Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7256
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7256, 441 aa
1>>>pF1KB7256 441 - 441 aa - 441 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5317+/-0.00104; mu= 15.9390+/- 0.063
mean_var=65.1066+/-13.016, 0's: 0 Z-trim(103.3): 76 B-trim: 2 in 1/52
Lambda= 0.158950
statistics sampled from 7261 (7338) to 7261 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.225), width: 16
Scan time: 2.500
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 1039 247.5 2.4e-65
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CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 627 153.0 5.7e-37
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 627 153.0 5.9e-37
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CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 564 138.5 1.4e-32
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CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 463 115.4 1.2e-25
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 437 109.4 8e-24
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 381 96.6 6.1e-20
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CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 337 86.4 5.6e-17
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 318 82.1 1.3e-15
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CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 291 75.9 1e-13
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 284 74.3 2.9e-13
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 284 74.3 3.1e-13
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 280 73.4 5.4e-13
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 272 71.6 2.1e-12
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CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 271 71.3 2.4e-12
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 270 71.1 2.7e-12
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 269 70.9 4.1e-12
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 263 69.5 7.9e-12
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 262 69.3 1e-11
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 261 69.0 1.1e-11
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 261 69.0 1.1e-11
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 257 68.1 2e-11
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 256 67.9 2.1e-11
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 253 67.2 4.6e-11
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 249 66.3 7.3e-11
>>CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 (441 aa)
initn: 2934 init1: 2934 opt: 2934 Z-score: 3636.3 bits: 682.0 E(32554): 3.2e-196
Smith-Waterman score: 2934; 100.0% identity (100.0% similar) in 441 aa overlap (1-441:1-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLSSVMAPLWACILVAAGILATDTHHPQDSALYHLSKQLLQKYHKEVRPVYNWTKATTVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MLSSVMAPLWACILVAAGILATDTHHPQDSALYHLSKQLLQKYHKEVRPVYNWTKATTVY
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pF1KB7 LDLFVHAILDVDAENQILKTSVWYQEVWNDEFLSWNSSMFDEIREISLPLSAIWAPDIII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LDLFVHAILDVDAENQILKTSVWYQEVWNDEFLSWNSSMFDEIREISLPLSAIWAPDIII
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NEFVDIERYPDLPYVYVNSSGTIENYKPIQVVSACSLETYAFPFDVQNCSLTFKSILHTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 NEFVDIERYPDLPYVYVNSSGTIENYKPIQVVSACSLETYAFPFDVQNCSLTFKSILHTV
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EDVDLAFLRSPEDIQHDKKAFLNDSEWELLSVSSTYSILQSSAGGFAQIQFNVVMRRHPL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VYVVSLLIPSIFLMLVDLGSFYLPPNCRARIVFKTSVLVGYTVFRVNMSNQVPRSVGSTP
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pF1KB7 LIGHFFTICMAFLVLSLAKSIVLVKFLHDEQRGGQEQPFLCLRGDTDADRPRVEPRAQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LIGHFFTICMAFLVLSLAKSIVLVKFLHDEQRGGQEQPFLCLRGDTDADRPRVEPRAQRA
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 VVTESSLYGEHLAQPGTLKEVWSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VVTESSLYGEHLAQPGTLKEVWSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 LFMLGIYTITLCSLWALWGGV
:::::::::::::::::::::
CCDS83 LFMLGIYTITLCSLWALWGGV
430 440
>>CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (484 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB7 MLSSVMAPLWACILVAAGILATDTHHPQDSALYHLSKQLLQKYHKEVRPVY
:.: : : ... :: .:: :: .:.: ::::
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pF1KB7 NWTKATTVYLDLFVHAILDVDAENQILKTSVWYQEVWNDEFLSWNSSMFDEIREISLPLS
.: : ::: .:..:.:::.:: .::.: : .::.. :.::::.:: ::.: ..:.: .
CCDS83 DWRKPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTD
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pF1KB7 AIWAPDIIINEFVDIERYPDLPYVYVNSSGTIENYKPIQVVSACSLETYAFPFDVQNCSL
.::.:::.::::::. . :..::::. .: ..::::.:::.::::. : ::::::::::
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pF1KB7 TFKSILHTVEDVDLAFLRSPEDIQHDKKAFLNDSEWELLSVSSTYSILQ-SSAGGFAQIQ
:: : :::..:..... : :: .. :...:.:..:::::.: . .. :.. .:...
CCDS83 TFTSWLHTIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMK
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pF1KB7 FNVVMRRHPLVYVVSLLIPSIFLMLVDLGSFYLPPNCRARIVFKTSVLVGYTVFRVNMSN
: ::.::.:: ::::::.::::::..:. .:::::: :. :: ..:.::.:: . .:.
CCDS83 FYVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB7 QVPRSVGSTPLIGHFFTICMAFLVLSLAKSIVLVKFLHDEQRGGQEQP------------
.: .. .::::: .:..:::.::.:::..: .:...: .: : :
CCDS83 TLPATAIGTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVH-KQDLQQPVPAWLRHLVLERIA
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340 350 360 370 380
pF1KB7 -FLCLRGDTDADRPRVEPRAQRAVVTES-SLYGEHLAQPGTLKE----------------
.:::: .. ..:: : ...:. :.. : .:.: .. : ..
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pF1KB7 --------VWSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSYLFMLGIYTITLC
. ..:.:: ..:. .:. . .:: . : .:.:::. ::. . :.:::
CCDS83 EASLAVCGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLV
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440
pF1KB7 SLWALWGGV
::..:
CCDS83 MLWSIWQYA
480
>>CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (463 aa)
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pF1KB7 MLSSVMAPLWACILVAAGILATDTHHPQDSALYHLSKQLLQKYHKEVRPVYNWTKATTVY
:: .:: :: .:.: :::: .: : :::
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pF1KB7 LDLFVHAILDVDAENQILKTSVWYQEVWNDEFLSWNSSMFDEIREISLPLSAIWAPDIII
.:..:.:::.:: .::.: : .::.. :.::::.:: ::.: ..:.: ..::.:::.:
CCDS53 IDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILI
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:::::. . :..::::. .: ..::::.:::.::::. : :::::::::::: : :::.
CCDS53 NEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTI
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pF1KB7 EDVDLAFLRSPEDIQHDKKAFLNDSEWELLSVSSTYSILQ-SSAGGFAQIQFNVVMRRHP
.:..... : :: .. :...:.:..:::::.: . .. :.. .:...: ::.::.:
CCDS53 QDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRP
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pF1KB7 LVYVVSLLIPSIFLMLVDLGSFYLPPNCRARIVFKTSVLVGYTVFRVNMSNQVPRSVGST
: ::::::.::::::..:. .:::::: :. :: ..:.::.:: . .:. .: .. .:
CCDS53 LFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGT
230 240 250 260 270 280
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pF1KB7 PLIGHFFTICMAFLVLSLAKSIVLVKFLHDEQRGGQEQP-------------FLCLRGDT
:::: .:..:::.::.:::..: .:...: .: : : .:::: ..
CCDS53 PLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVH-KQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLREQS
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pF1KB7 DADRPRVEPRAQRAVVTES-SLYGEHLAQPGTLKE------------------------V
..:: : ...:. :.. : .:.: .. : .. .
CCDS53 TSQRP---PATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGL
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 WSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSYLFMLGIYTITLCSLWALWGGV
..:.:: ..:. .:. . .:: . : .:.:::. ::. . :.::: ::..:
CCDS53 LQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA
410 420 430 440 450 460
>>CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (516 aa)
initn: 1267 init1: 758 opt: 1039 Z-score: 1286.7 bits: 247.5 E(32554): 2.4e-65
Smith-Waterman score: 1091; 42.7% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (14-376:23-427)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLSSVMAPLWACILVAAGILATDTHHPQDSALYHLSKQLLQKYHKEVRPVY
:.: : : ... :: .:: :: .:.: ::::
CCDS83 MLGKLAMLLWVQQALLALLLPTLLAQG-EARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 NWTKATTVYLDLFVHAILDVDAENQILKTSVWYQEVWNDEFLSWNSSMFDEIREISLPLS
.: : ::: .:..:.:::.:: .::.: : .::.. :.::::.:: ::.: ..:.: .
CCDS83 DWRKPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTD
60 70 80 90 100 110
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pF1KB7 AIWAPDIIINEFVDIERYPDLPYVYVNSSGTIENYKPIQVVSACSLETYAFPFDVQNCSL
.::.:::.::::::. . :..::::. .: ..::::.:::.::::. : ::::::::::
CCDS83 SIWVPDILINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSL
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pF1KB7 TFKSILHTVEDVDLAFLRSPEDIQHDKKAFLNDSEWELLSVSSTYSILQ-SSAGGFAQIQ
:: : :::..:..... : :: .. :...:.:..:::::.: . .. :.. .:...
CCDS83 TFTSWLHTIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMK
180 190 200 210 220 230
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pF1KB7 FNVVMRRHPLVYVVSLLIPSIFLMLVDLGSFYLPPNCRARIVFKTSVLVGYTVFRVNMSN
: ::.::.:: ::::::.::::::..:. .:::::: :. :: ..:.::.:: . .:.
CCDS83 FYVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSD
240 250 260 270 280 290
300 310
pF1KB7 QVPRSVGSTPLIGH--------------------------------FFTICMAFLVLSLA
.: .. .:::::. .:..:::.::.:::
CCDS83 TLPATAIGTPLIGKAPPGSRAQSGEKPAPSHLLHVSLASALGCTGVYFVVCMALLVISLA
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360
pF1KB7 KSIVLVKFLHDEQRGGQEQP-------------FLCLRGDTDADRPRVEPRAQRAVVTES
..: .:...: .: : : .:::: .. ..:: : ...:. :..
CCDS83 ETIFIVRLVH-KQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRP---PATSQATKTDD
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 -SLYGEHLAQPGTLKEVWSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSYLFML
: .:.: .. :
CCDS83 CSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLEKRDEIRE
420 430 440 450 460 470
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CCDS32 LLFMASSIITVICLWNT
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440
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CCDS10 YPYVTYSFVIKRLPLFYTLFLIIPCIGLSFLTVLVFYLPSNEGEKICLCTSVLVSLTVFL
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CCDS10 MKENDVREVVEDWKFIAQVLDRMFLWTFLFVSIVGSLGLF-VPVIYKWANILIPVHIGNA
410 420 430 440 450 460
CCDS10 NK
441 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 06:22:59 2016 done: Fri Nov 4 06:22:59 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]