Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7203
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7203, 623 aa
1>>>pF1KB7203 623 - 623 aa - 623 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7097+/-0.000941; mu= 12.7302+/- 0.056
mean_var=148.0037+/-28.908, 0's: 0 Z-trim(110.5): 141 B-trim: 5 in 2/51
Lambda= 0.105424
statistics sampled from 11451 (11624) to 11451 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.711), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 4.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7373.1 LRIT1 gene_id:26103|Hs108|chr10 ( 623) 4190 649.7 3.4e-186
CCDS3688.3 LRIT3 gene_id:345193|Hs108|chr4 ( 679) 1051 172.3 1.9e-42
CCDS31234.1 LRIT2 gene_id:340745|Hs108|chr10 ( 550) 672 114.5 3.7e-25
CCDS60581.1 LRIT2 gene_id:340745|Hs108|chr10 ( 560) 580 100.6 6.1e-21
>>CCDS7373.1 LRIT1 gene_id:26103|Hs108|chr10 (623 aa)
initn: 4190 init1: 4190 opt: 4190 Z-score: 3456.2 bits: 649.7 E(32554): 3.4e-186
Smith-Waterman score: 4190; 100.0% identity (100.0% similar) in 623 aa overlap (1-623:1-623)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MRVALGMLWLLALAWPPQARGFCPSQCSCSLHIMGDGSKARTVVCNDPDMTLPPASIPPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MRVALGMLWLLALAWPPQARGFCPSQCSCSLHIMGDGSKARTVVCNDPDMTLPPASIPPD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TSRLRLERTAIRRVPGEAFRPLGRLEQLWLPYNALSELNALMLRGLRRLRELRLPGNRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TSRLRLERTAIRRVPGEAFRPLGRLEQLWLPYNALSELNALMLRGLRRLRELRLPGNRLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AFPWAALRDAPKLRLLDLQANRLSAVPAEAARFLENLTFLDLSSNQLMRLPQELIVSWAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AFPWAALRDAPKLRLLDLQANRLSAVPAEAARFLENLTFLDLSSNQLMRLPQELIVSWAH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LETGIFPPGHHPRRVLGLQDNPWACDCRLYDLVHLLDGWAPNLAFIETELRCASPRSLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LETGIFPPGHHPRRVLGLQDNPWACDCRLYDLVHLLDGWAPNLAFIETELRCASPRSLAG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VAFSQLELRKCQGPELHPGVASIRSLLGGTALLRCGATGVPGPEMSWRRANGRPLNGTVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VAFSQLELRKCQGPELHPGVASIRSLLGGTALLRCGATGVPGPEMSWRRANGRPLNGTVH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QEVSSDGTSWTLLGLPAVSHLDSGDYICQAKNFLGASETVISLIVTEPPTSTEHSGSPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QEVSSDGTSWTLLGLPAVSHLDSGDYICQAKNFLGASETVISLIVTEPPTSTEHSGSPGA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LWARTGGGGEAAAYNNKLVARHVPQIPKPAVLATGPSVPSTKEELTLEHFQMDALGELSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LWARTGGGGEAAAYNNKLVARHVPQIPKPAVLATGPSVPSTKEELTLEHFQMDALGELSD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 GRAGPSEARMVRSVKVVGDTYHSVSLVWKAPQAKNTTAFSVLYAVFGQHSMRRVIVQPGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GRAGPSEARMVRSVKVVGDTYHSVSLVWKAPQAKNTTAFSVLYAVFGQHSMRRVIVQPGK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 TRVTITGLLPKTKYVACVCVQGLVPRKEQCVIFSTNEVVDAENTQQLINVVVISVAIVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TRVTITGLLPKTKYVACVCVQGLVPRKEQCVIFSTNEVVDAENTQQLINVVVISVAIVIA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 LPLTLLVCCSALQKRCRKCFNKDSTEATVTYVNLERLGYSEDGLEELSRHSVSEADRLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LPLTLLVCCSALQKRCRKCFNKDSTEATVTYVNLERLGYSEDGLEELSRHSVSEADRLLS
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB7 ARSSVDFQAFGVKGGRRINEYFC
:::::::::::::::::::::::
CCDS73 ARSSVDFQAFGVKGGRRINEYFC
610 620
>>CCDS3688.3 LRIT3 gene_id:345193|Hs108|chr4 (679 aa)
initn: 1274 init1: 583 opt: 1051 Z-score: 875.5 bits: 172.3 E(32554): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 1258; 35.8% identity (63.4% similar) in 623 aa overlap (22-577:20-632)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MRVALGMLWLLALAWPPQARGFCPSQCSCSLHIMGDGSKARTVVCNDPDMTLPPASIPPD
.:::::.:. : .::: .: :.::: ::. :...: :
CCDS36 MHLFACLCIVLSFLEGVGCLCPSQCTCDYHGRNDGSGSRLVLCNDMDMNELPTNLPVD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TSRLRLERTAIRRVPGEAFRPLGRLEQLWLPYNALSELNALMLRGLRRLRELRLPGNRLA
: .::.:.:.:::. .::: : .:. ::. ::... .. . .:..:.:::: :: ::
CCDS36 TVKLRIEKTVIRRISAEAFYYLVELQYLWVTYNSVASIDPSSFYNLKQLHELRLDGNSLA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 AFPWAALRDAPKLRLLDLQANRLSAVPAEAARFLENLTFLDLSSNQLMRLPQELIVSWAH
:::::.: : : :: :::. :....:: :: :.:.::..::::::.: :: ... ::.:
CCDS36 AFPWASLLDMPLLRTLDLHNNKITSVPNEALRYLKNLAYLDLSSNRLTTLPPDFLESWTH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 LETGIFPPG---HHPRRV-LGLQDNPWACDCRLYDLVHLLDGWAPNLAFIETELRCASPR
: . : : : :. :::::::: :::.. ...: : ..... . :. :.
CCDS36 LVS--TPSGVLDLSPSRIILGLQDNPWFCDCHISKMIELSKVVDPAIVLLDPLMTCSEPE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SLAGVAFSQLELRKCQGPELHPGVASIRSLLGGTALLRCGATGVPGPEMSWRRANGRPLN
:.:. :.. ::..: : . ....: : ::...:::: ::: : :...: :... :.:
CCDS36 RLTGILFQRAELEHCLKPSVMTSATKIMSALGSNVLLRCDATGFPTPQITWTRSDSSPVN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GTVHQEVSSDGTSWTLLGLPAVSHLDSGDYICQAKNFLGASETVISLIVTE------PPT
:: :: .:. :....: ..: :.::: :.:::. : ::.:... : ::
CCDS36 YTVIQESPEEGVRWSIMSLTGISSKDAGDYKCKAKNLAGMSEAVVTVTVLGITTTPIPPD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB7 STEHSGSPGALWARTGGGGE------AAAY--------NNKLVARHVPQIPKPAVLATGP
..:..:. : :.:. :..: .... : . :. : .. .:
CCDS36 TSERTGDHPE-WDVQPGSGRSTSVSSASSYLWSSSFSPTSSFSASTLSP-PSTASFSLSP
360 370 380 390 400 410
400 410 420
pF1KB7 SVPSTKEELTL--------------EHFQMDALGE--LSDGRAG----PSEAR-------
:: : . ::. :. :. .. : :. .
CCDS36 FSSSTVSSTTTLSTSISASTTMANKRSFQLHQGGKRNLKVAKNGSKLPPASTSKKEELAL
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470
pF1KB7 -----------MVRSVKVVGDTYHSVSLVWKAPQAKNTTAFSVLYAVFGQHSMRRVIVQP
.....::..: .::.:.:. .. ...: .:::. .: ... . ..
CCDS36 LDQTMLTETNAAIENLRVVSETKESVTLTWNMINTTHNSAVTVLYSKYGGKDLLLLNADS
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 GKTRVTITGLLPKTKYVACVCVQGLVPRKEQCVIFSTNEVVDAENTQQLINVVVISVAIV
.:..::: :: : .:.:::: .:. :.:.::. ::: : :.....: . .:: :.: :
CCDS36 SKNQVTIDGLEPGGQYMACVCPKGVPPQKDQCITFST-ERVEGDDSQWSLLLVVTSTACV
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 IALPLTLLVCCSALQKRCR-KC----FNKDSTEATVTYVNLERLGYSEDGLEELSRHSVS
. ::: : : : :. .: : .:. : ::...: :
CCDS36 VILPLI----CFLLYKVCKLQCKSEPFWEDDL-AKETYIQFETLFPRSQSVGELWTRSHR
600 610 620 630 640
600 610 620
pF1KB7 EADRLLSARSSVDFQAFGVKGGRRINEYFC
CCDS36 DDSEKLLLCSRSSVESQVTFKSEGSRPEYYC
650 660 670
>>CCDS31234.1 LRIT2 gene_id:340745|Hs108|chr10 (550 aa)
initn: 880 init1: 313 opt: 672 Z-score: 565.1 bits: 114.5 E(32554): 3.7e-25
Smith-Waterman score: 748; 29.1% identity (55.1% similar) in 557 aa overlap (19-562:20-503)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MRVALGMLWLLALAWPPQARGFCPSQCSCSLHIMGDGSKARTVVCNDPDMTLPPASIPP
:. :: :.:: . .: ::. :.. .. :...
CCDS31 MASVFHYFLLVLVFLDTHAAQPFCLPGCTCSEESFG-----RTLQCTSVSLGKIPGNLSE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DTSRLRLERTAIRRVPGEAFRPLGRLEQLWLPYNALSELNALMLRGLRRLRELRLPGNRL
. ...:.: . . ..: .: .. :: ::: .: .: .. :. : .:::::: ::.:
CCDS31 EFKQVRIENSPLFEMPQGSFINMSTLEYLWLNFNNISVIHLGALEHLPELRELRLEGNKL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AAFPWAALRDAPKLRLLDLQANRLSAVPAEAARFLENLTFLDLSSNQLMRLPQELIVSWA
. ::.:.: .: ::.:::. :...:.: : .:: .::.::::::.: . . ....:
CCDS31 CSVPWTAFRATPLLRVLDLKRNKIDALPELALQFLVSLTYLDLSSNRLTVVSKSVFLNWP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 HLETGIFPP-GHH--PRRVLGLQDNPWACDCRLYDLVHLLDGWAPNLAFIETELRCASPR
. : : . :..:.::::.::::: ::... . . . .... : : .:
CCDS31 AYQKCRQPDCGAEILSSLVVALHDNPWVCDCRLRGLVQFVKSITLPVILVNSYLICQGPL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SLAGVAFSQLELRKCQGPELHPGVASIRSLLGGTALLRCGATGVPGPEMSWRRANGRPLN
: :: : . :: :. :.. :.: : .. ::: : . :.: ..: . .
CCDS31 SKAGQLFHETELSACMKPQISTPSANITIRAGQNVTLRCLAQASPSPSIAWTYPLSMWRE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GTVHQEVSSDGTSWTLLGLPAVSHLDSGDYICQAKNFLGASETVISLIVTEPPTSTEHSG
: ... :. . :..::. .:::.: :.:.: .: :. :::: : .:
CCDS31 FDVLTSSTGEDTALSELAIPAAHLVDSGNYTCMASNSIGKSNLVISLHV-QPAQ------
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 SPGALWARTGGGGEAAAYNNKLVARHVPQIPKPAVLATGPSVPSTKEELTLEHFQMDALG
: :.:
CCDS31 -----------------------ALHAP--------------------------------
350
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 ELSDGRAGPSEARMVRSVKVVGDTYHSVSLVWKAPQAKNTTAFSVLYAVFGQHSMRRVIV
:. . :::. ...:: .: :.. : : : . . .:: . .....:. .:
CCDS31 ---DSLSIPSEGNAYIDLRVVKQTVHGILLEWLAVADTSKEEWFTLY-IASDEAFRKEVV
360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 Q--PGKTRVTITGLLPKTKYVACVCVQGLVPRKEQCVIFSTNEVVDA---ENTQQLINVV
. :: . .. ::: ::: ::. ..: :.. ::: : :.. :: : ..:..:.
CCDS31 HIGPGINTYAVDDLLPGTKYEACLSLEGQPPHQGQCVAFVTGR--DAGGLEAREHLLHVT
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580
pF1KB7 VISVAIVIALPLTLLV-----CCSALQKRCRKCFNKDSTEATVTYVNLERLGYSEDGLEE
:. ....:.:. . :: . : :...
CCDS31 VVLCVVLLAVPVGAYAWAAQGPCSCSKWVLRGCLHRRKAPSCTPAAPQSKDGSFREHPAV
470 480 490 500 510 520
590 600 610 620
pF1KB7 LSRHSVSEADRLLSARSSVDFQAFGVKGGRRINEYFC
CCDS31 CDDGEGHIDTEGDKEKGGTEDNS
530 540 550
>>CCDS60581.1 LRIT2 gene_id:340745|Hs108|chr10 (560 aa)
initn: 851 init1: 287 opt: 580 Z-score: 489.4 bits: 100.6 E(32554): 6.1e-21
Smith-Waterman score: 743; 29.3% identity (55.0% similar) in 567 aa overlap (19-562:20-513)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MRVALGMLWLLALAWPPQARGFCPSQCSCSLHIMGDGSKARTVVCNDPDMTLPPASIPP
:. :: :.:: . .: ::. :.. .. :...
CCDS60 MASVFHYFLLVLVFLDTHAAQPFCLPGCTCSEESFG-----RTLQCTSVSLGKIPGNLSE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DTSRLRLERTAIRRVPGEAFRPLGRLEQLWLPYNALSELNALMLRGLRRLRELRLPGNRL
. ...:.: . . ..: .: .. :: ::: .: .: .. :. : .:::::: ::.:
CCDS60 EFKQVRIENSPLFEMPQGSFINMSTLEYLWLNFNNISVIHLGALEHLPELRELRLEGNKL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AAFPWAALRDAPKLRLLDLQANRLSAVPAEAARFLENLTFLDLSSNQLMRLPQELIVSWA
. ::.:.: .: ::.:::. :...:.: : .:: .::.::::::.: . . ....:
CCDS60 CSVPWTAFRATPLLRVLDLKRNKIDALPELALQFLVSLTYLDLSSNRLTVVSKSVFLNWP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 HLETGIFPP-GHH--PRRVLGLQDNPWACDCRLYDLVHLLDGWAPNLAFIETELRCASPR
. : : . :..:.::::.::::: ::... . . . .... : : .:
CCDS60 AYQKCRQPDCGAEILSSLVVALHDNPWVCDCRLRGLVQFVKSITLPVILVNSYLICQGPL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SLAGVAFSQLELRKCQGPELHPGVASIRSLLGGTALLRCGATGVPGPEMSWRR--ANGRP
: :: : . :: :. :.. :.: : .. ::: : . :.: ..: . :
CCDS60 SKAGQLFHETELSACMKPQISTPSANITIRAGQNVTLRCLAQASPSPSIAWTYPLSMWRE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB7 LNGTVHQE------VSSDG--TSWTLLGLPAVSHLDSGDYICQAKNFLGASETVISLIVT
..: . . .:: : :. . :..::. .:::.: :.:.: .: :. :::: :
CCDS60 FDGLLGGKHLTPVLTSSTGEDTALSELAIPAAHLVDSGNYTCMASNSIGKSNLVISLHV-
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 EPPTSTEHSGSPGALWARTGGGGEAAAYNNKLVARHVPQIPKPAVLATGPSVPSTKEELT
.: : :.:
CCDS60 QPAQ-----------------------------ALHAP----------------------
360
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 LEHFQMDALGELSDGRAGPSEARMVRSVKVVGDTYHSVSLVWKAPQAKNTTAFSVLYAVF
:. . :::. ...:: .: :.. : : : . . .:: .
CCDS60 -------------DSLSIPSEGNAYIDLRVVKQTVHGILLEWLAVADTSKEEWFTLY-IA
370 380 390 400
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 GQHSMRRVIVQ--PGKTRVTITGLLPKTKYVACVCVQGLVPRKEQCVIFSTNEVVDA---
.....:. .:. :: . .. ::: ::: ::. ..: :.. ::: : :.. ::
CCDS60 SDEAFRKEVVHIGPGINTYAVDDLLPGTKYEACLSLEGQPPHQGQCVAFVTGR--DAGGL
410 420 430 440 450 460
530 540 550 560 570
pF1KB7 ENTQQLINVVVISVAIVIALPLTLLV-----CCSALQKRCRKCFNKDSTEATVTYVNLER
: ..:..:.:. ....:.:. . :: . : :...
CCDS60 EAREHLLHVTVVLCVVLLAVPVGAYAWAAQGPCSCSKWVLRGCLHRRKAPSCTPAAPQSK
470 480 490 500 510 520
580 590 600 610 620
pF1KB7 LGYSEDGLEELSRHSVSEADRLLSARSSVDFQAFGVKGGRRINEYFC
CCDS60 DGSFREHPAVCDDGEGHIDTEGDKEKGGTEDNS
530 540 550 560
623 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 05:55:16 2016 done: Fri Nov 4 05:55:17 2016
Total Scan time: 4.030 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]