Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6404
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6404, 334 aa
1>>>pF1KB6404 334 - 334 aa - 334 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6476+/-0.00106; mu= 9.4847+/- 0.062
mean_var=147.8438+/-30.862, 0's: 0 Z-trim(107.1): 258 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.105481
statistics sampled from 9082 (9396) to 9082 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 2.650
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 2251 354.6 6.4e-98
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 1919 304.1 1e-82
CCDS12275.1 WDR83 gene_id:84292|Hs108|chr19 ( 315) 544 94.8 9.7e-20
CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 359) 537 93.8 2.2e-19
CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 369) 537 93.8 2.3e-19
CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 407) 537 93.9 2.4e-19
CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 505) 501 88.5 1.3e-17
CCDS34083.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 514) 501 88.5 1.3e-17
CCDS2396.1 SPAG16 gene_id:79582|Hs108|chr2 ( 631) 498 88.1 2e-17
CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 ( 410) 475 84.4 1.7e-16
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 471 83.7 2.1e-16
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 464 82.7 4.5e-16
CCDS5081.1 CDC40 gene_id:51362|Hs108|chr6 ( 579) 463 82.8 7.7e-16
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 452 81.0 2e-15
CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 478) 452 81.0 2.1e-15
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 441 79.4 7.2e-15
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 441 79.4 7.2e-15
CCDS34078.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 589) 432 78.1 2e-14
CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 627) 432 78.1 2.1e-14
CCDS3777.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 707) 432 78.1 2.3e-14
CCDS6534.1 SMU1 gene_id:55234|Hs108|chr9 ( 513) 427 77.2 3.1e-14
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 422 76.4 4.6e-14
CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 340) 419 75.8 5.5e-14
CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 ( 655) 422 76.6 6.3e-14
CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 240) 415 75.1 6.5e-14
CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 ( 357) 404 73.6 2.8e-13
CCDS2851.2 WDR82 gene_id:80335|Hs108|chr3 ( 313) 401 73.1 3.4e-13
CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 ( 340) 401 73.1 3.6e-13
CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 ( 340) 397 72.5 5.6e-13
CCDS54438.1 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 ( 444) 398 72.8 6e-13
CCDS76785.1 WDR61 gene_id:80349|Hs108|chr15 ( 212) 393 71.7 6.1e-13
CCDS2502.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 ( 588) 398 72.9 7.4e-13
CCDS2503.2 ATG16L1 gene_id:55054|Hs108|chr2 ( 607) 398 72.9 7.5e-13
CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 340) 394 72.0 7.6e-13
CCDS10300.1 WDR61 gene_id:80349|Hs108|chr15 ( 305) 393 71.8 7.9e-13
CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 339) 389 71.3 1.3e-12
CCDS31037.2 WDR26 gene_id:80232|Hs108|chr1 ( 661) 377 69.7 7.3e-12
CCDS1581.1 TAF5L gene_id:27097|Hs108|chr1 ( 589) 372 68.9 1.1e-11
CCDS47340.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 508) 370 68.6 1.3e-11
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 373 69.2 1.3e-11
CCDS47341.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 529) 370 68.6 1.3e-11
CCDS34289.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 542) 370 68.6 1.3e-11
CCDS7511.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 569) 369 68.5 1.5e-11
CCDS73183.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 579) 369 68.5 1.5e-11
CCDS7512.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 605) 369 68.5 1.6e-11
CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 ( 317) 364 67.4 1.7e-11
CCDS34186.1 UTP15 gene_id:84135|Hs108|chr5 ( 518) 365 67.8 2.2e-11
CCDS9186.1 WSB2 gene_id:55884|Hs108|chr12 ( 404) 358 66.6 3.8e-11
CCDS61252.1 WSB2 gene_id:55884|Hs108|chr12 ( 421) 358 66.6 4e-11
CCDS7995.1 PRPF19 gene_id:27339|Hs108|chr11 ( 504) 353 66.0 7.6e-11
>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 2251 init1: 2251 opt: 2251 Z-score: 1871.4 bits: 354.6 E(32554): 6.4e-98
Smith-Waterman score: 2251; 100.0% identity (100.0% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 ASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 CLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 RDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 WDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 WDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGH
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB6 TDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 TDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
310 320 330
>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 (330 aa)
initn: 2379 init1: 1903 opt: 1919 Z-score: 1598.4 bits: 304.1 E(32554): 1e-82
Smith-Waterman score: 1919; 85.3% identity (94.3% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-329)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWL
:::.:.. :.:: . ::::.::: .: .:::::: ::.:::.::::::::::::::
CCDS30 MATKESRD----AKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGK
::::::.:: ::::::::.:::. ::.: ::::::::::. :::::::::::.::: :::
CCDS30 ASSSADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFN
::::::::::::::::::: ::::.::::::.:.::.:::::::::: ::::::::::::
CCDS30 CLKTLKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKL
.::::::.::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS30 CSGSLIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 WDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGH
::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 WDYSRGRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGH
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KB6 TDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
::::::.:::::::.::::::::::::::: :.
CCDS30 TDVVISAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
300 310 320 330
>>CCDS12275.1 WDR83 gene_id:84292|Hs108|chr19 (315 aa)
initn: 746 init1: 311 opt: 544 Z-score: 467.8 bits: 94.8 E(32554): 9.7e-20
Smith-Waterman score: 544; 32.7% identity (61.5% similar) in 312 aa overlap (25-333:5-306)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVK-PNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEW
. :: : . :. :: :: :: .:.:. .:..
CCDS12 MAFPEPKPRPPELPQKRLK-TLDCGQGAVRAVRFNVDGNY
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSG
. ..:: .:.:. : . .: ::: . :.: : :.. : :.. ::.. .:::.::
CCDS12 CLTCGSDKTLKLWNPLRGTLLRTYSGHGYEVLDAAGSFDNSSLCSGGGDKAVVLWDVASG
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 KCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKC--LKTLPAHSDPVSAV
. .. ..::.. : .:: ....:.:::.: :.: :: .. . ..:: : ::.:
CCDS12 QVVRKFRGHAGKVNTVQFNEEATVILSGSIDSSIRCWDCRSRRPEPVQTLDEARDGVSSV
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNT
. . :...: :: : .: :: .. . . :.. . :: .:. :...::.:
CCDS12 KVS--DHEILAGSVDGRVRRYDLRMGQLFSDYVGS---PITCTCFSRDGQCTLVSSLDST
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKL
:.: : . :. : : ::::..: . .: . .:: :::. :..:.: .. :
CCDS12 LRLLDKDTGELLGEYKGHKNQEYKLDCCLSERDTH-VVSCSEDGKVFFWDLVEGALALAL
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB6 QGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
. :: : : :::: . .: ... :. .
CCDS12 PVGSGVVQSLAYHPTEPCLLTAM---GGSVQCWREEAYEAEDGAG
280 290 300 310
>>CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (359 aa)
initn: 389 init1: 389 opt: 537 Z-score: 461.4 bits: 93.8 E(32554): 2.2e-19
Smith-Waterman score: 537; 35.7% identity (69.0% similar) in 258 aa overlap (31-286:48-298)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKP-NYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEW
.:: . : .:: :: ::. :.:::.:.
CCDS54 HRDAVTCVDFSINTKQLASGSMDSCLMVWHMKPQSRAYRFT--GHKDAVTCVNFSPSGHL
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTI-SGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSS
:::.: :: ..:: . . : :.:. .: . .: . ::.. .:.::::::.:.: .
CCDS54 LASGSRDKTVRIW-VPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTASDDKTVKVWATHR
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVH
: : .:. : :.: : .:.:.. ::::.: :..:..:: .. .:... :. :. :
CCDS54 QKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGRLIVSASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVD
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTL
:. .:. :.....:. ..::. . . :. . . :. ..: :.:.:...:. :.::
CCDS54 FHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRTHRLLQHY-QLHSAAVNGLSFHPSGNYLITASSDSTL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 KLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQ
:. : .:. : : ::.. . :: :: ....::. :. :..:
CCDS54 KILDLMEGRLLYTLHGHQGPATTV--AFSRTG-EYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEV
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330
pF1KB6 GHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
CCDS54 TKVPRPPATLASSMGNLTVSILEQRLTLTEDKLKQCLENQQLIMQRATP
320 330 340 350
>>CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (369 aa)
initn: 389 init1: 389 opt: 537 Z-score: 461.2 bits: 93.8 E(32554): 2.3e-19
Smith-Waterman score: 537; 35.7% identity (69.0% similar) in 258 aa overlap (31-286:10-260)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKP-NYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEW
.:: . : .:: :: ::. :.:::.:.
CCDS54 MDSCLMVWHMKPQSRAYRFT--GHKDAVTCVNFSPSGHL
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTI-SGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSS
:::.: :: ..:: . . : :.:. .: . .: . ::.. .:.::::::.:.: .
CCDS54 LASGSRDKTVRIW-VPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTASDDKTVKVWATHR
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVH
: : .:. : :.: : .:.:.. ::::.: :..:..:: .. .:... :. :. :
CCDS54 QKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGRLIVSASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVD
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTL
:. .:. :.....:. ..::. . . :. . . :. ..: :.:.:...:. :.::
CCDS54 FHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRTHRLLQHY-QLHSAAVNGLSFHPSGNYLITASSDSTL
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 KLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQ
:. : .:. : : ::.. . :: :: ....::. :. :..:
CCDS54 KILDLMEGRLLYTLHGHQGPATTV--AFSRTG-EYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEV
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB6 GHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
CCDS54 TKVPRPPATLASSMGNLPEVDFPVPPGRGRSVESVQSQPQEPVSVPQTLTSTLEHIVGQL
280 290 300 310 320 330
>>CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (407 aa)
initn: 389 init1: 389 opt: 537 Z-score: 460.7 bits: 93.9 E(32554): 2.4e-19
Smith-Waterman score: 537; 35.7% identity (69.0% similar) in 258 aa overlap (31-286:48-298)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKP-NYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEW
.:: . : .:: :: ::. :.:::.:.
CCDS28 HRDAVTCVDFSINTKQLASGSMDSCLMVWHMKPQSRAYRFT--GHKDAVTCVNFSPSGHL
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTI-SGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSS
:::.: :: ..:: . . : :.:. .: . .: . ::.. .:.::::::.:.: .
CCDS28 LASGSRDKTVRIW-VPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTASDDKTVKVWATHR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]