Result of FASTA (omim) for
pF1KB7342
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7342, 894 aa
1>>>pF1KB7342 894 - 894 aa - 894 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7890+/-0.000421; mu= 18.5464+/- 0.026
mean_var=80.2629+/-16.532, 0's: 0 Z-trim(111.6): 408 B-trim: 5 in 1/51
Lambda= 0.143158
statistics sampled from 19901 (20311) to 19901 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 11.430
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 894) 6012 1252.2 0
NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 840) 5546 1156.0 0
NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 3204 672.3 2.9e-192
NP_001932 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 896) 3039 638.2 5.2e-182
NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 2830 595.0 4.9e-169
NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 2750 578.5 4.5e-164
XP_005258263 (OMIM: 125645,610476) PREDICTED: desm ( 758) 2725 573.3 1.5e-162
XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 1300 279.0 6.3e-74
XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 1300 279.0 6.5e-74
NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 1300 279.0 6.7e-74
NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 1300 279.1 6.9e-74
NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 1266 272.0 8.7e-72
NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 1178 253.8 2.5e-66
NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 1178 253.8 2.6e-66
NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 1178 253.9 2.7e-66
NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 1176 253.4 3.1e-66
NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 1176 253.4 3.1e-66
XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 1176 253.4 3.2e-66
NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 1176 253.4 3.3e-66
NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 1055 228.4 1.1e-58
NP_817123 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 isofo (1040) 1042 225.8 8.4e-58
NP_001127925 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 is (1059) 1042 225.8 8.6e-58
NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 1039 225.1 9.5e-58
NP_001934 (OMIM: 125671,610193,612877) desmoglein- (1118) 1041 225.6 1e-57
NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 1033 223.9 2.4e-57
XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 998 216.6 3e-55
XP_011521790 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19 ( 637) 996 216.2 4.1e-55
XP_011521791 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19 ( 637) 996 216.2 4.1e-55
NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 954 207.5 1.7e-52
XP_016864421 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864415 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864419 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_005248285 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_006714498 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864414 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864418 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
NP_004925 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 pre ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864420 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864417 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864413 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_016864416 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 950 206.7 3.5e-52
XP_011524152 (OMIM: 169615) PREDICTED: desmoglein- ( 998) 941 204.9 1.6e-51
NP_001935 (OMIM: 169615) desmoglein-3 preproprotei ( 999) 941 204.9 1.6e-51
XP_016864404 (OMIM: 604555) PREDICTED: cadherin-10 ( 786) 917 199.9 4e-50
NP_001304153 (OMIM: 604555) cadherin-10 isoform 3 ( 786) 917 199.9 4e-50
XP_011512225 (OMIM: 604555) PREDICTED: cadherin-10 ( 788) 904 197.2 2.5e-49
NP_006718 (OMIM: 604555) cadherin-10 isoform 1 pre ( 788) 904 197.2 2.5e-49
XP_016881012 (OMIM: 605806) PREDICTED: cadherin-7 ( 785) 896 195.6 8e-49
NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 896 195.6 8e-49
>>NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc1a p (894 aa)
initn: 6012 init1: 6012 opt: 6012 Z-score: 6707.2 bits: 1252.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6012; 100.0% identity (100.0% similar) in 894 aa overlap (1-894:1-894)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MALASAAPGSIFCKQLLFSLLVLTLLCDACQKVYLRVPSHLQAETLVGKVNLEECLKSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 MALASAAPGSIFCKQLLFSLLVLTLLCDACQKVYLRVPSHLQAETLVGKVNLEECLKSAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LIRSSDPAFRILEDGSIYTTHDLILSSERKSFSIFLSDGQRREQQEIKVVLSARENKSPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 LIRSSDPAFRILEDGSIYTTHDLILSSERKSFSIFLSDGQRREQQEIKVVLSARENKSPK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KRHTKDTALKRSKRRWAPIPASLMENSLGPFPQHVQQIQSDAAQNYTIFYSISGPGVDKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 KRHTKDTALKRSKRRWAPIPASLMENSLGPFPQHVQQIQSDAAQNYTIFYSISGPGVDKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PFNLFYIEKDTGDIFCTRSIDREKYEQFALYGYATTADGYAPEYPLPLIIKIEDDNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 PFNLFYIEKDTGDIFCTRSIDREKYEQFALYGYATTADGYAPEYPLPLIIKIEDDNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YFEHRVTIFTVPENCRSGTSVGKVTATDLDEPDTLHTRLKYKILQQIPDHPKHFSIHPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 YFEHRVTIFTVPENCRSGTSVGKVTATDLDEPDTLHTRLKYKILQQIPDHPKHFSIHPDT
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 GVITTTTPFLDREKCDTYQLIMEVRDMGGQPFGLFNTGTITISLEDENDNPPSFTETSYV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 TEVEENRIDVEILRMKVQDQDLPNTPHSKAVYKILQGNENGNFIISTDPNTNEGVLCVVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 TEVEENRIDVEILRMKVQDQDLPNTPHSKAVYKILQGNENGNFIISTDPNTNEGVLCVVK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PLNYEVNRQVILQVGVINEAQFSKAASSQTPTMCTTTVTVKIIDSDEGPECHPPVKVIQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 PLNYEVNRQVILQVGVINEAQFSKAASSQTPTMCTTTVTVKIIDSDEGPECHPPVKVIQS
430 440 450 460 470 480
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pF1KB7 QDGFPAGQELLGYKALDPEISSGEGLRYQKLGDEDNWFEINQHTGDLRTLKVLDRESKFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 QDGFPAGQELLGYKALDPEISSGEGLRYQKLGDEDNWFEINQHTGDLRTLKVLDRESKFV
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550 560 570 580 590 600
pF1KB7 KNNQYNISVVAVDAVGRSCTGTLVVHLDDYNDHAPQIDKEVTICQNNEDFAVLKPVDPDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 KNNQYNISVVAVDAVGRSCTGTLVVHLDDYNDHAPQIDKEVTICQNNEDFAVLKPVDPDG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 PENGPPFQFFLDNSASKNWNIEEKDGKTAILRQRQNLDYNYYSVPIQIKDRHGLVATHML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 PENGPPFQFFLDNSASKNWNIEEKDGKTAILRQRQNLDYNYYSVPIQIKDRHGLVATHML
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 TVRVCDCSTPSECRMKDKSTRDVRPNVILGRWAILAMVLGSVLLLCILFTCFCVTAKRTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 TVRVCDCSTPSECRMKDKSTRDVRPNVILGRWAILAMVLGSVLLLCILFTCFCVTAKRTV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 KKCFPEDIAQQNLIVSNTEGPGEEVTEANIRLPMQTSNICDTSMSVGTVGGQGIKTQQSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 KKCFPEDIAQQNLIVSNTEGPGEEVTEANIRLPMQTSNICDTSMSVGTVGGQGIKTQQSF
730 740 750 760 770 780
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pF1KB7 EMVKGGYTLDSNKGGGHQTLESVKGVGQGDTGRYAYTDWQSFTQPRLGEKVYLCGQDEEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 EMVKGGYTLDSNKGGGHQTLESVKGVGQGDTGRYAYTDWQSFTQPRLGEKVYLCGQDEEH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB7 KHCEDYVCSYNYEGKGSLAGSVGCCSDRQEEEGLEFLDHLEPKFRTLAKTCIKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_077 KHCEDYVCSYNYEGKGSLAGSVGCCSDRQEEEGLEFLDHLEPKFRTLAKTCIKK
850 860 870 880 890
>>NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc1b p (840 aa)
initn: 5655 init1: 5546 opt: 5546 Z-score: 6187.4 bits: 1156.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5546; 99.9% identity (100.0% similar) in 830 aa overlap (1-830:1-830)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MALASAAPGSIFCKQLLFSLLVLTLLCDACQKVYLRVPSHLQAETLVGKVNLEECLKSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MALASAAPGSIFCKQLLFSLLVLTLLCDACQKVYLRVPSHLQAETLVGKVNLEECLKSAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LIRSSDPAFRILEDGSIYTTHDLILSSERKSFSIFLSDGQRREQQEIKVVLSARENKSPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LIRSSDPAFRILEDGSIYTTHDLILSSERKSFSIFLSDGQRREQQEIKVVLSARENKSPK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KRHTKDTALKRSKRRWAPIPASLMENSLGPFPQHVQQIQSDAAQNYTIFYSISGPGVDKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KRHTKDTALKRSKRRWAPIPASLMENSLGPFPQHVQQIQSDAAQNYTIFYSISGPGVDKE
130 140 150 160 170 180
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pF1KB7 PFNLFYIEKDTGDIFCTRSIDREKYEQFALYGYATTADGYAPEYPLPLIIKIEDDNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PFNLFYIEKDTGDIFCTRSIDREKYEQFALYGYATTADGYAPEYPLPLIIKIEDDNDNAP
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pF1KB7 YFEHRVTIFTVPENCRSGTSVGKVTATDLDEPDTLHTRLKYKILQQIPDHPKHFSIHPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YFEHRVTIFTVPENCRSGTSVGKVTATDLDEPDTLHTRLKYKILQQIPDHPKHFSIHPDT
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310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GVITTTTPFLDREKCDTYQLIMEVRDMGGQPFGLFNTGTITISLEDENDNPPSFTETSYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GVITTTTPFLDREKCDTYQLIMEVRDMGGQPFGLFNTGTITISLEDENDNPPSFTETSYV
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 TEVEENRIDVEILRMKVQDQDLPNTPHSKAVYKILQGNENGNFIISTDPNTNEGVLCVVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TEVEENRIDVEILRMKVQDQDLPNTPHSKAVYKILQGNENGNFIISTDPNTNEGVLCVVK
370 380 390 400 410 420
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pF1KB7 PLNYEVNRQVILQVGVINEAQFSKAASSQTPTMCTTTVTVKIIDSDEGPECHPPVKVIQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PLNYEVNRQVILQVGVINEAQFSKAASSQTPTMCTTTVTVKIIDSDEGPECHPPVKVIQS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 QDGFPAGQELLGYKALDPEISSGEGLRYQKLGDEDNWFEINQHTGDLRTLKVLDRESKFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QDGFPAGQELLGYKALDPEISSGEGLRYQKLGDEDNWFEINQHTGDLRTLKVLDRESKFV
490 500 510 520 530 540
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pF1KB7 KNNQYNISVVAVDAVGRSCTGTLVVHLDDYNDHAPQIDKEVTICQNNEDFAVLKPVDPDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KNNQYNISVVAVDAVGRSCTGTLVVHLDDYNDHAPQIDKEVTICQNNEDFAVLKPVDPDG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 PENGPPFQFFLDNSASKNWNIEEKDGKTAILRQRQNLDYNYYSVPIQIKDRHGLVATHML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PENGPPFQFFLDNSASKNWNIEEKDGKTAILRQRQNLDYNYYSVPIQIKDRHGLVATHML
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 TVRVCDCSTPSECRMKDKSTRDVRPNVILGRWAILAMVLGSVLLLCILFTCFCVTAKRTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TVRVCDCSTPSECRMKDKSTRDVRPNVILGRWAILAMVLGSVLLLCILFTCFCVTAKRTV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 KKCFPEDIAQQNLIVSNTEGPGEEVTEANIRLPMQTSNICDTSMSVGTVGGQGIKTQQSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KKCFPEDIAQQNLIVSNTEGPGEEVTEANIRLPMQTSNICDTSMSVGTVGGQGIKTQQSF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 EMVKGGYTLDSNKGGGHQTLESVKGVGQGDTGRYAYTDWQSFTQPRLGEKVYLCGQDEEH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_004 EMVKGGYTLDSNKGGGHQTLESVKGVGQGDTGRYAYTDWQSFTQPRLGEESIRGHTLIKN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB7 KHCEDYVCSYNYEGKGSLAGSVGCCSDRQEEEGLEFLDHLEPKFRTLAKTCIKK
>>NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isoform (901 aa)
initn: 2691 init1: 1469 opt: 3204 Z-score: 3572.8 bits: 672.3 E(85289): 2.9e-192
Smith-Waterman score: 3204; 54.7% identity (79.3% similar) in 907 aa overlap (2-894:4-901)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MALASAAPGSIFCKQLLFSLLVLTLLCDACQKVYLRVPSHLQAETLVGKVNLEECLKS
: :.. .. .:. ::..: .: . :::..: :.:::.:.:: :::.:::.::. .
NP_077 MEAARPSGSWNGALCRLLLLTLAILIFASDACKNVTLHVPSKLDAEKLVGRVNLKECFTA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 ASLIRSSDPAFRILEDGSIYTTHDLILSSERKSFSIFLSDGQRREQQEIKVVLSARENKS
:.::.:::: :.::::::.:::. ..::::..::.:.::. . .:...: : : ...:
NP_077 ANLIHSSDPDFQILEDGSVYTTNTILLSSEKRSFTILLSNTENQEKKKIFVFLE-HQTKV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PKKRHTKDTALKRSKRRWAPIPASLMENSLGPFPQHVQQIQSDAAQNYTIFYSISGPGVD
::::::. .:.:.:::::::: :..:::::::: .::.:::.::::::.::: :::::
NP_077 LKKRHTKEKVLRRAKRRWAPIPCSMLENSLGPFPLFLQQVQSDTAQNYTIYYSIRGPGVD
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