Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6959, 213 aa
1>>>pF1KB6959 213 - 213 aa - 213 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5773+/-0.00106; mu= 11.7009+/- 0.064
mean_var=81.7622+/-17.097, 0's: 0 Z-trim(104.4): 204 B-trim: 285 in 1/50
Lambda= 0.141840
statistics sampled from 7660 (7896) to 7660 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 1.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 1345 285.1 2.3e-77
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 826 178.9 2.2e-45
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 804 174.4 4.9e-44
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 681 149.1 1.4e-36
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 562 124.8 3.9e-29
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 561 124.6 4.5e-29
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 561 124.6 4.5e-29
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 546 121.6 3.8e-28
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 544 121.2 5.1e-28
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 534 119.1 2e-27
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 531 118.5 3e-27
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 526 117.5 6.5e-27
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 519 116.0 1.7e-26
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 515 115.2 3e-26
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 509 114.0 6.8e-26
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 508 113.8 8e-26
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 506 113.4 1.1e-25
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 505 113.2 1.2e-25
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 501 112.3 2.1e-25
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 498 111.7 3.3e-25
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 497 111.5 4e-25
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 497 111.6 4.4e-25
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 494 110.9 6.1e-25
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 493 110.7 7e-25
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 486 109.3 1.9e-24
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 485 109.1 2.1e-24
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 484 108.9 2.6e-24
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 483 108.7 2.9e-24
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 481 108.3 3.9e-24
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 480 108.1 4.4e-24
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 473 106.6 1.1e-23
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 461 104.2 6.5e-23
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 459 103.7 7.8e-23
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 458 103.6 1e-22
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 457 103.3 1.1e-22
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 457 103.4 1.3e-22
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 456 103.2 1.5e-22
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 451 102.1 2.5e-22
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 451 102.1 2.8e-22
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 435 98.9 2.6e-21
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 427 97.2 7.5e-21
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 422 96.2 1.5e-20
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 426 97.4 2.5e-20
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 416 94.9 3.7e-20
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 413 94.3 5.6e-20
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 410 93.7 8.8e-20
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 407 93.1 1.3e-19
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 404 92.5 2.1e-19
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 409 93.9 2.8e-19
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 399 91.5 4.7e-19
>>CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 (213 aa)
initn: 1345 init1: 1345 opt: 1345 Z-score: 1502.5 bits: 285.1 E(32554): 2.3e-77
Smith-Waterman score: 1345; 100.0% identity (100.0% similar) in 213 aa overlap (1-213:1-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSKQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KB6 RQNSIRTNAITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RQNSIRTNAITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
190 200 210
>>CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (216 aa)
initn: 800 init1: 800 opt: 826 Z-score: 928.4 bits: 178.9 E(32554): 2.2e-45
Smith-Waterman score: 826; 67.2% identity (88.4% similar) in 189 aa overlap (4-191:2-190)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGNGTEED-YNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTA
::..: :...:::::::.:::::.:::::::::::. .:..::::::.::....
CCDS10 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AVKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIV
..::::::::: ::::::::::::::::::::.:..:: :: :::::::: :::...::
CCDS10 TIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VMLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSK
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CCDS10 IMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNGLSFIETSALDSTNVEAAFQTILTEIYRIVSQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB6 QRQNSIRTNAITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
..... : : ..
CCDS10 KQMSDRRENDMSPSNNVVPIHVPPTTENKPKVQCCQNI
180 190 200 210
>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 773 init1: 773 opt: 804 Z-score: 904.1 bits: 174.4 E(32554): 4.9e-44
Smith-Waterman score: 810; 59.7% identity (80.5% similar) in 221 aa overlap (4-213:2-218)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGNGTEED-YNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTA
::..: :...:::::::.:::::.:::::::::::. .:..::::::.::....
CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AVKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIV
..::::::::: ::::::::::::::::::::.:..:: :: :::::::: :::...::
CCDS12 TIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VMLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSK
.::::::::: . : :::.::: :::.:.: :.::::::::::: ::...: ::. .. .
CCDS12 IMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNNLSFIETSALDSTNVEEAFKNILTEIY-RIVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB6 QRQNSIRTNA----------ITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
:.: . :. :.. . ::.:. : :: .:
CCDS12 QKQIADRAAHDESPGNNVVDISVPPTTDGQKPN---KLQCCQNL
180 190 200 210
>>CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (155 aa)
initn: 655 init1: 655 opt: 681 Z-score: 770.1 bits: 149.1 E(32554): 1.4e-36
Smith-Waterman score: 681; 71.0% identity (90.3% similar) in 145 aa overlap (4-147:2-146)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGNGTEED-YNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTA
::..: :...:::::::.:::::.:::::::::::. .:..::::::.::....
CCDS58 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AVKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIV
..::::::::: ::::::::::::::::::::.:..:: :: :::::::: :::...::
CCDS58 TIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VMLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSK
.::::::::: . : :::.::: :::.:
CCDS58 IMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNEANVRQTRK
120 130 140 150
>>CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 (215 aa)
initn: 536 init1: 536 opt: 562 Z-score: 636.5 bits: 124.8 E(32554): 3.9e-29
Smith-Waterman score: 562; 44.1% identity (70.9% similar) in 213 aa overlap (8-210:7-215)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTAA
.:...:: ..::. ::::. :: .::...: : ::::::.:: . ..
CCDS68 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKFMADCPHTIGVEFGTRIIEVSGQK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIVV
.: ::::::: ::.::.: .:::::.:::.:.:.:...:: . :: . . .. . :.
CCDS68 IKLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNPNTVI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSKQ
.:.:::.:: :.: :::..:::.:::::::.:: . ::: :: . :.:. ..
CCDS68 ILIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQNI---
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KB6 RQNSIRTNAITLG-----SAQAG----QEPGPGEKRAC-CISL
...:. :: : :: : .:: : ....: :
CCDS68 QDGSLDLNAAESGVQHKPSAPQGGRLTSEPQP-QREGCGC
180 190 200 210
>>CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (212 aa)
initn: 559 init1: 533 opt: 561 Z-score: 635.5 bits: 124.6 E(32554): 4.5e-29
Smith-Waterman score: 567; 43.7% identity (71.6% similar) in 215 aa overlap (9-210:3-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTAA
: ..:: ..::..::::. :: .:: ..:. ::::::..: . .
CCDS61 MAYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMITIDGKQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIVV
.: ::::::: : .:.:: .:::::.:::::.:.:...:. . ::.. .:.....:.
CCDS61 IKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNSNMVI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 MLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSK-
::.:::::: . ::: ::.. ::...::.:.:::: ..::: :: .. :::. :...
CCDS61 MLIGNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQEG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB6 -----QRQNSIR-------TNAITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
.. :.:. ::: :. :.::. : : ::
CCDS61 VFDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGN-QGGQQAGGG----CC
180 190 200 210
>>CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 (213 aa)
initn: 542 init1: 542 opt: 561 Z-score: 635.5 bits: 124.6 E(32554): 4.5e-29
Smith-Waterman score: 561; 46.8% identity (70.9% similar) in 203 aa overlap (7-208:3-205)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTAA
: :.:.:: ..:: .:.::. :: .: .:.:..:: ::::::..:.: .: .
CCDS33 MAETYDFLFKFLVIGSAGTGKSCLLHQFIENKFKQDSNHTIGVEFGSRVVNVGGKT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIVV
:: ::::::: ::.:..: .:::::.:::::.:.:...:: . :: . : .:::
CCDS33 VKLQIWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNSLAAWLTDARTLASPNIVV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSKQ
.: :::.::. ::: :: ::..: :.::::::: . ::: :: . :. :...
CCDS33 ILCGNKKDLDPEREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFLKCARTILNKIDSG
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KB6 RQNSIRTNA-ITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
. . : .. : :.:. : : .:
CCDS33 ELDPERMGSGIQYGDASLRQLRQPRSAQAVAPQPCGC
180 190 200 210
>>CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 (218 aa)
initn: 524 init1: 524 opt: 546 Z-score: 618.7 bits: 121.6 E(32554): 3.8e-28
Smith-Waterman score: 546; 44.8% identity (70.9% similar) in 203 aa overlap (7-208:8-210)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRTVMLGTA
: :.:.:: ..::..:.::. :: .: ...:. :: ::::::... . .:
CCDS31 MSQTAMSETYDFLFKFLVIGNAGTGKSCLLHQFIEKKFKDDSNHTIGVEFGSKIINVGGK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AVKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDHAEATIV
:: ::::::: ::.:..: .:::::.:::::.:.:...:: .. :: . : .::
CCDS31 YVKLQIWDTAGQERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNALTNWLTDARMLASQNIV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VMLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKEIFAKVSK
..: :::.::. ::: :: ::..: :.::::::: . ::: :: ..:. :. .
CCDS31 IILCGNKKDLDADREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGENVEEAFVQCARKILNKIES
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KB6 QRQNSIRTNA-ITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
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