Result of FASTA (omim) for
pF1KB7020
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7020, 998 aa
1>>>pF1KB7020 998 - 998 aa - 998 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4959+/-0.000551; mu= -0.0835+/- 0.034
mean_var=736.9046+/-161.708, 0's: 0 Z-trim(120.6): 1028 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.047246
statistics sampled from 34688 (36041) to 34688 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.423), width: 16
Scan time: 12.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004434 (OMIM: 601839) ephrin type-B receptor 3 ( 998) 6755 477.5 1.5e-133
NP_059145 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B rece ( 986) 4737 339.9 3.9e-92
NP_001296122 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B r (1055) 4732 339.6 5.1e-92
NP_004433 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B rece ( 987) 4728 339.3 6e-92
NP_004432 (OMIM: 600600) ephrin type-B receptor 1 ( 984) 4722 338.9 7.9e-92
XP_006710504 (OMIM: 600997,603688) PREDICTED: ephr ( 980) 4719 338.7 9.1e-92
NP_004435 (OMIM: 600011) ephrin type-B receptor 4 ( 987) 3877 281.3 1.7e-74
NP_004429 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor 4 ( 986) 3815 277.1 3.2e-73
NP_001291465 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor ( 986) 3815 277.1 3.2e-73
NP_001291466 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor ( 935) 3748 272.5 7.5e-72
XP_005264772 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 982) 3721 270.7 2.7e-71
NP_005224 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 983) 3719 270.6 3e-71
NP_001268695 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1016) 3697 269.1 8.7e-71
NP_872272 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor 5 (1015) 3695 268.9 9.5e-71
XP_005246431 (OMIM: 602188) PREDICTED: ephrin type ( 949) 3694 268.8 9.6e-71
NP_001275558 (OMIM: 602190) ephrin type-A receptor ( 993) 3655 266.2 6.2e-70
XP_016865854 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 989) 3631 264.6 1.9e-69
XP_005248726 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 994) 3620 263.8 3.3e-69
XP_005264773 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 918) 3542 258.4 1.2e-67
NP_004431 (OMIM: 602190) ephrin type-A receptor 7 ( 998) 3187 234.3 2.5e-60
XP_016861357 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1016) 2749 204.5 2.5e-51
XP_016861356 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1032) 2749 204.5 2.5e-51
XP_016861355 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1038) 2749 204.5 2.5e-51
NP_005223 (OMIM: 179610) ephrin type-A receptor 1 ( 976) 2606 194.7 2.1e-48
XP_016867305 (OMIM: 600011) PREDICTED: ephrin type (1005) 2606 194.7 2.1e-48
XP_006710505 (OMIM: 600997,603688) PREDICTED: ephr ( 956) 2574 192.5 9.3e-48
NP_001296121 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B r ( 928) 2305 174.1 3e-42
XP_016863369 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 852) 2266 171.4 1.8e-41
XP_016863367 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 904) 2262 171.2 2.3e-41
XP_011510844 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type ( 394) 2243 169.3 3.7e-41
NP_001073917 (OMIM: 600066) ephrin type-A receptor (1130) 2244 170.1 5.9e-41
XP_016863370 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 817) 2135 162.4 8.7e-39
XP_016863368 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 869) 2131 162.2 1.1e-38
XP_016861699 (OMIM: 600066) PREDICTED: ephrin type (1104) 2052 157.0 5.1e-37
NP_004422 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A rece ( 976) 1991 152.8 8.6e-36
XP_016856023 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 973) 1989 152.6 9.4e-36
XP_016856024 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 965) 1986 152.4 1.1e-35
XP_005265710 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 874) 1945 149.5 7.1e-35
XP_011530037 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 926) 1945 149.6 7.4e-35
NP_001305690 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor ( 969) 1945 149.6 7.5e-35
NP_004430 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor 5 (1037) 1945 149.7 7.8e-35
NP_001268694 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1038) 1945 149.7 7.8e-35
NP_001316019 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A r ( 922) 1934 148.8 1.2e-34
NP_001092909 (OMIM: 611123) ephrin type-A receptor (1008) 1867 144.3 3.1e-33
NP_001268696 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1004) 1816 140.9 3.4e-32
XP_011514181 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1022) 1810 140.5 4.5e-32
XP_006715944 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1022) 1810 140.5 4.5e-32
XP_011514182 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1022) 1810 140.5 4.5e-32
NP_004436 (OMIM: 602757) ephrin type-B receptor 6 (1022) 1810 140.5 4.5e-32
NP_872585 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 539) 1801 139.4 5.1e-32
>>NP_004434 (OMIM: 601839) ephrin type-B receptor 3 prec (998 aa)
initn: 6755 init1: 6755 opt: 6755 Z-score: 2518.4 bits: 477.5 E(85289): 1.5e-133
Smith-Waterman score: 6755; 100.0% identity (100.0% similar) in 998 aa overlap (1-998:1-998)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MARARPPPPPSPPPGLLPLLPPLLLLPLLLLPAGCRALEETLMDTKWVTSELAWTSHPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MARARPPPPPSPPPGLLPLLPPLLLLPLLLLPAGCRALEETLMDTKWVTSELAWTSHPES
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GWEEVSGYDEAMNPIRTYQVCNVRESSQNNWLRTGFIWRRDVQRVYVELKFTVRDCNSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GWEEVSGYDEAMNPIRTYQVCNVRESSQNNWLRTGFIWRRDVQRVYVELKFTVRDCNSIP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NIPGSCKETFNLFYYEADSDVASASSPFWMENPYVKVDTIAPDESFSRLDAGRVNTKVRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NIPGSCKETFNLFYYEADSDVASASSPFWMENPYVKVDTIAPDESFSRLDAGRVNTKVRS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 FGPLSKAGFYLAFQDQGACMSLISVRAFYKKCASTTAGFALFPETLTGAEPTSLVIAPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FGPLSKAGFYLAFQDQGACMSLISVRAFYKKCASTTAGFALFPETLTGAEPTSLVIAPGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 CIPNAVEVSVPLKLYCNGDGEWMVPVGACTCATGHEPAAKESQCRPCPPGSYKAKQGEGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CIPNAVEVSVPLKLYCNGDGEWMVPVGACTCATGHEPAAKESQCRPCPPGSYKAKQGEGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 CLPCPPNSRTTSPAASICTCHNNFYRADSDSADSACTTVPSPPRGVISNVNETSLILEWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CLPCPPNSRTTSPAASICTCHNNFYRADSDSADSACTTVPSPPRGVISNVNETSLILEWS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EPRDLGGRDDLLYNVICKKCHGAGGASACSRCDDNVEFVPRQLGLTERRVHISHLLAHTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EPRDLGGRDDLLYNVICKKCHGAGGASACSRCDDNVEFVPRQLGLTERRVHISHLLAHTR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 YTFEVQAVNGVSGKSPLPPRYAAVNITTNQAAPSEVPTLRLHSSSGSSLTLSWAPPERPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YTFEVQAVNGVSGKSPLPPRYAAVNITTNQAAPSEVPTLRLHSSSGSSLTLSWAPPERPN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 GVILDYEMKYFEKSEGIASTVTSQMNSVQLDGLRPDARYVVQVRARTVAGYGQYSRPAEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GVILDYEMKYFEKSEGIASTVTSQMNSVQLDGLRPDARYVVQVRARTVAGYGQYSRPAEF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 ETTSERGSGAQQLQEQLPLIVGSATAGLVFVVAVVVIAIVCLRKQRHGSDSEYTEKLQQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ETTSERGSGAQQLQEQLPLIVGSATAGLVFVVAVVVIAIVCLRKQRHGSDSEYTEKLQQY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 IAPGMKVYIDPFTYEDPNEAVREFAKEIDVSCVKIEEVIGAGEFGEVCRGRLKQPGRREV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 IAPGMKVYIDPFTYEDPNEAVREFAKEIDVSCVKIEEVIGAGEFGEVCRGRLKQPGRREV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 FVAIKTLKVGYTERQRRDFLSEASIMGQFDHPNIIRLEGVVTKSRPVMILTEFMENCALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FVAIKTLKVGYTERQRRDFLSEASIMGQFDHPNIIRLEGVVTKSRPVMILTEFMENCALD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 SFLRLNDGQFTVIQLVGMLRGIAAGMKYLSEMNYVHRDLAARNILVNSNLVCKVSDFGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SFLRLNDGQFTVIQLVGMLRGIAAGMKYLSEMNYVHRDLAARNILVNSNLVCKVSDFGLS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 RFLEDDPSDPTYTSSLGGKIPIRWTAPEAIAYRKFTSASDVWSYGIVMWEVMSYGERPYW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RFLEDDPSDPTYTSSLGGKIPIRWTAPEAIAYRKFTSASDVWSYGIVMWEVMSYGERPYW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 DMSNQDVINAVEQDYRLPPPMDCPTALHQLMLDCWVRDRNLRPKFSQIVNTLDKLIRNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DMSNQDVINAVEQDYRLPPPMDCPTALHQLMLDCWVRDRNLRPKFSQIVNTLDKLIRNAA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 SLKVIASAQSGMSQPLLDRTVPDYTTFTTVGDWLDAIKMGRYKESFVSAGFASFDLVAQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SLKVIASAQSGMSQPLLDRTVPDYTTFTTVGDWLDAIKMGRYKESFVSAGFASFDLVAQM
910 920 930 940 950 960
970 980 990
pF1KB7 TAEDLLRIGVTLAGHQKKILSSIQDMRLQMNQTLPVQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TAEDLLRIGVTLAGHQKKILSSIQDMRLQMNQTLPVQV
970 980 990
>>NP_059145 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B receptor (986 aa)
initn: 3989 init1: 2297 opt: 4737 Z-score: 1775.1 bits: 339.9 E(85289): 3.9e-92
Smith-Waterman score: 4737; 70.4% identity (86.2% similar) in 986 aa overlap (23-998:10-986)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MARARPPPPPSPPPGLLPLLPPLLLLPLLLLPAGCRALEETLMDTKWVTSELAWTSHPES
::::::: :.::::::. .:.::.: :: :
NP_059 MALRRLGAALLLLPLLA------AVEETLMDSTTATAELGWMVHPPS
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GWEEVSGYDEAMNPIRTYQVCNVRESSQNNWLRTGFIWRRDVQRVYVELKFTVRDCNSIP
:::::::::: :: ::::::::: :::::::::: :: :: ..:..::.::.::::.:::
NP_059 GWEEVSGYDENMNTIRTYQVCNVFESSQNNWLRTKFIRRRGAHRIHVEMKFSVRDCSSIP
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB7 NIPGSCKETFNLFYYEADSDVASASSPFWMENPYVKVDTIAPDESFSRLDAG----RVNT
..::::::::::.::::: : :. . : :::::.::::::: :::::..: : ..::
NP_059 SVPGSCKETFNLYYYEADFDSATKTFPNWMENPWVKVDTIAADESFSQVDLGGRVMKINT
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KVRSFGPLSKAGFYLAFQDQGACMSLISVRAFYKKCASTTAGFALFPETLTGAEPTSLVI
.::::::.:..:::::::: :.:::::.::.::.:: . :.: :::.::: ::::
NP_059 EVRSFGPVSRSGFYLAFQDYGGCMSLIAVRVFYRKCPRIIQNGAIFQETLSGAESTSLVA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 APGTCIPNAVEVSVPLKLYCNGDGEWMVPVGACTCATGHEPAAKESQCRPCPPGSYKAKQ
: :.:: :: ::.::.::::::::::.::.: : : .: : . . . :: :: :..::.:
NP_059 ARGSCIANAEEVDVPIKLYCNGDGEWLVPIGRCMCKAGFEAVENGTVCRGCPSGTFKANQ
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GEGPCLPCPPNSRTTSPAASICTCHNNFYRADSDSADSACTTVPSPPRGVISNVNETSLI
:. : :: :::::: .:. :.:.:..:::: : : :::.:: :..:::.::::::.
NP_059 GDEACTHCPINSRTTSEGATNCVCRNGYYRADLDPLDMPCTTIPSAPQAVISSVNETSLM
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 LEWSEPRDLGGRDDLLYNVICKKCHGAGGASACSRCDDNVEFVPRQLGLTERRVHISHLL
:::. ::: :::.::.::.:::.: ..: .::.:: :::...:::::::: :..:: ::
NP_059 LEWTPPRDSGGREDLVYNIICKSC--GSGRGACTRCGDNVQYAPRQLGLTEPRIYISDLL
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 AHTRYTFEVQAVNGVSGKSPLPPRYAAVNITTNQAAPSEVPTLRLHSSSGSSLTLSWAPP
:::.::::.::::::. .::. :..:.::::::::::: : .. : . .:.::::. :
NP_059 AHTQYTFEIQAVNGVTDQSPFSPQFASVNITTNQAAPSAVSIMHQVSRTVDSITLSWSQP
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 ERPNGVILDYEMKYFEK--SEGIASTVTSQMNSVQLDGLRPDARYVVQVRARTVAGYGQY
..:::::::::..:.:: :: :... : :.: ..::. : :: :::::::::::.:
NP_059 DQPNGVILDYELQYYEKELSEYNATAIKSPTNTVTVQGLKAGAIYVFQVRARTVAGYGRY
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 SRPAEFETTSERGSGAQQLQEQLPLIVGSATAGLVFVVAVVVIAIVCLRKQRHGSDSEYT
: :.: .: . ..::.::::.::..:::::..::::::::: :. . .:::::
NP_059 SGKMYFQTMTE-AEYQTSIQEKLPLIIGSSAAGLVFLIAVVVIAIVCNRRGFERADSEYT
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 EKLQQY----IAPGMKVYIDPFTYEDPNEAVREFAKEIDVSCVKIEEVIGAGEFGEVCRG
.:::.: ..::::.::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::: :
NP_059 DKLQHYTSGHMTPGMKIYIDPFTYEDPNEAVREFAKEIDISCVKIEQVIGAGEFGEVCSG
580 590 600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 RLKQPGRREVFVAIKTLKVGYTERQRRDFLSEASIMGQFDHPNIIRLEGVVTKSRPVMIL
.:: ::.::.:::::::: ::::.:::::::::::::::::::.:.:::::::: ::::.
NP_059 HLKLPGKREIFVAIKTLKSGYTEKQRRDFLSEASIMGQFDHPNVIHLEGVVTKSTPVMII
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 TEFMENCALDSFLRLNDGQFTVIQLVGMLRGIAAGMKYLSEMNYVHRDLAARNILVNSNL
:::::: .:::::: ::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::::::
NP_059 TEFMENGSLDSFLRQNDGQFTVIQLVGMLRGIAAGMKYLADMNYVHRDLAARNILVNSNL
700 710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 VCKVSDFGLSRFLEDDPSDPTYTSSLGGKIPIRWTAPEAIAYRKFTSASDVWSYGIVMWE
:::::::::::::::: :::::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::::
NP_059 VCKVSDFGLSRFLEDDTSDPTYTSALGGKIPIRWTAPEAIQYRKFTSASDVWSYGIVMWE
760 770 780 790 800 810
840 850 860 870 880 890
pF1KB7 VMSYGERPYWDMSNQDVINAVEQDYRLPPPMDCPTALHQLMLDCWVRDRNLRPKFSQIVN
::::::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::::: .::: ::::.::::
NP_059 VMSYGERPYWDMTNQDVINAIEQDYRLPPPMDCPSALHQLMLDCWQKDRNHRPKFGQIVN
820 830 840 850 860 870
900 910 920 930 940 950
pF1KB7 TLDKLIRNAASLKVIASAQSGMSQPLLDRTVPDYTTFTTVGDWLDAIKMGRYKESFVSAG
::::.::: :::..: .::.. ::::::.::::.:.:: .::.:::::.:::::..::
NP_059 TLDKMIRNPNSLKAMAPLSSGINLPLLDRTIPDYTSFNTVDEWLEAIKMGQYKESFANAG
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pF1KB7 APGTCIPNAVEVSVPLKLYCNGDGEWMVPVGACTCATGHEPAAKESQCRPCPPGSYKAKQ
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