FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7246, 520 aa
1>>>pF1KB7246 520 - 520 aa - 520 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9668+/-0.00112; mu= 2.4944+/- 0.067
mean_var=260.9382+/-50.899, 0's: 0 Z-trim(111.4): 104 B-trim: 14 in 1/52
Lambda= 0.079397
statistics sampled from 12244 (12348) to 12244 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.379), width: 16
Scan time: 2.830
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS8824.1 KRT85 gene_id:3891|Hs108|chr12 ( 507) 1215 152.7 9.1e-37
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CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12 ( 470) 669 90.2 5.8e-18
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CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8 ( 543) 639 86.8 6.9e-17
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CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 432) 611 83.5 5.4e-16
CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 438) 611 83.5 5.5e-16
CCDS11377.1 KRT10 gene_id:3858|Hs108|chr17 ( 584) 608 83.3 8.5e-16
CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 ( 499) 588 80.9 3.7e-15
CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 ( 916) 582 80.5 9.3e-15
CCDS32654.1 KRT9 gene_id:3857|Hs108|chr17 ( 623) 567 78.6 2.3e-14
CCDS11398.1 KRT15 gene_id:3866|Hs108|chr17 ( 456) 532 74.5 3e-13
CCDS11400.1 KRT14 gene_id:3861|Hs108|chr17 ( 472) 532 74.5 3.1e-13
CCDS11396.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17 ( 458) 529 74.1 3.8e-13
CCDS11378.1 KRT12 gene_id:3859|Hs108|chr17 ( 494) 529 74.1 4e-13
CCDS11401.1 KRT16 gene_id:3868|Hs108|chr17 ( 473) 526 73.8 4.9e-13
CCDS11397.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17 ( 420) 511 72.0 1.5e-12
CCDS31809.1 KRT18 gene_id:3875|Hs108|chr12 ( 430) 507 71.6 2.1e-12
CCDS11372.1 KRT24 gene_id:192666|Hs108|chr17 ( 525) 502 71.1 3.6e-12
>>CCDS8840.1 KRT78 gene_id:196374|Hs108|chr12 (520 aa)
initn: 3364 init1: 3364 opt: 3364 Z-score: 2103.8 bits: 398.9 E(32554): 7.3e-111
Smith-Waterman score: 3364; 100.0% identity (100.0% similar) in 520 aa overlap (1-520:1-520)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSLSPCRAQRGFSARSACSARSRGRSRGGFSSRGGFSSRSLNSFGGCLEGSRGSTWGSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MSLSPCRAQRGFSARSACSARSRGRSRGGFSSRGGFSSRSLNSFGGCLEGSRGSTWGSGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RLGVRFGEWSGGPGLSLCPPGGIQEVTINQNLLTPLKIEIDPQFQVVRTQETQEIRTLNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 RLGVRFGEWSGGPGLSLCPPGGIQEVTINQNLLTPLKIEIDPQFQVVRTQETQEIRTLNN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQGLSGSQQGLEPVFEACLDQLRKQLEQLQGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 QFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQGLSGSQQGLEPVFEACLDQLRKQLEQLQGER
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GALDAELKACRDQEEEYKSKYEEEAHRRATLENDFVVLKKDVDGVFLSKMELEGKLEALR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 EYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLSMDNNRYLDFSSIITEVRARYEEIARSSKAEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 EYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLSMDNNRYLDFSSIITEVRARYEEIARSSKAEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 EALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQISQLHQEIQRLQSQTENLKKQNASLQAAITDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 EALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQISQLHQEIQRLQSQTENLKKQNASLQAAITDA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 EQRGELALKDAQAKVDELEAALRMAKQNLARLLCEYQELTSTKLSLDVEIATYRRLLEGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 ECRMSGECTSQVTISSVGGSAVMSGGVGGGLGSTCGLGSGKGSPGSCCTSIVTGGSNIIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 ECRMSGECTSQVTISSVGGSAVMSGGVGGGLGSTCGLGSGKGSPGSCCTSIVTGGSNIIL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB7 GSGKDPVLDSCSVSGSSAGSSCHTILKKTVESSLKTSITY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GSGKDPVLDSCSVSGSSAGSSCHTILKKTVESSLKTSITY
490 500 510 520
>>CCDS73473.1 KRT78 gene_id:196374|Hs108|chr12 (410 aa)
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Smith-Waterman score: 2494; 100.0% identity (100.0% similar) in 393 aa overlap (128-520:18-410)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 IEIDPQFQVVRTQETQEIRTLNNQFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQGLSGSQQG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MEGHEASPAQVGQGDRGKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQGLSGSQQG
10 20 30 40
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 LEPVFEACLDQLRKQLEQLQGERGALDAELKACRDQEEEYKSKYEEEAHRRATLENDFVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LEPVFEACLDQLRKQLEQLQGERGALDAELKACRDQEEEYKSKYEEEAHRRATLENDFVV
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220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LKKDVDGVFLSKMELEGKLEALREYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLSMDNNRYLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LKKDVDGVFLSKMELEGKLEALREYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLSMDNNRYLD
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280 290 300 310 320 330
pF1KB7 FSSIITEVRARYEEIARSSKAEAEALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQISQLHQEIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FSSIITEVRARYEEIARSSKAEAEALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQISQLHQEIQ
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340 350 360 370 380 390
pF1KB7 RLQSQTENLKKQNASLQAAITDAEQRGELALKDAQAKVDELEAALRMAKQNLARLLCEYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RLQSQTENLKKQNASLQAAITDAEQRGELALKDAQAKVDELEAALRMAKQNLARLLCEYQ
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pF1KB7 ELTSTKLSLDVEIATYRRLLEGEECRMSGECTSQVTISSVGGSAVMSGGVGGGLGSTCGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ELTSTKLSLDVEIATYRRLLEGEECRMSGECTSQVTISSVGGSAVMSGGVGGGLGSTCGL
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pF1KB7 GSGKGSPGSCCTSIVTGGSNIILGSGKDPVLDSCSVSGSSAGSSCHTILKKTVESSLKTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GSGKGSPGSCCTSIVTGGSNIILGSGKDPVLDSCSVSGSSAGSSCHTILKKTVESSLKTS
350 360 370 380 390 400
520
pF1KB7 ITY
:::
CCDS73 ITY
410
>>CCDS41787.2 KRT4 gene_id:3851|Hs108|chr12 (520 aa)
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pF1KB7 MSLSPCRAQRG-FSARSACSARSRGRSRGGFSSRGGFSSRSLN
.:: ::. : .. .: : :::.::. .. :. .
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10 20 30 40 50
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pF1KB7 SF---------GGCLEGSRG-STWGSGGRLGVRFGEWSGGPGLSLCPPGGIQEVTINQNL
:. :.:. :. : .: : :: .: :. .::::. .:: ::::::::::.:
CCDS41 SISMSVAGSRQGACFGGAGGFGTGGFGGGFGGSFSG-KGGPGFPVCPAGGIQEVTINQSL
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pF1KB7 LTPLKIEIDPQFQVVRTQETQEIRTLNNQFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQGLS
::::..::::..: :::.: ..:. :::.::::::::.:::::::::::::.::::: .
CCDS41 LTPLHVEIDPEIQKVRTEEREQIKLLNNKFASFIDKVQFLEQQNKVLETKWNLLQQQTTT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GSQQGLEPVFEACLDQLRKQLEQLQGERGALDAELKACRDQEEEYKSKYEEEAHRRATLE
:...:::.::. :. :::::. : ...: :..:::. .:. :..:.::::: ..:.. :
CCDS41 TSSKNLEPLFETYLSVLRKQLDTLGNDKGRLQSELKTMQDSVEDFKTKYEEEINKRTAAE
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 NDFVVLKKDVDGVFLSKMELEGKLEALREYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLSMDN
:::::::::::...:.:.:::.:...: . . ::: : . ::.:.::..:::::::::::
CCDS41 NDFVVLKKDVDAAYLNKVELEAKVDSLNDEINFLKVLYDAELSQMQTHVSDTSVVLSMDN
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 NRYLDFSSIITEVRARYEEIARSSKAEAEALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQISQL
:: ::..:::.::::.:::::. :::::::::::: :.::.:.. ::: ...:: .:..:
CCDS41 NRNLDLDSIIAEVRAQYEEIAQRSKAEAEALYQTKVQQLQISVDQHGDNLKNTKSEIAEL
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 HQEIQRLQSQTENLKKQNASLQAAITDAEQRGELALKDAQAKVDELEAALRMAKQNLARL
.. ::::... ::.::: .::....::::::: :::::..: ::::::..::..:::.
CCDS41 NRMIQRLRAEIENIKKQCQTLQVSVADAEQRGENALKDAHSKRVELEAALQQAKEELARM
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 LCEYQELTSTKLSLDVEIATYRRLLEGEECRMSGECTSQVTISSVGGSAVMSGGVGGGLG
: ::::: :.::.::.::::::.:::::: :::::: : :.:: :.::. .::..::::
CCDS41 LREYQELMSVKLALDIEIATYRKLLEGEEYRMSGECQSAVSISVVSGSTS-TGGISGGLG
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 STCGLGSGKGSPGSCCTSIVTGGSNIILGSGKDPVLDSCSVSGSSAGSSCHTILKKTVES
: :.: ..: .. ... ::: . ::... .... ...
CCDS41 SGSGFGLSSGFGSGSGSGFGFGGS--VSGSSSSKIISTTTLNKRR
480 490 500 510 520
520
pF1KB7 SLKTSITY
>>CCDS41786.1 KRT6A gene_id:3853|Hs108|chr12 (564 aa)
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Smith-Waterman score: 1625; 53.1% identity (78.7% similar) in 520 aa overlap (11-517:55-561)
10 20 30
pF1KB7 MSLSPCRAQRGFSARSACSARSRGR-SRGGFSS--RGGFS
::..:: . . : : :: : ::..
CCDS41 LPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRSLYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYG
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KB7 SRSLNSFGGCLEGSRGSTWGSGGRLGVRFGEWSG--------GPGLSLCPPGGIQEVTIN
::. .:.: :. :: .: :: :. :: .: :::. .::::::::::.:
CCDS41 SRAGGSYG---FGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVN
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 QNLLTPLKIEIDPQFQVVRTQETQEIRTLNNQFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQ
:.:::::...::: .: ::..: ..:.::::.:::::::::::::::::::::: :::.:
CCDS41 QSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQ
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 GLSGSQQGLEPVFEACLDQLRKQLEQLQGERGALDAELKACRDQEEEYKSKYEEEAHRRA
: . .:.:::.:: ...::.::... :::: ::.::.. .: :..:.:::.: ..:.
CCDS41 GTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRT
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 TLENDFVVLKKDVDGVFLSKMELEGKLEALREYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLS
. ::.::.::::::.....:.::..: ..: . . ::. : . ::.:.::. ::::::::
CCDS41 AAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLS
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 MDNNRYLDFSSIITEVRARYEEIARSSKAEAEALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQI
::::: ::..:::.::.:.:::::. :.::::. :::::.::::.: ::: ...:: .:
CCDS41 MDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEI
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 SQLHQEIQRLQSQTENLKKQNASLQAAITDAEQRGELALKDAQAKVDELEAALRMAKQNL
..... ::::.:. ...::: :.:::::.:::::::.:::::. :.. :: ::. :::.:
CCDS41 AEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDL
390 400 410 420 430 440
390 400 410 420 430 440
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450 460 470 480 490 500
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510 520
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40 50 60 70 80
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40 50 60 70 80 90
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CCDS88 FVSTTSSSRKSFKS
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40 50 60 70 80
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150 160 170 180 190 200
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pF1KB7 TLENDFVVLKKDVDGVFLSKMELEGKLEALREYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLS
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CCDS88 AAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLS
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CCDS88 TTSSSSRKSYKH
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CCDS88 LDPEIQKVRAQEREQIKVLNNKFASFIDKVRFLEQQNQVLETKWELLQQLDLNNCKNNLE
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CCDS88 KDVDAAYTSKVELQAKVDALDGEIKFFKCLYEGETAQIQSHISDTSIILSMDNNRNLDLD
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CCDS88 SIIAEVRAQYEEIARKSKAEAEALYQTKFQELQLAAGRHGDDLKHTKNEISELTRLIQRL
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CCDS88 LSVKLSLDIEIATYRKLLEGEECRMSGEYTNSVSISVINSSMAGMAGTGAGFGFSNAGTY
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CCDS88 GYWPSSVSGGYSMLPGGC--VTGSG------NCSPRGEARTRLGSASEFRDSQGKTLALS
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pF1KB7 TY
CCDS88 SPTKKTMR
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pF1KB7 MSLSPCRAQRGFSA-RSACS-ARSRGRSRGGFSSRGGFSS
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CCDS88 AGSFGSRSLYNLGSNKSISISVAAGSSRAGGFGGGRSSCGFAGGYGGGFGG-SYGGGFGG
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pF1KB7 -RSLNS-FGGCLEGSRGSTWGSGGRLGVRFGEWS-GGPGLSLCP---PGGIQEVTINQNL
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CCDS88 GRGVGSGFGGA--GGFGGAGGFGGP-GVFGGPGSFGGPG-GFGPGGFPGGIQEVIVNQSL
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pF1KB7 LTPLKIEIDPQFQVVRTQETQEIRTLNNQFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWHLLQQQGLS
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CCDS88 LQPLNVEIDPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWELLQQQTTG
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pF1KB7 GSQQGLEPVFEACLDQLRKQLEQLQGERGALDAELKACRDQEEEYKSKYEEEAHRRATLE
.. ..::: ::. .. : :::..: :::: :..:::. .: :..:.:::.: ..:.. :
CCDS88 SGPSSLEPCFESYISFLCKQLDSLLGERGNLEGELKSMQDLVEDFKKKYEDEINKRTAAE
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pF1KB7 NDFVVLKKDVDGVFLSKMELEGKLEALREYLYFLKHLNEEELGQLQTQASDTSVVLSMDN
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CCDS88 NEFVGLKKDVDAAFMNKVELQAKVDSLTDEVSFLRTLYEMELSQMQSHASDTSVVLSMDN
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pF1KB7 NRYLDFSSIITEVRARYEEIARSSKAEAEALYQTKYQELQVSAQLHGDRMQETKVQISQL
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CCDS88 NRCLDLGSIIAEVRAQYEEIAQRSKSEAEALYQTKLGELQTTAGRHGDDLRNTKSEIMEL
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pF1KB7 HQEIQRLQSQTENLKKQNASLQAAITDAEQRGELALKDAQAKVDELEAALRMAKQNLARL
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CCDS88 NRMIQRLRAEIENVKKQNANLQTAIAEAEQRGEMALKDANAKLQDLQTALQKAKDDLARL
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pF1KB7 LCEYQELTSTKLSLDVEIATYRRLLEGEECRMSGECTSQVTISSVGGSAVMSGGVG---G
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CCDS88 LRDYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRMSGECQSAVCISVVSNVTSTSGSSGSSRG
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CCDS88 VFGGVSGSGSGGYKGGSSSSSSSGYGVSGGS----GSGYGGV-SSGSTGGRGSSGSYQSS
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pF1KB7 ILKKTVESSLKTSITY
CCDS88 SSGSRLGGAGSISVSHSGMGSSSGSIQTSGGSGYKSGGGGSTSIRFSQTTSSSQHSSTK
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CCDS88 VNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGG-GGFGGGGIGGGGFGGF--GS
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