Result of FASTA (omim) for
pF1KB6664
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6664, 452 aa
1>>>pF1KB6664 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5113+/-0.000442; mu= -20.9183+/- 0.027
mean_var=484.4821+/-100.901, 0's: 0 Z-trim(122.7): 36 B-trim: 789 in 1/56
Lambda= 0.058269
statistics sampled from 41192 (41240) to 41192 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.781), E-opt: 0.2 (0.484), width: 16
Scan time: 10.240
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056345 (OMIM: 608693) Golgi reassembly-stacking ( 452) 3003 266.8 8.6e-71
XP_006712471 (OMIM: 608693) PREDICTED: Golgi reass ( 384) 2553 228.9 1.8e-59
NP_001188357 (OMIM: 608693) Golgi reassembly-stack ( 384) 2553 228.9 1.8e-59
NP_114105 (OMIM: 606867) Golgi reassembly-stacking ( 440) 1080 105.1 3.9e-22
XP_006713364 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reass ( 445) 1021 100.2 1.2e-20
XP_016862539 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reass ( 410) 860 86.6 1.3e-16
XP_011532322 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reass ( 415) 801 81.6 4.2e-15
XP_016862540 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reass ( 380) 690 72.3 2.5e-12
XP_011532323 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reass ( 385) 631 67.3 8e-11
NP_001265718 (OMIM: 606867) Golgi reassembly-stack ( 345) 545 60.1 1.1e-08
>>NP_056345 (OMIM: 608693) Golgi reassembly-stacking pro (452 aa)
initn: 3003 init1: 3003 opt: 3003 Z-score: 1392.0 bits: 266.8 E(85289): 8.6e-71
Smith-Waterman score: 3003; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLRVQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTLKDLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLRVQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTLKDLLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVLEVES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVLEVES
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQLSSVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQLSSVN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSVPPMNPAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSVPPMNPAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 TLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVNPGLPPLPSMPPRNLPGIAPLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVNPGLPPLPSMPPRNLPGIAPLPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 PSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPATTTAKADAASSLTVDVTPPTAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPATTTAKADAASSLTVDVTPPTAK
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB6 APTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 APTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
430 440 450
>>XP_006712471 (OMIM: 608693) PREDICTED: Golgi reassembl (384 aa)
initn: 2553 init1: 2553 opt: 2553 Z-score: 1188.5 bits: 228.9 E(85289): 1.8e-59
Smith-Waterman score: 2553; 100.0% identity (100.0% similar) in 384 aa overlap (69-452:1-384)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FIVSINGSRLNKDNDTLKDLLKANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGV
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGV
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SIRFCSFDGANENVWHVLEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SIRFCSFDGANENVWHVLEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEA
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KPLKLYVYNTDTDNCREVIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KPLKLYVYNTDTDNCREVIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQ
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 MAGTPITPLKDGFTEVQLSSVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MAGTPITPLKDGFTEVQLSSVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPT
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 VPLLPPQVNQSLTSVPPMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VPLLPPQVNQSLTSVPPMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVN
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 PGLPPLPSMPPRNLPGIAPLPLPSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PGLPPLPSMPPRNLPGIAPLPLPSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPA
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 TTTAKADAASSLTVDVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TTTAKADAASSLTVDVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
340 350 360 370 380
>>NP_001188357 (OMIM: 608693) Golgi reassembly-stacking (384 aa)
initn: 2553 init1: 2553 opt: 2553 Z-score: 1188.5 bits: 228.9 E(85289): 1.8e-59
Smith-Waterman score: 2553; 100.0% identity (100.0% similar) in 384 aa overlap (69-452:1-384)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FIVSINGSRLNKDNDTLKDLLKANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGV
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGV
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SIRFCSFDGANENVWHVLEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SIRFCSFDGANENVWHVLEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEA
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KPLKLYVYNTDTDNCREVIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPLKLYVYNTDTDNCREVIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQ
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 MAGTPITPLKDGFTEVQLSSVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAGTPITPLKDGFTEVQLSSVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPT
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 VPLLPPQVNQSLTSVPPMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPLLPPQVNQSLTSVPPMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVN
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 PGLPPLPSMPPRNLPGIAPLPLPSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGLPPLPSMPPRNLPGIAPLPLPSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPA
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 TTTAKADAASSLTVDVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTTAKADAASSLTVDVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
340 350 360 370 380
>>NP_114105 (OMIM: 606867) Golgi reassembly-stacking pro (440 aa)
initn: 1091 init1: 1038 opt: 1080 Z-score: 518.5 bits: 105.1 E(85289): 3.9e-22
Smith-Waterman score: 1100; 45.3% identity (65.8% similar) in 430 aa overlap (1-422:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLRVQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTLKDLLK
:: . :.: :.::.::.:. ::::::...:::::.::::..:. :::::.::::: :::
NP_114 MGLGVSAEQPAGGAEGFHLHGVQENSPAQQAGLEPYFDFIITIGHSRLNKENDTLKALLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVLEVES
::::::::. ... ::...::. :.:::.::::::::.:.::::: :.:.:::::.::
NP_114 ANVEKPVKLEVFNMKTMRVREVEVVPSNMWGGQGLLGASVRFCSFRRASEQVWHVLDVEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITP
.::::::::::..::..:.: ...::::.:.:::.::.:::::.:::. .:.:::: .::
NP_114 SSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQESEDFFTLIESHEGKPLKLMVYNSKSDSCREVTVTP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQLSSVN
:.::::::::::::::::::::::.: :: :: : . : : .
NP_114 NAAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTQPPSYHKKP--PGT---PPPSALPLG--------AP
190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB6 PPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSVP-PMNPA
::. ::: : :.: . . : . ..:. .: . : .: : .:.
NP_114 PPDALPPGPTP-EDSPSLETGSRQSDYMEALLQ--APGSSMEDP--------LPGPGSPS
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 TTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAP--HIM-PGV----GLPELVNPGLPPLPSMPPRNL
. : : :::.. . :. : : ..: :: :. : : . ::.: .
NP_114 HSAPD----PDGLPHFMETPLQPPPPVQRVMDPGFLDVSGISLLDNSNASVWPSLPSSTE
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 PGIAPLPLPSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPATTTAKADAASSLTV
. . . : . ::: .:: : . : . :.:: .::.
NP_114 LTTTAVSTSG---PE-DICSSSSSHERGGEATWSGSEFEVSFLDSPGAQAQADHLPQLTL
340 350 360 370 380
420 430 440 450
pF1KB6 DVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
. .: .:
NP_114 PDSLTSAASPEDGLSAELLEAQAEEEPASTEGLDTGTEAEGLDSQAQISTTE
390 400 410 420 430 440
>>XP_006713364 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reassembl (445 aa)
initn: 1067 init1: 973 opt: 1021 Z-score: 491.6 bits: 100.2 E(85289): 1.2e-20
Smith-Waterman score: 1041; 43.9% identity (64.5% similar) in 431 aa overlap (1-422:5-403)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLR-VQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTL
: :.. . .: . :.. ::::::...:::::.::::..:. :::::.::::
XP_006 MGFLMVRHQTASVDSGMHPARSVFQQVQENSPAQQAGLEPYFDFIITIGHSRLNKENDTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KDLLKANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHV
: :::::::::::. ... ::...::. :.:::.::::::::.:.::::: :.:.::::
XP_006 KALLKANVEKPVKLEVFNMKTMRVREVEVVPSNMWGGQGLLGASVRFCSFRRASEQVWHV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCRE
:.:: .::::::::::..::..:.: ...::::.:.:::.::.:::::.:::. .:.:::
XP_006 LDVEPSSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQESEDFFTLIESHEGKPLKLMVYNSKSDSCRE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQ
: .:::.::::::::::::::::::::::.: :: :: : . : :
XP_006 VTVTPNAAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTQPPSYHKKP--PGT---PPPSALPLG-----
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LSSVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSVP-
. ::. ::: : :.: . . : . ..:. .: . : .:
XP_006 ---APPPDALPPGPTP-EDSPSLETGSRQSDYMEALLQ--APGSSMEDP--------LPG
240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KB6 PMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAP--HIM-PGV----GLPELVNPGLPPLPSM
: .:. . : : :::.. . :. : : ..: :: :. : : . ::.
XP_006 PGSPSHSAPD----PDGLPHFMETPLQPPPPVQRVMDPGFLDVSGISLLDNSNASVWPSL
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 PPRNLPGIAPLPLPSEFLPSFPLVPESSSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPATTTAKADAA
: . . . . : . ::: .:: : . : . :.::
XP_006 PSSTELTTTAVSTSG---PE-DICSSSSSHERGGEATWSGSEFEVSFLDSPGAQAQADHL
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KB6 SSLTVDVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
.::. . .: .:
XP_006 PQLTLPDSLTSAASPEDGLSAELLEAQAEEEPASTEGLDTGTEAEGLDSQAQISTTE
390 400 410 420 430 440
>>XP_016862539 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reassembl (410 aa)
initn: 919 init1: 825 opt: 860 Z-score: 419.0 bits: 86.6 E(85289): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 861; 40.4% identity (64.5% similar) in 408 aa overlap (1-400:1-388)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLRVQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTLKDLLK
:: . :.: :.::.::.:. ::::::...:::::.::::..:. :::::.::::: :::
XP_016 MGLGVSAEQPAGGAEGFHLHGVQENSPAQQAGLEPYFDFIITIGHSRLNKENDTLKALLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVLEVES
::::::::. ... ::...::. :.:::.::::::::.:.::::: :.:.:::::.::
XP_016 ANVEKPVKLEVFNMKTMRVREVEVVPSNMWGGQGLLGASVRFCSFRRASEQVWHVLDVEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITP
.::::::::::..::..:.: ...::::.:.:::.::.:::::.:::. .:.:::
XP_016 SSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQESEDFFTLIESHEGKPLKLMVYNSKSDSCREPPSYH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KB6 NSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQLSSV-
.. : . .: .: : : . :. .:. . ... .. ::.
XP_016 KKPPGTPPPSALPLGAPPPDALPPGPTPEDS----PSLETGSRQSDYMEALLQAPGSSME
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 NP------PSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSV
.: :: : : :. . . . . :: :. :.. : : . ...: .::
XP_016 DPLPGPGSPSHSAPDPDGLPHFME--TPLQPPPPVQRVMDPGFLDVSGIS-LLDNSNASV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 PPMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVNPGLPPLPSMPPRNLP
: :..: . : . :. . . : : : . : :. . :
XP_016 WPSLPSSTE---LTTTAVSTSGPEDICSSSSSHERGG----EATWSGSEFEVSF--LDSP
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 GIAPLPLPSEFLPSFPLVPES-SSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPATTTAKADAASSLTV
: .. ::.. : :.: .:::: . ::. ..: .::.:
XP_016 GAQA---QADHLPQLTL-PDSLTSAASPEDGLSAELLEAQAEEEPASTEGLDTGTEAEGL
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB6 DVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
XP_016 DSQAQISTTE
410
>>XP_011532322 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reassembl (415 aa)
initn: 854 init1: 760 opt: 801 Z-score: 392.1 bits: 81.6 E(85289): 4.2e-15
Smith-Waterman score: 802; 38.9% identity (63.1% similar) in 409 aa overlap (1-400:5-393)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLR-VQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTL
: :.. . .: . :.. ::::::...:::::.::::..:. :::::.::::
XP_011 MGFLMVRHQTASVDSGMHPARSVFQQVQENSPAQQAGLEPYFDFIITIGHSRLNKENDTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KDLLKANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHV
: :::::::::::. ... ::...::. :.:::.::::::::.:.::::: :.:.::::
XP_011 KALLKANVEKPVKLEVFNMKTMRVREVEVVPSNMWGGQGLLGASVRFCSFRRASEQVWHV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCRE
:.:: .::::::::::..::..:.: ...::::.:.:::.::.:::::.:::. .:.:::
XP_011 LDVEPSSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQESEDFFTLIESHEGKPLKLMVYNSKSDSCRE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQ
.. : . .: .: : : . :. .:. . ... ..
XP_011 PPSYHKKPPGTPPPSALPLGAPPPDALPPGPTPEDS----PSLETGSRQSDYMEALLQAP
190 200 210 220 230
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pF1KB6 LSSV-NP------PSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQ
::. .: :: : : :. . . . . :: :. :.. : : . ...
XP_011 GSSMEDPLPGPGSPSHSAPDPDGLPHFME--TPLQPPPPVQRVMDPGFLDVSGIS-LLDN
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 SLTSVPPMNPATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVNPGLPPLPSMP
: .:: : :..: . : . :. . . : : : . : :.
XP_011 SNASVWPSLPSSTE---LTTTAVSTSGPEDICSSSSSHERGG----EATWSGSEFEVSF-
300 310 320 330 340
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pF1KB6 PRNLPGIAPLPLPSEFLPSFPLVPES-SSAASSGELLSSLPPTSNAPSDPATTTAKADAA
. :: .. ::.. : :.: .:::: . ::. ..: .::.:
XP_011 -LDSPGAQA---QADHLPQLTL-PDSLTSAASPEDGLSAELLEAQAEEEPASTEGLDTGT
350 360 370 380 390 400
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pF1KB6 SSLTVDVTPPTAKAPTTVEDRVGDSTPVSEKPVSAAVDANASESP
XP_011 EAEGLDSQAQISTTE
410
>>XP_016862540 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reassembl (380 aa)
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Smith-Waterman score: 696; 40.2% identity (66.4% similar) in 301 aa overlap (1-298:1-283)
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pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLRVQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTLKDLLK
:: . :.: :.::.::.:. ::::::...:::::.::::..:. :::::.::::: :::
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pF1KB6 ANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVLEVES
::::::::. ... ::...::. :.:::.::::::::.:.::::: :.:.:::::.::
XP_016 ANVEKPVKLEVFNMKTMRVREVEVVPSNMWGGQGLLGASVRFCSFRRASEQVWHVLDVEP
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pF1KB6 NSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITP
.::::::::::..::..:.: ...: . . : : . : . :
XP_016 SSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQEPPS-YHKKPPGTPPPSALPLGAPPPD-----ALPP
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pF1KB6 NSAWGGEGSLGCGIGYG-YLHRIPTRPFEEGKKIS--LPGQMAGTPITPLKDGFTEVQLS
. . :: : . :.. . : :... ::: . . .: ::. . . .
XP_016 GPTPEDSPSLETGSRQSDYMEALLQAP---GSSMEDPLPGPGSPSHSAPDPDGLPHFMET
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pF1KB6 SVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSVPPMN
..:: :: .. .. .: ..: . .... . : :: ... . :.: .
XP_016 PLQPP---PPVQRVMDPGFLDVS------GISLLDNSNASVWPSLPSSTELTTTAVSTSG
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pF1KB6 PATTLPGLMPLPAGLPNLPNLNLNLPAPHIMPGVGLPELVNPGLPPLPSMPPRNLPGIAP
:
XP_016 PEDICSSSSSHERGGEATWSGSEFEVSFLDSPGAQAQADHLPQLTLPDSLTSAASPEDGL
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>>XP_011532323 (OMIM: 606867) PREDICTED: Golgi reassembl (385 aa)
initn: 700 init1: 606 opt: 631 Z-score: 315.3 bits: 67.3 E(85289): 8e-11
Smith-Waterman score: 637; 38.1% identity (64.6% similar) in 302 aa overlap (1-298:5-288)
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pF1KB6 MGSSQSVEIPGGGTEGYHVLR-VQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTL
: :.. . .: . :.. ::::::...:::::.::::..:. :::::.::::
XP_011 MGFLMVRHQTASVDSGMHPARSVFQQVQENSPAQQAGLEPYFDFIITIGHSRLNKENDTL
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pF1KB6 KDLLKANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHV
: :::::::::::. ... ::...::. :.:::.::::::::.:.::::: :.:.::::
XP_011 KALLKANVEKPVKLEVFNMKTMRVREVEVVPSNMWGGQGLLGASVRFCSFRRASEQVWHV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCRE
:.:: .::::::::::..::..:.: ...: . . : : . :
XP_011 LDVEPSSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQEPPS-YHKKPPGTPPPSALPLGAPPPD----
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VIITPNSAWGGEGSLGCGIGYG-YLHRIPTRPFEEGKKIS--LPGQMAGTPITPLKDGFT
. :. . :: : . :.. . : :... ::: . . .: ::.
XP_011 -ALPPGPTPEDSPSLETGSRQSDYMEALLQAP---GSSMEDPLPGPGSPSHSAPDPDGLP
180 190 200 210 220 230
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pF1KB6 EVQLSSVNPPSLSPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTS
. . . ..:: :: .. .. .: ..: . .... . : :: ... . :.
XP_011 HFMETPLQPP---PPVQRVMDPGFLDVS------GISLLDNSNASVWPSLPSSTELTTTA
240 250 260 270 280
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: .:
XP_011 VSTSGPEDICSSSSSHERGGEATWSGSEFEVSFLDSPGAQAQADHLPQLTLPDSLTSAAS
290 300 310 320 330 340
>>NP_001265718 (OMIM: 606867) Golgi reassembly-stacking (345 aa)
initn: 596 init1: 502 opt: 545 Z-score: 276.9 bits: 60.1 E(85289): 1.1e-08
Smith-Waterman score: 565; 36.6% identity (57.1% similar) in 336 aa overlap (96-422:1-303)
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pF1KB6 PVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVL-EVESNSPA
.:... . :. :. .:. .:: .:::
NP_001 MGLGVSAEQPAGGAEG-FHLHGDVEPSSPA
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITPNSAW
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NP_001 ALAGLRPYTDYVVGSDQILQESEDFFTLIESHEGKPLKLMVYNSKSDSCREVTVTPNAAW
30 40 50 60 70 80
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pF1KB6 GGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFEEGKKISLPGQMAGTPITPLKDGFTEVQLSSVNPPSL
::::::::::::::::::::.: :: :: : . : : . ::.
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90 100 110 120 130
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pF1KB6 SPPGTTGIEQSLTGLSISSTPPAVSSVLSTGVPTVPLLPPQVNQSLTSVP-PMNPATTLP
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NP_001 LPPGPTP-EDSPSLETGSRQSDYMEALLQ--APGSSMEDP--------LPGPGSPSHSAP
140 150 160 170 180
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: :::.. . :. : : ..: :: :. : : . ::.: . .
NP_001 D----PDGLPHFMETPLQPPPPVQRVMDPGFLDVSGISLLDNSNASVWPSLPSSTELTTT
190 200 210 220 230 240
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.: .:
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]