Result of FASTA (omim) for
pF1KB7225
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7225, 262 aa
1>>>pF1KB7225 262 - 262 aa - 262 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9656+/-0.000423; mu= 16.3491+/- 0.026
mean_var=57.5235+/-11.734, 0's: 0 Z-trim(108.6): 15 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.169103
statistics sampled from 16726 (16731) to 16726 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.561), E-opt: 0.2 (0.196), width: 16
Scan time: 6.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276 (OMIM: 603906) calcium-activated chlorid ( 914) 977 247.2 8.1e-65
NP_036260 (OMIM: 616857) calcium-activated chlorid ( 919) 972 245.9 1.9e-64
XP_011540750 (OMIM: 604003) PREDICTED: calcium-act ( 616) 947 239.7 9.3e-63
NP_006527 (OMIM: 604003) calcium-activated chlorid ( 943) 947 239.8 1.3e-62
XP_011539317 (OMIM: 616857) PREDICTED: calcium-act ( 868) 826 210.3 9.5e-54
>>NP_001276 (OMIM: 603906) calcium-activated chloride ch (914 aa)
initn: 969 init1: 712 opt: 977 Z-score: 1284.7 bits: 247.2 E(85289): 8.1e-65
Smith-Waterman score: 977; 55.2% identity (81.1% similar) in 259 aa overlap (3-261:4-261)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVFSLKVILFLSLLLSPVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQNIKEMVTEA
:. .:.... :: .:..::. ::::::.:::.::.:.::::: :::.::.:::.:
NP_001 MGPFKSSVFILILHLLEGALSNSLIQLNNNGYEGIVVAIDPNVPEDETLIQQIKDMVTQA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 STYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYLKYGDDPYTL
: :::.:: .: ::.::.:::: :.:.:..:. :: :.: .:::.::. .:.:::
NP_001 SLYLFEATGKRFYFKNVAILIPETWKTKADYVRPKLETYKNADVLVAESTPPGNDEPYTE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 QYGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNLATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYNVDQPFYISRR
:.:.::.::. ::.::.:. ..:: :::.::.::::::::::::::::: :. ::.:
NP_001 QMGNCGEKGERIHLTPDFIAGKKLAEYGPQGRAFVHEWAHLRWGVFDEYNNDEKFYLSN-
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 NTTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKRSQTAKESIVF
. .:.:::. :: :...:.:.:: .. .. ::::: : :. . :: : ::.:
NP_001 GRIQAVRCSAGITGTNVVKKCQGGSCYTKRCTFNKVTGLYEKGCEFVLQSRQTEKASIMF
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB7 MQNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL
:..::..:::::..:::::::
NP_001 AQHVDSIVEFCTEQNHNKEAPNKQNQKCNLRSTWEVIRDSEDFKKTTPMTTQPPNPTFSL
240 250 260 270 280 290
>>NP_036260 (OMIM: 616857) calcium-activated chloride ch (919 aa)
initn: 955 init1: 955 opt: 972 Z-score: 1278.0 bits: 245.9 E(85289): 1.9e-64
Smith-Waterman score: 972; 55.7% identity (79.2% similar) in 255 aa overlap (8-262:8-262)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVFSLKVILFLSLLLSPVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQNIKEMVTEAS
...: : : ..:.. :::::.. :::.:.::::::::.:..:..::: ::
NP_036 MGLFRGFVFLLVLCLLHQSNTSFIKLNNNGFEDIVIVIDPSVPEDEKIIEQIEDMVTTAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYLKYGDDPYTLQ
::::.::..: .:.::::::: ..: . .: ::.:.. .:::::: : :.::: :
NP_036 TYLFEATEKRFFFKNVSILIPENWKENPQYKRPKHENHKHADVIVAPPTLPGRDEPYTKQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 YGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNLATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYNVDQPFYISRRN
. .::.::.::::::..:: .. ::: :..::::::::::::::::: ::::: .. .
NP_036 FTECGEKGEYIHFTPDLLLGKKQNEYGPPGKLFVHEWAHLRWGVFDEYNEDQPFYRAKSK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKRSQTAKESIVFM
::::::. :. . .:.:.::..: : :: : :: : :.: . :: : ::.::
NP_036 KIEATRCSAGISGRNRVYKCQGGSCLSRACRIDSTTKLYGKDCQFFPDKVQTEKASIMFM
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB7 QNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL
:..:::.:::.:::::.:::.:
NP_036 QSIDSVVEFCNEKTHNQEAPSLQNIKCNFRSTWEVISNSEDFKNTIPMVTPPPPPVFSLL
250 260 270 280 290 300
>>XP_011540750 (OMIM: 604003) PREDICTED: calcium-activat (616 aa)
initn: 675 init1: 511 opt: 947 Z-score: 1247.7 bits: 239.7 E(85289): 9.3e-63
Smith-Waterman score: 947; 56.8% identity (79.5% similar) in 264 aa overlap (2-262:10-265)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVFSLKVILFLSLLLS--PVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQ
. .:: . .: : : : : .. : :..:::.:..:::::.:::...::.
XP_011 MTQRSIAGPICNLKFVTLLVALSSELPFLGAG-VQLQDNGYNGLLIAINPQVPENQNLIS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 NIKEMVTEASTYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYL
:::::.:::: :::.:::.:..:::..:::: :.:.... : :::::..:.:::.: :
XP_011 NIKEMITEASFYLFNATKRRVFFRNIKILIPATWKANNNSKI-KQESYEKANVIVTDWYG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB7 KYGDDPYTLQYGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNL-ATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYN
.::::::::: :: .:.::::::::::..:: : :: :::::::::::::::::::::
XP_011 AHGDDPYTLQYRGCGKEGKYIHFTPNFLLNDNLTAGYGSRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYN
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 VDQPFYISRRNTTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKR
:.::::. .: ..::::. :: .: :. . : : . . :.. :::: .
XP_011 NDKPFYINGQNQIKVTRCSSDITGIFV---CEKGPC---PQENCIISKLFKEGCTFIYNS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB7 SQTAKESIVFMQNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL
.:.: ::.:::.:.::.:::. .:::.:::::
XP_011 TQNATASIMFMQSLSSVVEFCNASTHNQEAPNLQNQMCSLRSAWDVITDSADFHHSFPMN
240 250 260 270 280 290
XP_011 GTELPPPPTFSLVQAGDKVVCLVLDVSSKMAEADRLLQLQQAAEFYLMQIVEIHTFVGIA
300 310 320 330 340 350
>>NP_006527 (OMIM: 604003) calcium-activated chloride ch (943 aa)
initn: 675 init1: 511 opt: 947 Z-score: 1244.9 bits: 239.8 E(85289): 1.3e-62
Smith-Waterman score: 947; 56.8% identity (79.5% similar) in 264 aa overlap (2-262:10-265)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVFSLKVILFLSLLLS--PVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQ
. .:: . .: : : : : .. : :..:::.:..:::::.:::...::.
NP_006 MTQRSIAGPICNLKFVTLLVALSSELPFLGAG-VQLQDNGYNGLLIAINPQVPENQNLIS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 NIKEMVTEASTYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYL
:::::.:::: :::.:::.:..:::..:::: :.:.... : :::::..:.:::.: :
NP_006 NIKEMITEASFYLFNATKRRVFFRNIKILIPATWKANNNSKI-KQESYEKANVIVTDWYG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB7 KYGDDPYTLQYGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNL-ATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYN
.::::::::: :: .:.::::::::::..:: : :: :::::::::::::::::::::
NP_006 AHGDDPYTLQYRGCGKEGKYIHFTPNFLLNDNLTAGYGSRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYN
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 VDQPFYISRRNTTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKR
:.::::. .: ..::::. :: .: :. . : : . . :.. :::: .
NP_006 NDKPFYINGQNQIKVTRCSSDITGIFV---CEKGPC---PQENCIISKLFKEGCTFIYNS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB7 SQTAKESIVFMQNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL
.:.: ::.:::.:.::.:::. .:::.:::::
NP_006 TQNATASIMFMQSLSSVVEFCNASTHNQEAPNLQNQMCSLRSAWDVITDSADFHHSFPMN
240 250 260 270 280 290
NP_006 GTELPPPPTFSLVQAGDKVVCLVLDVSSKMAEADRLLQLQQAAEFYLMQIVEIHTFVGIA
300 310 320 330 340 350
>>XP_011539317 (OMIM: 616857) PREDICTED: calcium-activat (868 aa)
initn: 821 init1: 821 opt: 826 Z-score: 1085.9 bits: 210.3 E(85289): 9.5e-54
Smith-Waterman score: 826; 56.4% identity (78.7% similar) in 211 aa overlap (52-262:1-211)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 SLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQNIKEMVTEASTYLFHATKQRAYFRNVSILIP
...::: ::::::.::..: .:.:::::::
XP_011 MEDMVTTASTYLFEATEKRFFFKNVSILIP
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 MTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYLKYGDDPYTLQYGQCGDKGQYIHFTPNFLLTN
..: . .: ::.:.. .:::::: : :.::: :. .::.::.::::::..:: .
XP_011 ENWKENPQYKRPKHENHKHADVIVAPPTLPGRDEPYTKQFTECGEKGEYIHFTPDLLLGK
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NLATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYNVDQPFYISRRNTTEATRCSTRITVYMVLNECK
. ::: :..::::::::::::::::: ::::: .. . ::::::. :. . .:.
XP_011 KQNEYGPPGKLFVHEWAHLRWGVFDEYNEDQPFYRAKSKKIEATRCSAGISGRNRVYKCQ
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 GASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKRSQTAKESIVFMQNLDSVTEFCTEKTHNKEAPN
:.::..: : :: : :: : :.: . :: : ::.:::..:::.:::.:::::.:::.
XP_011 GGSCLSRACRIDSTTKLYGKDCQFFPDKVQTEKASIMFMQSIDSVVEFCNEKTHNQEAPS
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 L
:
XP_011 LQNIKCNFRSTWEVISNSEDFKNTIPMVTPPPPPVFSLLKISQRIVCLVLDKSGSMGGKD
220 230 240 250 260 270
262 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 06:06:10 2016 done: Fri Nov 4 06:06:11 2016
Total Scan time: 6.060 Total Display time: -0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]