Result of FASTA (omim) for
pF1KB7264
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7264, 249 aa
1>>>pF1KB7264 249 - 249 aa - 249 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9655+/-0.000511; mu= -11.7253+/- 0.032
mean_var=385.2140+/-75.997, 0's: 0 Z-trim(119.6): 74 B-trim: 87 in 1/54
Lambda= 0.065347
statistics sampled from 33749 (33824) to 33749 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.397), width: 16
Scan time: 7.940
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006296 (OMIM: 600832) acidic leucine-rich nucle ( 249) 1620 166.2 4.9e-41
NP_036535 (OMIM: 606877) acidic leucine-rich nucle ( 234) 1258 132.1 8.7e-31
NP_112182 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nucle ( 268) 906 98.9 9.4e-21
NP_001267488 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nu ( 267) 904 98.7 1.1e-20
XP_016857907 (OMIM: 609611) PREDICTED: acidic leuc ( 285) 895 97.9 2e-20
XP_005245570 (OMIM: 609611) PREDICTED: acidic leuc ( 286) 895 97.9 2e-20
XP_005245571 (OMIM: 609611) PREDICTED: acidic leuc ( 253) 891 97.5 2.4e-20
NP_036536 (OMIM: 606878) acidic leucine-rich nucle ( 131) 739 82.9 3.1e-16
NP_001129951 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nu ( 220) 715 80.8 2.2e-15
NP_001267489 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nu ( 165) 501 60.6 2.1e-09
NP_001129950 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nu ( 227) 437 54.6 1.7e-07
>>NP_006296 (OMIM: 600832) acidic leucine-rich nuclear p (249 aa)
initn: 1620 init1: 1620 opt: 1620 Z-score: 857.8 bits: 166.2 E(85289): 4.9e-41
Smith-Waterman score: 1620; 100.0% identity (100.0% similar) in 249 aa overlap (1-249:1-249)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
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NP_006 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEGLDDEEEDEDEEEYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEGLDDEEEDEDEEEYD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDAQVVEDEEDEDEEEEGEEEDVSGEEEEDEEGYNDGEVDDEEDEEELGEEERGQKRKRE
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NP_006 EDAQVVEDEEDEDEEEEGEEEDVSGEEEEDEEGYNDGEVDDEEDEEELGEEERGQKRKRE
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PEDEGEDDD
:::::::::
NP_006 PEDEGEDDD
>>NP_036535 (OMIM: 606877) acidic leucine-rich nuclear p (234 aa)
initn: 1239 init1: 910 opt: 1258 Z-score: 673.7 bits: 132.1 E(85289): 8.7e-31
Smith-Waterman score: 1258; 86.1% identity (90.8% similar) in 238 aa overlap (1-238:1-234)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
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NP_036 MEMGRRIHSELRNRAPSDVKELALDNSRSNEGKLEALTDEFEELEFLSKINGGLTSISDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
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NP_036 PKL-KLRKLEL---RVSGGLEVLAEKCPNLTHLYLSGNKIKDLSTIEPLKQLENLKSLDL
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEGLDDEEEDEDEEEYD
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NP_036 FNCEVTNLNDYGENVFKLLLQLTYLDSCYWDHKEAPYSDIEDHVEGLDDEEEGEHEEEYD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDAQVVEDEEDEDEEEEGEEEDVSGEEEEDEEGYNDGEVDDEEDEEELGEEERGQKRKRE
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NP_036 EDAQVVEDEEGEEEEEEGEEEDVSGGDEEDEEGYNDGEVDGEEDEEELGEEERGQKRK
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PEDEGEDDD
>>NP_112182 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nuclear p (268 aa)
initn: 1132 init1: 839 opt: 906 Z-score: 493.6 bits: 98.9 E(85289): 9.4e-21
Smith-Waterman score: 958; 59.2% identity (79.0% similar) in 267 aa overlap (1-249:1-267)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
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NP_112 MEMKKKINLELRNRSPEEVTELVLDNCLCVNGEIEGLNDTFKELEFLSMANVELSSLARL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
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NP_112 PSLNKLRKLELSDNIISGGLEVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALQNLKNLKSLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEG-LDDEEEDEDEEEY
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NP_112 FNCEITNLEDYRESIFELLQQITYLDGFDQEDNEAPDSEEEDDEDGDEDDEEEEENEAGP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DEDAQVVEDEEDEDEEEEGEEEDVSGEEE---EDEEGYN---DGEVDDEEDEE---ELGE
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NP_112 PEGYEEEEEEEEEEDEDEDEDEDEAGSELGEGEEEVGLSYLMKEEIQDEEDDDDYVEEGE
190 200 210 220 230 240
240
pF1KB7 EE--------RGQKRKREPEDEGEDDD
:: ::.::::. ::.::..:
NP_112 EEEEEEEGGLRGEKRKRDAEDDGEEEDD
250 260
>>NP_001267488 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nuclea (267 aa)
initn: 1121 init1: 839 opt: 904 Z-score: 492.6 bits: 98.7 E(85289): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 960; 59.4% identity (79.3% similar) in 266 aa overlap (1-249:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
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NP_001 MEMKKKINLELRNRSPEEVTELVLDNCLCVNGEIEGLNDTFKELEFLSMANVELSSLARL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
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NP_001 PSLNKLRKLELSDNIISGGLEVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALQNLKNLKSLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEG-LDDEEEDEDEEEY
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NP_001 FNCEITNLEDYRESIFELLQQITYLDGFDQEDNEAPDSEEEDDEDGDEDDEEEEENEAGP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DEDAQVVEDEEDEDEEEEGEEEDVSGEEE---EDEEGYN---DGEVDDEEDEE---ELGE
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NP_001 PEGYEEEEEEEEEEDEDEDEDEDEAGSELGEGEEEVGLSYLMKEEIQDEEDDDDYVEEGE
190 200 210 220 230 240
240
pF1KB7 EE-------RGQKRKREPEDEGEDDD
:: ::.::::. ::.::..:
NP_001 EEEEEEGGLRGEKRKRDAEDDGEEEDD
250 260
>>XP_016857907 (OMIM: 609611) PREDICTED: acidic leucine- (285 aa)
initn: 1129 init1: 839 opt: 895 Z-score: 487.6 bits: 97.9 E(85289): 2e-20
Smith-Waterman score: 909; 57.3% identity (75.1% similar) in 281 aa overlap (1-246:1-281)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
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XP_016 MEMKKKINLELRNRSPEEVTELVLDNCLCVNGEIEGLNDTFKELEFLSMANVELSSLARL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
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XP_016 PSLNKLRKLELSDNIISGGLEVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALQNLKNLKSLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEG-LDDEEEDEDE---
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XP_016 FNCEITNLEDYRESIFELLQQITYLDGFDQEDNEAPDSEEEDDEDGDEDDEEEEENEAGP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KB7 ----EEYDEDAQVVEDEEDEDEEE------EGEEE----DVSGEEEEDEEGYN-------
:: .:. . ...:::::.: ::::: . :: ..:..:.
XP_016 PEGYEEEEEEEEEEDEDEDEDEDEAGSELGEGEEEVGLSYLMKEEIQSEKSYGFFNLQTE
190 200 210 220 230 240
220 230 240
pF1KB7 -----DGEVDD---EEDEEELGEEE--RGQKRKREPEDEGEDDD
: : :: :: ::: :: ::.::::. ::.::
XP_016 YLNFKDEEDDDDYVEEGEEEEEEEGGLRGEKRKRDAEDDGEEEDD
250 260 270 280
>>XP_005245570 (OMIM: 609611) PREDICTED: acidic leucine- (286 aa)
initn: 1161 init1: 839 opt: 895 Z-score: 487.6 bits: 97.9 E(85289): 2e-20
Smith-Waterman score: 910; 57.3% identity (75.1% similar) in 281 aa overlap (1-245:1-281)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
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XP_005 MEMKKKINLELRNRSPEEVTELVLDNCLCVNGEIEGLNDTFKELEFLSMANVELSSLARL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
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XP_005 PSLNKLRKLELSDNIISGGLEVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALQNLKNLKSLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEG-LDDEEEDEDE---
::::.:::.::::..:.:: :.:::::.:..:.:::::. : .: :::::.:.:
XP_005 FNCEITNLEDYRESIFELLQQITYLDGFDQEDNEAPDSEEEDDEDGDEDDEEEEENEAGP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KB7 ----EEYDEDAQVVEDEEDEDEEE------EGEEE----DVSGEEEEDEEGYN-------
:: .:. . ...:::::.: ::::: . :: ..:..:.
XP_005 PEGYEEEEEEEEEEDEDEDEDEDEAGSELGEGEEEVGLSYLMKEEIQSEKSYGFFNLQTE
190 200 210 220 230 240
220 230 240
pF1KB7 -----DGEVDD---EEDEEELGEEE---RGQKRKREPEDEGEDDD
: : :: :: ::: ::: ::.::::. ::.:
XP_005 YLNFKDEEDDDDYVEEGEEEEEEEEGGLRGEKRKRDAEDDGEEEDD
250 260 270 280
>>XP_005245571 (OMIM: 609611) PREDICTED: acidic leucine- (253 aa)
initn: 1054 init1: 839 opt: 891 Z-score: 486.2 bits: 97.5 E(85289): 2.4e-20
Smith-Waterman score: 891; 61.4% identity (80.9% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-229)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
::: ..:.::::::.: .: :::::: .:..:::.: :.:::::: :: :.:.: :
XP_005 MEMKKKINLELRNRSPEEVTELVLDNCLCVNGEIEGLNDTFKELEFLSMANVELSSLARL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
:.::::.::::::: .:::::::::::::::.:::::::::::::.: :..:.:::::::
XP_005 PSLNKLRKLELSDNIISGGLEVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALQNLKNLKSLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEGLDDEEEDEDEEEYD
::::.:::.::::..:.:: :.:::::.:..:.:::::. : :::. :::.:: .
XP_005 FNCEITNLEDYRESIFELLQQITYLDGFDQEDNEAPDSEEE------DDEDGDEDDEE-E
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDAQVVEDEEDEDEEEEGEEEDVSGEEEEDEEGYNDGEVDDEEDEEELGEEERGQKRKRE
:. .. : :.:::: :::: . .:.::: : . :: ..: : .:: .:
XP_005 EENEAGPPEGYEEEEEEEEEEDEDEDEDEDEAGSELGEGEEEVGLSYLMKEEIQKKEVFE
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PEDEGEDDD
XP_005 GRRGNEMLKTMERKKMTRSF
240 250
>>NP_036536 (OMIM: 606878) acidic leucine-rich nuclear p (131 aa)
initn: 739 init1: 739 opt: 739 Z-score: 412.5 bits: 82.9 E(85289): 3.1e-16
Smith-Waterman score: 739; 89.3% identity (96.9% similar) in 131 aa overlap (1-131:1-131)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
::::. :::::::::::::::: ::::.:::::::::::::::::.:.:::.::::::::
NP_036 MEMGKWIHLELRNRTPSDVKELFLDNSQSNEGKLEGLTDEFEELELLNTINIGLTSIANL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
::::::::::::.::.: :::::::::::: ::::::::::::::::::::::::.::::
NP_036 PKLNKLKKLELSSNRASVGLEVLAEKCPNLIHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLESLDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEGLDDEEEDEDEEEYD
:.:::::::.:
NP_036 FTCEVTNLNNY
130
>>NP_001129951 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nuclea (220 aa)
initn: 941 init1: 648 opt: 715 Z-score: 397.3 bits: 80.8 E(85289): 2.2e-15
Smith-Waterman score: 767; 59.0% identity (78.8% similar) in 217 aa overlap (51-249:3-219)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 ELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANLPKLNKLKKLELSDNRVSGGL
:: :.:.: ::.::::.::::::: .::::
NP_001 MANVELSSLARLPSLNKLRKLELSDNIISGGL
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 EVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDLFNCEVTNLNDYRENVFKLLP
:::::::::::.:::::::::::::.: :..:.:::::::::::.:::.::::..:.::
NP_001 EVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALQNLKNLKSLDLFNCEITNLEDYRESIFELLQ
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190
pF1KB7 QLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEG-LDDEEEDEDEEEYDEDAQVVEDEEDEDEEEEGE
:.:::::.:..:.:::::. : .: :::::.:.: : . :.::.:..:.: :
NP_001 QITYLDGFDQEDNEAPDSEEEDDEDGDEDDEEEEENEAGPPEGYEEEEEEEEEEDEDEDE
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240
pF1KB7 EEDVSGEEE---EDEEGYN---DGEVDDEEDEE---ELGEEE--------RGQKRKREPE
.:: .: : :.: : . :..::::.. : :::: ::.::::. :
NP_001 DEDEAGSELGEGEEEVGLSYLMKEEIQDEEDDDDYVEEGEEEEEEEEGGLRGEKRKRDAE
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 DEGEDDD
:.::..:
NP_001 DDGEEEDD
220
>>NP_001267489 (OMIM: 609611) acidic leucine-rich nuclea (165 aa)
initn: 537 init1: 501 opt: 501 Z-score: 289.9 bits: 60.6 E(85289): 2.1e-09
Smith-Waterman score: 501; 68.1% identity (85.3% similar) in 116 aa overlap (1-116:1-116)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEMGRRIHLELRNRTPSDVKELVLDNSRSNEGKLEGLTDEFEELEFLSTINVGLTSIANL
::: ..:.::::::.: .: :::::: .:..:::.: :.:::::: :: :.:.: :
NP_001 MEMKKKINLELRNRSPEEVTELVLDNCLCVNGEIEGLNDTFKELEFLSMANVELSSLARL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PKLNKLKKLELSDNRVSGGLEVLAEKCPNLTHLNLSGNKIKDLSTIEPLKKLENLKSLDL
:.::::.::::::: .:::::::::::::::.:::::::::::::.: : .. .:
NP_001 PSLNKLRKLELSDNIISGGLEVLAEKCPNLTYLNLSGNKIKDLSTVEALMAMKMMKRKRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FNCEVTNLNDYRENVFKLLPQLTYLDGYDRDDKEAPDSDAEGYVEGLDDEEEDEDEEEYD
NP_001 MKLVHRKDMRKRRRKRKRRMRMRMKMKMKQVQSWEREKRKWASHT
130 140 150 160
249 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 06:27:45 2016 done: Fri Nov 4 06:27:46 2016
Total Scan time: 7.940 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]