Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6581
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6581, 377 aa
1>>>pF1KB6581 377 - 377 aa - 377 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3461+/-0.00108; mu= 16.9587+/- 0.065
mean_var=76.2222+/-15.279, 0's: 0 Z-trim(104.3): 54 B-trim: 3 in 1/49
Lambda= 0.146904
statistics sampled from 7786 (7840) to 7786 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.241), width: 16
Scan time: 2.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11661.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 377) 2501 539.7 1.5e-153
CCDS62302.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 282) 1880 408.0 5.1e-114
CCDS5335.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 381) 1575 343.5 1.9e-94
CCDS64584.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 322) 1263 277.3 1.3e-74
CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 ( 359) 1054 233.1 3.1e-61
CCDS6657.1 GNA14 gene_id:9630|Hs108|chr9 ( 355) 1035 229.0 5e-60
CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 ( 359) 1020 225.8 4.5e-59
CCDS64583.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 305) 1009 223.5 2e-58
CCDS10756.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 947 210.4 2e-54
CCDS10757.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 940 208.9 5.7e-54
CCDS5595.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 354) 923 205.3 6.9e-53
CCDS2813.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 355) 908 202.1 6.3e-52
CCDS802.1 GNAI3 gene_id:2773|Hs108|chr1 ( 354) 892 198.7 6.6e-51
CCDS13804.1 GNAZ gene_id:2781|Hs108|chr22 ( 355) 880 196.2 3.8e-50
CCDS47625.1 GNAT3 gene_id:346562|Hs108|chr7 ( 354) 869 193.8 1.9e-49
CCDS2812.1 GNAT1 gene_id:2779|Hs108|chr3 ( 350) 868 193.6 2.2e-49
CCDS803.1 GNAT2 gene_id:2780|Hs108|chr1 ( 354) 865 193.0 3.5e-49
CCDS12104.1 GNA15 gene_id:2769|Hs108|chr19 ( 374) 847 189.2 5.1e-48
CCDS54587.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 318) 828 185.1 7.3e-47
CCDS63642.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 339) 828 185.1 7.7e-47
CCDS59061.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 302) 774 173.7 2e-43
CCDS63644.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 303) 758 170.3 2.1e-42
CCDS42892.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 379) 715 161.2 1.4e-39
CCDS46624.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 380) 712 160.6 2.1e-39
CCDS11852.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 381) 697 157.4 1.9e-38
CCDS11851.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 458) 685 154.9 1.3e-37
CCDS13472.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 394) 566 129.7 4.5e-30
CCDS46623.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 395) 566 129.7 4.5e-30
CCDS46622.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 (1037) 566 130.0 9.6e-30
CCDS58614.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 174) 332 79.8 2e-15
>>CCDS11661.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 (377 aa)
initn: 2501 init1: 2501 opt: 2501 Z-score: 2870.0 bits: 539.7 E(32554): 1.5e-153
Smith-Waterman score: 2501; 100.0% identity (100.0% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGAGESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGAGESG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KSTFLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KSTFLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KMMSFDTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KMMSFDTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LDKLGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LDKLGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TSILFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSILFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFR
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB6 DVKDTILHDNLKQLMLQ
:::::::::::::::::
CCDS11 DVKDTILHDNLKQLMLQ
370
>>CCDS62302.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 (282 aa)
initn: 1880 init1: 1880 opt: 1880 Z-score: 2160.5 bits: 408.0 E(32554): 5.1e-114
Smith-Waterman score: 1880; 100.0% identity (100.0% similar) in 282 aa overlap (96-377:1-282)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGDKMMSF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGDKMMSF
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 DTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDNLDKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 DTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDNLDKLG
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSVTSILF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 EPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSVTSILF
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKVQIVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKVQIVSI
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 KDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFRDVKDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 KDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFRDVKDT
220 230 240 250 260 270
370
pF1KB6 ILHDNLKQLMLQ
::::::::::::
CCDS62 ILHDNLKQLMLQ
280
>>CCDS5335.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 (381 aa)
initn: 1403 init1: 966 opt: 1575 Z-score: 1809.3 bits: 343.5 E(32554): 1.9e-94
Smith-Waterman score: 1575; 66.7% identity (87.3% similar) in 354 aa overlap (24-377:33-381)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILL
: : .:.:..:: :.::. :.:::::::
CCDS53 GVVRTLSRCLLPAEAGGARERRAGSGARDAEREARRRSRDIDALLARERRAVRRLVKILL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LGAGESGKSTFLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDN
::::::::::::::::::::..:::.: ::: ::..:..:: :::::::.:: ::: .
CCDS53 LGAGESGKSTFLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQYS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SNQQHGDKMMSFDTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGES
:..:: .:.:...: . :: .: :.::. ::: ::::..:..:: :::::::
CCDS53 ENEKHGMFLMAFENKAGLP----VEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGES
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VKYFLDNLDKLGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRW
:::::::::..:. .:.::.:::::::. :::: :.:: ::..::::::::::::.:..:
CCDS53 VKYFLDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKW
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 FECFDSVTSILFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKT
:.:::..:::::.:::::.:::::::: ::::.::.:::::::::..: ::::::::::
CCDS53 FQCFDGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DLLEEKVQIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTE
::: :::. :::: .: .:.:::: :.:::..::.:: :::... :::.:::::::.::
CCDS53 DLLVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRS-KPLFHHFTTAIDTE
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB6 NIRLVFRDVKDTILHDNLKQLMLQ
:.:.::. ::::::..:::..:::
CCDS53 NVRFVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
360 370 380
>>CCDS64584.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 (322 aa)
initn: 1091 init1: 966 opt: 1263 Z-score: 1453.0 bits: 277.3 E(32554): 1.3e-74
Smith-Waterman score: 1263; 66.2% identity (87.3% similar) in 284 aa overlap (94-377:44-322)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 FLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGDKMM
.: :::::::.:: ::: . :..:: .:
CCDS64 MPGSRGSGSTPDGNRKCCRFEHLLIAHPGSRGSRVLVDARDKLGIPWQYSENEKHGMFLM
20 30 40 50 60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SFDTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDNLDK
.:...: . :: .: :.::. ::: ::::..:..:: ::::::::::::::::.
CCDS64 AFENKAGLP----VEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVKYFLDNLDR
80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSVTSI
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CCDS64 IGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCFDGITSI
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKVQIV
::.:::::.:::::::: ::::.::.:::::::::..: :::::::::: ::: :::. :
CCDS64 LFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTV
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFRDVK
::: .: .:.:::: :.:::..::.:: :::... :::.:::::::.:::.:.::. ::
CCDS64 SIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRS-KPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVK
250 260 270 280 290 300
370
pF1KB6 DTILHDNLKQLMLQ
::::..:::..:::
CCDS64 DTILQENLKDIMLQ
310 320
>>CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 1024 init1: 665 opt: 1054 Z-score: 1212.9 bits: 233.1 E(32554): 3.1e-61
Smith-Waterman score: 1054; 45.7% identity (74.4% similar) in 359 aa overlap (18-376:9-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGAGESG
: :. : .: . ::.. : :.: ..: .:.::::.::::
CCDS66 MTLESIMACCLSEEAKEARRINDEIERQLRRDKRDARRELKLLLLGTGESG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KSTFLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGD
::::.::::::::. .... .. : .:.:.. .:.... : . :.::. . :. :..
CCDS66 KSTFIKQMRIIHGSGYSDEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLKIPYKYEHNKAHAQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KMMSFDTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDN
. :.. : .. :. ::..:: : :::. ::::::.::..:.::.:..
CCDS66 LVREVDVEKVSAFEN--------PYVDAIKSLWNDPGIQECYDRRREYQLSDSTKYYLND
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LDKLGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSV
::....: :.:.:::.: .: :: :: :: :....: :.:::::::::::..:..::..:
CCDS66 LDRVADPAYLPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDLQSVIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENV
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TSILFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKV
:::.:::. ::.::::.:. ::. :: .:.::.. :.: :.:::::: ::::::.
CCDS66 TSIMFLVALSEYDQVLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLEEKI
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFR
. . ::: :..: . . ...:... : . :.. : .: ::: : .:::::.::
CCDS66 MYSHLVDYFPEYDGPQRDAQAAREFILKMFVDLNPDSD-KIIYSHFTCATDTENIRFVFA
290 300 310 320 330 340
370
pF1KB6 DVKDTILHDNLKQLMLQ
::::::. :::. :
CCDS66 AVKDTILQLNLKEYNLV
350
>>CCDS6657.1 GNA14 gene_id:9630|Hs108|chr9 (355 aa)
initn: 1013 init1: 643 opt: 1035 Z-score: 1191.2 bits: 229.0 E(32554): 5e-60
Smith-Waterman score: 1043; 45.0% identity (75.0% similar) in 360 aa overlap (18-376:5-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGAGESG
: :.. : :.:: : ::.. : :.: ..: .:.::::.::::
CCDS66 MAGCCCLSAEEKESQRISAEIERQLRRDKKDARRELKLLLLGTGESG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KSTFLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGD
::::.::::::::. .... :. : .:.:.. .:.... : . :.: . ..:.....
CCDS66 KSTFIKQMRIIHGSGYSDEDRKGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLRIQYVCEQNKENAQ
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB6 KMMSFDT-RAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLD
. .. .. : .. .:: ::. :: : :::. ::::::.::..:.::.:
CCDS66 IIREVEVDKVSMLSREQVE---------AIKQLWQDPGIQECYDRRREYQLSDSAKYYLT
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NLDKLGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDS
..:... :...:.:::.: .: :: :: :: :...:. :.:::::::::::..:..::.:
CCDS66 DIDRIATPSFVPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDLENIIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFES
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VTSILFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEK
::::.:::. ::.:::: : ::. :: .:.::.. : : :.:::::: ::::::
CCDS66 VTSIIFLVALSEYDQVLAECDNENRMEESKALFKTIITYPWFLNSSVILFLNKKDLLEEK
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 VQIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVF
.. . .:: :. : . .: .. :... .... :.. : .: ::: : .:.:::.::
CCDS66 IMYSHLISYFPEYTGPKQDVRAARDFILKLYQDQNPDKE-KVIYSHFTCATDTDNIRFVF
280 290 300 310 320 330
360 370
pF1KB6 RDVKDTILHDNLKQLMLQ
::::::. ::... :
CCDS66 AAVKDTILQLNLREFNLV
340 350
>>CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 (359 aa)
initn: 1004 init1: 659 opt: 1020 Z-score: 1174.0 bits: 225.8 E(32554): 4.5e-59
Smith-Waterman score: 1020; 45.4% identity (73.0% similar) in 359 aa overlap (18-376:9-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGAGESG
: :.. :..: . ::.: : :.: ..: .:.::::.::::
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CCDS12 KSTFIKQMRIIHGAGYSEEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMETLKILYKYEQNKANAL
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CCDS12 VDRIATLGYLPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDLENIIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENV
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CCDS12 TSIMFLVALSEYDQVLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLEDKI
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CCDS12 LYSHLVDYFPEFDGPQRDAQAAREFILKMFVDLNPDSD-KIIYSHFTCATDTENIRFVFA
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370
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CCDS12 AVKDTILQLNLKEYNLV
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CCDS64 RTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLE
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CCDS64 DVQRYLVQCFDRKRRNRS-KPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
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CCDS10 VTAIIFCVALSGYDQVLHEDETTNRMHESLMLFDSICNNKFFIDTSIILFLNKKDLFGEK
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CCDS10 IKKSPLTICFPEYTG-PNTYEDAAAYIQAQFESKNRSPN-KEIYCHMTCATDTNNIQVVF
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CCDS10 DAVTDIIIANNLRGCGLY
340 350
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]