FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7225, 262 aa
  1>>>pF1KB7225 262 - 262 aa - 262 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5793+/-0.000999; mu= 12.5389+/- 0.060
 mean_var=54.2389+/-10.964, 0's: 0 Z-trim(102.0): 22  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.174148
 statistics sampled from 6746 (6750) to 6746 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.207), width:  16
 Scan time:  2.120

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41355.1 CLCA4 gene_id:22802|Hs108|chr1         ( 919)  972 252.5 7.8e-67
CCDS709.1 CLCA1 gene_id:1179|Hs108|chr1            ( 914)  970 252.0 1.1e-66
CCDS708.1 CLCA2 gene_id:9635|Hs108|chr1            ( 943)  947 246.2 6.2e-65


>>CCDS41355.1 CLCA4 gene_id:22802|Hs108|chr1              (919 aa)
 initn: 955 init1: 955 opt: 972  Z-score: 1313.4  bits: 252.5 E(32554): 7.8e-67
Smith-Waterman score: 972; 55.7% identity (79.2% similar) in 255 aa overlap (8-262:8-262)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVFSLKVILFLSLLLSPVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQNIKEMVTEAS
              ...: : :    ..:.. :::::.. :::.:.::::::::.:..:..::: ::
CCDS41 MGLFRGFVFLLVLCLLHQSNTSFIKLNNNGFEDIVIVIDPSVPEDEKIIEQIEDMVTTAS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYLKYGDDPYTLQ
       ::::.::..: .:.::::::: ..: . .:  ::.:.. .::::::   :   :.::: :
CCDS41 TYLFEATEKRFFFKNVSILIPENWKENPQYKRPKHENHKHADVIVAPPTLPGRDEPYTKQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 YGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNLATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYNVDQPFYISRRN
       . .::.::.::::::..:: ..   ::: :..::::::::::::::::: ::::: .. .
CCDS41 FTECGEKGEYIHFTPDLLLGKKQNEYGPPGKLFVHEWAHLRWGVFDEYNEDQPFYRAKSK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 TTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKRSQTAKESIVFM
         ::::::. :.    . .:.:.::..:  : :: : ::   : :.: . :: : ::.::
CCDS41 KIEATRCSAGISGRNRVYKCQGGSCLSRACRIDSTTKLYGKDCQFFPDKVQTEKASIMFM
              190       200       210       220       230       240

              250       260                                        
pF1KB7 QNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL                                      
       :..:::.:::.:::::.:::.:                                      
CCDS41 QSIDSVVEFCNEKTHNQEAPSLQNIKCNFRSTWEVISNSEDFKNTIPMVTPPPPPVFSLL
              250       260       270       280       290       300

>>CCDS709.1 CLCA1 gene_id:1179|Hs108|chr1                 (914 aa)
 initn: 962 init1: 705 opt: 970  Z-score: 1310.7  bits: 252.0 E(32554): 1.1e-66
Smith-Waterman score: 970; 54.8% identity (81.1% similar) in 259 aa overlap (3-261:4-261)

                10        20        30        40        50         
pF1KB7  MVFSLKVILFLSLLLSPVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQNIKEMVTEA
          :. .:....  ::  .:..::. ::::::.:::.::.:.::::: :::.::.:::.:
CCDS70 MGPFKSSVFILILHLLEGALSNSLIQLNNNGYEGIVVAIDPNVPEDETLIQQIKDMVTQA
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 STYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYLKYGDDPYTL
       : ::..:: .: ::.::.:::: :.:.:..:. :: :.: .:::.::.     .:.::: 
CCDS70 SLYLLEATGKRFYFKNVAILIPETWKTKADYVRPKLETYKNADVLVAESTPPGNDEPYTE
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 QYGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNLATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYNVDQPFYISRR
       :.:.::.::. ::.::.:.  ..:: :::.::.::::::::::::::::: :. ::.:  
CCDS70 QMGNCGEKGERIHLTPDFIAGKKLAEYGPQGRAFVHEWAHLRWGVFDEYNNDEKFYLSN-
              130       140       150       160       170          

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 NTTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKRSQTAKESIVF
       .  .:.:::. ::   :...:.:.:: ..    .. :::::  : :. .  :: : ::.:
CCDS70 GRIQAVRCSAGITGTNVVKKCQGGSCYTKRCTFNKVTGLYEKGCEFVLQSRQTEKASIMF
     180       190       200       210       220       230         

     240       250       260                                       
pF1KB7 MQNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL                                     
        :..::..:::::..:::::::                                      
CCDS70 AQHVDSIVEFCTEQNHNKEAPNKQNQKCNLRSTWEVIRDSEDFKKTTPMTTQPPNPTFSL
     240       250       260       270       280       290         

>>CCDS708.1 CLCA2 gene_id:9635|Hs108|chr1                 (943 aa)
 initn: 675 init1: 511 opt: 947  Z-score: 1279.2  bits: 246.2 E(32554): 6.2e-65
Smith-Waterman score: 947; 56.8% identity (79.5% similar) in 264 aa overlap (2-262:10-265)

                       10          20        30        40        50
pF1KB7         MVFSLKVILFLSLLLS--PVLKSSLVTLNNNGYDGIVIAINPSVPEDEKLIQ
                . .:: . .:  : :  : : .. : :..:::.:..:::::.:::...::.
CCDS70 MTQRSIAGPICNLKFVTLLVALSSELPFLGAG-VQLQDNGYNGLLIAINPQVPENQNLIS
               10        20        30         40        50         

               60        70        80        90       100       110
pF1KB7 NIKEMVTEASTYLFHATKQRAYFRNVSILIPMTYKSKSEYLIPKQESYDQADVIVADLYL
       :::::.:::: :::.:::.:..:::..:::: :.:....  : :::::..:.:::.: : 
CCDS70 NIKEMITEASFYLFNATKRRVFFRNIKILIPATWKANNNSKI-KQESYEKANVIVTDWYG
      60        70        80        90       100        110        

              120       130       140        150       160         
pF1KB7 KYGDDPYTLQYGQCGDKGQYIHFTPNFLLTNNL-ATYGPRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYN
        .:::::::::  :: .:.::::::::::..:: : :: :::::::::::::::::::::
CCDS70 AHGDDPYTLQYRGCGKEGKYIHFTPNFLLNDNLTAGYGSRGRVFVHEWAHLRWGVFDEYN
      120       130       140       150       160       170        

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB7 VDQPFYISRRNTTEATRCSTRITVYMVLNECKGASCIARPFRRDSKTGLYEAKCTFIPKR
        :.::::. .:  ..::::. ::  .:   :. . :   : .    . :..  :::: . 
CCDS70 NDKPFYINGQNQIKVTRCSSDITGIFV---CEKGPC---PQENCIISKLFKEGCTFIYNS
      180       190       200          210          220       230  

     230       240       250       260                             
pF1KB7 SQTAKESIVFMQNLDSVTEFCTEKTHNKEAPNL                           
       .:.:  ::.:::.:.::.:::. .:::.:::::                           
CCDS70 TQNATASIMFMQSLSSVVEFCNASTHNQEAPNLQNQMCSLRSAWDVITDSADFHHSFPMN
            240       250       260       270       280       290  

CCDS70 GTELPPPPTFSLVQAGDKVVCLVLDVSSKMAEADRLLQLQQAAEFYLMQIVEIHTFVGIA
            300       310       320       330       340       350  




262 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 06:06:10 2016 done: Fri Nov  4 06:06:10 2016
 Total Scan time:  2.120 Total Display time: -0.020

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]