FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7337, 1043 aa
1>>>pF1KB7337 1043 - 1043 aa - 1043 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5776+/-0.00111; mu= 15.5594+/- 0.066
mean_var=100.5729+/-20.370, 0's: 0 Z-trim(105.0): 71 B-trim: 39 in 1/49
Lambda= 0.127889
statistics sampled from 8125 (8194) to 8125 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 3.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33119.1 NLRP13 gene_id:126204|Hs108|chr19 (1043) 7056 1313.4 0
CCDS82401.1 NLRP13 gene_id:126204|Hs108|chr19 (1036) 6974 1298.3 0
CCDS7776.1 NLRP14 gene_id:338323|Hs108|chr11 (1093) 2117 402.2 3.2e-111
CCDS54319.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1040) 1727 330.2 1.4e-89
CCDS54318.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1039) 1719 328.7 3.9e-89
CCDS12913.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1062) 1719 328.7 4e-89
CCDS12937.1 NLRP8 gene_id:126205|Hs108|chr19 (1048) 1571 301.4 6.5e-81
CCDS12934.1 NLRP9 gene_id:338321|Hs108|chr19 ( 991) 1411 271.9 4.8e-72
CCDS82402.1 NLRP8 gene_id:126205|Hs108|chr19 (1029) 1201 233.2 2.3e-60
CCDS74458.1 NLRP11 gene_id:204801|Hs108|chr19 ( 934) 1199 232.8 2.7e-60
CCDS12935.1 NLRP11 gene_id:204801|Hs108|chr19 (1033) 1199 232.8 2.9e-60
CCDS12864.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1061) 954 187.6 1.2e-46
CCDS62785.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1062) 938 184.6 9.4e-46
CCDS12938.1 NLRP5 gene_id:126206|Hs108|chr19 (1200) 719 144.3 1.5e-33
CCDS60680.1 NLRP6 gene_id:171389|Hs108|chr11 ( 891) 695 139.8 2.6e-32
CCDS7693.1 NLRP6 gene_id:171389|Hs108|chr11 ( 892) 695 139.8 2.6e-32
CCDS62784.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1004) 647 130.9 1.3e-29
CCDS1632.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 (1036) 639 129.5 3.7e-29
CCDS46183.1 NLRP7 gene_id:199713|Hs108|chr19 (1037) 639 129.5 3.7e-29
CCDS7697.1 RNH1 gene_id:6050|Hs108|chr11 ( 461) 614 124.7 4.6e-28
CCDS12912.1 NLRP7 gene_id:199713|Hs108|chr19 (1009) 605 123.2 2.8e-27
CCDS44347.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 ( 979) 551 113.2 2.8e-24
CCDS33109.1 NLRP7 gene_id:199713|Hs108|chr19 ( 980) 544 111.9 6.7e-24
CCDS12936.1 NLRP4 gene_id:147945|Hs108|chr19 ( 994) 528 109.0 5.3e-23
CCDS44346.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 ( 979) 512 106.0 4e-22
CCDS1633.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 ( 922) 453 95.1 7.3e-19
CCDS32537.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1375) 396 84.7 1.5e-15
CCDS42245.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1429) 396 84.7 1.5e-15
CCDS42246.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1473) 396 84.7 1.6e-15
CCDS58508.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1399) 394 84.3 1.9e-15
CCDS42244.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1443) 394 84.3 2e-15
CCDS7784.1 NLRP10 gene_id:338322|Hs108|chr11 ( 655) 372 80.1 1.7e-14
CCDS73817.1 NLRC3 gene_id:197358|Hs108|chr16 (1065) 318 70.2 2.6e-11
>>CCDS33119.1 NLRP13 gene_id:126204|Hs108|chr19 (1043 aa)
initn: 7056 init1: 7056 opt: 7056 Z-score: 7035.5 bits: 1313.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7056; 100.0% identity (100.0% similar) in 1043 aa overlap (1-1043:1-1043)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
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70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
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190 200 210 220 230 240
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CCDS33 RENMKAELLETWDNISWPKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPNRTRAQAQTIVLVGRAGVG
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPIEEFM
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310 320 330 340 350 360
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CCDS33 SQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPLATLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
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430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
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pF1KB7 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
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pF1KB7 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
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pF1KB7 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 ENDLQDDGVKLLCEALKPHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNLNLLGNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ENDLQDDGVKLLCEALKPHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNLNLLGNEL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 DTDGVKMLCKALKKSTCRLQKLG
:::::::::::::::::::::::
CCDS33 DTDGVKMLCKALKKSTCRLQKLG
1030 1040
>>CCDS82401.1 NLRP13 gene_id:126204|Hs108|chr19 (1036 aa)
initn: 6967 init1: 6967 opt: 6974 Z-score: 6953.8 bits: 1298.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6974; 99.4% identity (99.6% similar) in 1039 aa overlap (1-1039:1-1036)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RENMKAELLETWDNISWPKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPNRTRAQAQTIVLVGRAGVG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPIEEFM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPLATLL
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ITIKTWFVRDLKASLVNPCFVQITGFTGDDLRVYFMRHFDDSSEVEKILQQLRKNETLFH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SCSAPMVCWTVCSCLKQPKVRYYDLQSITQTTTSLYAYFFSNLFSTAEVDLADDSWPGQW
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pF1KB7 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RALCSLAIEGLWSMNFTFNKEDTEIEGLEVPFIDSLYEFNILQKINDCGGCTTFTHLSFQ
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pF1KB7 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EFFAAMSFVLEEPREFPPHSTKPQEMKMLLQHVLLDKEAYWTPVVLFFFGLLNKNIAREL
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pF1KB7 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EDTLHCKISPRVMEELLKWGEELGKAESASLQFHILRLFHCLHESQEEDFTKKMLGRIFE
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pF1KB7 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VDLNILEDEELQASSFCLKHCKRLNKLRLSVSSHILERDLEILETSKFDSRMHAWNSICS
670 680 690 700 710 720
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pF1KB7 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TLVTNENLHELDLSNSKLHASSVKGLCLALKNPRCKVQKLTCKSVTPEWVLQDLIIALQG
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790 800 810 820 830 840
pF1KB7 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NSKLTHLNFSSNKLGMTVPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFLTSIQHV
790 800 810 820 830 840
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pF1KB7 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQNRSLTHL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 NLSKNSLRDEGVKFLCEALGRPDGNLQSLNLSGCSFTREGCGELANALSHNHNVKILDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NLSKNSLRDEGVKFLCEALGRPDGNLQSLNLSGCSFTREGCGELANALSHNHNVKILDLG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 ENDLQDDGVKLLCEALKPHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNLNLLGNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ENDLQDDGVKLLCEALKPHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNLNLLGNEL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 DTDGVKMLCKALKKSTCRLQKLG
::::::::: .:: :: .
CCDS82 DTDGVKMLC--FKK-TCTM
1030
>>CCDS7776.1 NLRP14 gene_id:338323|Hs108|chr11 (1093 aa)
initn: 1546 init1: 829 opt: 2117 Z-score: 2110.3 bits: 402.2 E(32554): 3.2e-111
Smith-Waterman score: 2203; 38.6% identity (65.7% similar) in 1041 aa overlap (16-1043:14-992)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MNFSVITCPNGGTNQGLLPYLMALDQYQLEEFKLCLEPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANL
::: :: :.. .:. ::: : .. :. :. . :: ..
CCDS77 MADSSSSSFFPDFGLLLYLEELNKEELNTFKLFL--KETME----PEHGLT--PWNEV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTSLCEKVRAEMKENVQTQELQDPTQE
. : .:. :. ...: .::.: : :: ::: .:::... :.. ..::
CCDS77 KKARREDLANLMKKYYPGEKAWSVSLKIFGKMNLKDLCERAKEEINWSAQT---------
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DLEMLEAAAGNMQTQGCQDPNQEELDELEEETGNVQAQGCQDPNQEEPEMLEEADHRRKY
: :.. . : .:. : ..: . :
CCDS77 --------IG---------PDDAKAGETQEDQEAVLGDGTE------------------Y
110 120
190 200 210 220 230
pF1KB7 RENMKAELLETWDNISW---PKDHVYIRNTSKDEHEELQRLLDPN-RTRAQAQTIVLVGR
:. .: .. :::. : :.: . .. .. ... :..:.: . .: :: : .:: :
CCDS77 RNRIKEKFCITWDKKSLAGKPED--FHHGIAEKDRKLLEHLFDVDVKTGAQPQIVVLQGA
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AGVGKTTLAMQAMLHWANGVLFQQRFSYVFYLSCHKIRYMKETTFAELISLDWPDFDAPI
::::::::. .::: ::.: :.::::.:::::. ..: .:: .::.::: :::. ..::
CCDS77 AGVGKTTLVRKAMLDWAEGSLYQQRFKYVFYLNGREINQLKERSFAQLISKDWPSTEGPI
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 EEFMSQPEKLLFIIDGFEEIIISESRSESLDDGSPCTDWYQELPVTKILHSLLKKELVPL
::.: :: .::::::.:.:. .. . : . : :: :: ::. .. :::.: ..:
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CCDS12 Y--ILKTKFREMWK--SWPGDSKEVQ-VMAERYKMLIPFSNPRVLPGPFSYTVVLYGPAG
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CCDS12 LCSMFITNKNFQILDMENTSLDDPSLAILCKALAQPVCKLRKLIFTSV---YFGHDSELF
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pF1KB7 IALQGNSKLTHLNFSSNKLGMT-VPLILKALRHSACNLKYLCLEKCNLSAASCQDLALFL
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CCDS12 KAVLHNPHLKLLSLYGTSLSQSDIRHLCETLKHPMCKIEELILGKCDISSEVCEDIASVL
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pF1KB7 TSIQHVTRLCLGFNRLQDDGIKLLCAALTHPKCALERLELWFCQLAAPACKHLSDALLQN
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CCDS12 ACNSKLKHLSLVENPLRDEGMTLLCEALKHSHCALERLMLMYCCLTSVSCDSISEVLLCS
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pF1KB7 RSLTHLNLSKNSLRDEGVKFLCEALGRPDGNLQSLNLSGCSFTREGCGELANALSHNHNV
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CCDS12 KSLSLLDLGSNALEDNGVASLCAALKHPGCSIRELWLMGCFLTSDSCKDIAAVLICNGKL
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pF1KB7 KILDLGENDLQDDGVKLLCEALK-PHRALHTLGLAKCNLTTACCQHLFSVLSSSKSLVNL
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CCDS12 KTLKLGHNEIGDTGVRQLCAALQHPHCKLECLGLQTCPITRACCDDIAAALIACKTLRSL
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pF1KB7 NLLGNELDTDGVKMLCKALKKSTCRLQKLG
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CCDS12 NLDWIALDADAVVVLCEALSHPDCALQMLGLHKSGFDEETQKILMSVEEKIPHLTISHGP
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CCDS82 MSDVNPPSDTPIPFSSSSTHSSHIPPWTFSCYPGSPCENGVMLYMRNVSHEELQRFK---
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pF1KB7 EPQQLMDFWSAPQGHFPRIPWANLRAADPLNLSFLLDEHFPKGQAWKVVLGIFQTMNLTS
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CCDS82 --QLLLTELST--GTMP-ITWDQVETASWAEVVHLLIERFPGRRAWDVTSNIFAIMNCDK
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CCDS82 MCVVVRREINAILPTLE---P--EDLNV-----GETQV------NLEE-----GESGKI-
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