Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6525
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6525, 365 aa
1>>>pF1KB6525 365 - 365 aa - 365 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3527+/-0.000622; mu= 16.6448+/- 0.038
mean_var=71.4294+/-14.471, 0's: 0 Z-trim(111.9): 72 B-trim: 98 in 1/51
Lambda= 0.151752
statistics sampled from 12697 (12777) to 12697 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.756), E-opt: 0.2 (0.392), width: 16
Scan time: 3.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 2530 562.5 2e-160
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 537 126.2 4.2e-29
CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 ( 362) 516 121.6 1.1e-27
CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 506 119.4 4.9e-27
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 499 117.9 1.3e-26
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 499 117.9 1.6e-26
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 492 116.3 3.8e-26
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 492 116.3 3.9e-26
CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 455 108.3 1.1e-23
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 453 107.8 1.3e-23
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 447 106.5 3.4e-23
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 432 103.2 3.7e-22
CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 ( 338) 415 99.5 4.5e-21
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 400 96.1 3.6e-20
CCDS56412.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 332) 351 85.5 7.4e-17
CCDS43449.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 383) 333 81.6 1.3e-15
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 320 78.7 8e-15
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 317 78.0 1.2e-14
CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 ( 333) 311 76.7 3.2e-14
CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 ( 335) 308 76.1 5.1e-14
CCDS75423.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 351) 299 74.1 2.1e-13
CCDS53440.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 249) 283 70.5 1.8e-12
CCDS53441.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 214) 278 69.4 3.3e-12
CCDS54974.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 334) 272 68.2 1.2e-11
CCDS41418.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 376) 262 66.0 6e-11
CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 388) 262 66.0 6.1e-11
>>CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 (365 aa)
initn: 2530 init1: 2530 opt: 2530 Z-score: 2993.7 bits: 562.5 E(32554): 2e-160
Smith-Waterman score: 2530; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLGAESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQQYLS
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CCDS12 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLGAESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQQYLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNSLRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGGKGPYTLQGLLGCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YNSLRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGGKGPYTLQGLLGCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LGPDNTSVPTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQQDKAANKELTFLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGPDNTSVPTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQQDKAANKELTFLLF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSFYPPELQLRFLRNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSFYPPELQLRFLRNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 AAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQPLRVELESPAKSSVLV
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CCDS12 AAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQPLRVELESPAKSSVLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 VGIVIGVLLLTAAAVGGALLWRRMRSGLPAPWISLRGDDTGVLLPTPGEAQDADLKDVNV
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CCDS12 VGIVIGVLLLTAAAVGGALLWRRMRSGLPAPWISLRGDDTGVLLPTPGEAQDADLKDVNV
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IPATA
:::::
CCDS12 IPATA
>>CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 (341 aa)
initn: 482 init1: 167 opt: 537 Z-score: 636.0 bits: 126.2 E(32554): 4.2e-29
Smith-Waterman score: 541; 29.7% identity (59.3% similar) in 344 aa overlap (11-347:9-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLGAESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQQYLS
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CCDS13 MGELMAFLLPLIIVLMVKHSDSRTH-SLRYFRLGVSDPIHGVPEFISVGYVDSHPITT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 YNSLRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKAL----GGKGPYTLQGL
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CCDS13 YDSVTRQKEPRAPWMAENLAPDHWERYTQLLRGWQQMFKVELKRLQRHYNHSGSHTYQRM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LGCELGPDNTSVPTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQQDKAANKELT
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CCDS13 IGCELLEDGSTTGFLQYAYDGQDFLIFNKDTLSWLAVDNVAHTIKQAWEANQHELLYQKN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSFYPPELQLRFL
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CCDS13 WLEEECIAWLKRFLEYGKDTLQRTEPPLVRVNRKETFPGVTALFCKAHGFYPPEIYMTWM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RNG--LAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQPLRVELESPA
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CCDS13 KNGEEIVQEIDYGDILPSGDGTYQAWASIELDPQSSNLYSCHVEHCGVHMVLQVPQES--
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 KSSVLVVGIVIGVLLLTAAAVG-GALLWRRMRSGLPAPWISLRGDDTGVLLPTPGEAQDA
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CCDS13 ETIPLVMKAVSGSIVLVIVLAGVGVLVWRRR------P----REQNGAIYLPTPDR
300 310 320 330 340
360
pF1KB6 DLKDVNVIPATA
>>CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 (362 aa)
initn: 315 init1: 176 opt: 516 Z-score: 610.8 bits: 121.6 E(32554): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 518; 30.3% identity (60.4% similar) in 333 aa overlap (14-327:9-338)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLG-----AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGP
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CCDS34 MLVMAPRTVLLLLSAALALTETWAGSH-SMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB6 QQYLSYNS--LRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGG------
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CCDS34 TQFVRFDSDAASPREEPRAPWI-EQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 KGPYTLQGLLGCELGPDNTSV-PTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQ
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CCDS34 AGSHTLQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAA-DTAAQITQRKWE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 QDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSF
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CCDS34 AAREAEQRRAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 YPPELQLRFLRNG--LAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQ
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CCDS34 YPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPK
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PLRVELESPAKSSVLVVGIVIGVLLLTAAAVGG---ALLWRRMRSGLPAPWISLRGDDTG
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CCDS34 PLTLRWEPSSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDS
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB6 VLLPTPGEAQDADLKDVNVIPATA
CCDS34 AQGSDVSLTA
360
>>CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 (366 aa)
initn: 337 init1: 181 opt: 506 Z-score: 598.9 bits: 119.4 E(32554): 4.9e-27
Smith-Waterman score: 516; 31.7% identity (59.0% similar) in 334 aa overlap (14-327:9-339)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLG-----AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGP
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CCDS34 MRVMAPRALLLLLSGGLALTETWACSH-SMRYFDTAVSRPGRGEPRFISVGYVDD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB6 QQYLSYNS--LRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGG------
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CCDS34 TQFVRFDSDAASPRGEPRAPWV-EQEGPEYWDRETQKYKRQAQADRVSLRNLRGYYNQSE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 KGPYTLQGLLGCELGPDNTSV-PTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQ
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CCDS34 DGSHTLQRMSGCDLGPDGRLLRGYDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAA-DTAAQITQRKLE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 QDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSF
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CCDS34 AARAAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPLSDHEATLRCWALGF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 YPPELQLRFLRNG--LAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQ
:: :. : . :.: . : . : .::.:. ....: ::.:..: : .:: :: .
CCDS34 YPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHMQHEGLQE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PLRVELESPAKSSVLVVGIVIGVLLLTAAAVGGA----LLWRRMRSGLPAPWISLRGDDT
:: . : .. .. ..::: :. .:.. :: :: .. :: ::
CCDS34 PLTLSWEPSSQPTIPIMGIVAGLAVLVVLAVLGAVVTAMMCRRKSSGGKGGSCSQAACSN
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB6 GVLLPTPGEAQDADLKDVNVIPATA
CCDS34 SAQGSDESLITCKA
360
>>CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (346 aa)
initn: 415 init1: 187 opt: 499 Z-score: 591.0 bits: 117.9 E(32554): 1.3e-26
Smith-Waterman score: 513; 31.9% identity (60.9% similar) in 335 aa overlap (14-326:6-334)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLG-----AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGP
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CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSH-SLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB6 QQYLSYNSLRG--EAEPCGAWVWENQVSWYWEKET--------TDLRIKEKLFLEAFKAL
:.: ..: . . :: :: :.. ::: : :: :. . .:. ..
CCDS43 TQFLRFDSDAAIPRMEPREPWV-EQEGPQYWEWTTGYAKANAQTD-RVALRNLLRRYNQ-
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 GGKGPYTLQGLLGCELGPDNTSV-PTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALA-ISQR
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CCDS43 SEAGSHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTA--ADTVAQITQR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 WQQQDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSA
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CCDS43 FYEAEEYAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWA
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 FSFYPPELQLRFLRNG--LAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAG
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CCDS43 LGFYPAEITLTWQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEG
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KB6 LAQPLRVELESPAKSSVLVVGIVIGVLLLTAAAVGG---ALLWRRMRSGLPAPWISLRGD
: ::: .. :. . .. .:::: :...: :...:. :..::. :
CCDS43 LPQPLILRWEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
290 300 310 320 330 340
340 350 360
pF1KB6 DTGVLLPTPGEAQDADLKDVNVIPATA
>>CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (442 aa)
initn: 387 init1: 187 opt: 499 Z-score: 589.4 bits: 117.9 E(32554): 1.6e-26
Smith-Waterman score: 513; 31.9% identity (60.9% similar) in 335 aa overlap (14-326:6-334)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFLLPGSLG-----AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGP
::.:: :.:. : :: :: : :::: :. : : . . ..
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSH-SLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB6 QQYLSYNSLRG--EAEPCGAWVWENQVSWYWEKET--------TDLRIKEKLFLEAFKAL
:.: ..: . . :: :: :.. ::: : :: :. . .:. ..
CCDS43 TQFLRFDSDAAIPRMEPREPWV-EQEGPQYWEWTTGYAKANAQTD-RVALRNLLRRYNQ-
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 GGKGPYTLQGLLGCELGPDNTSV-PTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALA-ISQR
. : .::::. ::..:::. . . : .:....... .: . ...: :.::
CCDS43 SEAGSHTLQGMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTA--ADTVAQITQR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 WQQQDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSA
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CCDS43 FYEAEEYAEEFRTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWA
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 FSFYPPELQLRFLRNG--LAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAG
..::: :. : . :.: . : . : .::.:. ....: :.:..: : ::: :
CCDS43 LGFYPAEITLTWQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEG
230 240 250 260 270 280
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pF1KB6 LAQPLRVELESPAKSSVLVVGIVIGVLLLTAAAVGG---ALLWRRMRSGLPAPWISLRGD
: ::: .. :. . .. .:::: :...: :...:. :..::. :
CCDS43 LPQPLILRWEQSPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAA
290 300 310 320 330 340
340 350 360
pF1KB6 DTGVLLPTPGEAQDADLKDVNVIPATA
CCDS43 YSVVSGNLMITWWSSLFLLGVLFQGYLGCLRSHSVLGRRKVGDMWILFFLWLWTSFNTAF
350 360 370 380 390 400
>>CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (337 aa)
initn: 357 init1: 196 opt: 492 Z-score: 582.9 bits: 116.3 E(32554): 3.8e-26
Smith-Waterman score: 492; 29.7% identity (58.8% similar) in 340 aa overlap (1-327:1-334)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGVPRPQPWALGLLLFL----LPGSLGAESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]