Result of FASTA (omim) for
pF1KB7206
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7206, 575 aa
1>>>pF1KB7206 575 - 575 aa - 575 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6037+/-0.000443; mu= 14.2266+/- 0.027
mean_var=163.8193+/-33.229, 0's: 0 Z-trim(115.4): 65 B-trim: 11 in 1/52
Lambda= 0.100206
statistics sampled from 25838 (25893) to 25838 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 8.980
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_872325 (OMIM: 615718) BPI fold-containing famil ( 614) 3733 552.5 1.5e-156
NP_872599 (OMIM: 615717) BPI fold-containing famil ( 476) 843 134.5 7.4e-31
XP_016883152 (OMIM: 614110) PREDICTED: BPI fold-co ( 469) 781 125.6 3.6e-28
NP_777557 (OMIM: 614110) BPI fold-containing famil ( 453) 742 119.9 1.8e-26
NP_079503 (OMIM: 614108) BPI fold-containing famil ( 458) 477 81.6 6.1e-15
XP_011528391 (OMIM: 614109) PREDICTED: BPI fold-co ( 507) 367 65.8 4e-10
NP_777592 (OMIM: 614109) BPI fold-containing famil ( 507) 367 65.8 4e-10
XP_011528390 (OMIM: 614109) PREDICTED: BPI fold-co ( 507) 367 65.8 4e-10
XP_011528392 (OMIM: 614109) PREDICTED: BPI fold-co ( 507) 367 65.8 4e-10
NP_001716 (OMIM: 109195) bactericidal permeability ( 487) 343 62.3 4.3e-09
XP_011528393 (OMIM: 614109) PREDICTED: BPI fold-co ( 455) 307 57.0 1.5e-07
NP_570913 (OMIM: 607412) BPI fold-containing famil ( 256) 208 42.4 0.0021
NP_057667 (OMIM: 607412) BPI fold-containing famil ( 256) 208 42.4 0.0021
NP_001230122 (OMIM: 607412) BPI fold-containing fa ( 256) 208 42.4 0.0021
>>NP_872325 (OMIM: 615718) BPI fold-containing family B (614 aa)
initn: 3733 init1: 3733 opt: 3733 Z-score: 2931.6 bits: 552.5 E(85289): 1.5e-156
Smith-Waterman score: 3733; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:40-614)
10 20 30
pF1KB7 MLQQSDALHSALREVPLGVGDIPYNDFHVR
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 LSVVAVCGTSHETNTVLRVTKDVLSNAISGMLQQSDALHSALREVPLGVGDIPYNDFHVR
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 GPPPVYTNGKKLDGIYQYGHIETNDNTAQLGGKYRYGEILESEGSIRDLRNSGYRSAENA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 GPPPVYTNGKKLDGIYQYGHIETNDNTAQLGGKYRYGEILESEGSIRDLRNSGYRSAENA
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 YGGHRGLGRYRAAPVGRLHRRELQPGEIPPGVATGAVGPGGLLGTGGMLAADGILAGQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 YGGHRGLGRYRAAPVGRLHRRELQPGEIPPGVATGAVGPGGLLGTGGMLAADGILAGQGG
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 LLGGGGLLGDGGLLGGGGVLGVLGEGGILSTVQGITGLRIVELTLPRVSVRLLPGVGVYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 LLGGGGLLGDGGLLGGGGVLGVLGEGGILSTVQGITGLRIVELTLPRVSVRLLPGVGVYL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 SLYTRVAINGKSLIGFLDIAVEVNITAKVRLTMDRTGYPRLVIERCDTLLGGIKVKLLRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 SLYTRVAINGKSLIGFLDIAVEVNITAKVRLTMDRTGYPRLVIERCDTLLGGIKVKLLRG
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 LLPNLVDNLVNRVLADVLPDLLCPIVDVVLGLVNDQLGLVDSLIPLGILGSVQYTFSSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 LLPNLVDNLVNRVLADVLPDLLCPIVDVVLGLVNDQLGLVDSLIPLGILGSVQYTFSSLP
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 LVTGEFLELDLNTLVGEAGGGLIDYPLGWPAVSPKPMPELPPMGDNTKSQLAMSANFLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 LVTGEFLELDLNTLVGEAGGGLIDYPLGWPAVSPKPMPELPPMGDNTKSQLAMSANFLGS
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 VLTLLQKQHALDLDITNGMFEELPPLTTATLGALIPKVFQQYPESCPLIIRIQVLNPPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 VLTLLQKQHALDLDITNGMFEELPPLTTATLGALIPKVFQQYPESCPLIIRIQVLNPPSV
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 MLQKDKALVKVLATAEVMVSQPKDLETTICLIDVDTEFLASFSTEGDKLMIDAKLEKTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 MLQKDKALVKVLATAEVMVSQPKDLETTICLIDVDTEFLASFSTEGDKLMIDAKLEKTSL
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB7 NLRTSNVGNFDIGLMEVLVEKIFDLAFMPAMNAVLGSGVPLPKILNIDFSNADIDVLEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_872 NLRTSNVGNFDIGLMEVLVEKIFDLAFMPAMNAVLGSGVPLPKILNIDFSNADIDVLEDL
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 LVLSA
:::::
NP_872 LVLSA
610
>>NP_872599 (OMIM: 615717) BPI fold-containing family B (476 aa)
initn: 937 init1: 347 opt: 843 Z-score: 675.0 bits: 134.5 E(85289): 7.4e-31
Smith-Waterman score: 988; 37.8% identity (69.4% similar) in 471 aa overlap (105-574:28-473)
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 SIRDLRNSGYRSAENAYGGHRGLGRYRAAPVGRLHRRELQPGEIPPGVATGAVGPGGLLG
:: : : .. :. .. .. :: : .
NP_872 MQPVMLALWSLLLLWGLATPCQELLETVGTLAR--IDKDELGKAIQNSLVGEPILQN
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 TGGMLAADGILAGQGGLLGGGGLLGDGGLLGGGGVLGVLGEGGILSTVQGITGLRIVELT
. : .. : . ::::.::::: ::::: :::.::. : ..::.: :::
NP_872 VLG-----SVTAVNRGLLGSGGLLGGGGLLGHGGVFGVVEE---------LSGLKIEELT
60 70 80 90 100
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 LPRVSVRLLPGVGVYLSLYTRVAINGKS-LIGFLDIAVEVNITAKVRLTMDRTGYPRLVI
::.: ..:::: :: :::.:.:... .. : :.:..:.:::.:..: :... : : :..
NP_872 LPKVLLKLLPGFGVQLSLHTKVGMHCSGPLGGLLQLAAEVNVTSRVALAVSSRGTPILIL
110 120 130 140 150 160
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 ERCDTLLGGIKVKLLRGLLPNLVDNLVNRVLADVLPDLLCPIVDVVLGLVNDQLGLVDSL
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NP_872 KRCSTLLG--HISLFSGLLPTPLFGVVEQMLFKVLPGLLCPVVDSVLGVVNELLGAVLGL
170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 IPLGILGSVQYTFSSLPLVTGEFLELDLNTLVGEAGGGLIDYPLGWPAVSPKPMPELPPM
. :: ::::......:::......:::.: .: ..: .::.: . .: ..::
NP_872 VSLGALGSVEFSLATLPLISNQYIELDINPIVKSVAGDIIDFP---KSRAPA---KVPPK
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 GDNTKSQLAMSANFLGSVLTLLQKQHALDLDITNGMFEELPPLTTATLGALIPKVFQQYP
:.: ::. . ...... ::: . :::.::: . ::::. :.::.:... . :
NP_872 KDHT-SQVMVPLYLFNTTFGLLQTNGALDMDITPELVPSDVPLTTTDLAALLPEALGKLP
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 ESCPLIIRIQVLNPPSVMLQKDKALVKVLATAEVMVSQPKDLETTICLIDVDTEFLASFS
:.. ..: . :.: :.. ::::.. :. .:. :: .. .. :...
NP_872 LHQQLLLFLRVREAPTVTLHNKKALVSLPANIHVLFYVPKGTPESLFELNSVMTVRAQLA
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540 550
pF1KB7 TEGDKLMIDAKLEKTSLNLRTSNVGNFDIGLMEVLVEKIFDLAFMPAMNAVLGSGVPLPK
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NP_872 PSATKLHISLSLERLSVKVASSFTHAFDGSRLEEWLSHVVGAVYAPKLNVALDVGIPLPK
400 410 420 430 440 450
560 570
pF1KB7 ILNIDFSNADIDVLEDLLVLSA
.:::.:::. ....:. .::.
NP_872 VLNINFSNSVLEIVENAVVLTVAS
460 470
>>XP_016883152 (OMIM: 614110) PREDICTED: BPI fold-contai (469 aa)
initn: 710 init1: 240 opt: 781 Z-score: 626.6 bits: 125.6 E(85289): 3.6e-28
Smith-Waterman score: 781; 31.3% identity (68.2% similar) in 453 aa overlap (129-573:20-464)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 RYRAAPVGRLHRRELQPGEIPPGVATGAVGPGGLLGTGGMLAADGILAGQGGLLGGGGLL
::.:: : . : :.: : ::::.
XP_016 MLRILCLALCSLLTGTRADPGALLRLGMDIMNRGELVGPGVQLGGGAWE
10 20 30 40
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GDGGLLGGGGVLGVLGEGGI----LSTVQGITGLRIVELTLPRVSVRLLPGVGVYLSLYT
.... . . . .:.: .. ..:::.:.. .. :: ... ..::::.. . :
XP_016 VQSAMDESHILEKMAAEAGKKQPGMKPIKGITNLKVKDVQLPVITLNFVPGVGIFQCVST
50 60 70 80 90 100
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 RVAINGKSLIGF-LDIAVEVNITAKVRLTMDR-TGYPRLVIERCDTLLGGIKVKLLRGLL
....:::..: ..: : .:::: :: :. :: : . : :...: ..:..: ..:
XP_016 GMTVTGKSFMGGNMEIIVALNITATNRLLRDEETGLPVFKSEGCEVILVNVKTNLPSNML
110 120 130 140 150 160
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 PNLVDNLVNRVLADVLPDLLCPIVDVVLGLVNDQLGLVDSLIPLGILGSVQYTFSSLPLV
:..:..... .: ::: :.:: .:.:: :: . ... .:.: .:.:.:.. : : .
XP_016 PKMVNKFLDSTLHKVLPGLMCPAIDAVLVYVNRKWTNLSDPMPVGQMGTVKYVLMSAPAT
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 TGEFLELDLNTLVGEAGGGLIDYPLGWPAVSPKPMPELPPMGDNTKSQLAMSANFLGSVL
:. ...::.. .: . : : . :.. .:: : .::: . :.::.. :
XP_016 TASYIQLDFSPVVQQQKGKTIKLADAGEALT---FPEGYAKG---SSQLLLPATFLSAEL
230 240 250 260 270 280
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 TLLQKQHALDLDITNGMFEELPPLTTATLGALIPKVFQQYPESCPLIIRIQVLNPPSVML
.:::: .. ..: . :. :::: :: ::. .::.: ::.: :: .:.. .::.: .
XP_016 ALLQK--SFHVNIQDTMIGELPPQTTKTLARFIPEVAVAYPKSKPLTTQIKIKKPPKVTM
290 300 310 320 330 340
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 QKDKALVKVLATAEVMVSQPKD-LETTICLIDVDTEFLASFSTEGDKLMIDAKLEKT-SL
. :.:... .: :..... .. .. :..: .. ...:.. ..:.. ..:.. ::
XP_016 KTGKSLLHLHSTLEMFAARWRSKAPMSLFLLEVHFNLKVQYSVHENQLQMATSLDRLLSL
350 360 370 380 390 400
520 530 540 550 560 570
pF1KB7 NLRTSNVGNFDIGLMEVLVEKIFDLAFMPAMNAVLGSGVPLPKILNIDFSNADIDVLEDL
. ..:..:::. . .. . .. :..:..: :: :.::: .: .... :..:..:.
XP_016 SRKSSSIGNFNERELTGFITSYLEEAYIPVVNDVLQVGLPLPDFLAMNYNLAELDIVENA
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 LVLSA
:.:
XP_016 LMLDLKLG
>>NP_777557 (OMIM: 614110) BPI fold-containing family B (453 aa)
initn: 654 init1: 240 opt: 742 Z-score: 596.3 bits: 119.9 E(85289): 1.8e-26
Smith-Waterman score: 742; 31.8% identity (70.4% similar) in 399 aa overlap (179-573:58-448)
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 GGLLGGGGLLGDGGLLGGGGVLGVLGEGGILSTVQGITGLRIVELTLPRVSVRLLPGVGV
.. ..:::.:.. .. :: ... ..::::.
NP_777 MDIMNQVQSAMDESHILEKMAAEAGKKQPGMKPIKGITNLKVKDVQLPVITLNFVPGVGI
30 40 50 60 70 80
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 YLSLYTRVAINGKSLIGF-LDIAVEVNITAKVRLTMDR-TGYPRLVIERCDTLLGGIKVK
. . : ....:::..: ..: : .:::: :: :. :: : . : :...: ..:..
NP_777 FQCVSTGMTVTGKSFMGGNMEIIVALNITATNRLLRDEETGLPVFKSEGCEVILVNVKTN
90 100 110 120 130 140
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 LLRGLLPNLVDNLVNRVLADVLPDLLCPIVDVVLGLVNDQLGLVDSLIPLGILGSVQYTF
: ..::..:..... .: ::: :.:: .:.:: :: . ... .:.: .:.:.:..
NP_777 LPSNMLPKMVNKFLDSTLHKVLPGLMCPAIDAVLVYVNRKWTNLSDPMPVGQMGTVKYVL
150 160 170 180 190 200
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 SSLPLVTGEFLELDLNTLVGEAGGGLIDYPLGWPAVSPKPMPELPPMGDNTKSQLAMSAN
: : .:. ...::.. .: . : : . :.. .:: :. ::: . :.
NP_777 MSAPATTASYIQLDFSPVVQQQKGKTIKLADAGEALT---FPEGYAKGS---SQLLLPAT
210 220 230 240 250 260
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 FLGSVLTLLQKQHALDLDITNGMFEELPPLTTATLGALIPKVFQQYPESCPLIIRIQVLN
::.. :.:::: .. ..: . :. :::: :: ::. .::.: ::.: :: .:.. .
NP_777 FLSAELALLQK--SFHVNIQDTMIGELPPQTTKTLARFIPEVAVAYPKSKPLTTQIKIKK
270 280 290 300 310
450 460 470 480 490 500
pF1KB7 PPSVMLQKDKALVKVLATAEVMVSQPKD-LETTICLIDVDTEFLASFSTEGDKLMIDAKL
::.: .. :.:... .: :..... .. .. :..: .. ...:.. ..:.. ..:
NP_777 PPKVTMKTGKSLLHLHSTLEMFAARWRSKAPMSLFLLEVHFNLKVQYSVHENQLQMATSL
320 330 340 350 360 370
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 EKT-SLNLRTSNVGNFDIGLMEVLVEKIFDLAFMPAMNAVLGSGVPLPKILNIDFSNADI
.. ::. ..:..:::. . .. . .. :..:..: :: :.::: .: .... :..
NP_777 DRLLSLSRKSSSIGNFNERELTGFITSYLEEAYIPVVNDVLQVGLPLPDFLAMNYNLAEL
380 390 400 410 420 430
570
pF1KB7 DVLEDLLVLSA
:..:. :.:
NP_777 DIVENALMLDLKLG
440 450
>>NP_079503 (OMIM: 614108) BPI fold-containing family B (458 aa)
initn: 460 init1: 204 opt: 477 Z-score: 389.2 bits: 81.6 E(85289): 6.1e-15
Smith-Waterman score: 477; 26.8% identity (61.4% similar) in 396 aa overlap (186-575:67-452)
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GLLGDGGLLGGGGVLGVLGEGGILSTVQGITGLRIVELTLPRVSVRLLPGVGVYLSLYTR
: .::... .::. .... : :: : .
NP_079 VSEIGKAPLQRALQVTVPHFLDWSGEALQPTRIRILNVHVPRLHLKFIAGFGVRLLAAAN
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VAINGKSLIGFLDIAVEVNITAKVRLTMDRTGYPRLVIERCDTLLGGIKVKLLRGLLPNL
... :.... :.. : .:.:.. : . : :. . : . . .
NP_079 FTFKVFRAPEPLELTLPVELLADTRVTQSSIRTPVVSISACSLFSGHANEFDGSNSTSHA
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 VDNLVNRVLADVLPDLLC-PIVDVVLGLVNDQLGLVDSLIPLGILGSVQYTFSSLPLVTG
. ::.. . :: . :: : ..: : :: .:: . .: :.: ....:.. :.: ::.
NP_079 LLVLVQKHIKAVLSNKLCLSISNLVQG-VNVHLGTLIGLNPVGPESQIRYSMVSVPTVTS
160 170 180 190 200 210
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 EFLELDLNTLVGEAGGGLIDYPLGWPAVSPKPM-PELPPMGDNTKSQLA---MSANFLGS
... :..:... . :: : . : : . : .:....: .: ... :
NP_079 DYISLEVNAVL---------FLLGKPIILPTDATPFVLPRHVGTEGSMATVGLSQQLFDS
220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 VLTLLQKQHALDLDITNGMFEELPPLTTATLGALIPKVFQQYPESCPLIIRIQVLNPPSV
.: :::: ::.::::. . . :.:..:: :::.: .:.:: :....... : .
NP_079 ALLLLQKAGALNLDITGQLRSDDNLLNTSALGRLIPEVARQFPEPMPVVLKVRLGATPVA
270 280 290 300 310 320
460 470 480 490 500
pF1KB7 MLQKDKALVKVLATAEVMVSQPKDLETTICLIDVDTEFLASFSTEGDKLM-IDAKLEKTS
::. ..: ... .::... .. .. .:: ... ..:. ::. . : ..
NP_079 MLHTNNATLRLQPFVEVLATASNSAFQSLFSLDVVVNLRLQLSVSKVKLQGTTSVLGDVQ
330 340 350 360 370 380
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 LNLRTSNVGNFDIGLMEVLVEKIFDLAFMPAMNAVLGSGVPLPKILNIDFSNADIDVLED
:.. .:::: .: ...:. .:. .. .::.:. :. :: ..:. . .: : :
NP_079 LTVASSNVGFIDTDQVRTLMGTVFEKPLLDHLNALLAMGIALPGVVNLHYVAPEIFVYEG
390 400 410 420 430 440
570
pF1KB7 LLVLSA
.:.:.
NP_079 YVVISSGLFYQS
450
>>XP_011528391 (OMIM: 614109) PREDICTED: BPI fold-contai (507 aa)
initn: 263 init1: 214 opt: 367 Z-score: 302.8 bits: 65.8 E(85289): 4e-10
Smith-Waterman score: 367; 24.8% identity (58.3% similar) in 408 aa overlap (186-574:81-473)
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GLLGDGGLLGGGGVLGVLGEGGILSTVQGITGLRIVELTLPRVSVRLLPGVGVYLSLYTR
....: ...: .:. ..::::. .: ..
XP_011 EQMLKEKKLPDLSGSESLEFLKVDYVNYNFSNIKISAFSFPNTSLAFVPGVGIK-ALTNH
60 70 80 90 100
220 230 240 250 260
pF1KB7 VAINGKSLIGF----------LDIAVE-VNITAKVRLTMDRTGYPRLVIERCDTLLGGIK
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XP_011 GTANISTDWGFESPLFQDTGGADLFLSGVYFTGIIILTRNDFGHPTLKLQDCYAQLSHAH
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