa - 843 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7539+/-0.000402; mu= 18.3634+/- 0.025
mean_var=80.4316+/-16.548, 0's: 0 Z-trim(111.8): 45 B-trim: 889 in 1/55
Lambda= 0.143008
statistics sampled from 20437 (20481) to 20437 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16
Scan time: 11.530
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016860014 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 802) 2712 570.1 1.4e-161
NP_001275882 (OMIM: 243150,609332) tetratricopepti ( 824) 2712 570.1 1.5e-161
NP_065191 (OMIM: 243150,609332) tetratricopeptide ( 858) 2712 570.1 1.5e-161
XP_016860016 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 770) 2661 559.5 2e-158
XP_016860017 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 739) 2601 547.1 1e-154
XP_011531300 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 739) 2426 511.0 7.7e-144
XP_005264496 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 739) 2426 511.0 7.7e-144
XP_011531302 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 598) 2205 465.4 3.5e-130
XP_016860018 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 730) 2160 456.2 2.5e-127
XP_011531301 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 681) 2008 424.8 6.6e-118
NP_001275880 (OMIM: 243150,609332) tetratricopepti ( 882) 1980 419.1 4.5e-116
NP_001275884 (OMIM: 243150,609332) tetratricopepti ( 504) 1937 410.0 1.3e-113
XP_011531303 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 509) 1933 409.2 2.4e-113
XP_016860019 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 632) 1841 390.3 1.5e-107
XP_016860013 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 819) 1836 389.3 3.7e-107
XP_016860015 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetr ( 775) 1332 285.3 7.1e-76
NP_055488 (OMIM: 607722) ER membrane protein compl ( 297) 154 42.0 0.0047
NP_001316424 (OMIM: 607722) ER membrane protein co ( 298) 154 42.1 0.0047
NP_001316422 (OMIM: 607722) ER membrane protein co ( 306) 150 41.2 0.0085
>>XP_016860014 (OMIM: 243150,609332) PREDICTED: tetratri (802 aa)
initn: 2550 init1: 1447 opt: 2712 Z-score: 3021.7 bits: 570.1 E(85289): 1.4e-161
Smith-Waterman score: 2712; 50.9% identity (82.0% similar) in 806 aa overlap (41-843:6-802)
20 30 40 50 60
pF1KB7 ETEIERCRSECQWERIPELVKQLSAKLIANDDMAELLLGESKLEQYLKE-HPLRQGASPR
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XP_016 MAGITDDFGKLLLAEALLEQCLKENHAKIKDSMPL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GPK--PQLTEVRKHLTAALDRGNLKSEFLQESNLIMAKLNYVEGDYKEALNIYARVGLDD
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XP_016 LEKNEPKMSEAKNYLSSILNHGRLSPQYMCEAMLILGKLHYVEGSYRDAISMYARAGIDD
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130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LPLTAVPPYRLRVIAEAYATKGLCLEKLPISSSTSNLHVDREQDVITCYEKAGDIALLYL
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XP_016 MSMENKPLYQMRLLSEAFVIKGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFERASWIAQVFL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QEIERVILSNIQNRSPKPGPAPHDQELGFFLETGLQRAHVLYFKNGNLTRGVGRFRELLR
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XP_016 QELEKTT-NNSTSRHLK-GCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMRELREVLR
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 AVETRTTQNLRMTIARQLAEILLRGMCEQSYWNPLEDPPCQSPLDDPLRKGANTKTYTLT
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XP_016 TVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPL-----SHPLPEFMGKEESSFATQAL
220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 RRARVYSGENIFCPQENTEEALLLLLISESMANRDAVLSRIPEHKSDRLISLQSASVVYD
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XP_016 RKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAIYD
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LLTIALGRRGQYEMLSECLERAMKFAFEEFHLWYQFALSLMAAGKSARAVKVLKECIRLK
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XP_016 LLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVKLR
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PDDATIPLLAAKLCMGSLHWLEEAEKFAKTVVDVGEKTSEFKAKGYLALGLTYSLQATDA
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XP_016 PSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQATDA
390 400 410 420 430 440
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pF1KB7 SLRGMQEVLQRKALLAFQRAHSLSPTDHQAAFYLALQLAISRQIPEALGYVRQALQLQGD
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XP_016 TLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVRKD
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 DANSLHLLALLLSAQKHYHDALNIIDMALSEYPENFILLFSKVKLQSLCRGPDEALLTCK
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XP_016 DAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLMFTKVKLEQVLKGPEEALVTCR
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 HMLQIWKSCYNLTNPSDSGRGSSLLDRTIADRRQLNTITLPDFSDPETGSVHATSVAASR
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XP_016 QVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAASR
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 VEQALSEVASSLQSSAPKQGPLHPWMTLAQIWLHAAEVYIGIGKPAEATACTQEAANLFP
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XP_016 LEEAMSEL--TMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFP
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 MSHNVLYMRGQIAELRGSMDEARRWYEEALAISPTHVKSMQRLALILHQLGRYSLAEKIL
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XP_016 TSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVL
690 700 710 720 730 740
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 RDAVQVNSTAHEVWNGLGEVLQAQGNDAAATECFLTALELEASSPAVPFTIIPRVL
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XP_016 RDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSIIPREL
750 760 770 780 790 800
>>NP_001275882 (OMIM: 243150,609332) tetratricopeptide r (824 aa)
initn: 2550 init1: 1447 opt: 2712 Z-score: 3021.5 bits: 570.1 E(85289): 1.5e-161
Smith-Waterman score: 2712; 50.9% identity (82.0% similar) in 806 aa overlap (41-843:28-824)
20 30 40 50 60
pF1KB7 ETEIERCRSECQWERIPELVKQLSAKLIANDDMAELLLGESKLEQYLKE-HPLRQGASPR
::...:::.:. ::: ::: : . . :
NP_001 MVPSSSRTPGFKQSSHHLRLPKCWDYRDDFGKLLLAEALLEQCLKENHAKIKDSMPL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GPK--PQLTEVRKHLTAALDRGNLKSEFLQESNLIMAKLNYVEGDYKEALNIYARVGLDD
: :...:....:.. :..: :. ... :. ::..::.::::.:..:...:::.:.::
NP_001 LEKNEPKMSEAKNYLSSILNHGRLSPQYMCEAMLILGKLHYVEGSYRDAISMYARAGIDD
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 LPLTAVPPYRLRVIAEAYATKGLCLEKLPISSSTSNLHVDREQDVITCYEKAGDIALLYL
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NP_001 MSMENKPLYQMRLLSEAFVIKGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFERASWIAQVFL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QEIERVILSNIQNRSPKPGPAPHDQELGFFLETGLQRAHVLYFKNGNLTRGVGRFRELLR
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NP_001 QELEKTT-NNSTSRHLK-GCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMRELREVLR
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250 260 270 280 290 300
pF1KB7 AVETRTTQNLRMTIARQLAEILLRGMCEQSYWNPLEDPPCQSPLDDPLRKGANTKTYTLT
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NP_001 TVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPL-----SHPLPEFMGKEESSFATQAL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 RRARVYSGENIFCPQENTEEALLLLLISESMANRDAVLSRIPEHKSDRLISLQSASVVYD
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NP_001 RKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAIYD
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LLTIALGRRGQYEMLSECLERAMKFAFEEFHLWYQFALSLMAAGKSARAVKVLKECIRLK
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NP_001 LLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVKLR
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PDDATIPLLAAKLCMGSLHWLEEAEKFAKTVVDVGEKTSEFKAKGYLALGLTYSLQATDA
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NP_001 PSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQATDA
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pF1KB7 SLRGMQEVLQRKALLAFQRAHSLSPTDHQAAFYLALQLAISRQIPEALGYVRQALQLQGD
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NP_001 TLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVRKD
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pF1KB7 DANSLHLLALLLSAQKHYHDALNIIDMALSEYPENFILLFSKVKLQSLCRGPDEALLTCK
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pF1KB7 HMLQIWKSCYNLTNPSDSGRGSSLLDRTIADRRQLNTITLPDFSDPETGSVHATSVAASR
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NP_001 QVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAASR
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pF1KB7 VEQALSEVASSLQSSAPKQGPLHPWMTLAQIWLHAAEVYIGIGKPAEATACTQEAANLFP
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NP_001 LEEAMSEL--TMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFP
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pF1KB7 MSHNVLYMRGQIAELRGSMDEARRWYEEALAISPTHVKSMQRLALILHQLGRYSLAEKIL
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NP_001 TSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVL
710 720 730 740 750 760
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 RDAVQVNSTAHEVWNGLGEVLQAQGNDAAATECFLTALELEASSPAVPFTIIPRVL
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NP_001 RDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSIIPREL
770 780 790 800 810 820
>>NP_065191 (OMIM: 243150,609332) tetratricopeptide repe (858 aa)
initn: 2604 init1: 1447 opt: 2712 Z-score: 3021.3 bits: 570.1 E(85289): 1.5e-161
Smith-Waterman score: 2796; 50.1% identity (80.2% similar) in 867 aa overlap (1-843:1-858)
10 20 30
pF1KB7 MATKKA-GSRL--ETEIERCRSECQWERIPELVKQL----------------SAKLI--A
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NP_065 MAAKGAHGSYLKVESELERCRAEGHWDRMPELVRQLQTLSMPGGGGNRRGSPSAAFTFPD
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 NDDMAELLLGESKLEQYLKE-HPLRQGASPRGPK--PQLTEVRKHLTAALDRGNLKSEFL
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NP_065 TDDFGKLLLAEALLEQCLKENHAKIKDSMPLLEKNEPKMSEAKNYLSSILNHGRLSPQYM
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 QESNLIMAKLNYVEGDYKEALNIYARVGLDDLPLTAVPPYRLRVIAEAYATKGLCLEKLP
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NP_065 CEAMLILGKLHYVEGSYRDAISMYARAGIDDMSMENKPLYQMRLLSEAFVIKGLSLERLP
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 ISSSTSNLHVDREQDVITCYEKAGDIALLYLQEIERVILSNIQNRSPKPGPAPHDQELGF
: .. ..::..::::.:.:. :: ..:::.:.. .: .: : : : : :: .
NP_065 NSIASRFRLTEREEEVITCFERASWIAQVFLQELEKTT-NNSTSRHLK-GCHPLDYELTY
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 FLETGLQRAHVLYFKNGNLTRGVGRFRELLRAVETRTTQNLRMTIARQLAEILLRGMCEQ
:::..:: :.: .:.::...:. ..::.::.:::..:::... :..:: .::... :.
NP_065 FLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMRELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEE
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 SYWNPLEDPPCQSPLDDPLRKGANTKTYTLTRRARVYSGENIFCPQENTEEALLLLLISE
::.:: . :: . . : .. . :. ..: :.:..::..: :::::::::::
NP_065 CYWSPL-----SHPLPEFMGKEESSFATQALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISE
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 SMANRDAVLSRIPEHKSDRLISLQSASVVYDLLTIALGRRGQYEMLSECLERAMKFAFEE
:::.::.::::.::.. :: .:::.:...::::.:.::::::: :::::::::::::: :
NP_065 SMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAIYDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGE
360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 FHLWYQFALSLMAAGKSARAVKVLKECIRLKPDDATIPLLAAKLCMGSLHWLEEAEKFAK
:::::: :::..: :::: ::..:.::..:.:.: :.::.:::.:.:::.::::::.::
NP_065 FHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVKLRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAM
420 430 440 450 460 470
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pF1KB7 TVVDVGEKTSEFKAKGYLALGLTYSLQATDASLRGMQEVLQRKALLAFQRAHSLSPTDHQ
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NP_065 MVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQATDATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQ
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pF1KB7 AAFYLALQLAISRQIPEALGYVRQALQLQGDDANSLHLLALLLSAQKHYHDALNIIDMAL
. .:..::::. ::: :. ...::... :::..:::::::.:::::.. ::....::.
NP_065 VILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVRKDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAI
540 550 560 570 580 590
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pF1KB7 SEYPENFILLFSKVKLQSLCRGPDEALLTCKHMLQIWKSCYNLTNPSDSGRGSSLLDRTI
.:.:::: :.:.::::... .::.:::.::...:..:.. :.... . . .:. .
NP_065 TEHPENFNLMFTKVKLEQVLKGPEEALVTCRQVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLT
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pF1KB7 ADRRQLNTITLPDFSDPETGSVHATSVAASRVEQALSEVASSLQSSAPKQGPLHPWMTLA
... .:::: : ..:: .:.:.::::.:.:.::. .. ::. ::::.. : ::
NP_065 MKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAASRLEEAMSEL--TMPSSVLKQGPMQLWTTLE
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pF1KB7 QIWLHAAEVYIGIGKPAEATACTQEAANLFPMSHNVLYMRGQIAELRGSMDEARRWYEEA
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NP_065 QIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFPTSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]