Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6357
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6357, 267 aa
1>>>pF1KB6357 267 - 267 aa - 267 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6584+/-0.000788; mu= 13.1223+/- 0.047
mean_var=68.2143+/-14.045, 0's: 0 Z-trim(108.6): 29 B-trim: 333 in 1/49
Lambda= 0.155288
statistics sampled from 10299 (10328) to 10299 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 2.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 1825 417.4 5e-117
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 862 201.8 7.5e-52
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 845 198.0 1e-50
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 836 196.0 4.2e-50
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 823 193.1 3.1e-49
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 817 191.7 7.9e-49
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 801 188.1 9.5e-48
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 792 186.1 3.8e-47
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 769 181.0 1.5e-45
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 675 159.8 1.8e-39
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 659 156.4 4.8e-38
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 627 149.2 6.5e-36
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 588 140.5 2.7e-33
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 554 132.8 5.4e-31
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 534 128.4 1.3e-29
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 519 125.0 1.3e-28
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 507 122.3 6.8e-28
CCDS10492.1 MMP25 gene_id:64386|Hs108|chr16 ( 562) 499 120.5 2.6e-27
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 495 119.6 4.2e-27
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 488 118.1 1.5e-26
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 487 117.9 2e-26
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 479 116.0 5.9e-26
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 392 96.5 3.1e-20
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 392 96.5 4e-20
>>CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 (267 aa)
initn: 1825 init1: 1825 opt: 1825 Z-score: 2214.4 bits: 417.4 E(32554): 5e-117
Smith-Waterman score: 1825; 99.6% identity (100.0% similar) in 267 aa overlap (1-267:1-267)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MRLTVLCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYLYDSETKNANSLEAKLK
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CCDS83 MRLTVLCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYLYDSETKNANSLEAKLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIVSYTRDL
::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EMQKFFGLPITGMLNSRVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIVSYTRDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPGNTLAHAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPGNTLAHAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 APGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVMYPTYGNGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 APGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVMYPTYGNGD
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 PQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
250 260
>>CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 855 init1: 623 opt: 862 Z-score: 1044.4 bits: 201.8 E(32554): 7.5e-52
Smith-Waterman score: 862; 51.7% identity (77.8% similar) in 234 aa overlap (35-261:41-273)
10 20 30 40 50
pF1KB6 VLCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFY-------LYDSETKNANSLEA
:: :: ..: . . ....::.
CCDS83 VFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEMVARGSNSMIR
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KLKEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIVSYT
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CCDS83 KIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKNTLTYRISKYT
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 RDLPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPGNTLA
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CCDS83 PSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSYPFDGPRGTLA
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HAFAPGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVMYPTYG
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CCDS83 HAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTN-GFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDPSALMYPTYK
200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 NGDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
.: .:.: .::.:::: ::: :
CCDS83 YKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSSSFDAVTMLG
250 260 270 280 290 300
>>CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 (477 aa)
initn: 683 init1: 683 opt: 845 Z-score: 1023.9 bits: 198.0 E(32554): 1e-50
Smith-Waterman score: 845; 49.3% identity (71.9% similar) in 270 aa overlap (3-264:7-269)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MRLTVLC-AVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYLYDSETK-----
: .:: ::: : :: : : . . . .: ::. .: ...:
CCDS83 MKSLPILLLLCVAVCS-----AYPLDGAARG-EDTSMNLVQKYLENYYDLKKDVKQFVRR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB6 -NANSLEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVV
... . :..:::::.:: .:: :.: ..:.:.:::::::::... ::. ::: . .
CCDS83 KDSGPVVKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TYRIVSYTRDLPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPF
:::::.:: :::. .:: : :::..: . :: : .. : :::::.:: ::: :::
CCDS83 TYRIVNYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 DGPGNTLAHAFAPGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPN
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CCDS83 DGPGNVLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTT-GTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB6 AVMYPTYGN-GDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
:.::: : . : :.::::::.:::.::: .:
CCDS83 ALMYPLYHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPA
240 250 260 270 280 290
CCDS83 LSFDAVSTLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVF
300 310 320 330 340 350
>>CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 (476 aa)
initn: 641 init1: 641 opt: 836 Z-score: 1013.0 bits: 196.0 E(32554): 4.2e-50
Smith-Waterman score: 836; 48.3% identity (74.0% similar) in 265 aa overlap (1-259:2-263)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MRLTVLCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYLYDSETK-----NANS
:.:. : .:: : : :: :. . . . ::.::...: ....: ..:
CCDS83 MMHLAFLVLLCL-PVCSAYPLSG-AAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKDVKQFRRKDSNL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIV
. :.. ::::.:: .:: :.. ..:.:.:::::::::...: ::. ::: . .:::::
CCDS83 IVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SYTRDLPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPGN
.:: :::. .:: . :::..: . :: : .. : :::::.:: ::: : :::::.
CCDS83 NYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TLAHAFAPGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVMYP
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CCDS83 SLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDAS-GTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYP
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB6 TYGN-GDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
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CCDS83 LYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDA
240 250 260 270 280 290
>>CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 655 init1: 601 opt: 823 Z-score: 997.4 bits: 193.1 E(32554): 3.1e-49
Smith-Waterman score: 823; 48.4% identity (74.6% similar) in 252 aa overlap (17-259:19-267)
10 20 30 40
pF1KB6 MRLTVLCAVCLLPGSLALPLPQEAGG----MSELQWEQAQDYLKRFYLYDS-----ET
::::: .:: .:: . . :. ::. .: . .
CCDS83 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLP--SGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLAGILKE
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 KNANSLEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVV
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CCDS83 NAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TYRIVSYTRDLPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPF
:::::.:: :. : :.. .::...:. ::.: .. : :::::.:. ::: :::
CCDS83 TYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 DGPGNTLAHAFAPGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPN
:::.. ::::: :: . :::::::.:: ::. :: : :.. .:.::.:::::. ::.::.
CCDS83 DGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTS-SSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB6 AVMYPTYGNGDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
:.:.: : ..: : .::..:::.:::
CCDS83 ALMFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLR
240 250 260 270 280 290
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 787 init1: 571 opt: 817 Z-score: 990.1 bits: 191.7 E(32554): 7.9e-49
Smith-Waterman score: 817; 48.3% identity (75.3% similar) in 259 aa overlap (15-265:14-270)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MRLTVLCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFY------LYDSETK-NAN
: :::: . . .. . . .. ::..:: : .. : ..:
CCDS73 MKFLLILLLQATASGALPL-NSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 SLEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRI
.. :..:::.:.:: .::.:.. ..:.:. :::::::: .. .:..: : .. .::::
CCDS73 LMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VSYTRDLPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPG
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CCDS73 NNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NTLAHAFAPGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVMY
. :::::.::.:.:::::::::: :: :. : :.. .:.::.:::::.::::::.:::.
CCDS73 GILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSG-GTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMF
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB6 PTYGNGDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGK-RSNSRKK
::: : ..:.:: :::.:::.::: . :.:
CCDS73 PTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNK
240 250 260 270 280 290
CCDS73 IFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISN
300 310 320 330 340 350
>>CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 (469 aa)
initn: 777 init1: 609 opt: 801 Z-score: 970.8 bits: 188.1 E(32554): 9.5e-48
Smith-Waterman score: 801; 49.2% identity (74.8% similar) in 242 aa overlap (29-263:28-265)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MRLTVLCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYLYDSE------TKNANS
: . . .: ::...: .. .:..
CCDS83 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIV
. :::.::.:::: .:: .......:..:::::::::.. : ..:.: . .::::
CCDS83 VVEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SYTRDLPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPGN
.:: :::. ::. . ::...:.. :: : :: : :::::.:.:: : :. ::::::.
CCDS83 NYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TLAHAFAPGTGLGGDAHFDEDERWTDGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVMYP
.::::: :: :.:::::::::::::.. :. .:.::::::::..::.: .:.:::
CCDS83 NLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFRE-YNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYP
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB6 TYG-NGDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
.: .:: : :.:::: ::: .::. .:
CCDS83 SYTFSGDVQ---LAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEVM
240 250 260 270 280 290
>>CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 (467 aa)
initn: 569 init1: 548 opt: 792 Z-score: 959.9 bits: 186.1 E(32554): 3.8e-47
Smith-Waterman score: 792; 50.0% identity (73.9% similar) in 234 aa overlap (36-263:34-266)
10 20 30 40 50
pF1KB6 LCAVCLLPGSLALPLPQEAGGMSELQWEQAQDYLKRFYL-----YDSETKNA-NSLEAKL
::::..:: :.: ::. : . ::
CCDS83 LKTLPFLLLLHVQISKAFPVSSKEKNTKTVQDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KEMQKFFGLPITGMLNSHVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIVSYTRD
::::.:::: .:: : .....:.:::::::: . . : :..::: .:::: .:: .
CCDS83 KEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LPHITVDRLVSKALNMWGKEIPLHFRKVVWGTADIMIGFARGAHGDSYPFDGPGNTLAHA
: . :.: .. :...:. :: : .. : ::: :.: . :::. :::::.. ::::
CCDS83 LSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHA
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