Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6427
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6427, 306 aa
1>>>pF1KB6427 306 - 306 aa - 306 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8274+/-0.00064; mu= 19.4580+/- 0.039
mean_var=73.7730+/-14.589, 0's: 0 Z-trim(112.1): 132 B-trim: 72 in 2/50
Lambda= 0.149323
statistics sampled from 12758 (12897) to 12758 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.757), E-opt: 0.2 (0.396), width: 16
Scan time: 2.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32544.1 ASGR2 gene_id:433|Hs108|chr17 ( 311) 2155 472.8 1.5e-133
CCDS11088.1 ASGR2 gene_id:433|Hs108|chr17 ( 287) 1899 417.6 5.5e-117
CCDS45598.1 ASGR2 gene_id:433|Hs108|chr17 ( 292) 1879 413.3 1.1e-115
CCDS11089.1 ASGR1 gene_id:432|Hs108|chr17 ( 291) 1228 273.1 1.8e-73
CCDS56017.1 ASGR1 gene_id:432|Hs108|chr17 ( 252) 1055 235.7 2.7e-62
CCDS82049.1 CLEC10A gene_id:10462|Hs108|chr17 ( 289) 1051 234.9 5.5e-62
CCDS45597.1 CLEC10A gene_id:10462|Hs108|chr17 ( 292) 1050 234.7 6.4e-62
CCDS11087.1 CLEC10A gene_id:10462|Hs108|chr17 ( 316) 769 174.2 1.1e-43
CCDS56087.1 CLEC17A gene_id:388512|Hs108|chr19 ( 378) 399 94.6 1.3e-19
CCDS45952.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 312) 395 93.6 2e-19
CCDS32782.1 COLEC12 gene_id:81035|Hs108|chr18 ( 742) 387 92.3 1.2e-18
CCDS59344.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 268) 372 88.6 5.6e-18
CCDS12184.1 FCER2 gene_id:2208|Hs108|chr19 ( 321) 368 87.8 1.2e-17
CCDS45949.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 360) 367 87.7 1.5e-17
CCDS45950.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 380) 367 87.7 1.5e-17
CCDS12186.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 404) 367 87.7 1.6e-17
CCDS12187.1 CLEC4M gene_id:10332|Hs108|chr19 ( 399) 364 87.1 2.5e-17
CCDS8594.1 CLEC4E gene_id:26253|Hs108|chr12 ( 219) 361 86.2 2.5e-17
CCDS59345.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 243) 356 85.1 5.7e-17
CCDS45951.1 CD209 gene_id:30835|Hs108|chr19 ( 398) 357 85.6 7e-17
CCDS59347.1 CLEC4M gene_id:10332|Hs108|chr19 ( 263) 355 85.0 7e-17
CCDS31739.1 CLEC6A gene_id:93978|Hs108|chr12 ( 209) 323 78.0 7e-15
CCDS12185.1 CLEC4G gene_id:339390|Hs108|chr19 ( 293) 323 78.1 9e-15
CCDS8593.1 CLEC4D gene_id:338339|Hs108|chr12 ( 215) 315 76.3 2.4e-14
CCDS8584.1 CLEC4C gene_id:170482|Hs108|chr12 ( 182) 299 72.7 2.3e-13
CCDS12397.1 NCAN gene_id:1463|Hs108|chr19 (1321) 308 75.5 2.5e-13
CCDS8583.1 CLEC4C gene_id:170482|Hs108|chr12 ( 213) 299 72.8 2.6e-13
CCDS47242.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 ( 655) 304 74.3 2.7e-13
CCDS8591.1 CLEC4A gene_id:50856|Hs108|chr12 ( 165) 297 72.3 2.9e-13
CCDS41745.1 CLEC4A gene_id:50856|Hs108|chr12 ( 198) 297 72.3 3.3e-13
CCDS8592.1 CLEC4A gene_id:50856|Hs108|chr12 ( 204) 297 72.4 3.4e-13
CCDS8590.1 CLEC4A gene_id:50856|Hs108|chr12 ( 237) 297 72.4 3.7e-13
CCDS54875.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (1642) 304 74.7 5.3e-13
CCDS54876.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (2409) 304 74.9 7e-13
CCDS4060.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (3396) 304 75.0 9e-13
CCDS53970.1 ACAN gene_id:176|Hs108|chr15 (2530) 299 73.8 1.5e-12
CCDS53971.1 ACAN gene_id:176|Hs108|chr15 (2431) 286 71.0 1e-11
CCDS74520.1 CD207 gene_id:50489|Hs108|chr2 ( 328) 276 68.0 1.1e-11
CCDS82464.1 CLEC4F gene_id:165530|Hs108|chr2 ( 567) 274 67.8 2.2e-11
CCDS1910.1 CLEC4F gene_id:165530|Hs108|chr2 ( 589) 274 67.8 2.2e-11
CCDS1149.1 BCAN gene_id:63827|Hs108|chr1 ( 911) 271 67.4 4.8e-11
CCDS41750.1 KLRF1 gene_id:51348|Hs108|chr12 ( 231) 264 65.3 5.1e-11
CCDS76526.1 KLRF1 gene_id:51348|Hs108|chr12 ( 181) 259 64.1 9e-11
CCDS44830.1 CLEC12B gene_id:387837|Hs108|chr12 ( 276) 261 64.7 9e-11
>>CCDS32544.1 ASGR2 gene_id:433|Hs108|chr17 (311 aa)
initn: 1631 init1: 1631 opt: 2155 Z-score: 2511.3 bits: 472.8 E(32554): 1.5e-133
Smith-Waterman score: 2155; 98.4% identity (98.4% similar) in 311 aa overlap (1-306:1-311)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB6 LLALSFNILLLVVICVTGSQS-----AQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGS
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LLALSFNILLLVVICVTGSQSEGHGGAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VGDKITSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VGDKITSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 WVEHQGSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WVEHQGSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DGSWKWVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DGSWKWVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVC
250 260 270 280 290 300
300
pF1KB6 EKRRNATGEVA
:::::::::::
CCDS32 EKRRNATGEVA
310
>>CCDS11088.1 ASGR2 gene_id:433|Hs108|chr17 (287 aa)
initn: 1899 init1: 1899 opt: 1899 Z-score: 2213.7 bits: 417.6 E(32554): 5.5e-117
Smith-Waterman score: 1988; 93.8% identity (93.8% similar) in 306 aa overlap (1-306:1-287)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFS
::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS11 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQG-------------------PPPAQPLAQRLCSMVCFS
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LLALSFNILLLVVICVTGSQSAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGSVGDKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLALSFNILLLVVICVTGSQSAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGSVGDKI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVNWVEHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVNWVEHQ
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 GSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDSDGSWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDSDGSWK
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 WVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVCEKRRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVCEKRRN
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 ATGEVA
::::::
CCDS11 ATGEVA
>>CCDS45598.1 ASGR2 gene_id:433|Hs108|chr17 (292 aa)
initn: 1618 init1: 1618 opt: 1879 Z-score: 2190.3 bits: 413.3 E(32554): 1.1e-115
Smith-Waterman score: 1968; 92.3% identity (92.3% similar) in 311 aa overlap (1-306:1-292)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFS
::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS45 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQG-------------------PPPAQPLAQRLCSMVCFS
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 LLALSFNILLLVVICVTGSQS-----AQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGS
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LLALSFNILLLVVICVTGSQSEGHGGAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGS
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VGDKITSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VGDKITSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 WVEHQGSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WVEHQGSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DGSWKWVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DGSWKWVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVC
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB6 EKRRNATGEVA
:::::::::::
CCDS45 EKRRNATGEVA
290
>>CCDS11089.1 ASGR1 gene_id:432|Hs108|chr17 (291 aa)
initn: 1295 init1: 1228 opt: 1228 Z-score: 1432.4 bits: 273.1 E(32554): 1.8e-73
Smith-Waterman score: 1268; 58.4% identity (81.8% similar) in 296 aa overlap (1-296:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKDFQDIQQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFS
:.:..::.:.:..::.:: :: . ::::: ::: ::::: .
CCDS11 MTKEYQDLQHLDNEESDH--HQ----------------LRKGPPPPQPLLQRLCSGPRLL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LLALSFNILLLVVICVTGSQSAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGSVGDKI
::.:....:::::.:: :::..::: :::.:.:.::::..:: ..:...::.::.:: :.
CCDS11 LLSLGLSLLLLVVVCVIGSQNSQLQEELRGLRETFSNFTASTEAQVKGLSTQGGNVGRKM
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQRTCCPVNWVEHQ
:: ..:::::.::. ::..::.:.:.: ::: ..::: :..:::.:::::::::::.
CCDS11 KSLESQLEKQQKDLSEDHSSLLLHVKQFVSDLRSLSCQMAALQGNGSERTCCPVNWVEHE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 GSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDSDGSWK
::::::.::::::.:..::.::.:::::..:::::::. .: .: :::.:: :..: ::
CCDS11 RSCYWFSRSGKAWADADNYCRLEDAHLVVVTSWEEQKFVQHHIGPVNTWMGLHDQNGPWK
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 WVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVCEKRRN
:::::::. ..::: :::.:.:: :::.:::.. ::::::: : . ::::::
CCDS11 WVDGTDYETGFKNWRPEQPDDWYGHGLGGGEDCAHFTDDGRWNDDVCQRPYRWVCETELD
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 ATGEVA
CCDS11 KASQEPPLL
290
>>CCDS56017.1 ASGR1 gene_id:432|Hs108|chr17 (252 aa)
initn: 1122 init1: 1055 opt: 1055 Z-score: 1231.8 bits: 235.7 E(32554): 2.7e-62
Smith-Waterman score: 1055; 62.2% identity (87.1% similar) in 217 aa overlap (80-296:23-239)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 AQRLCSMVCFSLLALSFNILLLVVICVTGSQSAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAI
...::: :::.:.:.::::..:: ..:...
CCDS56 MTKEYQDLQHLDNEESDHHQLRKDSQLQEELRGLRETFSNFTASTEAQVKGL
10 20 30 40 50
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 STHGGSVGDKITSLGAKLEKQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQR
::.::.:: :. :: ..:::::.::. ::..::.:.:.: ::: ..::: :..:::.:
CCDS56 STQGGNVGRKMKSLESQLEKQQKDLSEDHSSLLLHVKQFVSDLRSLSCQMAALQGNGSER
60 70 80 90 100 110
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 TCCPVNWVEHQGSCYWFSHSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTW
::::::::::. ::::::.::::::.:..::.::.:::::..:::::::. .: .: :::
CCDS56 TCCPVNWVEHERSCYWFSRSGKAWADADNYCRLEDAHLVVVTSWEEQKFVQHHIGPVNTW
120 130 140 150 160 170
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 IGLTDSDGSWKWVDGTDYRHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQ
.:: :..: :::::::::. ..::: :::.:.:: :::.:::.. ::::::: : .
CCDS56 MGLHDQNGPWKWVDGTDYETGFKNWRPEQPDDWYGHGLGGGEDCAHFTDDGRWNDDVCQR
180 190 200 210 220 230
290 300
pF1KB6 VYRWVCEKRRNATGEVA
::::::
CCDS56 PYRWVCETELDKASQEPPLL
240 250
>>CCDS82049.1 CLEC10A gene_id:10462|Hs108|chr17 (289 aa)
initn: 710 init1: 710 opt: 1051 Z-score: 1226.4 bits: 234.9 E(32554): 5.5e-62
Smith-Waterman score: 1051; 54.1% identity (81.5% similar) in 259 aa overlap (39-296:20-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 QQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFSLLALSFNI
: .:: : : : ::::: : ::.:....
CCDS82 MTRTYENFQYLENKVKVQGFKNGPLPLQSLLQRLCSGPCHLLLSLGLGL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LLLVVICVTGSQSAQLQAELRSLKEAFSNFSSSTLTEVQAISTHGGSVGDKITSLGAKLE
::::.:::.: :....: .: .:. ::::.:.:..:.::....:.:. . :.:: :..:
CCDS82 LLLVIICVVGFQNSKFQRDLVTLRTDFSNFTSNTVAEIQALTSQGSSLEETIASLKAEVE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KQQQDLKADHDALLFHLKHFPVDLRFVACQMELLHSNGSQR-TCCPVNWVEHQGSCYWFS
.:. .: :. .:...... ::. ..::. :..:.: . ::::::::::: ::::::
CCDS82 GFKQERQAVHSEMLLRVQQLVQDLKKLTCQVATLNNNASTEGTCCPVNWVEHQDSCYWFS
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 HSGKAWAEAEKYCQLENAHLVVINSWEEQKFIVQHTNPFNTWIGLTDSDGSWKWVDGTDY
::: .::::::::::.::::::::: :::.:. .. . ::.::.: .:.:::::::::
CCDS82 HSGMSWAEAEKYCQLKNAHLVVINSREEQNFVQKYLGSAYTWMGLSDPEGAWKWVDGTDY
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RHNYKNWAVTQPDNWHGHELGGSEDCVEVQPDGRWNDDFCLQVYRWVCEKRRNATGEVA
...:: :::.:.:: :::.:::.. .:::::::: : . :.::::
CCDS82 ATGFQNWKPGQPDDWQGHGLGGGEDCAHFHPDGRWNDDVCQRPYHWVCEAGLGQTSQESH
230 240 250 260 270 280
>>CCDS45597.1 CLEC10A gene_id:10462|Hs108|chr17 (292 aa)
initn: 736 init1: 708 opt: 1050 Z-score: 1225.1 bits: 234.7 E(32554): 6.4e-62
Smith-Waterman score: 1050; 53.4% identity (80.5% similar) in 262 aa overlap (39-296:20-281)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 QQLSSEENDHPFHQGEGPGTRRLNPRRGNPFLKGPPPAQPLAQRLCSMVCFSLLALSFNI
: .:: : : : ::::: : ::.:....
CCDS45 MTRTYENFQYLENKVKVQGFKNGPLPLQSLLQRLCSGPCHLLLSLGLGL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]