Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6433
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6433, 313 aa
1>>>pF1KB6433 313 - 313 aa - 313 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8507+/-0.00106; mu= 6.4727+/- 0.064
mean_var=226.5032+/-45.848, 0's: 0 Z-trim(112.6): 30 B-trim: 120 in 1/51
Lambda= 0.085219
statistics sampled from 13295 (13313) to 13295 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.409), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14321.1 SYP gene_id:6855|Hs108|chrX ( 313) 2167 278.8 3.8e-75
CCDS46859.1 SYNPR gene_id:132204|Hs108|chr3 ( 285) 1103 147.9 8.6e-36
CCDS46860.1 SYNPR gene_id:132204|Hs108|chr3 ( 265) 1000 135.2 5.3e-32
CCDS41365.1 SYPL2 gene_id:284612|Hs108|chr1 ( 272) 760 105.7 4.1e-23
CCDS5736.1 SYPL1 gene_id:6856|Hs108|chr7 ( 259) 705 98.9 4.3e-21
CCDS47685.1 SYPL1 gene_id:6856|Hs108|chr7 ( 241) 701 98.4 5.8e-21
>>CCDS14321.1 SYP gene_id:6855|Hs108|chrX (313 aa)
initn: 2167 init1: 2167 opt: 2167 Z-score: 1462.6 bits: 278.8 E(32554): 3.8e-75
Smith-Waterman score: 2167; 100.0% identity (100.0% similar) in 313 aa overlap (1-313:1-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLLLADMDVVNQLVAGGQFRVVKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGELQLSVDCANK
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CCDS14 MLLLADMDVVNQLVAGGQFRVVKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGELQLSVDCANK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 TESDLSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPTCRGGTTKVFLVGDYSSSAEFFVTVAVFAFLYSMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TESDLSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPTCRGGTTKVFLVGDYSSSAEFFVTVAVFAFLYSMG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ALATYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKMATDPENIIKEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ALATYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKMATDPENIIKEM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 PVCRQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWAAPFLRAPPGAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PVCRQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWAAPFLRAPPGAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EKQPAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGYGPQGDYGQQGY
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CCDS14 EKQPAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGYGPQGDYGQQGY
250 260 270 280 290 300
310
pF1KB6 GPQGAPTSFSNQM
:::::::::::::
CCDS14 GPQGAPTSFSNQM
310
>>CCDS46859.1 SYNPR gene_id:132204|Hs108|chr3 (285 aa)
initn: 775 init1: 675 opt: 1103 Z-score: 756.1 bits: 147.9 E(32554): 8.6e-36
Smith-Waterman score: 1141; 57.9% identity (79.6% similar) in 309 aa overlap (7-313:1-285)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLLLADMDVVNQLVAGGQFRVVKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGELQLSVDCANK
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CCDS46 MDPVSQLASAGTFRVLKEPLAFLRALELLFAIFAFATCGGYSGGLRLSVDCVNK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 TESDLSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPTCRGGTT-KVFLVGDYSSSAEFFVTVAVFAFLYSM
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CCDS46 TESNLSIDIAFAYPFRLHQVTFEVPTCEGKERQKLALIGDSSSSAEFFVTVAVFAFLYSL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GALATYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKMATDPENIIKE
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CCDS46 AATVVYIFFQNKYRENNRGPLIDFIVTVVFSFLWLVGSSAWAKGLSDVKVATDPKEVLLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 MPVCRQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWAAPFLRAPPGA
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CCDS46 MSACKQPSNKCMAIHSPVMSSLNTSVVFGFLNFILWAGNIWFVFKETGWHSSGQRYLSDP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PEKQPAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGYGPQGD-YGQQ
::. ...:.: :::. ::::: ..:: : .. :: .: .:::
CCDS46 MEKH--------SSSYNQ--GGYN-QDSYGSSSGY---------SQQASLGPTSDEFGQQ
240 250 260 270
300 310
pF1KB6 GYGPQGAPTSFSNQM
: : ::::.::.
CCDS46 ---PTG-PTSFTNQI
280
>>CCDS46860.1 SYNPR gene_id:132204|Hs108|chr3 (265 aa)
initn: 775 init1: 675 opt: 1000 Z-score: 688.0 bits: 135.2 E(32554): 5.3e-32
Smith-Waterman score: 1038; 58.4% identity (78.6% similar) in 281 aa overlap (35-313:9-265)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 ADMDVVNQLVAGGQFRVVKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGELQLSVDCANKTESD
.::::::::::.::: :.:::::.:::::.
CCDS46 MCMVIFAPLFAIFAFATCGGYSGGLRLSVDCVNKTESN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPTCRGGTT-KVFLVGDYSSSAEFFVTVAVFAFLYSMGALA
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CCDS46 LSIDIAFAYPFRLHQVTFEVPTCEGKERQKLALIGDSSSSAEFFVTVAVFAFLYSLAATV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKMATDPENIIKEMPVC
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CCDS46 VYIFFQNKYRENNRGPLIDFIVTVVFSFLWLVGSSAWAKGLSDVKVATDPKEVLLLMSAC
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWAAPFLRAPPGAPEKQ
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CCDS46 KQPSNKCMAIHSPVMSSLNTSVVFGFLNFILWAGNIWFVFKETGWHSSGQRYLSDPMEKH
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGYGPQGD-YGQQGYGP
...:.:: ::. ::::: ..:: : .. :: .: .::: :
CCDS46 --------SSSYNQG--GYN-QDSYGSSSGY---------SQQASLGPTSDEFGQQ---P
220 230 240 250
310
pF1KB6 QGAPTSFSNQM
: ::::.::.
CCDS46 TG-PTSFTNQI
260
>>CCDS41365.1 SYPL2 gene_id:284612|Hs108|chr1 (272 aa)
initn: 812 init1: 464 opt: 760 Z-score: 528.4 bits: 105.7 E(32554): 4.1e-23
Smith-Waterman score: 775; 44.4% identity (69.8% similar) in 268 aa overlap (10-275:19-270)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MLLLADMDVVNQLVAGGQFRVVKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGEL
:..:..: ..: ..:::::.:::::.::::::..:::::::
CCDS41 MSSTESAGRTADKSPRQQVDRLLVGLRWRRLEEPLGFIKVLQWLFAIFAFGSCGSYSGET
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB6 QLSVDCANKTESDLSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPTC--RGGTTKVFLVGDYSSSAEFFVT
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CCDS41 GAMVRCNNEAKDVSSIIVAFGYPFRLHRIQYEMPLCDEESSSKTMHLMGDFSAPAEFFVT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 VAVFAFLYSMGALATYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKM
...:.:.:.:.::. :. ..: : ::.. :..:: .:. :.:.:::...::.:::.:::
CCDS41 LGIFSFFYTMAALVIYLRFHNLYTENKRFPLVDFCVTVSFTFFWLVAAAAWGKGLTDVKG
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 ATDPENIIKEMPVCRQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWA
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CCDS41 ATRPSSLTAAMSVCHGEEAVCSAGATPSMGLANISVLFGFINFFLWAGNCWFVFKETPWH
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 APFLRAPPGAPEKQPAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGY
: . : : : ::::. :.: . ::. .
CCDS41 --------GQGQGQ----DQDQDQDQGQGPS----QESAAEQGAVEKQ
250 260 270
290 300 310
pF1KB6 GPQGDYGQQGYGPQGAPTSFSNQM
>>CCDS5736.1 SYPL1 gene_id:6856|Hs108|chr7 (259 aa)
initn: 695 init1: 294 opt: 705 Z-score: 492.1 bits: 98.9 E(32554): 4.3e-21
Smith-Waterman score: 705; 43.6% identity (70.4% similar) in 243 aa overlap (10-246:15-256)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MLLLADMDVVNQLVAGGQFRV--VKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGELQL
..: ..: :. . .::::::.:::.:. .::::::::...:. ..
CCDS57 MAPNIYLVRQRISRLGQRMSGFQINLNPLKEPLGFIKVLEWIASIFAFATCGGFKGQTEI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB6 SVDCANKTESDLSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPT----CRGGTTKVFLVGDYSSSAEFFVT
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CCDS57 QVNCPPAVTENKTVTATFGYPFRLNEASFQPPPGVNICDVNWKDYVLIGDYSSSAQFYVT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 VAVFAFLYSMGALATYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKM
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CCDS57 FAVFVFLYCIAALLLYVGYTSLYLDSRKLPMIDFVVTLVATFLWLVSTSAWAKALTDIKI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 ATDPENIIKEMPVCRQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWA
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CCDS57 ATG-HNIIDELPPCKKKAVLCYFGSVTSMGSLNVSVIFGFLNMILWGGNAWFVYKETSLH
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 APFLRAPPGAPEKQPAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGY
.: . : . : :
CCDS57 SPSNTSAPHSQGGIPPPTGI
240 250
>>CCDS47685.1 SYPL1 gene_id:6856|Hs108|chr7 (241 aa)
initn: 695 init1: 294 opt: 701 Z-score: 489.8 bits: 98.4 E(32554): 5.8e-21
Smith-Waterman score: 701; 45.0% identity (70.7% similar) in 229 aa overlap (22-246:11-238)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MLLLADMDVVNQLVAGGQFRVVKEPLGFVKVLQWVFAIFAFATCGSYSGELQLSVDCANK
.::::::.:::.:. .::::::::...:. ...:.:
CCDS47 MSGFQINLNPLKEPLGFIKVLEWIASIFAFATCGGFKGQTEIQVNCPPA
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 TESDLSIEVEFEYPFRLHQVYFDAPT----CRGGTTKVFLVGDYSSSAEFFVTVAVFAFL
. . .. . : :::::... :. : : . :.:::::::.:.:: :::.::
CCDS47 VTENKTVTATFGYPFRLNEASFQPPPGVNICDVNWKDYVLIGDYSSSAQFYVTFAVFVFL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 YSMGALATYIFLQNKYRENNKGPMLDFLATAVFAFMWLVSSSAWAKGLSDVKMATDPENI
: ..:: :. . : .. : ::.::..: : .:.::::.:::::.:.:.:.:: .::
CCDS47 YCIAALLLYVGYTSLYLDSRKLPMIDFVVTLVATFLWLVSTSAWAKALTDIKIATG-HNI
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 IKEMPVCRQTGNTCKELRDPVTSGLNTSVVFGFLNLVLWVGNLWFVFKETGWAAPFLRAP
: :.: :.. . : ..::.::.:::::..:: :: :::.:::. .: .
CCDS47 IDELPPCKKKAVLCYFGSVTSMGSLNVSVIFGFLNMILWGGNAWFVYKETSLHSPSNTSA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PGAPEKQPAPGDAYGDAGYGQGPGGYGPQDSYGPQGGYQPDYGQPAGSGGSGYGPQGDYG
: . : :
CCDS47 PHSQGGIPPPTGI
230 240
313 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 22:58:20 2016 done: Fri Nov 4 22:58:20 2016
Total Scan time: 2.690 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]