Result of FASTA (omim) for
pF1KB6602
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6602, 430 aa
1>>>pF1KB6602 430 - 430 aa - 430 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0617+/-0.000588; mu= 1.0385+/- 0.036
mean_var=253.1384+/-50.516, 0's: 0 Z-trim(114.5): 140 B-trim: 330 in 2/53
Lambda= 0.080611
statistics sampled from 24251 (24397) to 24251 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 7.860
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 2668 323.9 4.9e-88
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 2668 323.9 4.9e-88
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 1158 148.3 3.9e-35
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 1110 142.8 1.8e-33
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 1108 142.5 1.9e-33
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 1095 141.0 6e-33
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1091 140.5 8e-33
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 1075 138.7 3e-32
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 1070 138.1 4.3e-32
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1065 137.6 8.1e-32
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1063 137.4 1e-31
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 1058 136.7 1.2e-31
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 1046 135.3 3e-31
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1024 132.7 1.9e-30
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 1012 131.4 5.1e-30
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 1012 131.4 5.4e-30
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 995 129.4 2e-29
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 990 128.8 2.9e-29
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 990 128.8 2.9e-29
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 981 127.7 5.6e-29
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 961 125.4 2.9e-28
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 953 124.4 5.2e-28
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 953 124.4 5.3e-28
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 930 121.8 3.3e-27
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 916 120.2 1.1e-26
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 910 119.5 1.7e-26
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 906 119.0 2.4e-26
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 905 118.9 2.7e-26
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 898 118.1 4.7e-26
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 900 118.4 5.1e-26
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 897 118.0 5.1e-26
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 891 117.2 7.8e-26
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 891 117.2 8.1e-26
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 855 113.1 1.4e-24
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 851 112.6 2.1e-24
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 843 111.7 4.2e-24
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 819 108.9 2.7e-23
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 819 108.9 2.8e-23
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 819 108.9 2.9e-23
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 814 108.3 4.1e-23
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 677 92.4 2.6e-18
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 677 92.4 2.6e-18
NP_003562 (OMIM: 603212,611597) phakinin [Homo sap ( 415) 644 88.5 3.5e-17
XP_016862804 (OMIM: 603212,611597) PREDICTED: phak ( 415) 644 88.5 3.5e-17
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 637 87.7 6.7e-17
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 632 87.0 6.9e-17
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 632 87.0 6.9e-17
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 632 87.0 6.9e-17
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 632 87.2 1e-16
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 626 86.4 1.6e-16
>>NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskeletal (430 aa)
initn: 2668 init1: 2668 opt: 2668 Z-score: 1701.5 bits: 323.9 E(85289): 4.9e-88
Smith-Waterman score: 2668; 100.0% identity (100.0% similar) in 430 aa overlap (1-430:1-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSFTTRSTFSTNYRSLGSVQAPSYGARPVSSAASVYAGAGGSGSRISVSRSTSFRGGMGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MSFTTRSTFSTNYRSLGSVQAPSYGARPVSSAASVYAGAGGSGSRISVSRSTSFRGGMGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GGLATGIAGGLAGMGGIQNEKETMQSLNDRLASYLDRVRSLETENRRLESKIREHLEKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GGLATGIAGGLAGMGGIQNEKETMQSLNDRLASYLDRVRSLETENRRLESKIREHLEKKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PQVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNARIVLQIDNARLAADDFRVKYETELAMRQSVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PQVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNARIVLQIDNARLAADDFRVKYETELAMRQSVEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DIHGLRKVIDDTNITRLQLETEIEALKEELLFMKKNHEEEVKGLQAQIASSGLTVEVDAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DIHGLRKVIDDTNITRLQLETEIEALKEELLFMKKNHEEEVKGLQAQIASSGLTVEVDAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KSQDLAKIMADIRAQYDELARKNREELDKYWSQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KSQDLAKIMADIRAQYDELARKNREELDKYWSQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELR
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310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RTVQSLEIDLDSMRNLKASLENSLREVEARYALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RTVQSLEIDLDSMRNLKASLENSLREVEARYALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QEYEALLNIKVKLEAEIATYRRLLEDGEDFNLGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QEYEALLNIKVKLEAEIATYRRLLEDGEDFNLGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVS
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB6 ETNDTKVLRH
::::::::::
NP_000 ETNDTKVLRH
430
>>NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskeletal (430 aa)
initn: 2668 init1: 2668 opt: 2668 Z-score: 1701.5 bits: 323.9 E(85289): 4.9e-88
Smith-Waterman score: 2668; 100.0% identity (100.0% similar) in 430 aa overlap (1-430:1-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSFTTRSTFSTNYRSLGSVQAPSYGARPVSSAASVYAGAGGSGSRISVSRSTSFRGGMGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 MSFTTRSTFSTNYRSLGSVQAPSYGARPVSSAASVYAGAGGSGSRISVSRSTSFRGGMGS
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pF1KB6 GGLATGIAGGLAGMGGIQNEKETMQSLNDRLASYLDRVRSLETENRRLESKIREHLEKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 GGLATGIAGGLAGMGGIQNEKETMQSLNDRLASYLDRVRSLETENRRLESKIREHLEKKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PQVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNARIVLQIDNARLAADDFRVKYETELAMRQSVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 PQVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNARIVLQIDNARLAADDFRVKYETELAMRQSVEN
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pF1KB6 DIHGLRKVIDDTNITRLQLETEIEALKEELLFMKKNHEEEVKGLQAQIASSGLTVEVDAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 DIHGLRKVIDDTNITRLQLETEIEALKEELLFMKKNHEEEVKGLQAQIASSGLTVEVDAP
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pF1KB6 KSQDLAKIMADIRAQYDELARKNREELDKYWSQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 KSQDLAKIMADIRAQYDELARKNREELDKYWSQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELR
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310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RTVQSLEIDLDSMRNLKASLENSLREVEARYALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 RTVQSLEIDLDSMRNLKASLENSLREVEARYALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQA
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370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QEYEALLNIKVKLEAEIATYRRLLEDGEDFNLGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_954 QEYEALLNIKVKLEAEIATYRRLLEDGEDFNLGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVS
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430
pF1KB6 ETNDTKVLRH
::::::::::
NP_954 ETNDTKVLRH
430
>>NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,148066,16 (472 aa)
initn: 618 init1: 482 opt: 1158 Z-score: 751.9 bits: 148.3 E(85289): 3.9e-35
Smith-Waterman score: 1171; 48.2% identity (78.2% similar) in 427 aa overlap (17-428:38-461)
10 20 30 40
pF1KB6 MSFTTRSTFSTNYRSLGSVQAPS-YGAR-PVSSAASVYAGA----G
:: .::: ::. :::. .:: :
NP_000 FTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSGGAYGLGG
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pF1KB6 GSGSRISVSRST---SFRGGMGSG---GLATGIAGGLAGMGG--IQNEKETMQSLNDRLA
: :. .: : :. .: ::.:.: ::. :..::.:: : . .:: :::.::::::
NP_000 GYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQNLNDRLA
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SYLDRVRSLETENRRLESKIREHLEKKGP-QVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNARIV
::::.::.:: : :: :::. ... : ...:.: ::: ::::: .:.. ::::: ..
NP_000 SYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKILTATVDNANVL
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160 170 180 190 200 210
pF1KB6 LQIDNARLAADDFRVKYETELAMRQSVENDIHGLRKVIDDTNITRLQLETEIEALKEELL
::::::::::::::.:::::: .:.::: ::.:::.:.:. ...: .:: .::.:::::
NP_000 LQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIESLKEELA
190 200 210 220 230 240
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pF1KB6 FMKKNHEEEVKGLQAQIASSGLTVEVDAPKSQDLAKIMADIRAQYDELARKNREELDKYW
..:::::::...:..:.... ..::.:: . ::..:. ..: ::...:.:::.. ....
NP_000 YLKKNHEEEMNALRGQVGGD-VNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRKDAEEWF
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 SQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELRRTVQSLEIDLDSMRNLKASLENSLREVEARY
. :: . :.:.: : .... ..:::::.:.:::.:.:. ..::::::::.:...::
NP_000 FTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLENSLEETKGRY
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340 350 360 370 380 390
pF1KB6 ALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQAQEYEALLNIKVKLEAEIATYRRLLEDGEDFN
.:. :.. .. .: .::: : : ..: :::. ::..:..:: :::::::::: ::: .
NP_000 CMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLE-GEDAH
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430
pF1KB6 LGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVSETNDTKVLRH
:... ::.:... . :.. : . ::. ...: ::.
NP_000 LSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVM-DVHDGKVVSTHEQVLRTKN
430 440 450 460 470
>>NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, type I (473 aa)
initn: 571 init1: 474 opt: 1110 Z-score: 721.7 bits: 142.8 E(85289): 1.8e-33
Smith-Waterman score: 1132; 46.0% identity (76.6% similar) in 428 aa overlap (17-426:38-456)
10 20 30
pF1KB6 MSFTTRSTFSTNYRSLGSVQAPS-YG------ARPVSSAASVYAGA
:: .::: :: .: :..: .:.
NP_005 FTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSRFSSGGACGLGGG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB6 GGSGSRISVSRSTSFRGGMGSGGLATGIAGGL-AGMGG---------IQNEKETMQSLND
:.: : : ...: ::.: :::..:..::: ::.:: . .:: :::.:::
NP_005 YGGGFSSSSSFGSGFGGGYG-GGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQNLND
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 RLASYLDRVRSLETENRRLESKIREHLEKKGP-QVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNA
:::::::.::.:: : :: :::. ... : ...:.: ::: ::::: .:.: :..::
NP_005 RLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKIIAATIENA
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 RIVLQIDNARLAADDFRVKYETELAMRQSVENDIHGLRKVIDDTNITRLQLETEIEALKE
. .::::::::::::::.::: :::.::.:: :..:::.:.:. ...: .:: .::.:::
NP_005 QPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKE
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 ELLFMKKNHEEEVKGLQAQIASSGLTVEVDAPKSQDLAKIMADIRAQYDELARKNREELD
:: ...::::::. .:..: ... ..::.:: . ::..:. ..: ::...:.:::.. .
NP_005 ELAYLRKNHEEEMLALRGQ-TGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAEKNRRDAE
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 KYWSQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELRRTVQSLEIDLDSMRNLKASLENSLREVE
.. .. :: . :...: : .... .:::::..:.:::.:.:. ..::::::::.:..
NP_005 TWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLENSLEETK
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 ARYALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQAQEYEALLNIKVKLEAEIATYRRLLEDGE
.:: .:. :..:.. .: .::: : : ..:.:::. ::..:..:: :::::::::: ::
NP_005 GRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYRRLLE-GE
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430
pF1KB6 DFNLGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVSETNDTKVLRH
: .: :... . :. ..:.. .. : . .:.
NP_005 DAHL------SSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
430 440 450 460 470
>>NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskeletal (400 aa)
initn: 571 init1: 494 opt: 1108 Z-score: 721.4 bits: 142.5 E(85289): 1.9e-33
Smith-Waterman score: 1108; 46.7% identity (78.7% similar) in 394 aa overlap (2-389:3-389)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSFTTR-STFSTNYRSLGSVQAPSYGARPVSSAASVYAGAGGSGSRISVSR--STSFRG
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10 20 30 40 50
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pF1KB6 --GMGSGGLATGIAGGLAGMGGIQNEKETMQSLNDRLASYLDRVRSLETENRRLESKIRE
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NP_002 AYGGGYGGVLTASDGLLAG-----NEKLTMQNLNDRLASYLDKVRALEAANGELEVKIRD
60 70 80 90 100 110
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pF1KB6 HLEKKGP-QVRDWSHYFKIIEDLRAQIFANTVDNARIVLQIDNARLAADDFRVKYETELA
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10 20 30 40 50
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:::.:::.:::.::.:: ::.:::.:.:. ...: .:: .::.:.::: ..:::::::.:
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...:.:.. ..::.:: . ::....:..: ::. .:.:::.... .. .. :: . :
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.... . ...: .:.::::.: :::.:.:. ..::.::::: :.: ::: :..:..:..
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NP_002 GGGGSSSNFHINVEESVDGQVVSSHKREI
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pF1KB6 REELDKYWSQQIEESTTVVTTQSAEVGAAETTLTELRRTVQSLEIDLDSMRNLKASLENS
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NP_002 RRDAEEWFHAKSAELNKEVSTNTAMIQTSKTEITELRRTLQGLEIELQSQLSMKAGLENT
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pF1KB6 LREVEARYALQMEQLNGILLHLESELAQTRAEGQRQAQEYEALLNIKVKLEAEIATYRRL
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:: :.:
NP_002 LE-GQDAKKRQPP
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pF1KB6 NLGDALDSSNSMQTIQKTTTRRIVDGKVVSETNDTKVLRH
. :
NP_000 SGGGGRGGGSFGGGYGGGSSGGGSSGGGHGGGHGGSSGGGYGGGSSGGGSSGGGYGGGSS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]