Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7247
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7247, 596 aa
1>>>pF1KB7247 596 - 596 aa - 596 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6991+/-0.000978; mu= 17.1914+/- 0.058
mean_var=69.9378+/-13.967, 0's: 0 Z-trim(105.3): 17 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.153362
statistics sampled from 8335 (8343) to 8335 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.614), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16
Scan time: 3.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11709.1 OTOP3 gene_id:347741|Hs108|chr17 ( 596) 3998 894.0 0
CCDS11708.1 OTOP2 gene_id:92736|Hs108|chr17 ( 562) 556 132.4 1.5e-30
CCDS3372.1 OTOP1 gene_id:133060|Hs108|chr4 ( 612) 297 75.1 3e-13
>>CCDS11709.1 OTOP3 gene_id:347741|Hs108|chr17 (596 aa)
initn: 3998 init1: 3998 opt: 3998 Z-score: 4777.2 bits: 894.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3998; 100.0% identity (100.0% similar) in 596 aa overlap (1-596:1-596)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGRGARAAAAQSRWGRASRASVSPGRTIRSAPAVGEAQETEAAPEKENRVDVGAEERAAA
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CCDS11 MGRGARAAAAQSRWGRASRASVSPGRTIRSAPAVGEAQETEAAPEKENRVDVGAEERAAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNKVAVTLGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNKVAVTLGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCTFCLNIFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCTFCLNIFR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLMLTLATNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLMLTLATNL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LLWVLAVTNDSMHREIEAELGILMEKSTGNETNTCLCLNATACEAFRRGFLMLYPFSTEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLWVLAVTNDSMHREIEAELGILMEKSTGNETNTCLCLNATACEAFRRGFLMLYPFSTEY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 CLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIFGPLLGLLVLLAGVCVFVLFQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIFGPLLGLLVLLAGVCVFVLFQI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EASGPAIACQYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLEERELDTVKNPTRSLDVVLLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EASGPAIACQYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLEERELDTVKNPTRSLDVVLLM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 GAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQHIAQNLFIIEGLHRRPLWET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQHIAQNLFIIEGLHRRPLWET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 VPEGLAGKQEAEPPRRGSLLELGQGLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VPEGLAGKQEAEPPRRGSLLELGQGLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNIT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB7 LWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGYQIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGYQIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
550 560 570 580 590
>>CCDS11708.1 OTOP2 gene_id:92736|Hs108|chr17 (562 aa)
initn: 1445 init1: 556 opt: 556 Z-score: 661.8 bits: 132.4 E(32554): 1.5e-30
Smith-Waterman score: 1455; 43.0% identity (71.9% similar) in 540 aa overlap (84-594:25-560)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 AEERAAATRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNK
.:.:.:.: :::.::..:. ..: . :::
CCDS11 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNK
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VAVTLGDVWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCT
::: ::. ::... .:. ::.:.:. :.: : :: :.: ::::.:.::.::::: ::
CCDS11 VAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICT
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 FCLNIFRVGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLM
. ...:..:: : ..:.: . .. .:. ::. .::. :: ::::.:. ..: ::::
CCDS11 LIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLM
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280
pF1KB7 LTLATNLLLWVLAVTNDSMHRE--------IEAELGILMEKSTGNET--NTCLCLNATAC
.::.::: .:. ::...:.:. .. .. .. . : . ..::: .:. :
CCDS11 FTLTTNLAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAV-C
180 190 200 210 220 230
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 EAFRRGFLMLYPFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIF--GP
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CCDS11 QIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGP
240 250 260 270 280 290
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 LLGLLVLLAGVCVFVLFQIEASGPAIAC-QYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLE
.::::....:. ::.......:: . : ...::.: .. : .:. :.:. :. ..
CCDS11 VLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFD
300 310 320 330 340 350
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ERELDTVKNPTRSLDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQ
.: .: :::::.:::.:::::::::..:.:.::::.:: :..:: : :...::.: :
CCDS11 RRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQ
360 370 380 390 400 410
470 480 490 500
pF1KB7 HIAQNLFIIEGLHRRPLWETVPEGLAGKQE----------------AEPPRRGSLLELGQ
: ::.::::.::: : :.. :. : :: : :. .
CCDS11 HTFQNMFIIESLHRGPPGAE-PHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPG-LVSPSP
420 430 440 450 460 470
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 GLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNITLWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGY
. :: ..: . : . .:.:. ::.:::::.:::. ::.::::: .:.: : .: :::::
CCDS11 SDQREAVAIV-STPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGY
480 490 500 510 520 530
570 580 590
pF1KB7 QIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
..: .:::. ::.:.:::::.:..:.:::.
CCDS11 SLWAVIVNICLPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
540 550 560
>>CCDS3372.1 OTOP1 gene_id:133060|Hs108|chr4 (612 aa)
initn: 926 init1: 297 opt: 297 Z-score: 351.5 bits: 75.1 E(32554): 3e-13
Smith-Waterman score: 960; 32.1% identity (59.9% similar) in 611 aa overlap (36-593:3-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 RAAAAQSRWGRASRASVSPGRTIRSAPAVGEAQETEAAPEKENRVDVGAEERAAATRPRQ
:. . :.:. ..:.. :: : .
CCDS33 MLEGLGSPASPRAAASASVAGSSGPAACSPPS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KSWLVRHFSLLLRRD--RQA--QKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFIC-SMIFNKVAVTLGD
.: : :: : . :: ....:. .: .::..: .. . . ..:. .:
CCDS33 SSAPRSPESPAPRRGGVRASVPQKLAEMLSSQYGL-IVFVAGLLLLLAWAVHAAGVSKSD
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCTFCLNIFR
. .:..: .:.:::.:.::. .. . . .: ::: :.:::..::. : :. ..
CCDS33 LLCFLTALMLLQLLWMLWYVGRSSAHRRLFRLKDTHAGAGWLRGSITLFAVITVILGCLK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLMLTLATNL
.:: .. .: : . :: : . : .:.. :: : :: .. .. : :.. .. :::
CCDS33 IGYFIGFSECLSATEGVFPVTHSVHTLLQVYFLWGHAKDIIQSFKTLERFGVIHSVFTNL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB7 LLWVLAVTNDSMHREIEAE-----LGIL-MEKSTGNETNTCLCLNATACEAFRRGFLMLY
:::. .: :.: :. : . ::. . ..: : : : : :. .:. .::
CCDS33 LLWANGVLNESKHQLNEHKERLITLGFGNITTVLDDHTPQCNCTPPTLCTAISHGIYYLY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIFGPLLGLLVLLAGVCV
::. :: .. ..:.:.:::.::.: :. : :. :.. : .::: :: : . :
CCDS33 PFNIEYQILASTMLYVLWKNIGRKVDSHQ--HQKMQ-FKSDGVMVGAVLGLTVLAATIAV
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 FVLFQIEASGPAIACQY-FTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLEERELDTVKNPTRS
:.. :. . . . ..: . ...: :. : ::: :. ..:. :: :::.:.
CCDS33 VVVYLIHIGRSKTKSESALIMFYLYAITLLMLMGAAGLAGIRIYRIDEKSLDESKNPARK
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 LDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQHIAQNLFIIEGLH
:: ::.:.: :. :.. ::.::. . : . : ::.: :... :::::.:..:
CCDS33 LDSDLLVGTASGSWLISWGSILAILCAEGHPRYTWYNLPYSILAIVEKYIQNLFIFESIH
390 400 410 420 430 440
480 490 500 510
pF1KB7 RRP--LWE--------TVPEGLAGKQEAEPPRRGSLLE----LGQGLQRASLAYI-HSYS
:.: : : :: .: . . :. :.. . :. . :. . . :
CCDS33 REPEKLSEDIQTLRVVTVCNGNTMPLASSCPKSGGVARDVAPQGKDMPPAANGNVCMRES
450 460 470 480 490 500
520 530 540 550
pF1KB7 H---------LNW-----------------KRRALKEISLFLILCNITLWMMPAFGIHPE
: .: ::..:..:. ::.::::.::. :::: .::
CCDS33 HDKEEEKQEESSWGGSPSPVRLPRFLQGNAKRKVLRNIAAFLFLCNISLWIPPAFGCRPE
510 520 530 540 550 560
560 570 580 590
pF1KB7 FENGLEKDFYGYQIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
..::::. .:.. :. .::...:...:::::....: :::
CCDS33 YDNGLEEIVFGFEPWIIVVNLAMPFSIFYRMHAAASLFEVYCKI
570 580 590 600 610
596 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 06:18:16 2016 done: Fri Nov 4 06:18:17 2016
Total Scan time: 3.540 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]